Diario Oficial - Executivo I

terça-feira, 17 de fevereiro de 2009
São Paulo, 119 (32)
Diário Oficial Poder Executivo - Seção I
INSTITUTO DE BIOCIÊNCIAS
Revogação
O Diretor do Instituto de Biociências da USP, considerando
que o Edital de Abertura de Processo Seletivo IB-ATAD-44-2008
para a função de Auxiliar de Laboratório, publicado no Diário
Oficial do Estado de São Paulo em 26/09/2008, não está em
consonância com a Lei Complementar nº 1.074, de 11/12/2008,
publicada em 12/12/2008, revoga, a partir da presente data, o
referido certame.
Comunica, ainda, que o valor da taxa de inscrição será
devolvido aos candidatos mediante a apresentação do recibo
de pagamento na Tesouraria da Unidade, sito na Rua do Matão,
Travessa 14, nº 321, das 08:00 às 11:00 horas.
INSTITUTO DE CIÊNCIAS MATEMÁTICAS E
DE COMPUTAÇÃO
Edital ATAc/ICMC/USP n.008/2009
CONVOCAÇÃO
O Instituto de Ciências Matemáticas e de Computação, da
Universidade de São Paulo, convoca o candidato Mario Augusto
de Souza Lizier classificado em 1o. lugar a comparecer na Seção
de Pessoal do ICMC-USP, à Av. Trabalhador São-carlense, 400,
em São Carlos - SP, no prazo de cinco dias úteis, a partir de
17.02.2009, das 9 às 11 e das 14 às 17 horas, munida de todos
os documentos para dar andamento à sua contratação, conforme Editais ATAc/ICMC/SMA-USP n.119/2008 e ATAc/ICMC/USP
n.007/2009, de abertura de processo seletivo e de resultado
final/classificação respectivamente, para a função de Auxiliar
de Ensino, ref. MS-1, em RTP, para o Departamento de
Matemática Aplicada e Estatística do ICMC-USP.
O não comparecimento, dentro do prazo acima estipulado,
implicará como desistência do candidato.
Edital ATAc/ICMC/USP n. 011/2009
COMUNICADO
Realizou-se no Instituto de Ciências Matemáticas e de
Computação, da Universidade de São Paulo, nos dias 03, 04 e
05 de fevereiro de 2009, o concurso para provimento de um
cargo de Professor Doutor, para o Departamento de
Matemática Aplicada e Estatística, do ICMC-USP, na área de
conhecimento: Matemática Computacional; Especialidade I:
Otimização, conjunto de disciplinas: SME-210-Programação
Matemática; SME-200 - Cálculo Numérico I e SME-212 Programação Não Linear, conforme EDITAL ATAc/ICMC/USP nº
111/2008, ao qual se inscreveram como candidatos os Doutores
André Luís Shiguemoto, José Eduardo Pecora Junior, Claudio
Fabiano Motta Toledo, Marina Andretta, Luís Augusto Anglotti
Meira, Kelly Cristina Poldi e Fedor Pisnitchenko. A comissão julgadora constituída pelos Professores: Professores Associados
Antonio Castelo Filho e Eduardo Fontoura Costa, ambos do
Instituto de Ciências Matemáticas e de Computação, da USP;
Professor Associado Geraldo Roberto Martins da Costa, do
Instituto de Matemática, Estatística e Computação Científica,
da UNICAMP; Professor Associado Lúcio Tunes dos Santos, da
Universidade Federal Fluminense e Professora Livre-docente
Maria do Socorro Nogueira Rangel, do Departamento de
Matemática, da IBILCE-UNESP, considerou aprovados os candidatos que se apresentaram: José Eduardo Pecora Junior,
Claudio Fabiano Motta Toledo, Marina Andretta, Kelly Cristina
Poldi e Fedor Pisnitchenko, em vista dos resultados obtidos foi
habilitado para primeiro lugar a candidata MARINA ANDRETTA,
indicando-a à Congregação do Instituto de Ciências
Matemáticas e de Computação, para provimento de um cargo
de professor doutor, para o Departamento de Matemática
Aplicada e Estatística, do ICMC-USP.
A Congregação do Instituto de Ciências Matemáticas e de
Computação, em sessão de 13.02.2009, homologou o relatório
apresentado pela Comissão Julgadora.
INSTITUTO DE FÍSICA DE SÃO CARLOS
Edital ATAc-005/2009, de 12/02/2009
ABERTURA DE INSCRIÇÕES AO CONCURSO DE TÍTULOS E
PROVAS VISANDO À OBTENÇÃO DO TÍTULO DE LIVRE-DOCENTE, NOS DEPARTAMENTOS DE FÍSICA E INFORMÁTICA E DE
CIÊNCIA DOS MATERIAIS, DO INSTITUTO DE FÍSICA DE SÃO
CARLOS (IFSC), DA UNIVERSIDADE DE SÃO PAULO (USP).
O Diretor do Instituto de Física de São Carlos, da
Universidade de São Paulo, torna público a todos os interessados que de acordo com a legislação em vigor, estarão abertas
durante o mês de março, de segunda a sexta-feira, exceto sábados, domingos, feriados e pontos facultativos, das 8h30 às
11h30 e das 14h às 16h30, as inscrições ao concurso público de
título de Livre-Docente, nos Departamentos de Física e
Informática e de Ciência dos Materiais, do IFSC/USP, nas
seguintes áreas de conhecimento:
- DEPARTAMENTO DE FÍSICA E INFORMÁTICA:
Área de Conhecimento: Física Teórica
Especialidade I (Mecânica Quântica)
FFI0119 Mecânica Quântica I
FFI0122 Mecânica Quântica II
SFI 5774 Mecânica Quântica Aplicada
SFI 5707 Mecânica Quântica B
Programa:
Equação de Onda Schrodinger: dualidade onda-partícula,
princípios de decomposição espectral, evolução temporal de
pacotes de onda, relação de incerteza de Heisenberg. Solução
da equação de onda para potenciais tipo degrau em uma
dimensão. Estrutura Matemática: definições de operadores
lineares, Hermiteanos e de bases de estados. Notação de Dirac.
Definição de observáveis e equações de autovalores.
Probabilidade associada à medida de uma quantidade física.
Constantes de movimento. Aplicações: sistemas de dois níveis
(spin 1/2) e oscilador harmônico.
Momentos Angulares: definição de momento angular orbital e generalização das relações de comutação para qualquer
momento angular. Spin eletrônico. Espectros e representações
matriciais dos operadores J2 e Jz. Soma de momentos angulares. Potencial Central: diagonalização de Hamiltonianos para
átomos hidrogenóides. O oscilador harmônico em três dimensões. Teoria de Perturbação Independente do Tempo: correções
de primeira e segunda ordens, para estados com ou sem degenerescências. Aplicações para o caso do oscilador harmônico
em campo elétrico e interações hiperfinas no átomo de hidrogênio. Espalhamento: definição de seção de choque.
Espalhamento por potencial central.
Operadores em mecânica quântica. Postulados da mecânica quântica e equação de Schrodinger. Mecânica quântica
matricial. Movimento linear e oscilador harmônico. Momento
angular e átomo de hidrogênio. Teoria de perturbação e método variacional. Noções sobre simetrias e representação de grupos. Estruturas atômicas e moleculares. Rotações e vibrações
moleculares. Transições eletrônicas moleculares. Propriedades
elétricas e ópticas de moléculas.
1. Teoria das perturbações dependentes do Tempo: (A)
Excitação Coulombiana, (B) Tratamento Semi-Clássico da
Interação Atomo-Radiação, (C) Efeito Foto-Elétrico, (D)
Absorção e Emissão: Regras de Seleção, (E) Decaimento
Exponencial: Regra de Ouro de Fermi. 2. Teoria Quântica da
Radiação: (A) Quantização do Campo de Radiação, (B)
Absorção e Emissão de Fótons por Átomos, (C) Emissão
Expontânea, (D) Formula de Kramers-Heisenberg:
Espalhamento Thomson, Rayleigh e Efeito Raman;
Fluorescência Ressonante, (E) Auto-Energia de Elétrons
Ligados: Deslocamento Lamb. 3. Partículas Idênticas: (A)
Postulado de Simetrização: Fermions e Bosons, (B) Segunda
Quantização: Operadores de um e Dois Corpos, (C) Exemplos:
Gás de Elétrons e Fonons em um Gás de Bosons Fracamente
Interagentes.
Especialidade II (Estado Sólido)
SFI 5711 Estado Sólido B
SFI 5783 Estado Sólido C
Programa:
1. Teoria de Drude dos Metais. 2. Teoria de Sommerfeld
(Elétron Livre). 3. Redes Cristalinas. 4. Rede Recíproca. 5.
Eléctrons em Potenciais Periódicos. 6. Método Tight-Binding. 7.
Modelo Semiclássico da Dinâmica do Elétron. 8. Teoria
Semiclássica de Condução em Metais. 9. Teoria Clássica do
Cristal Harmônico. 10. Teoria Quântica do Cristal Harmônico.
11. Semicondutores Homogêneos. 12. Semicondutores NãoHomogêneos. 13. Supercondutividade (Aspectos Qualitativos).
1. Interação elétron-elétron: Formulação perturbativa;
plasmons; regra de soma de Friedel; A singularidade na constante dielétrica-transição de Peierls. 2. Dinâmica eletrônica:
Funções de Wannier; Aproximação semi-clássica; dinâmica de
elétrons e buracos; Espalhamento para impurezas. 3. Superfície
de Fermi-Dinâmica eletrônica em campos magnéticos intensos;
quantização de orbitais; efeitos de Hass-Van Alphen. 4.
Magnetismo: diamagnetismo de Landau; Paramagnetismo de
Paul e paramagnetismo de Van Veck; ferromagnestismo: interação de troca e modelos simples; antiferromagnetismo modelos simples; Antiferromagnetismo impurezas magnéticas; magnons. 5. Supercondutividade: pares de Cooper; estado fundamental e formação do gap semicondutor; o supercondutor a
temperaturas finitas.
Especialidade III (Mecânica Estatística)
SFI 5704 Mecânica Estatística A
SFI 5838 Mecânica Estatística Avançada
Programa:
1. Fundamentos de teoria de probabilidade. 2. Equação
mestra. 2.1.cadeias de Markov; 2.2. Processos de nascimento e
morte; 2.3. Equação de Fokker-Planck. 3. Gases ideais quânticos. 3.1. Condensação de Bose-Einstein. 4. Fenômenos críticos.
4.1. Fenomenologia de transições de fase; 4.2. Expoentes críticos, leis de escala e universalidade; 4.3. Modelo de Ising.
Flutuações e Fenômenos Críticos: Funções de correlação e
funções resposta. Teoria de escala. Grupo de renormalizacão.
Fluídos Clássicos: Funções de distribuição radiais e termodinâmicas. Expansão virial e equações de estado. Equação de
Ornstein-Zernike. Teoria de Transporte: Teoria cinética.
Equação de Boltzmann. Hidrodinâmica e relações de Onsager:
Relação de Onsager. Efeito de pressão termo-molecular.
Hidrodinâmica de superfluídos. Teorema da FlutuaçãoDissipação: Teorema de Wiener-Khinchin. Causalidade e matrizes resposta. Teoria da resposta linear.
Especialidade IV (Teoria de Campos)
SFI 5833 Mecânica Quântica Relativística
SFI 5749 Teoria de Campos
Programa:
Equação de Dirac. Convariância de Lorentz da equação de
Dirac. Soluções da equação de Dirac para a partícula livre e
átomo de hidrogênio. Teoria dos buracos. Teoria de
Propagadores. Aplicações: espalhamento Coulombiano de elétrons, espalhamento elétron-elétron. Espalhamento Compton.
Renormalização de massas e deslocamento de Lamb.
1. O formalismo canônico;simetria e leis de conservação. 2.
Quantização de campos: campos de Klein-Gordon, de Dirac,
eletromagnético. 3. Interação entre campos; interação eletromagnética, interação forte e interação fraca. 4. Valores esperados no vácuo e matriz-S; representação espectral, fórmulas de
redução de LSZ, relações de dispersão. 5. Teoria de perturbação; teorema de Wick. Aplicação e eletrodinâmica. 6.
Renormalização: teorias renormalizáveis e não renormalizáveis;
teoria de renormalização; separação de divergências de gráficos irredutíveis e redutíveis; identidade de Ward; prova da
renormalizabilidade. 7. Simetrias em teorias renormalizáveis;
simetria quiral e anomalia de Adler; simetria de dilatação e
equações de Callen-Symanzik e do grupo de renormalização,
quebra espontânea de simetria. 8. Teorias de calibre não-abelianas: cromodinâmica quântica e teoria eletro-fraca.
Área de Conhecimento: Física Experimental
Especialidade I (Ressonância; Magnética; Nuclear)
SFI 5797 Princípios de Ressonância Magnética Nuclear
SFI 5812 Espectroscopia de Alta Resolução em Sólidos por
Ressonância Magnética Nuclear
Programa:
Introdução: Tratamento clássico. Tratamento Quântico.
Efeitos de Transiente. Matriz densidade - Equações gerais.
Interações magnéticas de núcleos com elétrons. Relaxação
Spin-Spin. Relaxação Spin-rede. Motional Narrowing.
Experimentos. Teoria da medida, aplicações.
(1) Conceitos Básicos da RMN Pulsada. (2) Interações do
Núcleo Atômico e suas Manifestações no Espectro de RMN. (3)
Técnicas de Espectroscopia de Alta Resolução em Sólidos:
Dupla Ressonância (Desacoplamento e Polarização Cruzada) e
Rotação da Amostra em Torno do Angulo Mágico. (4)
Instrumentação Básica. (5) Exemplos de Aplicação da Técnica
em Alguns Materiais Sólidos. (6) Utilização do Espectrômetro
empregando-se Amostras Sólidas Padrão.
Especialidade II (Imagens e Espectroscopia "In Vivo" de
RMN)
SFI 5831 Métodos de Imagem por Ressonância Magnética
Programa:
Introdução a Teoria de Mri: Natureza da Imagem de Mri.
Propriedades dos Núcleos Atômicos. Magnetização do Voxel.
Excitação da Magnetização por Radiofreqüência. Medida da
Magnetização: O Fid. Os mecanismos de Relaxação. Ecos de
Spin. Codificação de Posição por Gradiente de Campo: Imagem
Unidimensional Codificação em mais de uma Dimensão. O
Espaço K. Amostragem Bidimensional do Sinal de NMR.
Excitação Seletiva: Seleção do Plano. Contraste Em Mri: Efeito
De T1 E T2. Princípios da Instrumentação. Imãs. Gradientes.
Bobinas e Sistemas de Radiofreqüência. Técnicas Especiais.
Multislice Multieco. Inversão Recuperação. Técnicas Rápidas.
Gradient Echo. Aquisição no Estado Estacionário: Ssfp, Fast,
Flash, Epi. Cinegrafia. Efeitos do Movimento. Gradientes
Compensados. Imagens de Fluxo. Difusão. Introdução a
Espectroscopia De RMN "In Vivo". Espectros de RMN.
Localização Espacial. Aplicações. Pulsos de excitação adiabáticos: offset independent adiabaticity (OIA), modulação de amplitude, frequência de fase de Rf e modulação de gradientes, aplicações.
Especialidade III ( Magneto Óptica)
SFI 5804 Teoria do Campo Ligante
Programa:
Teoria do espectro atômico. Elementos da teoria de grupos.
Campo Cristalino. Acoplamento spin orbita. Orbitais moleculares. Interações vibracionais.
Especialidade IV (Espectroscopia Óptica)
SFI 5714 Métodos Experimentais A
FFI0152 Laboratório Avançado de Física I
FCM0153 Laboratório Avançado de Física II
Programa:
1. Interação da Radiação com a matéria. 2. Fontes de
radiação. 2.1. Lâmpadas 2.2 lasers. 2.3. Geração de segundo
harmônico. 2.4. Efeito Raman. 2.5. Oscilação paramétrica. 3.
Detetores de radiação. 3.1 Detetores térmicos. 3.2 Fotodiodos.
3.3. Foto-multiplicadoras. 4. Eletrônica de deteção. 4.1.
Deteção sensível a fase. 4.2. Deteção síncrona por integração
de "gate". 4.3. Sistema de aquisição de dados microcomputadorizados. 5. Técnicas espectroscópicas convencionais. 5.1.
Absorção. 5.2 Fluorescência. 5.3. Excitação. 6. Técnicas espectroscópicas não convencionais. 6.1. Espectroscopia de dois
fótons. 6.2. Espectroscopia resolvida no tempo. 6.3.
Espectroscopia de saturação. 6.4. C.A.R.S.
1. Interferômetro de Michelson. 2. Interferômetro de FabryPerot. 3. Efeito Fotoelétrico. 4. Espectroscopia e Modelo de
Bohr. 5. Difração de Elétrons. 6. Experimento de Franck-Hertz.
7. Efeito Termoiônico. 8. Velocidade da Luz. 9. Determinação da
Carga do Elétron. 10. Relação e/m. 11. Radiação de Corpo
Negro. 12. Constante de Planck.
1. Experimentos Básicos de Microonda. 2. Efeito Faraday.
3. Efeito Kerr. 4. Efeito Zeeman. 5. Ressonância Magnética
Nuclear. 6. Ressonância Paramagnética Eletrônica. 7. Relação
e/k. 8. Raios-X, Caracterização e difração de Bragg. 9.
Luminescência. 10. Efeito Hall e condutividade elétrica. 11.
Efeito Fotoelástico. 12. Flutuação Estatística.
Especialidade V (Ótica Não Linear)
SFI 5799 Óptica Não-Linear
FFI0105 Física III
FFI0108 Física IV
Programa:
A susceptibilidade óptica não-linear - Introdução - A óptica
não-linear, Interações ópticas não lineares, Descrição formal e
propriedades da susceptibilidade óptica não-linear, Modelo do
oscilador não harmônico. Descrição dos processos não lineares
através da equação de ondas no meio não linear, Geração de
soma e diferença de freqüências, Amplificação
paramétrica,Geração de segundo harmônico, Casamento de
fase, Interações não lineares com feixes gaussianos .Descrição
quântica da susceptibilidade óptica não-linear: Cálculo quântico da susceptibilidade óptica não linear, Formalismo da matriz,
Densidade e sua solução por método perturbativo,Cálculo da
susceptibilidade
de
primeira,segunda
e
terceira
ordens,Correção de campo local. Óptica não linear na aproximação de dois níveis: Equação da matriz densidade para um
sistema de dois níveis e solução para o caso estacionário,
Equações de Bloch Ópticas, Osciladores de Rabi e estados atômico vestidos, mistura de ondas em sistemas de dois
níveis.Índice de refração dependente da intensidade:Descrição
do índice de refração dependente da intensidade, natureza tensorial da susceptibilidade de terceira ordem não linearidades
eletrônicas não ressonantes e devido a reorientação molecular,Conjugação de fase , Mistura de quatro ondas, Auto focalização e auto modulação da luz, Bi-estabilidade óptica,
Acoplamento de dois feixes, Propagação de pulsos e solitons
ópticos.
1. Cargas elétricas. 2. Campo elétrico. 3. Potencial elétrico.
4. Capacitância e dielétricos. 5. Corrente elétrica e lei de Ohm.
6. Campo magnético e a força de Lorentz. 7. Lei de Ampère. 8.
Lei de Faraday. 9. Magnetismo em meios materiais. 10.
Equações de Maxwell. 11. Circuitos elétricos.
1. Equações de Maxwell e ondas eletromagnéticas. 2.
Geração e detecção de ondas eletromagnéticas. 3. Ondas guiadas e ondas estacionárias. 4. Polarização. 5. Propagação, refração e reflexão da luz. 6. Interferência. 7. Difração. 8. Óptica
geométrica. 9. Instrumentos ópticos. 10. Método matricial.
Área de Conhecimento: Cristalografia
Especialidade I (Cristalografia de Proteínas)
SFI 5844 Introdução à Cristalografia Estrutural
SFI 5840 Cristalografia de Macromoléculas
SFI 5850 Radiação Síncrotron em Biologia Estrutural
Programa:
1. Difração de raios-X na aproximação cinemática. 2. Fator
de forma e fator de estrutura. 3. Introdução à simetria cristalina. a) grupos pontuais, b) grupos espaciais, c) representação de
grupos finitos. 4. Métodos tridimensionais de Fourier. 5.
Densidade eletrônica e função de Patterson. 6. Problemas das
fases.
1. Cristalização de proteínas. 2. Métodos fotográficos:
câmara de precessão. 3. Caracterização inicial de cristais através de um padrão de difração de raios-X de monocristais de
proteínas. 4. Coleta de dados de difração e indexação. 5.
Integração dos dados de difração. 6. Método da substituição
molecular. 7. Método da substituição isomorfa simples e múltipla. 8. Preparação de derivados isomorfos, determinação da
posição dos átomos pesados, dispersão anômala, cálculo e refinamento das fases. 9. Interpretação dos mapas de densidade
eletrônica. 10. Refinamento de estruturas macromoleculares.
11. Análise de modelos. 12. Espalhamento anômalo de múltiplos comprimentos de onda (MAD).
1. Introdução: a importância da radiação síncrotron em
cristalografia de macromoléculas. 2. Fontes e propriedades da
radiação síncrotron. 3. Instrumentação para radiação síncrotron
(espelhos, monocromadores, wigglers, detetores, etc.). 4.
Coleta de dados momocromática: aspectos teóricos, aspectos
práticos e processamento de dados. 5. Dispersão anômala, siras
(substituição isomórfica simples com dispersão anômala). 6.
MAD - dispersão anômala com múltiplos comprimentos de
onda. 7. Coleta de dados policromática: difração de Laue. 8. A
linha de cristalografia de proteínas no LNLS - um experimento
prático guiado.
Especialidade II (Cristalografia Física)
SFI 5844 Introdução à Cristalografia Estrutural
SFI 5846 Cristalografia de Moléculas Pequenas
SFI 5852 Simetria em Cristalografia
Programa:
1. Difração de raios-X na aproximação cinemática. 2. Fator
de forma e fator de estrutura. 3. Introdução à simetria cristalina. a) grupos pontuais, b) grupos espaciais, c) representação de
grupos finitos. 4. Métodos tridimensionais de Fourier. 5.
Densidade eletrônica e função de Patterson. 6. Problemas das
fases.
1. Função de Patterson e o método do átomo pesado. 2.
Teoria de "métodos diretos". 3. Refiamento e análises de estruturas. a) mínimos quadrados para sistema de equações nãolineares. b) método do gradiente conjugado. c) "Constraints" e
"Restraints". d) análises de variâncias. 4. Métodos difratométricos e câmaras de difração. 5. Fatores físicos e geométricos
que afetam a difração. Correção de absorção, polarização,
Lorentz, etc. 6. Algoritmos e programas de computação.
1. Conceitos básicos de conjunto, operação binária e
grupo. 2. Propriedades de grupos e grupos abelianos. 3.
Elementos de simetria em duas e três dimensões para objetos
finitos e infinitos. 4. Grupos pontuais. 5. Redes de bravais. 6.
Grupos especiais. 7. Regras de Belov. 8. Simetria do padrão de
difração, função de Petterson, etc. 9. Representação matricial e
transformação de cela.
Especialidade III (Biologia Estrutural)
SFI 5845 Modelagem Molecular de Proteínas
SFI 5841 Estrutura e Função de Proteínas
SFI 5848 Planejamento Racional de Fármacos e Vacinas
SFI 5842 Evolução de Proteínas
Programa:
1. Conceitos básicos de estrutura de proteínas. 2.
Similaridades e diferenças entre proteínas. 2. Similaridades e
diferenças entre proteínas homólogas. 3. Alinhamento de
seqüência. 4. Métodos de previsão de estrutura secundária. 5.
Métodos de modelagem por homologia. a) métodos manuais;
b) métodos semi-automáticos; c) métodos automáticos. 6.
Métodos de reconhecimento de enovelamentos - Threading. 7.
Trocas de domínios (Domanin Swapping). 8. Interação proteínaproteína, proteína-DNA e proteína-ligante. 9. Docking (atracamento) e planejamento de drogas. 10. Engenharia de proteínas.
1. Introdução a macromoléculas biológicas. 2.
Propriedades químicas dos aminoácidos. 3. Propriedades conformacionais de uma cadeia polipeptídica e suas cadeias laterais. 4. Hierarquia da estrutura de proteínas-Estrutura primária,
secundária, terciária, quartenária. 5. Voltas e loops. 6. Motivos,
padrões, estruturas super-secundárias e domínios. 7.
Enovelamentos. 8. Qualidade em estrutura protéica. 9.
Diagrama de ramachandran. 10. Simetria em estrutura oligomérica. 11. Exemplos: a) enzimas. b) interação proteína/DNA. c)
vírus. d) proteínas estruturais. e) proteínas de membrana etc.
1. Tipos básicos de ação de drogas (em alvos macromoleculares ou como macromoléculas). 2. Características responsáveis pela ação de drogas. 3. O ciclo de desenho de drogas. 4.
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Seleção de alvos e sua validação. 5. Interações moleculares:
interações não-covalentes. Ligações de hidrogênio, efeito
hidrofóbico, visão geral sobre coordenação de metais. Técnicas
de orbitais moleculares. 6. Desenho de ligantes: solvatação e
desovatação.docking de ligantes (programa DOCK).
Minimização de complexos com ligantes. Criação de novos
ligantes (ab initio, esqueletos). 7. Busca conformacional. 8. Uso
de GRID e técnicas similares.
1. Introdução aos conceitos de evolução das espécies, neutralismo e seleção natural. 2. Tipos de mutação. 3. Proteínas
homólogas, análogas, parólogas e ortológas, conceito de famílias e superfamílias. 4. Evolução ao nível de seqüência - alinhamento e construção de árvores filogenéticas e dendrogramas. 5.
Evolução ao nível da estrutura terciária - plasticidade da estrutura 3D. 6. Construção de filogenias a partir de estruturas. 7.
Duplicação gênica, fusão e recombinação. 8. Introns e exons "Exon Shuffling" e estrutura de proteínas. 9. Evolução divergente e convergente. 10. Alguns exemplos.
Especialidade IV (Biologia Molecular)
SFI 5839 Biomoléculas: Estrutura e Função
SFI 5825 Introdução às Técnicas do DNA recombinante e
Biologia Molecular
SFI 5843 Sistemas para Expressão de Proteínas
Heterólogas
SFI 5849 Purificação e Caracterização de Biomoléculas
Programa:
1. Célula e organelas: estrutura e função. 2. Propriedades
da água e interações não covalentes. 3. pH e sistemas tampões.
4. Lipídeos e membranas: principais classes; propriedades;
estrutura de membranas; lipídeos conjugados. 5. Carboidratos
e glicoconjugados mono, oligo e polissacarídeos: estrutura e
função glicoconjugados: funções. 6. Aminoácidos e proteínas,
propriedades dos aminoácidos, formação de cadeias polipeptídicas, enovelamento e funções das proteínas, proteínas oligoméricas, proteínas conjugadas, técnicas para isolamento e purificação. 7. Expressão e transmissão da informação gênica, ácidos nucléicos: estrutura química e composição, forças que estabilizam a estrutura do DNA, replicação, reparo e recombinação
do DNA, transcrição e tradução da informação gênica, manipulação dos genes.
Breve revisão da estrutura e propriedade dos ácidos nucléicos; fluxo de informação genética; replicação e reparo do DNA;
síntese e processamento do RNA; código genético; síntese protéica. Definições de enzimas de restrição e modificação; clonagem e vetores para clonagem. Reação em cadeia da polimerase (PCR); construção de sondas; bibliotecas genômicas e de
DNA; sequenciamento de DNA; aplicações da tecnologia do
DNA recombinante.
Expressão de proteínas heterólogas em procariontes. a)
vetores de expressão; b) subclonagem e verificação dos transformantes; c) estabelecimento de um protocolo para expressão;
d) expressão usando proteínas e peptídeos de fusão; e) técnicas
para identificação e quantificação dos níveis de expressão e
fatores que afetam a expressão; f) sistemas de expressão
comerciais mais utilizados. 2. Sistemas para expressão de proteínas heterólogas em eucariontes. a) vantagens x desvantagens do sistema eucarionte; b) pichia pastoris como sistema de
expressão: secreção ou expressão intracelular; c) transformação
de células vegetais: seu potencial uso como um sistema de
expressão; d) expressão em baculovírus; e) expressão transiente em células de mamíferos; f) expressão constitutiva em células de mamíferos.
1. A solubilidade das proteínas nos diferentes meios. 2.
Métodos de isolamento baseado na solubilidade das proteínas.
3. Cromatografias baseadas em tamanho molecular. 4.
Métodos de separação baseado na carga líquida da molécula.
5. Cromatografias baseada em propriedades hidrofóbicas. 6.
Cromatografias de afinidade. 7. Procedimentos de ultrafiltrações e dialofiltrações. 8. Cromatografias automatizadas em
baixa, média e alta pressões. 9. Caracterização e critérios de
homogeneidade de proteínas purificadas. 10. Análise do conteúdo em aminoácidos e seqüenciamento de proteínas.
Especialidade V (Química Medicinal)
SFI5866 - Química Medicinal: Fundamentos do
Planejamento de Fármacos
SFI5863 - Cinética Enzimática: Fundamentos e Aplicações
FFI0772 - Planejamento de Moléculas Bioativas
Programa:
Química Medicinal; Fundamentos em Química Orgânica;
Relações entre a Estrutura e Atividade: SAR; Estereoquímica de
Fármacos; Planejamento de Fármacos; Química Medicinal
Computacional; Relações Quantitativas entre a Estrutura e
Atividade: QSAR; QSAR 2D; QSAR 3D; Estudo de Propriedades
Farmacocinéticas: ADME/Tox; Triagens 2D e 3D de bases de
dados; Ensaio Virtual.
1. Planejamento de Fármacos através da Inibição
Enzimática: descoberta e desenvolvimento de fármacos; a
importância dos inibidores enzimáticos na terapêutica inibidores enzimáticos na pesquisa básica; forças envolvidas na formação de complexos enzima-inibidor; seleção de enzimaschave como alvos moleculares; validação de alvos moleculares:especificidade e seletividade; descoberta e otimização do
composto-protótipo. 2. Cinética Enzimática: enzimas; fundamentos da cinética enzimática; equação de Michaelis-Menten;
ensaios enzimáticos: padronização e validação de bioensaios;
inibição enzimática: determinação do tipo de inibição; mecanismo de reações; determinação experimental de constantes cinéticas; análise gráfica e estatística: tratamento de dados cinéticos. 3. Inibição Enzimática Reversível: tipos de inibidores reversíveis; mecanismo de inibição reversível; exemplos de fármacos
como inibidores enzimáticos reversíveis; SAR e planejamento
racional de inibidores reversíveis. 4. Inibição Enzimática
Irreversível: mecanismo de inibição irreversível; inibidores irreversíveis baseado no mecanismo: inativação de enzimas; uso
clínico de inibidores irreversíveis; exemplos de inibidores enzimáticos irreversíveis; SAR e planejamento racional de inibidores
enzimáticos irreversíveis; classificação de inibidores baseada na
estrutura/mecanismo.
1. Técnicas de planejamento molecular e a descoberta de
novas moléculas bioativas. 2. Identificação e otimização do
composto-protótipo. 3. Similaridade química, diversidade estrutural e atividade biológica. 4. Química medicinal computacional
e o planejamento de moléculas bioativas. 5. Relações
Quantitativas entre a Estrutura e Atividade (QSAR). 6.
Planejamento racional baseado na estrutura tridimensional do
receptor biológico. 7. Planejamento racional baseado na estrutura do ligante bioativo. 8. Fundamentos da cinética enzimática. 9. Planejamento racional de inibidores enzimáticos. 10.
Padronização e validação de bioensaios. 11. Determinação do
tipo de inibição. 12. Estudo do mecanismo de reações: determinação de valores de Ki e IC50. 13. Tratamento dos dados cinéticos: análise gráfica e estatística. 14. SAR e o planejamento
racional de inibidores enzimáticos reversíveis. 15. SAR e o planejamento racional de inibidores enzimáticos irreversíveis.
Área de Conhecimento: Biofísica Molecular e
Espectroscopia
Especialidade I (Estrutura de Macromoléculas)
SFI5825 - Introdução às Técnicas de DNA recombinante e
Biologia Molecular
SFI5839 - Biomoléculas: estrutura e função
Programa:
Breve revisão da estrutura e propriedade dos ácidos nucléicos; fluxo de informação genética; replicação e reparo do DNA;
síntese e processamento do RNA; código genético; síntese protéica. Definições de enzimas de restrição e modificação; clonagem e vetores para clonagem. Reação em cadeia da polimerase (PCR); construção de sondas; bibliotecas genômicas e de
DNA; seqüenciamento de DNA; aplicações da tecnologia do
DNA recombinante.
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