Gráficos Moleculares 7.51 Setembro 2001 RasMol e - mit

Gráficos Moleculares
7.51 Setembro 2001
RasMol e arquivos PDB.
O programa de gráficos mais simples em Athena é chamado RasMol. Para utilizar este programa, você
vai precisar copiar arquivos que contêm as coordenadas de uma molécula (chamados arquivos PDB)
para dentro do seu diretório. Alguns destes arquivos estão localizados no “locker” 7.51. No momento,
eles incluem:
BPTI.pdb
bDNA.pdb
1PAR.pdb
5rsa.pdb
256b.pdb
1mbn.pdb
4gcr.pdb
1rbp.pdb
1tim.pdb
4fxn.pdb
2cro.pdb
lake.pdb
lhgj.pdb
lhtm.pdb
loel.pdb
lrno.pdb
lrpg.pdb
2zta.pdb
4ake.pdb
6cha.pdb
trp_apo.pdb
trp_rep.pdb
trypsin_bpti.pdb
(inibidor da tripsina pancreática bovina)
(um modelo da foma B do DNA)
(repressor Arc ligado ao DNA operador)
(ribonuclease A)
(citocromo b 256)
(mioglobina de cachalote)
(gama cristalina)
(proteína ligante de retinol)
(triosefosfato isomerase)
(flavodoxina)
(phage 434 Cro repressor)
(adenilato quinase com inibidor)
(hemaglutinina do vírus influenza)
(ectodomínio da hemaglutinina do vírus influenza)
(groEL)
(ribonuclease A)
(ribonuclease A com inibidor)
(fecho de leucina)
(adenilato quinase)
(alfa-quimiotripsina com inibidor)
(repressor trp)
(repressor trp)
(complexo tripsina-BPTI)
Para copiar um ou mais arquivos, acesse Athena (por exemplo base de Bldg. 66) e depois do
“prompt” Athena (Athena %), digite:
add 7.51
Para listar os arquivos, digite:
ls /mit/7.51
Para copiar o arquivo bDNA.pdb para dentro do seu diretório, digite:
cp /mit/7.51/bDNA.pdb .
Observe que o ponto final no término da linha é importante. Significa copiar para o diretório presente.
Para copiar todos os arquivos pdb digite:
cp /mit/7.51/*.pdb .
Para iniciar o programa de gráficos RasMol, digite:
add rasmol
e então digite:
rasmol
Você deverá ver agora a janela do RasMol. Para carregar uma estrutura, use Open no menu File e
então digite o nome do arquivo pdb na janela de comando após o“prompt”:
RasMol >
Nome do arquivo PDB:
A estrutura deverá aparecer agora na janela de gráficos. Você pode rotacionar e mover a estrutura
utilizando o mouse. Para identificar umátomo, clique sobre ele e olhe na janela de comando.
Experimente com diferentes vistas, cores, etc., utilizando os menus Display, Color e Option. Existe
um bom tutorial feito por Andrew Coulson (Univ. Edinburgh, UK). Ele está localizado em um
arquivo de texto no locker 7.51 denominado rasmol.tutorial. Para ajuda on-line enquanto operando
RasMol, digite:
help commands
para listar os vários comandos (Backbone, Load, Select, etc.). Para obter informação sobre um
comando específico tal como “Select”, digite:
help select
Para maiores informações sobre RasMol e tópicos relacionados, visite a página do RasMol no endereço
http://www.umass.edu/microbiol/rasmol/. Se você quiser instalar a sua própria versão do RasMol em
um Mac, PC ou Unix, este site da Web tem toda a informação que você precisa.
OBTENDO SEUS PRÖPRIOS ARQUIVOS PDB.
As coordenadas para as mais conhecidas estruturas de raio-X e RMN (e algumas estruturas teóricas)
estão armazenadas no Banco de Dados Proteínas (http://www.rcsb.org/pdb/). Você pode obter
arquivos PDB a partir de PDB utilizando Netscape. Para acessar Netscape a partir de Athena, digite:
add infoagents
e então digite:
netscape &
Clique todos os botões necessários e digite o endereço http://www.pdb.bnl.gov. Quando a página PDB
entrar, digite palavras-chave na ferramenta de busca fornecida para encontrar estruturas de
interesse.
Utilize o EXPLORE e então o arquivo Download/Display para obter as coordenadas. Para alguns
oligômeros, o arquivo PDB terá apenas um conjunto das subunidades (o resto está relacionado por
simetria cristalográfica). Para obter um arquivo com todas as subunidades , utilize a opção Other
Sources no Structural Explorer e então clique sobre o código PDB sob o EBI MSD Macromolecule
File Server heading. Isto vai levar você a um banco de dados onde arquivos com a extensão .mmol
deverão ter as coordenadas para o oligômero nativo. ATENÇ
ÃO–algumas vezes não está claro se um
oligômero cristalográfico existe ou funciona em solução.