genomica

Seqüenciamento e
genômica
Descrição rápida de algumas
estratégias de seqüenciamento e
anotação.
Alguns genomas...

Haemophilus influenzae, Science
1995:
– “Whole genome random sequencing na
Assembly of Haemophilus influenzae
Rd.”

No Brasil, Xylella fastidiosa, Nature
2000
– The genome sequence of the plant
pathogen “Xylella fastidiosa.”

Genoma humano: Science e Nature,
fevereiro de 2001
Shotgun
Shotgun hierárquico
ESTs



Etiquetas de genes expressos –
Expressed sequence tags
Biblioteca de cDNA – mRNA
amplificados por uma transcriptase
reversa clonado em plasmídeos
Permite comparações entre tecidos ou
ciclos/fases da vida do organismo
(estudos de expressão)
ORESTES – ORF ESTs


PCR inespecífico
Dias-Neto (2000)
– PNAS 97(7):3491
Vetores...




YAC BAC –
Cosmídeos
Plasmídeos
Base calling
Base calling



PHRED – um dos programas mais
utilizados
PHRED quality = - 10 log (Pe)
Regiões de baixa qualidade
Base calling
Pe
PHRED Quality
0,1
10
0,01
20
0,001
30
O,0001
40
0,00001
50
0,000001
60
Mascaramento de vetores
e “trimming”



Mascaramento das seqüências de
baixa qualidade
“trimming” – remoção dos primers
Mascaramento das seqüências dos
vetores de clonagem
– Cross Match – compara a seqüência
obtida com um banco de dados de
seqüências a serem removidas
Agrupamento de
seqüências





PHRAP
CAP3
TIGR Assembler
Formação de contigs
GAPS!!!
Agrupamento de
seqüências - Gaps






Seqüências repetitivas:
AAATTAAA; AAAGGAAA; AAACCAAA
AAAGGAAACCAAATTAAA?
AAAGGAAATTAAACCAAA?
AAACCAAAGGAAATTAAA?
AAATTAAACCAAAGGAAA????
Agrupamento de
seqüências - Gaps

Segmentos do genoma não clonado
– Incompatibilidade com o vetor?
– Acaso?
– Genes letais?
Agrupamento de
seqüências - Visualização


PHRAP View
CONSED
Agrupamento de
seqüências - Visualização
Interface do
programa
Consed
Anotação

O que diz essa sopa de As,Ts,Gs,Cs???
Anotação

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




O que diz essa sopa de As,Ts,Gs,Cs???
Buscas por similaridade
Programas de previsão
ORFs
GENESCAN, GENOMESCAN
Sabiá, para anotação de bactérias, LNCC
Bancos de dados biológicos!!!
Depois do genoma???

OMAS:
– Genoma;
– Transcriptoma;
– Proteoma;




Estudos de expressão gênica:
ESTs, ORESTEs;
Microarrays;
SAGE; ...
Quantos genomas
(10/2004)?



1.628 de vírus
174 de bactérias e arqueobactérias
20 de eucariotos
Francisco Prosdocimi e Fabrício R. Santos. Sobre
bioinformática, genoma e ciência. Ciência Hoje,
35 (209):54-57. 2004.