Análise de alterações em seqüências de DNA do papilomavírus

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51º Congresso Brasileiro de Genética
Resumos do 51º Congresso Brasileiro de Genética • 7 a 10 de setembro de 2005
Hotel Monte Real • Águas de Lindóia • São Paulo • Brasil
www.sbg.org.br - ISBN 85-89109-05-4
[email protected]
Palavras-chave: Alterações nucleotídicas, HPV, Polimorfismo
Belo, MLM; Filho, BFS
Centro Universitário de Ciências Biológicas e da Saúde, Centro de Estudos Superiores de Maceió-CESMAC/FEJAL, Alagoas.
Análise de alterações em seqüências
de DNA do papilomavírus humano
depositadas no GenBank utilizando
ferramentas da bioinformática
Os bancos de dados genéticos recebem constantemente inúmeras seqüências de DNA de organismos
distintos provenientes de vários grupos de pesquisas do Brasil e do mundo. O Papilomavírus Humano
(HPV), alvo de estudos epidemiológicos por sua associação com lesões pré-malignas e malignas, possui alta
variabilidade genética e apresenta um número elevado de seqüências dos vários tipos virais depositadas no
GenBank. A presente pesquisa objetivou identificar alterações existentes entre seqüências nucleotídicas
do mesmo tipo viral e as possíveis influências para a análise do polimorfismo do tamanho dos fragmentos
de restrição (RFLP). Foram selecionadas no GenBank, no período de novembro de 2004 a maio de 2005,
seqüências genômicas dos HPVs 39 (NC_001535, U45905), 51 (NC_001533, U45917), 62 (NC_006357,
U12499) e 64 (U12495, AJ812226), sendo analisada a região de aproximadamente 450 pares de bases do
gene L1 localizada com os oligonucleotídeos MY09 e MY11. De cada tipo de HPV foram selecionadas
duas seqüências e alinhadas entre si, utilizando os programas ClustalW e GeneRunner. Cada seqüência foi
submetida à digestão enzimática virtual com as endonucleases de restrição BamHI, DdeI, HaeIII, HinfI,
PstI, RsaI e MobI (Sau3AI), utilizando o programa pDraw32. Os dados obtidos a partir desta digestão
foram comparados com o descrito na literatura para os HPVs estudados, enquanto, as alterações observadas
nos alinhamentos foram comparadas com o resultado do RFLP obtido virtualmente. Pelo menos uma
das seqüências de cada tipo viral analisada apresentou alteração nucleotídica no segmento de DNA da
região L1, que produziu perda ou ganho de sítio de clivagem para uma das enzima utilizadas. Nas duas
seqüências do HPV 51 houve perda de um sítio de clivagem para a enzima MobI (Sau3AI) e na seqüência
NC_001533 foram observadas três bases nucleotídicas a menos, sem relação com a perda do sítio de
restrição. A HaeIII ganhou um sítio de clivagem na seqüência NC_001535 (HPV39). Para as seqüências
do HPV 62 foi observado ganho de sítio para a HaeIII na seqüência NC_006357, bem como para a HinfI
na seqüência U12499. Com relação ao HPV 64 foi observado que a PstI perdeu um sítio de clivagem
na seqüência U12495. De acordo com os dados da presente pesquisa, sejam essas alterações naturais ou
artificialmente produzidas durante a obtenção e sequenciamento de ácidos nucléicos, provavelmente
constituem limitações para a análise do RFLP “in vitro” ou “in silico”, respectivamente.
Apoio financeiro: FEJAL.
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