CRIAÇÃO DE UM GENOME BROWSER PARA - pibic

CRIAÇÃO DE UM GENOME BROWSER PARA Corynebacterium pseudotuberculosis E
INTEGRAÇÃO DAS INFORMAÇÕES DE ONTOLOGIA DE GENES
Tassia Alana Alves Ferreira (Bolsista PIBIC/FAPESPA) - [email protected]
Curso de Bacharelado em Biotecnologia, Faculdade de Biotecnologia, Instituto de Ciências
Biológicas.
Prof. Dr. Rommel Thiago Jucá RAMOS - [email protected]
Faculdade de Biotecnologia, Instituto de Ciências Biológicas.
As plataformas de nova geração são métodos de sequenciamento de organismos capazes de gerar
milhões de pares de bases, com elevada acurácia e cobertura, resultando em uma grande quantidade
de dados genômicos. Exemplo de plataformas: Illumina e Ion PGM. Aplicações dos dados gerados
através do sequenciamento são diversas, como identificação e caracterização da diversidade
genômica em populações bacterianas ou virais. Nesse contexto, a bioinformática é uma parte central
na interpretação destes dados. Com o progresso nessa área, foram desenvolvidos: bancos de dados
para gerenciar informações genômicas como novas técnicas de sequenciamento e programas de
bioinformática. A análise destes dados são importantes para a compreensão dos mecanismos de
sobrevivência e disseminação de organismo, principalmente os patogênicos, como a bactéria
Corynebacterium pseudotuberculosis que possui grande potencial infeccioso e provoca a doença
linfadenite caseosa em ovinos e caprinos e a linfangite ulcerativa em equis, bubalinos e bovinos,
consequentemente acarreta perdas econômicas por comprometer a produção de pele, peso, leite e
carne destes animais. Além disso, já foi relatado como o agente causador de infecção em seres
humanos. Foram utilizados os genomas de 15 linhagens de C. pseudotuberculosis depositados no
NCBI, sendo: 31, 258, 316, PAT10, I19, FRC41, 162, C231, 42/42-A, 267, 1002, 1/06-A, 3/99-5,
162 e P54B96, foi obtido o arquivo FASTA contendo as sequências de aminoácidos referentes às
coding sequence, com intuito utilizar como referência e entrada no InterProscan 5. O JBrowse foi
escolhido por apresentar melhor perfomance para processar grande quantidade de dados produzidos
ou após a predição de genes, repetições e outros elementos do genoma. Todos os arquivos gerados
pelo InterProScan 5 foram integrados com sucesso no JBrowse, e foram visualizados através do
Browser, mostrando as tracks associadas ao genoma analisado, pode-se visualizar features de cada
banco de dados para uma mesma CDS.
Palavras-chave: Linfangite ulcerativa, Jbrowse, NGS, Bioinformática.
Título do Projeto de Pesquisa: ANÁLISE DA GENÔMICA FUNCIONAL DE
CORYNEBACTERIUM PSEUDOTUBERCULOSIS BIOTIPOS OVIS E EQUI SOB
DIFERENTES CONDIÇÕES DE ESTRESSE BIOLOGICAMENTE RELEVANTES.
Classificação do trabalho na Tabela de Áreas do Conhecimento no CNPq.
Grande-área: Ciências Biológicas
Área: Biologia Geral
Subárea: Genética molecular e de Microrganismos