aspectos moleculares da smd_ii_ilana
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ESTA PALESTRA NÃO PODERÁ SER REPRODUZIDA SEM A REFERÊNCIA DO AUTOR. SMD: Prevalência das Mutações do tipo Driver 13 genes 30 genes >10% >5% >3% 34% do total mutações em oncogenes Papaemmanuil E et al, Blood (2013) Mutações driver clonais e sub-clonais afetam igualmente o prognóstico RUNX1, TP53, ASXL1 associadas a prognóstico adverso em vários estudos Não importa a quantidade de mutação, mas a sua presença P= 0,001 mutado vs não-mutado P= 0,5 clonal vs subclonal P< 0,001 mutado vs não-mutado P= 0,8 clonal vs subclonal Papaemmanuil et al. Blood 2013, 122(22) 3616-2 * \ *Independe do status de TP53 Prognóstico em SMD associado a complexidade genética (111 genes candidatos) Evolução clínica se correlaciona com o número de mutações driver Papaemmanuil et al. Blood 2013, 122(22) 3616-2 Evolução ou Arquitetura clonal da LMA secundária a SMD • O percentual de células na medula com mutação não aumenta muito com a progressão de SMD - LMA, mas o perfil genético do clone dominante pode se modificar bastante; Clone 1 Clone2 Arquitetura subclonal : Ongoing Tumor Evolution Erradicação da doença Recaída Monitoramento da Terapia Técnicas genomicas atuais (NGS) permitem dissecar a arquitetura subclonal; Dados quantitativos do NGS são utilizados para estimar a fração alélica , ie, a fração de moléculas de DNA que “carrega” uma determinada mutação. A fração alélica é utilizada para estimar a proporção de células tumorais que carrega uma determinada mutação. Genética Molecular e Aplicação Clínica: Desafios Algoritmo Diagnóstico/ Prognóstico Teste para mutações somáticas Tothova Z et al Clin Cancer Res 2013 Genética Molecular e Aplicação Clínica: Desafios 1. Escolha da Técnica: Sequenciamento Direto Sanger Gene: ASXL-1 Mutação: exons 12 Gene: EZH2 Mutação: exons 2-20 Gene: TP53 Mutação: exons 3-9 ASXL1 Exon 12 PCR 1 PCR2 PCR3 PCR4 PCR5 PCR6 561pb 558pb 532 pb 674pb 533 pb 593 pb EZH2 Exons 2-20 Exon2 Exon3 Exon5 Exon6 Exon7 Exon8 Exon9 Exon10 Exon13 Exon15 Exon16 257pb 222pb 316pb 332pb 380 pb 348pb 346bp 360pb 389 pb 371 pb 239pb Exon17 Exon18 Exon19 Exon20 220 pb 217 pb 204pb 163 pb Fonte: COSMIC (http://cancer.sanger.ac.uk/) Genética Molecular e Aplicação Clínica: Desafios 2. Escolha da Técnica: Sequenciamento de Próxima Geração (NGS) AKT1 CBLB FLT3 KRAS PHF6 SUZ12 ASXL1 CEBPA HRAS MLL PTEN TET2 ATRX CUX1 IDH1 MPL PTPN11 TP53 BAP1 DNMT3A IDH2 NOTCH1 RUNX1 U2AF1 BCOR ETV6 JAK2 NPM1 SF3B1 UTX CBL EZH2 KIT NRAS SRSF2 WT1 ZRSR2 = 37 genes Tempo para sequenciamento: 2 semanas Sequenciamento de próxima geração (NGS) 2. Escolha da Técnica: Sequenciamento de Próxima Geração (NGS) AKT1 CBLB FLT3 KRAS PHF6 SUZ12 ASXL1 CEBPA HRAS MLL PTEN TET2 ATRX CUX1 IDH1 MPL PTPN11 TP53 BAP1 DNMT3A IDH2 NOTCH1 RUNX1 U2AF1 BCOR ETV6 JAK2 NPM1 SF3B1 UTX CBL EZH2 KIT NRAS SRSF2 WT1 ZRSR2 = 37 genes Epigenética Sequenciamento de próxima geração (NGS) 2. Escolha da Técnica: Sequenciamento de Próxima Geração (NGS) AKT1 CBLB FLT3 KRAS PHF6 SUZ12 ASXL1 CEBPA HRAS MLL PTEN TET2 ATRX CUX1 IDH1 MPL PTPN11 TP53 BAP1 DNMT3A IDH2 NOTCH1 RUNX1 U2AF1 BCOR ETV6 JAK2 NPM1 SF3B1 UTX CBL EZH2 KIT NRAS SRSF2 WT1 ZRSR2 = 37 genes Epigenética Vias de sinalização Sequenciamento de próxima geração (NGS) 2. Escolha da Técnica: Sequenciamento de Próxima Geração (NGS) AKT1 CBLB FLT3 KRAS PHF6 SUZ12 ASXL1 CEBPA HRAS MLL PTEN TET2 ATRX CUX1 IDH1 MPL PTPN11 TP53 BAP1 DNMT3A IDH2 NOTCH1 RUNX1 U2AF1 BCOR ETV6 JAK2 NPM1 SF3B1 UTX CBL EZH2 KIT NRAS SRSF2 WT1 ZRSR2 = 37 genes Epigenética Vias de sinalização Spliceosoma Sequenciamento de próxima geração (NGS) 2. Escolha da Técnica: Sequenciamento de Próxima Geração (NGS) AKT1 CBLB FLT3 KRAS PHF6 SUZ12 ASXL1 CEBPA HRAS MLL PTEN TET2 ATRX CUX1 IDH1 MPL PTPN11 TP53 BAP1 DNMT3A IDH2 NOTCH1 RUNX1 U2AF1 BCOR ETV6 JAK2 NPM1 SF3B1 UTX CBL EZH2 KIT NRAS SRSF2 WT1 ZRSR2 = 37 genes Epigenética Vias de sinalização Spliceosoma Fatores de transcrição Genética Molecular e Aplicação Clínica: Desafios • Mutações Somáticas não são binárias – Evolução sub-clonal: Significado de uma mutação no clone dominante pode ser diferente do que quando a mutação está em um sub- clone menor; – Mutações de prognóstico adverso, podem ocorrer em pequena quantidade e só serem detectadas por NGS; – Em contraste, mutações de bom prognóstico podem não conferir este valor se em baixa quantidade; – Resultados não poderão ser Mutado vs Não Mutado devem conter a frequência alélica da mutação; • Diferentes mutações em um mesmo gene podem atribuir prognóstico distinto – Tipo de mutação: missense, nonsensse, frameshift, splice site; – Um ou mais alelos deletados ex TP53, ex FLT3 • • Co-ocorrência de mutações Variantes de Significado incerto Recomendações da LeukemiaNet 2013 Recomendações da LeukemiaNet 2013 Recomendações da LeukemiaNet 2013 Muito obrigada! Translação do conhecimento genômico para a clínica Expressão aumentada ou mutação em TP53 altera valor prognóstico bom dos casos 5q5q- Expressão nuclear de P53 por IHC é fator preditivo precoce para transformação em LMA C257F (G>T) SMD é uma doença heterogênea Sub Tipos de SMD Tipo CRDU ARSA CRDM AREB-1 AREB-2 Del 5q Nome Citopenia Refratária com Displasia em Unilinhagem Anemia Refratária com Sideroblasto em Anel Citopenia Refratária com Displasia em Multilinhagem Anemia Refratária com Excesso de Blastos-1 Anemia Refratária com Excesso de Blastos-2 SMD com deleção isolada do 5q IPPS R Prognostic Score Rafael Bejar ASH (2013); Schanz J, Jornal of Clinical Oncology (2012); Davidis MS et al, Cancer Biology & Therapy (2010). Alterações Citogenéticas Davidis MS et al, Cancer Biology & Therapy (2010).
