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MSc in Biochemistry
Dissertation Project – 2nd Cycle
Student´s Name:
Student email address:
No.
Supervisor(s): Sofia Pauleta
Supervisor(s) email address: [email protected]; https://sites.google.com/site/spauletagroup/home
Lab/Institution: Lab 617/613 UCIBIO, Dep. Química, FCT-UNL
TITLE: Novo sistema de biossintese de centros Fe-S em bactérias anaeróbias
BACKGROUND
Este estudo está incluido num projecto financiado pela Fundação para a Ciência e Tecnologia,
FCT-ANR/BBB-MET/0023/2012, e por uma acção bilateral entre Portugal-França/Marselha. O
aluno poderá ter uma bolsa de investigação para realizar a tese de mestrado.
O operão apresentado na Figura é conservado em bactérias anaeróbias e é essencial para
que elas possam manter este modo de vida (na ausência deste operão a divisão celular não é
correcta). Algumas destas proteínas ligam centros Fe-S, e nós propomos que no seu conjunto
formem um novo sistema molecular envolvido na biossíntese de centros Fe-S ancestral mas
em muito semelhante ao humano (sendo diferente do descrito noutras bactérias),
A função/estrutura das proteínas/enzimas codificadas por este operão ainda não está
completamente conhecida. Uma das proteínas é a proteína Laranja, cuja estrutura já é
conhecida, e que apresenta um cluster heterometálico Cu-Mo que é único na natureza. O/a(s)
aluno/a(s) irão caracterizar bioquímicamente a proteína identificada como MRP, uma ATPase
que tem um novo centro Fe-S . O trabalho de investigação será efectuado em colaboração
com o laboratório no CNRS, Marseille, França, da Dr. Corinne Aubert. Em alternativa o aluno
poderá estudar o regulador da transcrição.
OBJECTIVES
Assim, é proposto o isolamento heterólogo destas duas proteínas, e a sua caracterização
bioquímica, e enzimática.
No caso do regulador da transcrição pretende-se descobrir qual o sinal ambiental que irá
induzir a transcripção deste operão que é conservado neste tipo de bactérias. A
caracterização do regulador da transcrição irá incluir:
Tarefa 1. Purificação da proteína e caracterização bioquímica.
Tarefa 2. Estudos por Real-Time PCR.
Tarefa 3. Interacção com o DNA (várias técnicas e também determinação de actividade
ATPase).
No caso da proteína ATPases com um centro Fe-S pretende-se:
Tarefa 1. Isolamento e caracterização das suas propriedades bioquímicas e espectroscópicas. 1
Tarefa 2. Estudo da interacção com a proteína laranja.
Tarefa 3. Caracterização da actividade enzimáticas como ATPase.
MSc in Biochemistry
Dissertation Project – 2nd Cycle
Desta forma, esperamos obter novas informações que nos permitam determinar como é que
este novo sistema molecular funciona e como é que está relacionada com a divisão celular
bateriana.
Methodologies
Expressão heteróloga e homóloga de proteínas e sua purificação (diversas técnicas
cromatográfias), espectroscopia de visível. Técnicas básicas de microbiologia e de genética
molecular. Interacção entre proteínas será estudada por microcalorimetria (ITC), NMR básico.
Outras técnicas incluem técnicas de DNA-shift e RT-PCR, e os cinética enzimática.
TIMELINE (use fill tool for the cells)
1. Regulador da Transcrição
Month 1
Month 2
Month 3
Month 4
Month 5
Month 6
Month 7
Month 8
Month 9
Month 10
Month 3
Month 4
Month 5
Month 6
Month 7
Month 8
Month 9
Month 10
Task 1
Task 2
Task 3
Thesis
2. Proteina ATPase MRP
Month 1
Month 2
Task 1
Task 2
Task 3
Thesis
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