Construção de primers degenerados para identificação de

54º Congresso Brasileiro de Genética
Resumos do 54º Congresso Brasileiro de Genética • 16 a 19 de setembro de 2008
Bahia Othon Palace Hotel • Salvador • BA • Brasil
www.sbg.org.br - ISBN 978-85-89109-06-2
Construção de primers degenerados para
identificação de microssatélites no urucum
(Bixa orellana L.)
Ribeiro, JAC; Ribeiro, ILAC; Nóbrega, RB; Lopes Neto, AV; Llamoca-Zárate, RM
Laboratório de Biologia Molecular de Plantas, Departamento de Biologia Molecular, Universidade Federal da Paraíba
Palavras-chave: Urucum, Microssatélite, Variabilidade genética
O urucum (Bixa orellana L.) é uma planta pertencente à família Bixaceae, cultivada em vários continentes devido ao
fato de ser fonte de corante natural para medicamentos, cosméticos, alimentos, têxteis e etc. O urucum apresenta alta
variabilidade genética, principalmente relacionada com o número de sementes por cápsula, cor e teor dos pigmentos
contidos no tegumento das sementes. Na pesquisa do urucum, faz-se necessário a caracterização do germoplasma das
variedades, visando assegurar informações sobre essas fontes de genes, sendo uma importante estratégia de melhoramento e
conservação desses recursos. Esta caracterização pode ser feita por marcadores moleculares, dentre eles, os mais polimórficos
são os microssatélites. Com o uso de ferramentas de bioinformática é possível identificar os microssatélites em seqüências
disponíveis nos bancos de dados públicos, diminuindo o trabalho e o custo desta técnica. Este trabalho teve como objetivo
a construção de primers para os microssatélites visando a análise da variabilidade genética das variedades do urucum.
Através de um datamining no banco de dados GenBank pertencente ao NCBI, foram obtidas 25 seqüências nucleotídicas
do urucum sendo de DNA genômico, cDNA, DNA mitocondrial ou DNA do cloroplasto. Após o alinhamento, através
do pacote de ferramentas Bioedit 7.0.9 foi eliminada uma seqüência redundante. Para a identificação das seqüências de
microssatélites foram utilizados os programas de bioinformática SSRIT e TROLL, que identificaram 94 seqüências de
microssatélites. Os microssatélites GA(n), AT(n), GAA(n), AAG(n) e TAAT(n) apresentaram as maiores freqüências,
com valores de 100%, 92%, 64%, 52% e 16%, respectivamente. Para a construção dos primers, foram selecionadas as
seqüências de microssatélites que apresentaram maior freqüência e maior numero de repetições do motivo no núcleo.
Estes foram os dinucleotídeos GA(n) e GT(n), e o trinucleotídeo GGT(n). Para cada motivo, foram separadas seqüências
de 30 pares de bases flanqueadoras em cada extremidade, as quais foram alinhadas pelo programa CLC Combined
Wokbench 3.6.2, que identificou as seqüências consenso forward: 5’-NNCAGAATCGNGATTGAATCAATG-3’,
5’-GACTCTGANAGNGTNAN NCANNAG-3’, 5’-TNGCTCNTTGTNTTNATTCNCNG-3’ e reverse:
5’-AGTGTNAGGTGGAG CNAGCGATG-3’, 5’-CGGAAGACAAGCNACAAATGAGNG-3’, 5’-GAAGGTGGGCTCNGN
GNTGGNAGGN-3’ para cada motivo, respectivamente.
Apoio financeiro: PIBIC/CNPQ/UFPB.
114