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bioinformática- - PacBio

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Sequenciador PacBio
(Pacific Biosciences)
Sequenciador PacBio
Sequenciador de terceira geração
Utiliza de sensores de luz com o menor volume de
detecção do mundo
 Zero-mode waveguide (ZMW)
Baseado na técnica de sequenciamento em tempo real
de molécula única (SMRT)
Demanda menos de um dia desde a preparação do
template até a obtenção dos dados de sequenciamento
SEQUENCIADOR PACBIO (PACIFIC BIOSCIENCES)
Histórico
PacBio lançado
PacBio lançado
em
versão
beta,
Criação
do
Lançado em 2013 a versão RS II, a qualcomercialmente
trouxe
método SMRT em
com
no ano de 2011
aperfeiçoamentos
na
performance
e comprimento
2009
comercialização
na versão RS
limitada
em 2010
de leitura
do sequenciador
Eid et al. (2009)
SEQUENCIADOR PACBIO (PACIFIC BIOSCIENCES)
Vantagens em relação aos
sequenciadores de segunda geração
Segunda geração
• Leituras curtas e abundantes (> 1 bilhão)
• Limitado na detecção de regiões genômicas complexas
Terceira geração
• Leituras longas permitindo superar estas limitações
• Não necessita de pausa entre os passos de leitura
SEQUENCIADOR PACBIO (PACIFIC BIOSCIENCES)
Preparação da biblioteca da amostra
SEQUENCIADOR PACBIO (PACIFIC BIOSCIENCES)
Sequenciamento por SMRT
Baseado em duas tecnologias de papel fundamental
Replicação do template
utilizando dNTP ligados a
fluoróforos ligados ao fosfato
terminal
Zero-mode waveguide
SEQUENCIADOR PACBIO (PACIFIC BIOSCIENCES)
Sequenciamento por SMRT
dsDNA
Template
DNA polimerase
SEQUENCIADOR PACBIO (PACIFIC BIOSCIENCES)
Zero-mode waveguide (ZMW)
 Nanoporo com 100 nm de profundidade e 70 nm de largura
Detém o menor volume de captação de luz existente [20 zeptolitros
( 20x10E-21 litros)]
DNA polimerase + template imobilizados ao fundo do orifício
SEQUENCIADOR PACBIO (PACIFIC BIOSCIENCES)
Zero-mode waveguide (ZMW)
Cada célula SMRT possui
150.000 ZMWs,
permitindo leitura
simultânea de milhares
de templates
Produtividade de 0,5 a 1
bilhão de bases por
célula SMRT
SEQUENCIADOR PACBIO (PACIFIC BIOSCIENCES)
Método de sequenciamento
SEQUENCIADOR PACBIO (PACIFIC BIOSCIENCES)
Método de sequenciamento
SEQUENCIADOR PACBIO (PACIFIC BIOSCIENCES)
Características do método
Tamanho das leituras: em média 10 – 16 kb
Quantidade de reads: ~ 55.000
Pacbio RSII (por célula
SMRT)
Tempo por rodada de sequenciamento: 0,5
a 6 horas
Taxa de erro: 13 a 15%
SEQUENCIADOR PACBIO (PACIFIC BIOSCIENCES)
Características do método
SEQUENCIADOR PACBIO (PACIFIC BIOSCIENCES)
Aplicações do sequenciador PacBio
Montagem
genômica de novo
Sequenciamento
de regiões
genômicas
problemáticas
Sequenciamento
de RNAs usando o
protocolo Iso-Seq
Caracterização de
SNPs
Estudos
epigenéticos
SEQUENCIADOR PACBIO (PACIFIC BIOSCIENCES)
PacBio e detecção de bases metiladas
SEQUENCIADOR PACBIO (PACIFIC BIOSCIENCES)
Sequenciador PacBio
(Pacific Biosciences)
Grupo: Andrei Félix Mendes
Matheus Soares da Silva
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