RESUMO Maracujá é um fruto produzido pelas plantas do gênero Passiflora da família Passifloraceae e sua flor é considerada como a flor da paixão devido a sua forma. É composto, em sua maioria, de trepadeiras, algumas poucas espécies são herbácias ou lenhosas, de hastes cilíndricos ou quadrangulares, angulosas, suberificadas, glabras ou pilosas e algumas são arbustos. O tipo mais cultivado é o amarelo (Passiflora edulis Deg. f. flavicarpa Sims) cujo fruto é utilizado para produzir suco e polpa, sendo também conhecido pelo seu ativo calmante. Este gênero ocorre em todo o Brasil, no Paraguai, Argentina, ilhas das Índias Ocidentais, na América Central, Venezuela e Equador. O maracujá é uma importante fonte nutricional na alimentação humana, seus frutos, com sabor bastante forte e elevados teores de acidez são consumidos principalmente na forma in natura, onde os frutos devem ser grandes e ovais, ter boa aparência, resistência ao transporte e maior tempo de prateleira. Quando destinado ao seguimento de industrialização deve apresentar, casca fina e cavidade interna totalmente preenchida, maior acidez e alto teor de sólidos solúveis totais (°Brix). O Brasil é o maior produtor mundial de maracujá, porém, tem uma participação pequena no mercado internacional. Um dos principais fatores que contribuem para essa situação são os problemas fitossanitários que a cultura apresenta e a carência de variedades adaptadas, resultando na baixa produtividade média e na falta de estímulo ao produtor. Nos últimos trinta anos houve relevante avanço em termos de pesquisa e cultivo no Brasil. Uma forma para acelerar o processo de seleção do maracujazeiro, é a adoção de técnicas moleculares. Estas técnicas, podem aumentar a eficiência de um programa de melhoramento desta cultura. Nesta ultima década, houve um aumento na utilização de marcadores moleculares, como AFLP e Microssatélites, para estudos do maracujazeiro, como no estudo de diversidade genética, na análise de filogenia, na otimização de retrocruzamentos; na elaboração de mapas de ligação e em estudos de diversidade genética de patógenos, proporcionando um grande avanço científico para o maracujá no país. Palavras-Chave: Microssatélites. Passiflora edulis, Melhoramento genético, AFLP,