Análise de desequilíbrio de ligação em populações de milho

UNIVERSIDADE FEDERAL DE VIÇOSA
PROGRAMA DE PÓS-GRADUAÇÃO EM GENÉTICA E MELHORAMENTO
FIT 798 – SEMINÁRIO EM GENÉTICA E MELHORAMENTO
Análise de desequilíbrio de ligação em populações de milho-pipoca
relacionadas por ciclos de seleção utilizando marcadores SNPs
A análise do desequilíbrio de ligação pode ser utilizada para vários
propósitos, tais como, estudo da associação entre marcador e característica,
seguido por seleção assistida por marcadores, estudo de diversidade genética
em populações naturais e coleções de germoplasmas e em estudos de
genética de populações. Para que um determinado marcador molecular possa
ser utilizado em um programa de melhoramento por meio da seleção assistida
por marcadores, é necessário que a população esteja em desequilíbrio de
ligação; senão, a probabilidade de ocorrência de determinada classe de
marcador seria independente da segregação dos alelos dos QTLs em questão.
Na área vegetal, o sequenciamento em larga escala tem permitido evidenciar a
presença de SNPs em espécies cultivadas. Esses marcadores têm sido como
uma fonte inesgotável de polimorfismos para uso no mapeamento genético de
alta resolução e para estudos em genética de associação, como estimação da
taxa de desequilíbrio de ligação. Entender DL e como ele está relacionado com
marcadores como, por exemplo SNPs individuais, pode ser útil para
delineamento de experimentos de genotipagem e identificação de quantos
SNPs são necessários para cobrir uma região particular do genoma. Diante
disso, o objetivo deste trabalho é analisar o desequilíbrio de ligação em
populações de milho pipoca relacionadas por ciclos de seleção utilizando
marcadores SNPs. Para isto, serão utilizadas a população Viçosa em cinco
ciclos de seleção – VC0, VC1, VC2-FIC, VC4 e VS4 e a população Beija-Flor
em três ciclos de seleção – BFC1, BFC4 e BFS4, sendo 75 indivíduos de cada
ciclo, além de 47 linhagens derivadas das populações Viçosa e Beija-Flor.
Foram selecionados 96 marcadores SNPs no banco de dados da Illumina MaizeSNP50 BeadChip. A extração do DNA genômico está sendo realizada
utilizando o Kit da Promega - Wizard® Genomic DNA Purification, segundo
protocolo do fabricante, porém com modificações e a quantificação está sendo
feita por dois métodos. O primeiro método é utilizando o Qubit® 2.0
Fluorometer que quantifica a quantidade provável de DNA das amostras e o
segundo método é utilizando NanoVue Plus Spectrophotometer que qualifica o
DNA segundo razões de absorbância A260/280 e A260/230. As análises serão
realizadas utilizando a Plataforma BeadXpress® Reader da Illumina. Os dados
serão visualizados utilizando o GenomeStudioTM 2008.1 Framework, que é um
software integrado a plataforma BeadXpress para análise e visualização dos
dados da genotipagem. Por fim, os dados gerados serão utilizados para análise
de DL das populações utilizando o Software Tassel.
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Geísa Pinheiro Paes
(Prelecionista)
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José Marcelo Soriano Viana
(Orientador)