Bioinformática

UNIVERSIDADE ESTADUAL DE SANTA CRUZ
PRÓ-REITORIA DE PESQUISA E PÓS-GRADUAÇÃO
DEPARTAMENTO DE CIÊNCIAS BIOLÓGICAS
PROGRAMA DE PÓS-GRADUAÇÃO EM GENÉTICA E BIOLOGIA MOLECULAR
PROGRAMA DE DISCIPLINA
CÓDIGO:
DISCIPLINA:
PRÉREQUISITOS:
CARGA
HORÁRIA
CRÉDITO:
PROFESSOR (A):
EMENTA:
CET 010
Bioinformática
Genética Molecular
TEÓRICA:
TEÓRICA:
30
PRÁTICA:
PRÁTICA:
30
TOTAL:
60 horas
TOTAL:
4T
Conceitos básicos, Funções e objetivos da bionformática. Fundamentos de informática:
arquitetura de computadores e redes, sistemas operacionais, programação de computadores,
bancos de dados. Bancos de dados biológicos, serviços on-line. Genômica, Alinhamento de
seqüências, Anotação. Transcriptômica, Proteômica. Filogenia molecular. Softwares e
serviços na WEB.
1) Discutir os fundamentos da Bioinformática, partes integrantes, premissas e préOBJETIVOS:
requisitos.
2) Buscar o entendimento de noções básicas sobre sistemas computacionais,
arquitetura de computadores e sistemas operacionais, bancos de dados,
programação, bancos de dados e redes de computadores.
3) Buscar o entendimento das diversas funções, dos procedimentos e dos métodos
aplicados em Bioinformática para a análise de genes e proteínas e estudos
filogenéticos.
4) Abordar a solução de problemas usuais da disciplina utilizando os
procedimentos e métodos da profissão.
Fornecer subsídios para a disciplina Tópicos Especiais de Bioinformática.
METODOLOGIA: Serão aplicadas estratégias didáticas diferenciadas, entre elas: aulas expositivas
interativas, recursos de multimídia e internet, leitura orientada e discussão de artigos
científicos sobre os assuntos ministrados em aula teórica, trabalho prático em
equipes e seminários.
Será realizada através de parâmetros qualitativos, medidos pelo grau de participação
AVALIAÇÃO:
do aluno nas discussões e trabalhos práticos, pelo grau de questionamentos
apresentados sobre os temas discutidos e através de parâmetros quantitativos,
medidos através da correção de questões escritas sobre os conteúdos e avaliações
das apresentações orais em seminários.
1. Introdução à Bioinformática. (4h)
CONTEÚDO
 Premissas para o surgimento da bioinformática.
PROGRAMÁTICO:
 Conceitos básicos.
 Subáreas e disciplinas complementares.
 Funções e objetivos da bionformática.
 Principais instituições, publicações e eventos científicos na área.
2. Fundamentos de informática. (16h)
 Arquitetura de computadores e redes: LAN, WAN (2h)
 Sistemas operacionais: Linux. (2h)
 Programação de computadores: PERL. (8h)
 Bancos de dados: mysql. (4h)
UNIVERSIDADE ESTADUAL DE SANTA CRUZ
PRÓ-REITORIA DE PESQUISA E PÓS-GRADUAÇÃO
DEPARTAMENTO DE CIÊNCIAS BIOLÓGICAS
PROGRAMA DE PÓS-GRADUAÇÃO EM GENÉTICA E BIOLOGIA MOLECULAR
3. Bancos de Dados Biológicos (4h)
 Classificação.
 Submissão e recuperação de informações.
 Serviços on-line.
4. Genômica (14h)
 SHOTGUN (2h)
 Montagem e finalização do genoma: reads, contigs, gaps (4h)
 Alinhamento de seqüências (4h)
 Anotação do genoma. Reconstrução das vias metabólicas. (4h)
5. Transcriptômica (8h)
 Microarrays (2h)
 ESTs (2h)
 SAGE (2h)
 ORESTES (2h)
6. Proteômica (6h)
 Estruturas primária, secundária e terciária de proteínas (4h)
 Modelagem de proteínas (2h)
7. Filogenia molecular (8h)
 Elementos básicos dos modelos filogenéticos. Parálogos e ortólogos. (2h)
 Análise filogenética: Construção do modelo de dados, extração de conjunto de
dados filogenéticos, determinação do modelo de substituição, construção da árvore,
avaliação da árvore. (4h)
Softwares e serviços WEB para análise filogenética. (2h)
REFERÊNCIA
BIBLIOGRÁFICA:
Bibliografia Básica:
Alberts, B.; D. Bray; J. Lewis; M. Raff; K. Roberts and J. D. Watson. Molecular Biology
of the Cell. Garland London. 1994. 1146 p.
Zaha, A. Biologia Molecular Básica. Mercado aberto: Porto Alegre. 1996. 336p.
Bioinformatics: A Practical Guide to the Analysis of Genes and Proteins. Baxevanis.
A.D e Ouellette B.F.F. editores, Wiley Inter-science, 2nd edition, 2001, 470p.
Bionformatics Skills .....
Bibliografia Complementar:
 Serão indicados diversos sites da internet, bem como artigos científicos recentes, da
área de bioinformática, sobre os temas discutidos em cada aula, tais como: