RESUMO O padrão geral de um programa de melhoramento apropriado para uma dada espécie é determinado, em grande parte, pelo sistema reprodutivo da espécie. As espécies agrícolas podem ser divididas em dois grupos, dependendo do fato delas serem de polinização cruzada ou autofecundação. A importância desta distinção é porque os métodos de melhoramento aplicáveis ao grupo de plantas de autopolinização são muito distintos daqueles aplicáveis as espécies de polinização cruzadas. Muitos estudos de polinização em algodão (Gossypium hirsutum L.) foram realizados em varias partes do mundo, mas nenhum deles direcionados a nova cultivar BRS 200- Marrom produtora de fibras coloridas, obtida pelo Centro Nacional de Pesquisa do Algodão (Embrapa Algodão). O algodão geralmente é considerado como sendo uma cultura de autofecundação, porém com taxa de polinização cruzada, e a maioria das cultivares são a mistura de linhas puras. Os objetivos da presente pesquisa foram: estudar a estrutura genética da cultivar BRS 200; obter estimativas dos componentes da variância genotípica; avaliar as propriedades genéticas de fibras coloridas e avaliar o ganho genético considerando o algodão colorido como de autogamia parcial. Os experimentos foram conduzidos no município de Barbalha-Ceará-Brasil, durante o ano de 2003. As progênies foram obtidas de capulhos colhidos de polinização livre (PL) e de autofecundação (AF) em uma mesma planta (aos pares). A taxa de cruzamento estimada foi de 22%, com valores variando de 6,53% a 99,6%. A população estudada apresentou autogamia parcial, o que significa uma mistura de dois sistemas de reprodução. As variâncias genética ( σˆ g2 ) e fenotípica ( σ̂ F2 ) estimadas para progênies AF foram superiores a variância genética das progênies PL, refletindo o incremento da variância genética aditiva causada pela endogamia. Este resultado pode indicar que a seleção seria mais eficiente entre as progênies autofecundadas. Do ponto de vista do melhoramento genético foi observado que os maiores ganhos foram obtidos quando a seleção foi aplicada entre progênies autofecundadas. Este fato pode ser explicado porque neste tipo de progênie, a fração da variância genética aditiva foi mais alta do que nas progênies de polinização livre, e como conseqüência, a seleção seria mais eficiente neste tipo de material genético.