aplicação da tecnologia de microarrays em

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R. Periodontia - Dezembro 2009 - Volume 19 - Número 04
APLICAÇÃO DA TECNOLOGIA DE MICROARRAYS EM
PERIODONTIA
The use of microarray´s technique in Periodontics
Schittine K1, Hirata R2, Fischer RG3 & Figueredo CMS4
RESUMO
O objetivo deste estudo foi revisar a literatura sobre a
utilização da tecnologia de microarrays e sua aplicação na
Periodontia. A tecnologia de microarrays, ou microarranjos,
tem demonstrado importante papel nas pesquisas, influenciando na determinação de novos conceitos no campo
da etiopatogenia e diagnósticos moleculares e definindo
padrões de expressão gênica e proteica. Abrange o estudo
de processos biológicos moleculares importantes na
patogênese de doenças complexas, notadamente nas áreas
relacionadas a doenças metabólicas, auto- imunes,
oncológicas, cardiovasculares, sendo mais recentemente
aplicada nas pesquisas em Periodontia. Nesta área a aplicação dessa técnica tem auxiliado no entendimento das
interações celulares nos processos de saúde e doença, e
também na diferenciação de respostas a estímulos específicos, como a interação com micro-organismos, apontando diferenças entre as expressões gênicas nessas diferentes condições. Sendo assim, concluímos que a aplicação
da tecnologia de microarrays em Periodontia pode sugerir
um perfil gênico de susceptibilidade à doença. No entanto, há a necessidade de uma padronização da técnica para
validar os resultados obtidos.
UNITERMOS: periodontite; microarrays; expressão
gênica. R Periodontia 2009; 19:44-50.
1
Mestranda em Periodontia/ Faculdade de Odontologia UERJ
2
Professor Adjunto / Faculdade de Ciências Médicas UERJ
3
Professor Adjunto / Faculdade de Odontologia UERJ
4
Professor Titular / Faculdade de Odontologia UERJ
Recebimento: 24/04/09 - Correção: 24/08/09 - Aceite: 11/11/09
INTRODUÇÃO
A doença periodontal (DP) manifesta-se como
consequência de interações entre o biofilme
bacteriano e a resposta imunológica do hospedeiro
(Bartold, 2006), com variações individuais na
expressão do perfil da doença, podendo também ser
influenciada por fatores extrínsecos (i.e. tabagismo)
e sistêmicos (i.e. diabetes mellitus) (Bergstrom, 2006;
Kornman, 2008 ;Michalowicz et al, 2000;
Offenbacher et al, 2007; Southerland et al,
2006;Taubman et al, 2007). A DP é dividida, de
forma simplificada, em gengivite, onde se observa
inflamação do tecido gengival sem comprometimento do ligamento periodontal e de osso
circunjacente, e periodontite, caracterizada pela
migração apical do epitélio juncional e perda de
estrutura óssea (Page & Schroeder,1976; Page,
1986).
Uma série de recursos diagnósticos permite
distinguir as condições periodontais de saúde e
doença, desde o estabelecimento de variáveis
clínicas, como o sangramento à sondagem, e
avaliações radiográficas, até o estabelecimento de
variáveis histológicas, microbiológicas (Socransky
et al,1988) e bioquímicas (Figueredo et al,2000).
Atualmente tem-se dado bastante importância às
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técnicas genéticas de diagnóstico, incluindo tecnologia de
microarrays.
A técnica de microarray, também denominada análise
em microarranjos, avalia as diferentes expressões de genes
específicos em micro-organismos e células oriundas de tecidos vivos ou cultura a partir de DNA ou RNA selecionados e
hibridizados com sondas padronizadas. Pode mostrar a expressão exacerbada ou inibida de determinados genes sob
condições específicas (McCulloch, 2006; Mello-Coelho &
Hess, 2005). Sua principal aplicação tem sido na medição da
expressão gênica celular sob diferentes estímulos (Grant &
Hakonarson, 2008; Rosamond & Allsop, 2000; Hess et al,
2004).
Sua utilização tem demonstrado um importante papel
nas pesquisas biológicas básicas e aplicadas, influenciando
na determinação de novos conceitos no campo da
etiopatogenia, diagnósticos moleculares e definindo padrões
de expressão gênica e proteica. Essa técnica tem melhorado
o entendimento da patogênese de doenças complexas,
notadamente nas áreas relacionadas a doenças metabólicas, auto- imunes, oncológicas, cardiovasculares, e vem sendo recentemente aplicada nas pesquisas em Periodontia
(Weeraratna et al, 2004; Demmer et al, 2008). O isolamento
de tecidos e a separação, quantificação e análise sequencial
de genes e proteínas, têm mostrado que os perfis gênicos
de células periodontais saudáveis, de células estimuladas por
micro-organismos, além de processos inflamatórios e de cicatrização, podem apresentar variações significativas entre
si (Shu et al, 2008; Beikler et al, 2008; Kato et al, 2008; Milward
et al, 2007).
Sendo assim, o objetivo deste estudo foi revisar a literatura sobre a utilização da tecnologia de microarrays e sua
aplicação na Periodontia.
2. REVISÃO DA LITERATURA
2.1- Descrição da Técnica
O primeiro passo para a aplicação da tecnologia de
microarrays é a identificação e coleta de DNA ou RNA (para
a síntese de DNA complementar- cDNA ou RNA complementar- cRNA) ou de oligonucleotídeos curtos que contenham os genes a serem estudados. O estudo dessa técnica
pode ser direcionado a um tecido específico, células em cultura, cromossomo, família gênica, doença, características funcionais ou pode não estabelecer um foco específico na sua
análise (Covani et al, 2008; Lallier & Spencer, 2007).
Os genes de interesse são identificados através de um
banco de dados de genes, que possui vários clusters de
sequência gênicas com informações e localização
cromossômica de cada gene. Atualmente existem bancos
de dados disponibilizados e sondas produzidas por diferentes fabricantes. Esse artifício possibilita também fazer correlações com a expressão específica de proteínas em cada gene.
Cada cluster contém uma série de clones que podem ser
utilizados na construção dos arranjos de cDNA ou de RNA.
Os microarranjos são fixados em lâminas de vidro ou membranas de nylon ou nitrocelulose pré – tratadas. Dependendo do tipo de material utilizado, a tecnologia de microarrays
pode comportar centenas e até milhares de genes
(Weeraratna et al, 2004).
Depois de fixado, inicia-se o processo de hibridização do DNA, que compreende a reassociação do
oligonucleotídeo de DNA utilizado como sonda com o
DNA extraído da célula ou tecido em estudo. As sondas são
purificadas e incubadas em uma solução estável por 16 a 24
horas, juntamente com o filamento originário; após a
hibridização são lavadas e a quantidade de sinais
incorporados em cada marcador é medida por sistema de
imagens ou de leitura especializados (Mello-Coelho & Hess,
2005).
A análise dos dados não obedece a um padrão universal, havendo diversos métodos utilizados, dependendo do
objetivo do estudo. A leitura pode ser realizada através de
sensibilização por fluorescência ou radioatividade, e são usados softwares específicos para reconhecer e conferir um valor numérico para cada ponto dos microarranjos. As diferenças nas expressões dos genes são estatisticamente avaliadas através de análises exploratórias multivariadas ou análise de clusters e outras técnicas estatísticas, que incluem
mapas auto-organizados (Kasahara et al, 2006), k- cluster e
processos matemáticos baseados nos desenhos das redes
neurais (Khan et al, 2001; Ringner & Peterson, 2003). Em
função disso é realizada a replicação das amostras e a validação do método de microarranjos através de outras técnicas, como a da Reação em Cadeia da Polimerase (PCR) em
tempo real. Também são validadas as análises de expressão
gênica dos níveis de proteínas, através de Imunohistoquímica
ou Imunoblotting. A padronização da tecnologia de
microarrays vem sendo estudada como forma de viabilizar
futuros estudos clínicos de longo prazo (Ball et al, 2002;
Carlisle et al, 2000).
2.2 - APLICAÇÃO EM PERIODONTIA
2.2.1- Estudos Microbianos
Micro-organismos relacionados com o desenvolvimento
da Doença Periodontal vêm sendo analisados com a utilização tecnologia de microarrays. Para avaliar o impacto da vi45
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rulência da Porphyromonas gingivalis sobre os mecanismos
celulares que desencadeiam a reação inflamatória no tecido
periodontal, foram extraídos lipopolissacarídeos dessa bactéria e, após sua purificação, aplicados sobre células do ligamento periodontal. A análise dos RNAs através dos
microarranjos, mostrou, in vitro, a estimulação de cinco genes,
entre eles, a Interleucina- 8 e Galectina- 9 (Kasamatsua et al,
2005).Também com essa técnica, Kuramitsu et al (2005) sugeriram uma interação sinérgica entre o Treponema denticola
e a Porphyromonas gingivalis no biofilme.
Gemmell et al (2006) examinaram, com a tecnologia de
microarrays, a resposta de células T CD4 e CD8 ao
Porphyromonas gingivalis em camundongos imunizados.
Observaram que a expressão gênica celular estava inibida,
principalmente nos genes relacionados às respostas Th1, e
de Interleucina- 6 e -10 e que as Imunoglobulinas G-1 e G2 estavam estimuladas.
A expressão de genes em linhagens de células de medulas de ratos sob o estímulo de cepas de Porphyromonas
gingivalis sugeriu que a gingipaína, proteína produzida por
essa bactéria, estaria envolvida na indução de respostas
proinflamatórias, na expressão de fatores de crescimento e
de Matriz de Metaloproteinase (MMP) - 9 e -13 (Ohno et al,
2006).
Kato et al (2008) cultivaram cepas de Porphyromonas
gingivalis e colonizaram células da medula de ratos nas fases iniciais do ciclo celular. Com a aplicação da tecnologia de
microarrays associada ao PCR e Imunoblotting, mostraram
que a infecção pelo microorganismo inibia a proliferação celular e causava imunossupressão local.
Também foram realizadas culturas celulares de epitélio
oral para analisar a via de ativação intracelular do Fator
Nuclear-kβ (NF-kβ) sob o estímulo das bactérias
periodontopatogênicas Fusobacterium nucleatum e
Porphyromonas gingivalis (Milward et al, 2007). Os resultados mostraram que citocinas e quimiocinas relacionadas com
a regulação pela via NF-kβ, como a Interleucina-1α (IL-1α),
Interleucina- 8(IL-8) e Fator de Necrose Tumoral- α (TNF-α)
estavam com sua expressão estimulada após a exposição
aos patógenos.
Sun et al (2008), avaliando patógenos Gram – negativos que interagem com receptores específicos Toll- like da
superfície celular de tecido periodontal, e as consequências
dessa interação sobre a expressão da resposta imune, observaram a expressão exacerbada dos receptores Toll- like 4
nas amostras submetidas ao estímulo microbiano, nos genes
de citocinas pró- inflamatórias, e nos relacionados às vias de
sinalização, receptor de membrana celular Jun- Kinase (JNK)
e à Interleucina-10.
2.2.2- Estudos em Imunologia e Biologia Celular
Pacientes com perfil de periodontite resistente ao tratamento, pacientes periodontais controlados e em manutenção tiveram o tecido subepitelial removido de sítios
periodontais comprometidos e clinicamente saudáveis, respectivamente. As amostras foram armazenadas em uma
substância estabilizadora de RNA e submetidas à tecnologia
de microarrays com confirmação por análise de PCR. Os resultados obtidos mostraram diferenças nos perfis de expressão gênica entre os dois grupos. No grupo de amostras
teciduais de sítios com atividade de doença, foram observadas expressões exacerbadas de genes relacionados com a
Interleucina- 24, lactoferrina, caspase-10, MMP -1 e -3, enquanto grupos gênicos inibidos para desmocolina-1 e
keratinase tipo2 foram encontrados (Kim et al,2006).
Tecidos gengivais de pacientes apresentando
periodontite e de pacientes periodontalmente saudáveis
(papila interproximal) foram biopsiados e acondicionados em
uma solução estabilizadora de RNA. Após a leitura e análise
de microarranjos, os resultados mostraram diferenças significativas entre as expressões gênicas nos dois grupos. Essas
diferenças estavam mais especificamente relacionadas aos
genes responsáveis por resposta humoral antimicrobiana,
regulação de processos metabólicos, apresentação de
antígenos, sinais de transdução, apoptose e angiogênese
(Demmer et al, 2008).
Beikler et al (2008), com biópsias de tecidos periodontais em pacientes portadores de periodontite crônica
severa e em pacientes clinicamente saudáveis observaram,
além de diferenças entre os perfis gênicos desses grupos,
diferenças nos perfis do grupo de pacientes doentes antes e
após a terapia periodontal não cirúrgica, onde, após a terapia, encontraram genes ativados relacionados ao reparo
tecidual .
Sorensen et al (2008) aplicaram a tecnologia de
microarrays para avaliar células mononucleares de sangue
periférico de pacientes com periodontite agressiva comparados a controles. Os pacientes com periodontite agressiva
localizada apresentavam grupos específicos de genes relacionados à resposta imune e processos inflamatórios, com perfil
exacerbado de expressão.
Interações entre lipopolissacarídeos bacterianos e resposta imune do hospedeiro foram demonstradas em culturas
celulares de macrófagos conservados em meio hiperglicêmico
e estimulados com lipopolissacarídeos de Escherichia coli. A
análise das concentrações de proteínas obtidas pela
tecnologia de microarrays mostrou que macrófagos expostos à hiperglicemia e sob estímulo de lipopolissacarídeos
bacterianos podem responder exacerbadamente em relação
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às amostras de macrófagos em meio normoglicêmico (Iwata
et al, 2007).
Células de ligamento periodontal e tecido gengival cultivadas in vitro tiveram seus perfis de expressão gênica comparados pela tecnologia de microarrays de DNA, mostrando
diferenças nos seus padrões de expressão gênica (Han &
Amar, 2002). Diferenças foram também observadas entre a
expressão de genes de células do epitélio gengival e de
fibroblastos gengivais, cultivados e submetidos à técnica, com
maior expressão de genes relacionados à queratina e
desmocolina nas células epiteliais (Abiko et al, 2004).
Kurashige et al (2008) isolaram células epiteliais de ligamento periodontal e de tecido gengival e mostraram que no
tecido periodontal as células epiteliais apresentavam maior
diversidade de genes, com expressão exacerbada de proteínas.
2.2.3- Estudos em Reparo e Regeneração
Estudos com biópsias gengivais detectaram a ativação
de genes relacionados ao reparo e regeneração tecidual em
pacientes com periodontite crônica severa após a terapia
periodontal não cirúrgica (Beikler et al, 2008) e em pacientes
em manutenção periodontal (Kim et al, 2006) através da associação de microarranjos e PCR. Hakki et al (2005) comparando biópsias gengivais entre pacientes apresentando
fibromatose gengival e um grupo sem essa alteração detectaram diferenças na morfologia celular dos fibroblastos e diferenças nas expressões gênicas dos genes relacionados a
moléculas de adesão, matriz extracelular e colágeno tipo IV,
todos reduzidos no grupo portador da fibromatose .
A expressão gênica das diversas células do ligamento
periodontal foi comparada entre células em cultura e células
vivas (Lallier & Spencer, 2007), mostrando similaridade na
maioria das sondas examinadas. Nas células de tecido vivo,
genes relacionados à formação de tecido mineralizado encontravam- se significativamente com maior expressão, assim como as suas proteínas relacionadas, e havia maior expressão de fatores de crescimento de fibroblastos.
5. DISCUSSÃO
A tecnologia de microarrays vem sendo aplicada na
Periodontia com a análise de: (1) células in vivo ou cultivadas
in vitro (Lallier & Spencer, 2007; Han & Amar, 2002; Abiko et
al, 2004; Hakki et al, 2005), e (2) material gênico de várias
origens, sejam elas sangue, tecido periodontal conjuntivo e
epitelial (Sorensen et al, 2008; Demmer et al, 2008;Beikler et
al, 2008). A variedade dos materiais analisados nos estudos
disponíveis dificulta a comparação de resultados e ainda é
precoce o estabelecimento de evidências baseadas na utilização dessa técnica.
A metodologia aplicada também apresenta diferenças
nas formas de extração e conservação do RNA, o que, devido à sua instabilidade, pode afetar os resultados dos genes
analisados (Kasahara et al, 2006). Também possíveis variações entre os fabricantes das sondas e softwares disponíveis
podem ser observadas. Em seu estudo com linhagens celulares estimuladas por cepas de P. gingivalis, Ohno et al (2006)
utilizaram dois sistemas de diferentes fabricantes de
microarranjos e softwares, mostrando equivalência entre os
resultados obtidos; no entanto, apesar de equivalentes quanto à ativação ou inibição de genes determinados, os resultados apresentaram diferenças numéricas quanto à intensidade da alteração em algumas categorias gênicas analisadas,
e esse aspecto pode ser determinante dependendo do objetivo do estudo.
A detecção de genes relacionados a substâncias próinflamatórias após estímulo bacteriano em células humanas
in vitro (Sun et al, 2008; Milward et al, 2007; Kasamatsua et
al, 2005) ou em células de ratos (Kato et al, 2008; Kuramitsu
et al, 2005; Gemmell et al, 2006; Ohno et al, 2006) parece
ser bem estabelecida por essa técnica, o que permite
detalhar e comparar o impacto de diferentes microorganismos
sobre a expressão gênica de células periodontais.
Milward et al (2007), compararam os perfis de expressão
gênica de células orais epiteliais expostas ao Porphyromonas
gingivalis (Pg) e ao Fusobacterium nucleatum(Fn), apontando uma maior ativação de genes da via NF-kβ e de genes
pró- inflamatórios nas células estimuladas pelo Fn. A sensibilidade da tecnologia de microarrays fica clara quando a
expressão da IL-10 foi avaliada em dois estudos distintos sob
o estímulo de patógenos Gram-negativos (Sun et al,
2008; Gemmel et al, 2006). Ambos apresentaram resultados positivos, porém com diferenças na intensidade da expressão dos genes correspondentes. Esses achados podem
futuramente permitir a formulação de drogas mais específicas para determinados micro-organismos periodontais, seja
para sua eliminação ou para a modulação específica do
hospedeiro.
Iwata et al (2007) observaram que macrófagos expostos à hiperglicemia e sob estímulo de lipopolissacarídeos
bacterianos responderam exacerbadamente em relação às
amostras de macrófagos sob o mesmo estímulo em meio
normoglicêmico. Podemos especular que, além dos estímulos locais, fatores sistêmicos e de susceptibilidade individual
podem efetivamente influir nos aspectos celulares específicos e determinar diferentes padrões gênicos. Isso pode explicar a existência de pacientes que, sob estímulos
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microbianos comuns, apresentam diferentes perfis de
periodontite.
Levando em consideração os estudos em Periodontia,
observamos que não há um conceito estabelecido de qual
seja o padrão de normalidade de perfil gênico em células
periodontais. Objetivando estabelecer um perfil gênico relativo ao periodonto saudável, Demmer et al ( 2008), compararam as expressões de genes a partir de biópsias de tecido
periodontal saudável e com periodontite, e mostraram diferenças acentuadas entre eles. O estabelecimento dos perfis
gênicos presentes no periodonto saudável pode permitir a
criação de marcadores genômicos sinalizando precocemente a doença, antes do aparecimento dos seus sinais clínicos
e radiográficos. No entanto, para se estabelecer esse padrão
gênico de periodonto normal, são necessários mais estudos
em periodonto saudável e com subpopulações celulares específicas.
Com relação ao tratamento periodontal, trabalhos recentes mostram a ativação de genes relacionados ao reparo
e regeneração teciduais após o tratamento, reforçando a sua
eficácia (Beikler et al, 2008; Kim et al,2006). Beikler et al (2008)
observaram a inibição dos genes relacionados aos mecanismos imunológicos referentes a danos teciduais e exacerbação dos genes referentes a reparo tecidual após o tratamento, enquanto Kim et al (2006) mostraram, através dessa técnica, que pacientes resistentes ao tratamento, ainda que sob
rigoroso programa de manutenção periodontal, apresentavam genes relacionados à resposta inflamatória ativados,
quando comparados a pacientes sem perfil refratário da doença, também sob manutenção.
Sendo assim, concluímos que a aplicação da tecnologia
de microarrays em Periodontia pode auxiliar no estabelecimento de perfis gênicos de susceptibilidade à doença, com
a detecção precoce e prevenção do seu desenvolvimento.
No entanto, devido às diferentes metodologias aplicadas,
há a necessidade de uma padronização da técnica nos estudos para que seus resultados possam gerar evidências.
ABSTRACT
The aim of this study was to review the literature about
the microarray technology and its application in periodontics.
Microarray analysis has been important for researchers
helping the development of new concepts in the field of
etiopathogenisis and molecular diagnostic, and also defining
standards for gene and protein expression. It embraces the
study of important molecular process, which is part of the
pathogenesis of complex diseases, such as metabolic, selfimmunes, oncologic and cardiovascular diseases. Recently,
microarray analysis has also been applied in periodontal
research. The use of such technique has helped
understanding the cellular interactions during periodontal
health and disease, and also defining different responses to
specific stimuli patterns, i.e, interactions between
microorganisms and host cells. Differences in gene’s
expression profiles can also be seen in those conditions. In
conclusion, the use of microarrays technique in periodontics
might be useful to indicate gene profiles related to disease
susceptibility. However, it’s necessary the standardization of
this technique to validate its results.
UNITERMS: periodontitis; microarrays; gene expression
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Endereço para correspondência:
Karina Schittine Bezerra Lomba
Av. 28 de Setembro, 157 - Sl 216 - Vila Isabel
CEP: Rio de Janeiro - RJ
E-mail: [email protected]
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