Biologia Computacional

Biologia Computacional
Algoritmos, estruturas de dados e métodos para
resolver problemas envolvendo DNA, RNA e
proteínas!
DNA
DNA
Formado por uma fita dupla de
nucleodídeos.
Bases: Adenosina(A)-Timina/Uracila(T/U),
Citosina(C) – Guanina(G).
Código Genético : informação para a vida!
Genes: trechos de DNA que codificam
proteínas.
Códons: triplas de nucleotídeos que
codificam um aminoácido;
Genoma: milhares/milhões de bases
Organismos Procariotos: bactérias e
algas azuis: Genoma Circular.
Organismos Eucariotos: todos os outros
– exceto os vírus: Genoma formado por
um conjunto de cromossomos.


Número de cromossomos: depende da
espécie!
Ser humano 23 pares de cromossomos!
Código Genético: Genoma
Proteínas
Macromoléculas de aminoácidos: formam
organelas celulares, orgãos, tecidos,
enzimas.
Tabela de Codons/Aminoácidos
Computação
Colaborar com a biologia molecular para a solução de problemas
Sequenciamento e montagem de genomas
Armazenamento e acesso a bases de bio-sequências
Comparação e análise das bio-sequências
AAAAAAAACTCTCTAAAACCCCTTTTCACATATAGCATATGCAA
AAAGGGGCTCTCTAAAACCCCTTTTCACAATATGCATATGCAA
Sequenciamento e Montagem
ACTGGACTCCCTAGTCAAAAAAAAAATG
TTTTTTTTTTTTACTGGGGGTACTGGACT
5’
3’
Comparação de Sequências
Encontrar o emparelhamento que maximiza a similaridade de duas sequências
Algoritmo de Programação Dinâmica
Algoritmo de Similaridade
Algoritmo de alinhamento
Palíndromos e Enzimas de
restrição
Outros problemas
Identificação de genes.
Identificação de regiões codificadoras em genes.
Identificação de ‘Splicing’ alternativo.
Análise da quantidade de informação em sequências homólogas.
Comparação de múltiplas sequências.
Identificação de ‘hairpins’
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