Surfaceoma: Detecção de mutações em genes humanos

56º Congresso Brasileiro de Genética
Resumos do 56º Congresso Brasileiro de Genética • 14 a 17 de setembro de 2010
Casa Grande Hotel Resort • Guarujá • SP • Brasil
www.sbg.org.br - ISBN 978-85-89109-06-2
421
Surfaceoma: Detecção de mutações em genes
humanos codificantes para proteínas transmembrana
na superfície celular
Quevedo, BS1; Habr-Gama, A3,4; Felicio, NM1,3; Parmigiani, RB1; Camargo, AA1; Salim, ACM1; Perez, RO3,5;
Gama-Rodrigues, JJ3,4; Cunha, J2; Galante, P2; Souza, SJ2
¹Laboratório de Biologia Molecular e Genômica – Instituto Ludwig de Pesquisa sobre o Câncer
²Biologia Computacional – Instituto Ludwig de Pesquisa sobre o Câncer
³Hospital Alemão Oswaldo Cruz
4
Instituto Angelita & Joaquim Gama
5
Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo
[email protected]
Palavras-chave: câncer coloretal, bioinformática, genética, sequenciamento, metástase.
Proteínas da superfície celular são excelentes alvos para intervenções terapêuticas e diagnósticas. No câncer, tanto a
superexpressão quanto a mutação de proteínas constituem alvos potenciais e, portanto, diferentes abordagens tem
sido aplicadas a fim de encontrar novos candidatos. Neste trabalho foi feito o uso de ferramentas de bioinformática
para selecionar genes humanos conhecidos codificantes para proteínas de superfície celular, de maneira a gerar
um catálogo com mais de 3700 genes , chamado de Human Surfaceome. Este catálogo foi utilizado para buscar por
mutações em amostras de tumor coloretal metastático e não metastático. Com o objetivo de concentrar esforços
no sequenciamento neste catálogo de 3700 genes, obteve-se as coordenadas genômicas dos exons codificantes
destes genes e foi desenhado arrays customizados de captura para enriquecimento das bibliotecas. O total de
sequências incluídas no array foi de 9,2Mb (4,1Mb cada). O DNA genômico de onze amostras pareadas, sendo:
1 pool de tecido normal; 4 tumores não metastáticos; 4 tumores metastáticos; e 2 metástases, foi capturado e
utilizado para a construção das bibliotecas de fragmentos submetidas à plataforma 454 de sequenciamento em
larga escala. As sequências geradas foram analisadas por bioinformática para detecção de mutações. Do total
de 902 mutações identificadas, 24 foram selecionadas para validação através de amplificação da região mutada
seguida de sequenciamento pelo método de Sanger utilizando a plataforma ABI3130xl, sendo que 6 foram validadas.
Apoio financeiro: Instituto Ludwig de Pesquisa sobre o Câncer, Hospital Alemão Oswaldo Cruz, Instituto Angelita
& Joaquim Gama