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BANCO DE DADOS DOS GENES PERTENCENTES AO SISTEMA DE SECREÇÃO
TIPO VI PRESENTE NAS ESPÉCIES DO GÊNERO Aeromonas.
Moriel, B.1*; Bovo, A. B.1
1
Departamento de Bioinformática, Universidade Tecnológica Federal do Paraná, Londrina,
Paraná, Brasil. *e-mail: [email protected]
As espécies do gênero Aeromonas são bactérias em forma de bacilos gram-negativos e muitas
são patógenos humanos. No país ainda existem poucos estudos sobre essas espécies, porém
com as novas técnicas de sequenciamento, ocorreu um aumento nas investigações sobre este
gênero, com isso, os dados genômicos disponíveis sobre este grupo têm crescido
abundantemente. Todos os dados genéticos publicados no mundo estão disponíveis em uma
rede de banco de dados, nos quais a introdução de várias sequências são feitas diariamente,
porém nem sempre a veracidade e a qualidade desses dados são confirmados ou verificados,
assim, informações errôneas compartilhadas por eles podem ser altamente propagadas,
levando a uma conclusão ou resultados fora da realidade biológica. A partir da dificuldade em
se analisar a veracidade de uma sequência e do crescente interesse pelas espécies do gênero
Aeromonas, foi criado um banco de dados para o sistema de secreção tipo VI dessas bactérias,
a fim de facilitar a consulta, análise e aquisição das sequências proteicas dos genes
pertencente a esse sistema intimamente relacionado com virulência. Para a montagem do
banco de dados foram obtidos os genomas completos e incompletes das espécies de
Aeromonas depositadas no NCBI até o mês de outubro de 2015. Os genomas foram anotados
automaticamente através do RAST, as sequências foram comparadas com a espécie referência
Aeromonas hydrophila SSU utilizando o algoritmo de alinhamento local BLASTp. O banco
de dados foi modelado utilizando a linguagem MySQL por meio do software MySQL
Workbench versão 6.3.6 e para o desenvolvimento da aplicação WEB foi adotada a linguagem
Python através do framework Flask versão 0.10.1. A anotação automática realizada no RAST
revelou que das 115 espécies de Aeromonas, 72 apresentavam o sistema de secreção tipo IV.
O banco de dados com as bactérias, genes e sequências de aminoácidos está disponível para
consulta púbica através da aplicação web no endereço http:// http://bio.seita.co. Esse banco de
dados é uma compilação da análise de todos os sistemas de secreção tipo VI nas espécies do
gênero Aeromonas disponíveis no NCBI.
Palavras-chaves: Banco de dados, T6SS, Aeromonas, virulência.
Área de conhecimento: Microbiologia Médica