Infra-estrutura de Software

Infraestrutura de Software
Prof. Dr. Ney Lemke
[email protected]
IBB-Unesp
Agenda
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Introdução
Pesquisa GridUnesp
Demandas Computacionais
Infra-estrutura de Software do
GridUnesp
Discussão
Grid Computing
Questionário
Perguntas
Ney Lemke
André Malvezzi
Adriano
Cansian
Gastão Krein
João Figueiredo
Makoto
Myoshida
1. Which is your research area?
Bioinformatics
Condensed
Matter
Computer
Security
Physics
Computational
Fluid Dynamics
Protein
Folding
2.1. Operating System:
Linux, MacOS
Linux,Windows
Linux
Linux
Windows and
Linux
Linux
2. Computing Language:
C++,Java,Python
Fortran
Java, C, SQL
and PHP
Fortran 77/90,
C/C++
Fortran 90/95 ,C/
C++, Python
Fortran, C/C+
+
2.3. Open Source or Proprietary Codes :
Both
Own Code
Open Source
Open Source
Own Code
Open source
2.4. Necessary libraries:
None
IMSL
libft, JDK and
JRE
MPI
IMSL, MPI
2.5. Typical use of RAM memory:
2 Gb
1 Gb
1 Gb
A lot
15GB - 500TB
1 Mb
2.6. Typical use of disk space:
100 Gb
50 Gb
30 Gb
1 Tb
25 Tb
1 Gb
2.7. CPU bounded?:
Yes
Yes
No
Yes
Yes
2.8. I/O bounded?:
No
No
No
Yes
No
2.9. Execution time of the jobs:
4h-24 h
days
Daemon
Months
Days
2.10. Bag-of-tasks application?:
Yes
Yes
No
3.1. Are you looking forward to have your
jobs running on GridUNESP:
Yes
Yes
Yes
Yes
Yes
Not yet
3.2. Do you use a grid application to process
your jobs
Condor
No
No
No
No
No
3.3. Do you know if your application is
already adapted to run on a grid
infrastructure?
Yes
No
No
Yes
No
No
3.4. Do you know any alternative to the
software you are using that is already
adapted to run on grids?
Yes
No
No
Yes
Yes
No
Days
Yes
3. About your research problem and the
grid:
Questionário
Perguntas
3.5. Do yo u know a ny expert that is
working on this a dap tation?
3.6. Are yo u re ady to co opera te with an
internatio nal effort to mak e yo ur
application rea dy to run o n OSG?
3.7. Do yo u have a ny students o r po stdocs
that could work on this?
3.8 What do yo u need to co operate on this
(tra vel, bring expert, etc.)
Andr_
Malvezzi
Ney Lemke
Adriano
Cansian
Gast_o
Krein
Jo_o
Figueiredo
Myos hida
Yes
No
No
Yes
No
Yes
Yes
Yes
Yes
Yes
Yes
Yes
Yes
No
Yes
Yes
No
Tra vel
Talk Expe rt
Tra vel
Bring Expert
No
Computer
Time
Infraestrutura de Software



Instalação baseada no CentOS 5.4
Pacotes adicionais:
 Development Tools group
 C++, C, Java
 Intel C, C++
 Intel MPI
 Fortran Intel e g77
 Fortran90
Gromacs
Infraestrutura de Software

Bibliotecas Matemáticas
– GMP
– MKL
– BLAS
– LAPACK
– MSL

Depuradores
– GDB
– Depuradores Paralelos
Software não Livre








Crystal
Gaussian
Amber
Mathematica
Mathlab
CFD
GID
ANSYS
Análise da Demanda
Novo cadastro de Grupos de Pesquisa e de
Projetos.
Demanda por recursos de Clusters
Documentacao para o usuário
Infra-estrtura de software
Uma boa parte das nossas demandas podem ser satisfeitas
com a instalação do CentOS + OSG.
Parte das aplicações foram implementadas pelos usuários e
poderão ser facilmente portadas para o grid com algum
esforço de gridificação.
Ambiente de Desenvolvimento
•
•
•
•
Parte do desenvolvimento poderá ser feito
nos clusters.
Parte do desenvolvimento deverá ser feito
na máquina do usuário.
Apesar de existirem soluções de interesse
genérico, parte dos problemas deverá ser
resolvido caso a caso.
Política Aquisição Software
•
•
•
Como encaminhar o proceso de aquisição de
software?
Projeto comum para Fapesp?
Solicitação à Reitoria
Desafios



Permitir que os usuários se concentrem em
suas áreas de pesquisa e consigam abstrair
a infra-estrutura computacional.
Diminuir a declividade da curva de
aprendizagem
Disponibilidade:
MFLOPY != 365*24*3600*MFLOPS