Sequenciamento do Exoma

Sequenciamento do Exoma
Teste global para
a identificação
de mudanças no
DNA causadoras
de doenças de
origem genética
Sequenciamento do Exoma
O sequenciamento do exoma permite identificar as
causas genéticas de doenças ou deficiências em um
indivíduo. Os genes contêm a informação herdada dos
pais e estima-se que existam cerca de 20 mil genes
nas células do nosso organismo. A combinação de
todos os genes de um indivíduo é conhecida como
genoma. Os éxons constituem as regiões dos genes
que contêm a informação necessária para produzir
as proteínas, elementos fundamentais para que os
organismos vivos se desenvolvam normalmente. A
palavra “exoma” faz referência ao conjunto de todos
os éxons do genoma.
Single Nucleotide Variant), bem como de mudanças
de sequência originadas por pequenas inserções ou
deleções (conhecidas como indels na terminologia
genética).
Enquanto
os
métodos
convencionais
de
sequenciamento, como o método de Sanger, examinam
sequências únicas, as técnicas de sequenciamento
de nova geração (NGS) permitem examinar milhões
de reações de sequenciamento por análise. Isto se
traduz em um rendimento diagnóstico superior quando
há múltiplos genes candidatos em estudo.
Estima-se que nas regiões dos éxons ocorrem 85%
das alterações responsáveis pelas doenças de base
genética. Por isso, o estudo desta porção do genoma é
hoje o método mais eficiente para estudar o DNA de um
paciente e examinar exaustiva e simultaneamente as
possíveis mutações genéticas causadoras da doença
ou deficiência de um indivíduo, permitindo estabelecer
um diagnóstico rápido e preciso.
NIMGenetics é a primeira empresa
espanhola certificada pela Life
Technologies Corporation para
sequenciar exomas
DESCRIÇÃO TÉCNICA
INDICAÇOES
O teste de sequenciamento do exoma realiza-se a partir
do DNA extraído e purificado da amostra de tecido
enviada, utilizando a tecnologia AmpliSeq® da Life
Technologies na plataforma Ion Proton®. Essa tecnologia,
diferentemente de outros sistemas de sequenciamento,
baseia-se na medição das flutuações do pH produzidas
durante a incorporação de cada nucleotídeo no processo
de síntese do DNA.
O sequenciamento do exoma supõe um avanço importante
no âmbito clínico, já que permite um teste global, que
facilita o trabalho no estudo daquelas patologias nas
quais um grande número de genes está envolvido.
A tecnologia Ion Proton®oferece, a partir de quantidades
muito reduzidas de amostra (50-100 ng de DNA), um
rendimento ótimo e de grande qualidade (precisão de
99,5%). A leitura da sequência nucleotídeo a nucleotídeo
é realizada em uma velocidade e uniformidade
extraordinárias.
O programa de qualidade pelo qual a NIMGenetics
recebeu sua Certificação como Fornecedor de Serviços
para o sequenciamento do exoma utiliza estas vantagens
para eliminar a necessidade de acumular amostras e
proporciona uma resposta rápida e acessível para sua
aplicação clínica.
O sequenciamento do exoma realizado na NIMGenetics
torna possível a identificação de variantes de um
único nucleotídeo (SNV, das suas siglas em inglês
O sequenciamento do exoma é uma ferramenta muito
poderosa para descobrir as mutações que originam,
entre outros, transtornos do desenvolvimento, doenças
neurológicas, distúrbios metabólicos congênitos,
cegueiras hereditárias, alterações na hematopoese, ou
síndromes familiares pouco frequentes de predisposição
ao câncer.
Nos estudos direcionados para a identificação de uma
mutação nova causadora de uma doença desconhecida
recomenda-se o sequenciamento do paciente e de seus
pais (estudo de trios). Esses estudos requerem um
sistema de sequenciamento e de análise específica já
disponível na NIMGenetics.
INTERPRETAÇÃO CLÍNICA
Nesta prova são analisados em paralelo os éxons de
mais de 97% das regiões codificadoras e comparados
com os de pessoas sadias com o objetivo de identificar
variações no DNA relacionadas à condição clínica do
indivíduo estudado. Desta forma, busca-se identificar
mudanças no DNA (estas também são conhecidas
como mutações) associadas com a condição clínica
do paciente.
Neste exame também são identificadas aquelas
variações na sequência do DNA cujo significado
clínico não é evidente (conhecidas como variantes
de significado incerto) e não são identificadas
como variações presentes em populações sadias
(variantes polimórficas). Nestes casos são realizados
estudos preditivos de bioinformática para conhecer
as possíveis consequências ao nível das proteínas
ocasionadas pelas variantes de significado incerto.
RESULTADOS E TIPOS DE
AMOSTRA
Os resultados estarão disponíveis em 60 dias úteis
após a confirmação da qualidade do DNA.
Sangue periférico:
3-5 ml em tubo de EDTA. Enviar a temperatura ambiente,
no prazo máximo de 48 horas da obtenção da amostra.
Amostra de DNA:
500 ng de DNA a uma concentração superior a 10 ng/
μl, dissolvido em água, buffer Low TE (0.1 mM EDTA,
10 mM TRIS-HCl, pH 8.0) ou 10 mM TRIS-HCl (pH 8.0).
Os resultados do exame do sequenciamento do
exoma e sua interpretação clínica permitem, junto
com a informação médica disponível no momento do
exame, determinar se as mutações identificadas são
a causa mais provável da doença do paciente.
Não serão informadas as mutações patogênicas
relacionadas a uma doença genética que poderia ou
não ser desenvolvida no futuro e da qual atualmente o
indivíduo estudado não apresenta sintomas evidentes
(por exemplo, o risco de câncer ou de doença de
Alzheimer). Essa informação deverá ser solicitada
especificamente pelo médico prescritor.
NIMGenetics é um centro de referência,
especializado no desenvolvimento e
aplicação de sistemas genômicos de alta
resolução para o diagnóstico clínico.
A tecnologia Ion Proton® permite
transformar a informação
genética em dados digitais a uma
velocidade e uniformidade não
disponíveis até este momento
NIMGenetics é o primeiro laboratório
espanhol que conta com a Certificação
como Fornecedor de Serviços outorgada
pela Life Technologies Corporation para o
Sequenciamento de exomas mediante a
tecnologia Ion Proton®.
BIBLIOGRAFIA
O programa de qualidade pelo qual a
NIMGenetics recebeu esta certificação
assegura uma cobertura homogênea dos
> 198.000 éxons incluídos neste teste
genético. Isso permite um diagnóstico
preciso, rápido e econômico.
Boland JF, et al. The new sequencer on the block:
comparison of Life Technology’s Proton sequencer to an
Illumina HiSeq for whole-exome sequencing. Hum Genet.
2013 Oct;132(10):1153-63.
MADRID
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