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Rede de Biodiversidade e Biotecnologia da Amazônia Legal
Programa de Pós-Graduação da Bionorte
UNIVERSIDADE FEDERAL DE RONDÔNIA
PGBIOEXP
BIOINFORMÁTICA
Prof. Fernando Berton Zanchi, DSc.
[email protected]
ATIVIDADES
1) Quantos artigos foram publicados no PUBMED no mês de outubro que tenham como assunto
plasmodium falciparum.
2) Encontre no Genbank a sequência de nucleotídeos da proteína do envelope (proteína E) do vírus
da dengue 1 e 2. Copie no formato FASTA a seqüencia de nucleotídeos em um arquivo “TXT”.
3) Encontre no Genbank a sequência de aminoácidos das proteínas do envelope (proteína E) do vírus
da dengue 1 e 2. Copie no formato FASTA a seqüencia de aminoácidos em um arquivo “TXT”.
4) Qual o tamanho da seqüencia de nucleotídeos e de aminoácidos das seqüencias anteriores ?
5) Usando a sequência do exercício 1, desenhe dois pares de primers para clonar os dois genes.
6) Encontre 3 seqüências não redundantes que sejam similares a seqüência de aminoácidos da
proteína do envelope da dengue 1 do exercício 3 (copie todas as 3 sequências no formato FASTA
para arquivo “TXT”).
7) Faça um alinhamento múltiplo das 4 sequências da proteína do envelope da dengue 1 (seqüência
do exercício 3 + seqüências do exercício 6. Responda: a) Qual a homologia encontrada ? b)
Aponte (se ocorrer) duas posições do alinhamento com divergências.
8) Discuta por quê ocorrem divergências entre seqüências de mesmo sorotipo.
9) Uma região da proteína conservada significa que a sequência de nucleotídeo também seja
totalmente conservada ?