RESUMO O padrão filogeográfico descrito para árvores amplamente distribuídas no Cerrado tem ajudado a remontar à complexa história biogeográfica do bioma. Ainda que oscilações climáticas do Quaternário figurem como importantes direcionadoras da estruturação das populações/espécies neste bioma, a influência de fatores atuais na manutenção dos padrões de distribuição da vegetação permanece pouco compreendida. Nossa primeira proposta foi contrastar a história filogeográfica das espécies simpátricas Annona crassiflora e A. coriacea (Annonacea) buscando associar fatores geo-ambientais atuais com a divergência de suas populações. A distribuição da diversidade das espécies foi investigada com sequências plastidiais (cpDNA) que revelaram apenas um haplótipo em A. crassiflora e nove haplótipos em A. coriacea. Estes últimos representaram dois grupos genéticos com distribuição leste-oeste do bioma. Ambos os grupos mostraram evidências de expansão recente e o grupo a oeste indicou maior diversidade contendo sete dos nove haplótipos encontrados. O norte de Goiás e sul de Tocantins foram as áreas de maior diversidade de A. coriacea, sendo a área sul sugerida como re-colonizada por linhagens das regiões norte. Abordagem associativa usando modelos lineares generalizados mistos (GLMM) sugeriu fatores climáticos atuais como fracos direcionadores da divergência genética das populações de A. coriacea. Assim a separação dos grupos seria resultante principalmente de eventos climáticos passados (período Quaternário). A falta de variação no cpDNA de A. crassiflora sugere que a espécie deve ter sofrido forte retração das populações a poucas áreas do bioma durante as glaciações. Deste modo, nossa segunda proposta investigou a estrutura e diversidade genética de A. crassiflora usando marcadores nucleares microssatélites, que revelaram três grupos genéticos espacialmente distribuídos a leste, oeste e sul do Cerrado, sendo este último caracterizado geneticamente como um agregado marginal. A maior diversidade para A. crassiflora foi descrita para região sudoeste do Cerrado. A análise da variação morfológica foliar em A. crassiflora também revelou agrupamentos populacionais segundo o padrão leste-oeste. As análises com GLMM indicaram significava associação do clima atual com a divergência genética e morfológica das populações de A. crassiflora. Assim, a temperatura e precipitação mostraram ser importantes fatores de pressão seletiva para o estabelecimento de grupos de A. crassiflora no Cerrado. A última proposta envolveu a transferência e caracterização de dez marcadores nucleares microssatélites previamente desenvolvidos em A. crassiflora para A. coriacea. Sete destes marcadores permitiram estimar altos índices de diversidade em três populações investigadas de A. coriacea, indicando que os marcadores são adequados para futuros estudos de genética de populações e evolução da espécie. Palavras chaves: Annona crassiflora, Annona coriacea, Biogeografia, Cerrado, diversidade genética, estrutura genética, morfologia foliar ABSTRACT Phylogeographic pattern described for widely distributed trees in the Cerrado has helped to reassemble the complex biogeographic history of the biome. Although the Quaternary climatic oscillations appear as important driver for structuring of populations/species in this biome, the influence of current factors in maintaining the distribution patterns of vegetation remains poorly understood. Our first proposal was to contrast the phylogeographic history of the sympatric species Annona. crassiflora and A.coriacea (Annonacea) seeking associate current geo-environmental factors with the divergence of their populations. The diversity distribution of the species was investigated with plastid sequences (cpDNA) which revealed only one haplotype in A. crassiflora and nine haplotypes in A. coriacea. The latter represented two genetic groups with east-west distribution in the biome. Both groups showed evidence of recent expansion and the western group indicated a greater diversity containing seven of the nine haplotypes found. The northern from Goiás and southern from Tocantins were the areas of greatest diversity of A. crassiflora, with a southern area suggested as re-colonized by strains from northern regions. Associative approach using generalized linear mixed models (GLMM) suggested weak current climatic factors as drivers of the genetic divergence of A. coriacea populations. Thus the separation of the groups would be mainly resulting from past climatic events (Quaternary period). Lack of variation in cpDNA of A. crassiflora suggests that the species must have suffered severe retraction of the population to few areas of the biome during the glaciations. So, our second proposal investigated the structure and genetic diversity of A. crassiflora using nuclear microsatellite markers, which revealed three genetic groups spatially distributed east, west and south of the Cerrado, the latter group has been genetically characterized as a marginal aggregate. The highest diversity for A. crassiflora was described for the southwestern region of the Cerrado. Analysis of the leaf morphological variation in A. crassiflora also revealed population groups according to the east-west pattern. GLMM Analyses indicated significant association of the current climate with genetic and morphological divergence of A. crassiflora populations. Accordingly, the temperature and rainfall shown to be important factors of selective pressure for the establishment of groups of A. crassiflora in the Cerrado. The latest proposal involved the transfer and characterization of ten nuclear microsatellite markers previously developed for A. crassiflora to A. coriacea. Seven of these markers allowed estimate high diversity in three populations of A. coriacea, indicating that the markers are appropriate for future studies on population genetics and evolution of the species. Key words: Annona crassiflora, Annona coriacea, Cerrado, biogeography, genetic diversity, genetic structure, leaf morphology