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Rede de Biodiversidade e Biotecnologia da Amazônia Legal
Programa de Pós-Graduação da Bionorte
FUNDAÇÃO UNIVERSIDADE FEDERAL DE RONDÔNIA
NÚCLEO DE SAÚDE
DEPARTAMENTO DE MEDICINA
PROGRAMA DE PÓS-GRADUAÇÃO EM BIOLOGIA EXPERIMENTAL
Métodos de Bioinformática Estrutural
CADD
Casos de sucesso utilizando estratégias de bioinformática e
estruturas 3D:
Inibidores específicos da enzima ciclooxigenase 2 (COX2)
Structural basis for selective inhibition of cyclooxygenase-2 by antiinflammatory agents. Kurunbail RG et al. Nature 1996 384:644-648.
Inibidores da protease do vírus HIV;
Viracept (nelfinavir mesylate, AG1343): a potent, orally bioavailable
inhibitor of HIV-1 protease. Kaldor SW et al. 1997 J. Med. Chem. 40(24)39793985.
Anticancerígeno Glivec™;
Antigripal Relenza™;
Métodos de Bioinformática Estrutural
Aplicação de metodologias de bioinformática estrutural para
o desenvolvimento de novas drogas contra doenças
negligenciadas;
Cristalografia de proteínas;
Modelagem molecular;
Dinâmica molecular;
Docking e Virtual Screening
Docking molecular
 É o procedimento que permite distinguir, do ponto de vista
energético, os complexos e/ou forma de coordenação que
duas moléculas podem adotar.
Docking molecular
Tipos:
Proteína-Proteína;
Proteína-Ligante (pequena molécula).
Modelos:
Docking rígido;
Docking semi-rígido.
Docking flexível.
Docking molecular
Simulação do docking é composta basicamente por dois
algorítmos;
Algoritimo de procura;
Algoritimo de avaliação (função escore);
Docking molecular
Docking molecular
Algorítmo de procura
Docking molecular
Algoritimo de avaliação (função escore);
Virtual screening
Triagem virtual de possíveis inibidores em bancos de dados
de pequenas moléculas;
Bancos de pequenas moléculas
 Critérios para definição da biblioteca (?)
 similaridade em relação ao substrato;
propriedades físico-químicas (solubilidade, 5’s);
disponibilidade de compostos;
Bancos de pequenas moléculas
 Coeficiente de Tanimoto
Possibilita a quantificação de similaridade entre moléculas não
proteicas;
Bancos de pequenas moléculas
TAB
c

( a  b)  c
a= nº de bits na molécula A
b= nº de bits na molécula B
c= nº de bits em comum entre molécula A e B
TAB
3

(5  3)  3
TAB  0,6