Slide 1 - Unicamp

Prof. Dr. Jesus Aparecido Ferro
GENÔMICA EM LARGA ESCALA NO BRASIL: INICIOU-SE
EM MAIO DE 1977 POR INICIATIVA DA FAPESP
DECIFRAR O GENOMA DA
BACTÉRIA Xylella fastidiosa,
CAUSADORA DA DOENÇA DO
AMARELINHO EM LARANJA
• GENOMA DE 2.700.000 PARES DE BASES
• 32 GRUPOS DE SEQÜENCIAMENTO
• 01 GRUPO DE BIOINFORMÁTICA-UNICAMP
• PARTICIPAÇÃO DO SETOR PRODUTIVO FUNDECITRUS
NOVEMBRO/99: SEQÜENCIAMENTO, DESCOBERTA E DESCRIÇÃO
DOS GENES FORAM CONCLUÍDOS
JULHO/2000: TRABALHO
CIENTÍFICO FOI PUBLICADO
NA REVISTA NATURE
PRIMEIRO ORGANISMO QUE
CAUSA DOENÇA EM PLANTA
A TER SEU GENOMA
SEQÜENCIADO
PROBLEMA NACIONAL
BENEFÍCIOS DO PROJETO:
• FORMAÇÃO DE RECURSOS HUMANOS EM BIOLOGIA
MOLECULAR ESPALHADOS POR TODO O ESTADO DE SÃO
PAULO (MAIS DE 200 PESQUISADORES ENVOLVIDOS)
• FORMAÇÃO DE RECURSOS HUMANOS EM BIOINFORMÁTICA
• CAPACIDADE DE DECIFRAR OUTROS GENOMAS DE
INTERESSE DO PAÍS
• INTRODUZIR AS TÉCNICAS DE BIOLOGIA MOLECULAR NOS
PROJETOS EM DESENVOLVIMENTO
• INICIAR ESTUDOS DE ANÁLISE FUNCIONAL DE GENOMAS
• INSPIRAÇÃO PARA O PROGRAMA NACIONAL DO MCT/CNPq
Outros Projetos Genoma FAPESP
Genoma
Funcional da
Xylella
Genoma
da Cana
de Açucar
Genoma da
Xanthomonas
citri – cancro
cítrico
Genoma
Humano do
Câncer
Genoma do
Schistosoma
mansoni
Genomas Agronômicos e
Ambientais (AEG)
• Xylella fastidiosa QUE CAUSA DOENÇA EM VIDEIRA (FAPESP+USDA)
• GENOMA EXPRESSO DO CAFÉ (CONSÓRCIO FAPESP+EMBRAPA)
• GENOMA EXPRESSO DO EUCALIPTO (PROGRAMA PARCERIA PARA
INOVAÇÃO TECNOLÓGICA COM EMPRESAS DE CELULOSE E PAPEL)
• GENOMA DA BACTÉRIA Leifsonia xyli, QUE ATACA CANA-DEACUÇAR
• GENOMA EXPRESSO DO BOI (PROGRAMA PARCERIA PARA
INOVAÇÃO TECNOLÓGICA)
An Agricultural Business Iniciative
• Alellyx é uma spin-off dos Projetos Genoma da
FAPESP
• Investimento de Capital de Risco da Votorantim
Ventures Capital – Grupo Votorantim
US$ 11 mihões
• Foco Inicial: Laranja; Cana-de-Açucar; Eucalipto;
Uva e Soja
USP
VVENTURES
Ana Claúdia Rasera
USP
Jesus A. Ferro
UNESP
João Paulo Kitajima
UNICAMP
Paulo Arruda
UNICAMP
www.alellyx.com.br
A Alellyx é uma empresa de biotecnologia focada em
Genômica Aplicada para a Agricultura. Foi criada em
março de 2002 por Cientistas Moleculares e Bioinformatas
que tiveram participação destacada nos Projetos Genoma
FAPESP.
O seqüenciamento genômico é apenas o primeiro
passo no desenvolvimento da moderna biotecnologia.
O objetivo da Alellyx é levar adiante este
desenvolvimento, criando e usando uma ampla
plataforma de genômica aplicada para aumentar a
produtividade, a qualidade e a competitividade de
culturas comerciais importantes. O foco inicial tem sido
laranja, cana-de-açucar e eucalipto
www.alellyx.com.br
Pessoas na Alellyx
08 Adm.
12 PhD.
32 Mestrado/Graduação
03 Nível Técnico
34 pessoas em Feb, 2003
55 pessoas em Out, 2003
www.alellyx.com.br
Alellyx utiliza modificações genéticas e marcadores moleculares
para produzir novas plantas
MODIFICAÇÃO GENÉTICA
SEQÜENCIAMENTO
BIOINFORMÁTICA
TECNOLOGIA DE DNA
CRUZAMENTO
MARCADORES MOLECULARES
GENES
CANDIDATOS
IDENTIFICAÇÃO
DE SNPs
CONSTRUÇÃO
DE VETORES
CRUZAMENTO
ASSISTIDO
TRANSFORMAÇÃO
DE PLANTAS
AVALIAÇÃO
FENOTÍPICA
PLANTA MODIFICADA
• Projeto de co-desenvolvimento com a Citrovita
A Citrovita é o terceiro maior exportador de
suco do Brasil
Projeto de $ 8 milhões por um período de 5
anos
• Projeto de co-desenvolvimento com a VCP
A VCP é uma indústria importante no negócio
de Celulose e Papel no Brasil
Projeto de $ 12 milhões por um período de 4
anos
UNIVERSIDADE X EMPRESA
• UNIVERSIDADE:
Pesquisa  Gera Conhecimento  Riqueza Intelectual
 Pode Gerar Patentes  Potencial de Riqueza Econômica
• EMPRESA:
Pesquisa e Desenvolvimento  Gera Conhecimento
 Gera Patentes
Licenciamentos:
Outras Empresas
e/ou Universidades
PRODUTO
Riqueza Econômica
UNIVERSIDADE PODE GERAR PRODUTO?
• Não é função da Universidade.
• Função da Universidade é avançar o conhecimento e formar
recursos humanos.
• Universidade não está estruturada para isso.
• Empresa:
- Função é transformar conhecimento (gerado
internamente ou adquirido) em produto ou
nova tecnologia (serviço).
O QUE É PRECISO PARA GERAR PRODUTO BIOTECNOLÓGICO?
(COMO TRABALHA UMA EMPRESA)
• IDENTIFICAR UM PROBLEMA RELEVANTE
• RECURSOS FINANCEIROS
• RECURSOS HUMANOS ADEQUADOS
• FOCO NA PESQUISA
• COMPROMISSO ENTRE PLANEJAMENTO, METAS E CRONOGRAMA
UNIVERSIDADE X EMPRESA: DOIS CASOS RECENTES
• SARS
• MORTE SÚBITA DOS CITRUS
SARS:
• OMS CRIOU UMA REDE DE 13 LABORATÓRIOS EM 10 PAÍSES.
• EM 2 SEMANAS ESTES LABORATÓRIOS IDENFICARAM UM VÍRUS
ASSOCIADO À SARS.
• DOIS ISOLADOS DO VÍRUS TIVERAM SEUS GENOMAS COMPLETAMENTE
SEQUENCIADOS EM 2 SEMANAS APÓS A DESCOBERTA DO VÍRUS.
(Science de 30 de maio de 2003 – Universidades e Centros de Pesquisa)
• ESTES LABORATÓRIOS TROCARAM INFORMAÇÕES DE UMA MANEIRA
SEM PRECEDENTES PARA O BENEFÍCIO DE TODOS.
• 15/07/2003: HOERST ANUNCIOU UM KIT DIAGNÓSTICO
RESEARCH ARTICLES
30 MAY 2003 VOL 300 SCIENCE www.sciencemag.org 1394-1399
Characterization of a Novel Coronavirus Associated with SevereAcute Respiratory Syndrome
Paul A. Rota,1* M. Steven Oberste,1 Stephan S. Monroe,1W. Allan Nix,1 Ray Campagnoli,1 Joseph
P. Icenogle,1 Silvia Pen˜aranda,1 Bettina Bankamp,1 Kaija Maher,1Min-hsin Chen,1 Suxiong Tong,1
Azaibi Tamin,1 Luis Lowe,1Michael Frace,1 Joseph L. DeRisi,2 Qi Chen,1 David Wang,2Dean D.
Erdman,1 Teresa C. T. Peret,1 Cara Burns,1Thomas G. Ksiazek,1 Pierre E. Rollin,1 Anthony
Sanchez,1Stephanie Lif.ck,1 Brian Holloway,1 Josef Limor,1 Karen McCaustland,1 Melissa OlsenRasmussen,1 Ron Fouchier,3Stephan Gu¨nther,4 Albert D. M. E. Osterhaus,3 Christian Drosten,4
Mark A. Pallansch,1 Larry J. Anderson,1 William J. Bellini1
In March 2003, a novel coronavirus (SARS-CoV) was discovered in associationwith cases of severe
acute respiratory syndrome (SARS). The sequence of the complete genome of SARS-CoV was
determined, and the initial characterization of the viral genome is presented in this report. The
genome of SARS-CoV is 29,727 nucleotides in length and has 11 open reading frames, and its
genome organization is similar to that of other coronaviruses. Phylogenetic analyses and sequence
comparisons showed that SARS-CoV is not closely related to any of the previouslycharacterized
coronaviruses.
1National Center for Infectious Diseases, Centers for Disease Control and Prevention, Atlanta, GA
30333, USA. 2Departments of Biochemistry and Biophysics, University of California–San Francisco,
San Francisco, CA 94143, USA. 3Department of Virology, Erasmus University, Rotterdam, 3000 DR,
Netherlands. 4Department of Virology, Bernhard Nocht Institute for Tropical Medicine, 20359
Hamburg, Germany.
*To whom correspondence should be addressed. Email: [email protected]
RESEARCHARTICLES
www.sciencemag.org SCIENCE VOL 300 30 MAY 2003 1399-1404
The Genome Sequence of theSARS-Associated Coronavirus
Marco A. Marra,1* Steven J. M. Jones,1 Caroline R. Astell,1Robert A. Holt,1 Angela BrooksWilson,1Yaron S. N. Butter.eld,1 Jaswinder Khattra,1 Jennifer K. Asano,1Sarah A. Barber,1 Susanna Y.
Chan,1 Alison Cloutier,1Shaun M. Coughlin,1 Doug Freeman,1 Noreen Girn,1Obi L. Grif.th,1 Stephen R.
Leach,1 Michael Mayo,1Helen McDonald,1 Stephen B. Montgomery,1 Pawan K. Pandoh,1Anca S.
Petrescu,1 A.Gordon Robertson,1 Jacqueline E. Schein,1Asim Siddiqui,1 Duane E. Smailus,1 Jeff M.
Stott,1George S. Yang,1 Francis Plummer,2 Anton Andonov,2Harvey Artsob,2 Nathalie Bastien,2 Kathy
Bernard,2Timothy F. Booth,2 Donnie Bowness,2 Martin Czub,2Michael Drebot,2 Lisa Fernando,2 Ramon
Flick,2 MichaelGarbutt,2 Michael Gray,2 Allen Grolla,2 Steven Jones,2Heinz Feldmann,2 Adrienne
Meyers,2 Amin Kabani,2 Yan Li,2Susan Normand,2 Ute Stroher,2 Graham A. Tipples,2Shaun Tyler,2
Robert Vogrig,2 Diane Ward,2 Brynn Watson,2Robert C. Brunham,3 Mel Krajden,3 Martin Petric,3Danuta
M. Skowronski,3 Chris Upton,4 Rachel L. Roper4
We sequenced the 29,751-base genome of the severe acute respiratory syndrome(SARS)–associated
coronavirus known as the Tor2 isolate. The genome sequence reveals that this coronavirus is only
moderately related to other known coronaviruses, including two human coronaviruses, HCoV-OC43 and
HCoV-229E. Phylogenetic analysis of the predicted viral proteins indicates that the virus does not closely
resemble any of the three previously known groups of coronaviruses. The genome sequence will aid in
the diagnosis of SARS virus infection in humans and potential animal hosts (using polymerase chain
reaction and immunological tests),in the development of antivirals (including neutralizing antibodies), and
in the identification of putative epitopes for vaccine development.
1British Columbia Cancer Agency (BCCA) Genome Sciences Centre, 600 West 10th Avenue, Vancouver,
British Columbia V5Z 4E6, Canada. 2National Microbiology Laboratory, 1015 Arlington Street, Winnipeg,
Manitoba R3E 3R2, Canada. 3British Columbia Centre for Disease Control and University of British
Columbia Centre for Disease Control, 655 West 12th Avenue, Vancouver, British Columbia V5Z 4R4,
Canada. 4Department of Biochemistry and Microbiology, University of Victoria, Post Office Box 3055 STN
CSC,Victoria, British Columbia V8W 3P6, Canada.
*To whom correspondence should be addressed. Email: [email protected]
MORTE SÚBITA: HISTÓRICO
Prata - MG (?)
1997 Morte rápida de plantas - Declínio???
1999 Erradicação de todas as plantas da
propriedade e novo plantio com outros portaenxertos que não limoeiro Cravo.
Comendador Gomes - MG
1999 Plantas doentes e mortas por causa
desconhecida em Westin/Cravo >10 anos
dez/1999 Plantas doentes e mortas por causa
desconhecida em Valência/Cravo 11 anos
MORTE SÚBITA: HISTÓRICO
fev/2001
 Fundecitrus tomou conhecimento do caso
 Descoberta do amarelecimento interno da
casca, sintoma típico da doença.
 86% de incidência e Erradicação do talhão
set/2001
Centro de Citricultura atribui o nome de
Morte Súbita dos Citros (MSC) à nova doença
MORTE SÚBITA: UNIVERSIDADE E CENTROS
DE PESQUISA
• VÁRIAS PESQUISAS ESTÃO EM ANDAMENTO
- FALTA DE RECURSOS
- RÍTIMO DEPENDE DE ESTUDANTES
• CONTRIBUIÇÕES IMPORTANTES
- IDENTIFICAÇÃO DE UMA NOVA DOENÇA
- INSERTIA É CAPAZ DE TRANSMITIR O AGENTE CAUSAL
- IDENTIFICAÇÃO DE TRANSMISSÃO POR PLANTA
ASSINTOMÁTICA (transmissor assintomático)
MORTE SÚBITA E ALELLYX
• LABORATÓRIOS DA ALELLYX SÃO INAUGURADOS EM 11/2002.
• 12/2003: ALELLYX INICIA SUAS PESQUISAS EM MS
- Esforço concentrado com pesquisadores bem formados
pelas Universidades Públicas (manter o foco é uma das
dificuldades)
- Interação com o FUNDECITRUS
• 04/2003: ENCONTRADA ASSOCIAÇÃO EM VARIANTE DE
VÍRUS DA TRISTEZA (altamente variável) E MS.
- Seqüenciamento em larga escala (16 plantas)
- Desenvolvimento de novas ferramentas de bioinformática
•06/2003: INÍCIO DA VALIDAÇÃO, EM LARGA ESCALA, DE UM TESTE
DIAGNÓSTICO.
MORTE SÚBITA E ALELLYX
• 10/2003: Alellyx ANUNCIA A DESCOBERTA DE UM NOVO VÍRUS QUE
PODE ESTÁ ASSOCIADO À MS.
-Seqüência completa do vírus foi obtida.
-Patente é depositada nos Estados Unidos.
+55 19 3783 9400
[email protected]
www.alellyx.com.br