Introdução à Bioquímica Função das Proteínas Dra. Fernanda Canduri Laboratório de Sistemas BioMoleculares. Departamento de Física. UNESP São José do Rio Preto. SP. Laboratório de Sistemas BioMoleculares. BioMoleculares. Departamento de Física. Física. Câmpus Rio Preto. Preto. www.biocristalografia biocristalografia. . df. . ibilce. . unesp. . br www. df ibilce unesp Tópicos ! Mioglobina ! Hemoglobina ! Miosina e actina ! Anticorpos Laboratório de Sistemas BioMoleculares. BioMoleculares. Departamento de Física. Física. Câmpus Rio Preto. Preto. www.biocristalografia biocristalografia. . df. . ibilce. . unesp. . br www. df ibilce unesp Miosina e Actina Uma das características mais extraordinárias dos seres vivos é a sua capacidade de executar movimentos organizados. Laboratório de Sistemas BioMoleculares. BioMoleculares. Departamento de Física. Física. Câmpus Rio Preto. Preto. www.biocristalografia biocristalografia. . df. . ibilce. . unesp. . br www. df ibilce unesp Músculo estriado ! Base estrutural e química do seu movimento Os músculos voluntários que incluem os músculos esqueléticos, apresentam uma aparência estriada (listrada). São formados por células longas multinucleadas que contêm feixes paralelos de miofibrilas. Laboratório de Sistemas BioMoleculares. BioMoleculares. Departamento de Física. Física. Câmpus Rio Preto. Preto. www.biocristalografia biocristalografia. . df. . ibilce. . unesp. . br www. df ibilce unesp Músculo estriado Laboratório de Sistemas BioMoleculares. BioMoleculares. Departamento de Física. Física. Câmpus Rio Preto. Preto. www.biocristalografia biocristalografia. . df. . ibilce. . unesp. . br www. df ibilce unesp ! As estriações se originam da estrutura em bandas de miofibrilas múltiplas. As bandas são formadas pela alternância de regiões de maior e menor densidade eletrônica – as bandas A e as bandas I. Laboratório de Sistemas BioMoleculares. BioMoleculares. Departamento de Física. Física. Câmpus Rio Preto. Preto. www.biocristalografia biocristalografia. . df. . ibilce. . unesp. . br www. df ibilce unesp Do tendão à miofibrila Laboratório de Sistemas BioMoleculares. BioMoleculares. Departamento de Física. Física. Câmpus Rio Preto. Preto. www.biocristalografia biocristalografia. . df. . ibilce. . unesp. . br www. df ibilce unesp O sarcômero A unidade de repetição é chamado sarcômero, que está ligado ao centro da banda I pelo disco Z. Laboratório de Sistemas BioMoleculares. BioMoleculares. Departamento de Física. Física. Câmpus Rio Preto. Preto. www.biocristalografia biocristalografia. . df. . ibilce. . unesp. . br www. df ibilce unesp ! Um músculo contraído pode encurtar até um terço do comprimento que atinge quando relaxado. A contração é resultado de uma redução no comprimento do sarcômero, causada por reduções nos comprimentos da banda I e da zona H – modelo de deslizamento. Banda I Zona H Laboratório de Sistemas BioMoleculares. BioMoleculares. Departamento de Física. Física. Câmpus Rio Preto. Preto. www.biocristalografia biocristalografia. . df. . ibilce. . unesp. . br www. df ibilce unesp Estrutura dos filamentos grossos (banda A) e finos (banda I) ! ! ! Os filamentos grossos dos vertebrados são compostos quase exclusivamente por um único tipo de proteína - a miosina. A miosina consiste de um longo segmento em forma de bastão com 1600Å e duas cabeças globulares. Consiste de seis cadeias polipeptídicas: duas cadeias pesadas de 220kDa e dois pares de cadeias leves diferentes, denominadas essenciais (CLE) e regulatórias (CLR). Laboratório de Sistemas BioMoleculares. BioMoleculares. Departamento de Física. Física. Câmpus Rio Preto. Preto. www.biocristalografia biocristalografia. . df. . ibilce. . unesp. . br www. df ibilce unesp As subunidades CLE e CLR ligam-se à região N-terminal de cada cadeia pesada. A seqüência de aminoácidos da região da cauda em αhélice possui uma pseudo-repetição de sete resíduos a, b, c, d, e, f, g com predominância de resíduos apolares nas posições a e d. Laboratório de Sistemas BioMoleculares. BioMoleculares. Departamento de Física. Física. Câmpus Rio Preto. Preto. www.biocristalografia biocristalografia. . df. . ibilce. . unesp. . br www. df ibilce unesp Estrutura do filamento grosso ! Sob condições fisiológicas, centenas de moléculas de miosina agregam-se para formar um filamento grosso. A cabeça da miosina é uma ATPase Laboratório de Sistemas BioMoleculares. BioMoleculares. Departamento de Física. Física. Câmpus Rio Preto. Preto. www.biocristalografia biocristalografia. . df. . ibilce. . unesp. . br www. df ibilce unesp ! ! ! ! Os filamentos finos consistem de três proteínas – actina, tropomiosina e troponina A actina é uma proteína globular que forma uma fibra na região central do filamento A tropomiosina é formada por uma espiral-enrolada de duas cadeias de αhélice. Cada tropomiosina liga-se a uma molécula heterotrimérica de troponina, a qual liga Ca2+ Laboratório de Sistemas BioMoleculares. BioMoleculares. Departamento de Física. Física. Câmpus Rio Preto. Preto. www.biocristalografia biocristalografia. . df. . ibilce. . unesp. . br www. df ibilce unesp Cada monômero de actina pode ligar uma cabeça de miosina, provavelmente por pareamento iônico e por associação das regiões hidrofóbicas nas duas proteínas. Laboratório de Sistemas BioMoleculares. BioMoleculares. Departamento de Física. Física. Câmpus Rio Preto. Preto. www.biocristalografia biocristalografia. . df. . ibilce. . unesp. . br www. df ibilce unesp O complexo tropomiosina-troponina regula a contração muscular por meio do controle do acesso das cabeças de miosina dos filamentos grossos a seus sítios de ligação na actina dos filamentos finos. A miosina e a actina perfazem entre 60 a 95% do total das proteínas musculares. Laboratório de Sistemas BioMoleculares. BioMoleculares. Departamento de Física. Física. Câmpus Rio Preto. Preto. www.biocristalografia biocristalografia. . df. . ibilce. . unesp. . br www. df ibilce unesp Mecansimo de contração muscular ! ! 1. 2. 3. 4. Edwin Taylor elaborou um modelo para a hidrólise do ATP mediada por miosina. O modelo foi aperfeiçoado pelos estudos estruturais realizados posteriormente. A ligação do ATP à cabeça da miosina promove a abertura do sítio de ligação à actina e a liberação desta. O sítio ativo fecha-se ao redor do ATP. A hidrólise do ATP “energiza” a cabeça da miosina, colocando-a quase perpendicular ao filamento grosso. A cabeça da miosina liga-se a uma actina mais próxima do disco Z do que aquela a qual estava ligada anteriormente A miosina libera Pi, causando uma mudança conformacional que aumenta a afinidade da miosina pela actina. 5. O estado transiente é imediatamente seguido pela geração de força, uma mudança conformacional adicional que provoca o deslizamento da cauda Cterminal da cabeça da miosina 6. O ADP é liberado. Laboratório de Sistemas BioMoleculares. BioMoleculares. Departamento de Física. Física. Câmpus Rio Preto. Preto. www.biocristalografia biocristalografia. . df. . ibilce. . unesp. . br www. df ibilce unesp Controle da contração muscular ! ! ! ! ! Extratos brutos de músculo contraem-se somente na presença de Ca2+ A sensibilidade ao Ca2+ é devida a uma subunidade da troponina, a troponina C. A estimulação de uma miofibrila por um impulso nervoso resulta na liberação de Ca2+, aumentando a sua concentração Então, o Ca2+ liga-se a troponina C, causando uma mudança de conformação no complexo troponinatropomiosina. quando a concentração de Ca2+ na miofibrila for baixa, o complexo troponina-tropomiosina retornará à sua conformação de repouso, bloqueando a ligação da miosina à actina, e fazendo o músculo relaxar. Laboratório de Sistemas BioMoleculares. BioMoleculares. Departamento de Física. Física. Câmpus Rio Preto. Preto. www.biocristalografia biocristalografia. . df. . ibilce. . unesp. . br www. df ibilce unesp Actina nas células não-musculares ! ! ! ! ! A actina é a proteína citoplasmática mais abundante nas células eucarióticas. Forma fibras de cerca de 70Å de diâmetro conhecidas como microfilamentos. Os microfilamentos são elementos do citoesqueleto, juntamente com outras fibras protéicas A polimerização dos monômeros em fibras necessita de ATP. A polimerização e a despolimerização dos filamentos de actina são a base de processos celulares, como o movimento amebóide, a citocinese, as correntes citoplasmáticas, e a extensão e a retração de várias protuberâncias celulares. Laboratório de Sistemas BioMoleculares. BioMoleculares. Departamento de Física. Física. Câmpus Rio Preto. Preto. www.biocristalografia biocristalografia. . df. . ibilce. . unesp. . br www. df ibilce unesp Anticorpos ! ! Todos os organismos vivos estão continuamente sujeitos ao ataque de outros organismos Nos animais superiores, esses patógenos rompem a barreira física representada pela pele e pelas mucosas, sendo identificadas como invasores e destruídos pelo sistema imune. Laboratório de Sistemas BioMoleculares. BioMoleculares. Departamento de Física. Física. Câmpus Rio Preto. Preto. www.biocristalografia biocristalografia. . df. . ibilce. . unesp. . br www. df ibilce unesp Visão geral do sistema imune Há dois tipos de imunidade: 1. 2. Imunidade celular – protege contra células infectadas por vírus, fungos, parasitas e tecidos estranhos. É mediada pelos linfócitos T (timo) Imunidade humoral – mais efetiva contra infecções virais, é mediada por proteínas chamadas anticorpos ou imunoglobulinas. São produzidos pelos linfócitos B ou células B e originam-se na medula óssea. A resposta imune inicia-se pela presença de uma macromolécula estranha, conhecida como antígeno Laboratório de Sistemas BioMoleculares. BioMoleculares. Departamento de Física. Física. Câmpus Rio Preto. Preto. www.biocristalografia biocristalografia. . df. . ibilce. . unesp. . br www. df ibilce unesp Células B possuem imunoglobulinas em sua superfície. Na ligação de um antígeno, a célula irá fagocitar o complexo antígenoanticorpo e degradá-lo. As células T estimulam a proliferação da células B. Apesar de viver poucos dias sem o estímulo do antígeno, as células B de memória podem reconhecer os antígenos correspondentes. Laboratório de Sistemas BioMoleculares. BioMoleculares. Departamento de Física. Física. Câmpus Rio Preto. Preto. www.biocristalografia biocristalografia. . df. . ibilce. . unesp. . br www. df ibilce unesp Estrutura dos anticorpos ! ! As imunoglobulinas formam um grupo de proteínas relacionadas, apresentando uma enorme diversidade. Todas as imunoglobulinas possuem no mínimo 4 subunidades: Duas cadeias leves (L) idênticas de 23 kDa, e duas cadeias pesadas (H) idênticas, com 53 a 75 kDa. Essas subunidades associam-se por pontes dissulfeto e por interações não covalentes, originando uma molécula simétrica com a forma aproximada de um Y. Laboratório de Sistemas BioMoleculares. BioMoleculares. Departamento de Física. Física. Câmpus Rio Preto. Preto. www.biocristalografia biocristalografia. . df. . ibilce. . unesp. . br www. df ibilce unesp Laboratório de Sistemas BioMoleculares. BioMoleculares. Departamento de Física. Física. Câmpus Rio Preto. Preto. www.biocristalografia biocristalografia. . df. . ibilce. . unesp. . br www. df ibilce unesp Classes de imunoglobulinas (Ig) ! ! ! ! ! ! As cinco classes de Ig diferem-se entre si quanto ao tipo de cadeia pesada e quanto à estrutura das subunidades. IgM: é a mais eficiente contra microrganismos. É a primeira a ser secretada IgG: é a mais comum. Distribuída no sangue e no líquido extracelular. IgA: predominante no trato gastrointestinal IgE: protege contra parasitas e está relacionada a reações alérgicas IgD: função não conhecida. Laboratório de Sistemas BioMoleculares. BioMoleculares. Departamento de Física. Física. Câmpus Rio Preto. Preto. www.biocristalografia biocristalografia. . df. . ibilce. . unesp. . br www. df ibilce unesp ! A proteólise limitada da IgG pela enzima papaína origina três fragmentos: dois Fab e um Fc ! Fab são os braços do Y e contém uma cadeia L inteira e a porção N-terminal de uma cadeia H. ! Tais fragmentos contém os sítios de ligação ao antígeno ! Fc deriva-se da haste do anticorpo e consiste das porções C-terminais das duas cadeias H. Laboratório de Sistemas BioMoleculares. BioMoleculares. Departamento de Física. Física. Câmpus Rio Preto. Preto. www.biocristalografia biocristalografia. . df. . ibilce. . unesp. . br www. df ibilce unesp Região variável Região constante Fab Fc Laboratório de Sistemas BioMoleculares. BioMoleculares. Departamento de Física. Física. Câmpus Rio Preto. Preto. www.biocristalografia biocristalografia. . df. . ibilce. . unesp. . br www. df ibilce unesp As imunoglobulinas G Embora todas as IgGs tenham a mesma estrutura geral, as que reconhecem diferentes antígenos tem sequências de aminoácidos diferentes ! Todas as regiões constantes e variáveis são semelhantes em sequência e no padrão das pontes dissulfeto. ! Laboratório de Sistemas BioMoleculares. BioMoleculares. Departamento de Física. Física. Câmpus Rio Preto. Preto. www.biocristalografia biocristalografia. . df. . ibilce. . unesp. . br www. df ibilce unesp Ligação antígeno-anticorpo ! ! ! ! ! Todas as unidades homólogas da molécula de Ig tem a mesma conformação característica: um sanduíche composto por três ou quatro folhas β pregueadas antiparalelas, ligadas por uma ponte dissulfeto. Esta estrutura precisa reconhecer uma variedade de antígenos. A capacidade de reconhecimento de antígenos está em três alças na região variável. A maioria das variações em aminoácidos está concentrada em três segmentos curtos – são seqüências hipervariáveis Essas seqüências delineariam o sítio de ligação do antígeno e os seus aminoácidos determinariam sua especificidade de ligação. ! ! ! ! ! A associação entre anticorpos e seus antígenos envolve forças de van der Waals, ligações hidrofóbicas, ligações de H e interações iônicas. Suas constantes de dissociação variam de 10-4 a 10-10 M, comparáveis em força ou superiores às associações entre as enzimas e seus substratos. A especificidade e a afinidade são decorrentes da excelente complementaridade estrutural entre o antígeno e o anticorpo. A maior parte das Igs é composta por moléculas divalentes – que podem ligar-se a dois antígenos idênticos simultaneamente A IgM e a IgA são multivalentes. Laboratório de Sistemas BioMoleculares. BioMoleculares. Departamento de Física. Física. Câmpus Rio Preto. Preto. www.biocristalografia biocristalografia. . df. . ibilce. . unesp. . br www. df ibilce unesp ! Uma substância ou um organismo estranhos geralmente possuem regiões antigênicas múltiplas, e uma resposta imune típica gera uma mistura de anticorpos com especificidades diferentes. ! Ligações divalentes permitem aos anticorpos estabelecerem ligações cruzadas com os antígenos, formando emaranhados extensos que aceleram a remoção do antígeno e iniciam a proliferação das células B. Laboratório de Sistemas BioMoleculares. BioMoleculares. Departamento de Física. Física. Câmpus Rio Preto. Preto. www.biocristalografia biocristalografia. . df. . ibilce. . unesp. . br www. df ibilce unesp Geração de diversidade de anticorpos ! ! ! ! ! ! Um antígeno novo não induz a síntese de uma nova Ig pelas células B. Um antígeno somente estimula a proliferação de células B pré-existentes cujos anticorpos reconhecem o antígeno. O sistema imune tem potencial para produzir bilhões de anticorpos diferentes o suficiente para reagir com quase todos os antígenos que o organismo possa encontrar. O sistema imune é desencadeado somente contra substâncias estranhas e não contra as dezenas de milhares de moléculas endógenas Todas as macromoléculas são antígenos em potencial, como pode ser observado pelos transplantes de tecidos. Essa incompatibilidade apresenta desafios óbvios para terapias, como uma simples transfusão de sangue até os transplantes múltiplos de órgãos. ! ! ! ! ! É muito pouco conhecido o mecanismo pelo qual o sistema imune de um indivíduo distingue o próprio do não-próprio. O sistema imune perde a tolerância para alguns dos seus próprios antígenos, resultando em uma doença auto-imune. Estas doenças são em geral crônicas, freqüentemente com períodos de remissão. Pode ser resultado de uma malformação inata no mecanismo do sistema imune. É desencadeada por um trauma ou uma infecção, ocasiões em que são expostos aos linfócitos os tecidos que normalmente não tem contato com o sistema imune. Laboratório de Sistemas BioMoleculares. BioMoleculares. Departamento de Física. Física. Câmpus Rio Preto. Preto. www.biocristalografia biocristalografia. . df. . ibilce. . unesp. . br www. df ibilce unesp