busca in silico por genes associados ao desempenho de frangos

BUSCA IN SILICO POR GENES ASSOCIADOS AO DESEMPENHO DE FRANGOS
MF Rosário1*, ASAMT Moura2, MC Ledur3, LL Coutinho4, AAF Garcia5
Bolsista FAPESP (Doutorado-04/02080-2) – Departamento de Genética –ESALQ/USP – [email protected];
2
Docente – Departamento de Produção Animal – FMVZ/UNESP; 3Pesquisadora - Embrapa Suínos e Aves; 4Docente –
Departamento de Zootecnia – ESALQ/USP; 5Docente – Departamento de Genética – ESALQ/USP
1
Introdução
As seqüências dos genomas de diversas espécies,
incluindo o da galinha (1), têm sido depositadas em
bancos de dados, os quais permitem que buscas in
silico sejam realizadas para identificar genes e suas
funções envolvidas no controle de características de
interesse econômico para a avicultura. Dada a
homologia existente entre tais genomas, esta estratégia
pode permitir e facilitar a compreensão da arquitetura
genética destas características para a espécie Gallus
gallus. Assim, este trabalho teve por objetivo empregar
a busca in silico por genes associados ao desempenho
de frangos de corte.
Material e Métodos
Em um estudo prévio, (2) empregando a análise de
marcas simples, verificaram que, dos 17 marcadores
microssatélites avaliados nos cromossomos 1, 3 e 4,
nove apresentaram pelo menos uma associação
significativa (P<0,10) entre o genótipo do marcador e
características de desempenho. Os animais utilizados
pelos autores eram provenientes de uma população
experimental F2 de galinha desenvolvida no Brasil para
mapeamento de QTLs. As características estudadas
foram peso vivo 41 dias (PV), consumo de alimento
(CA), ganho de peso (GP) e eficiência alimentar (EA)
avaliados dos 35-41 dias. A busca in silico se processou
no
NCBI
Map
Viewer
<http://www.ncbi.nlm.nih.gov/mapview/> onde foram
alinhados os mapas molecular, contendo os marcadores
microssatélites, e gênico, contendo os genes para
Gallus gallus. A seguir, se localizou os marcadores
estudados por (2) e, através do alinhamento entre os
mapas, foi possível buscar por gene(s) nas regiões e
proximidades dos marcadores. As funções dos genes
foram
determinadas
pelo
GeneOntology
<http://www.godatabase.org/cgi- bin/amigo/go.cgi>, o
qual combina as funções de genes já descritos entre as
espécies para as quais o seqüenciamento do genoma
está disponível e a espécie em estudo (Gallus gallus).
Resultados e Discussão
Foram identificados nove genes nas regiões dos
marcadores que já tinham sido previamente associados
ao desempenho de frangos por (2). Destes, cinco (55%)
contiveram os marcadores LEI0079, LEI0161,
MCW0116 e MCW0174 em seus intervalos e os demais
(45%) apresentaram distância entre os marcadores e os
genes variando entre 1434 a 8986 bp. Três genes (33%)
não tiveram suas funções determinadas e foi
identificado um micro RNA, o qual provavelmente regule
a expressão do gene LOC418472 cuja função ainda é
desconhecida. Outras funções foram identificadas de
acordo com a Tabela 1. Assim, os genes identificados
neste trabalho necessitam ser mais bem estudados para
que as suas relações com o crescimento de frangos
possam ser efetivamente determinadas, podendo
elucidar a arquitetura genética de características de
interesse econômico para a avicultura, conforme (1).
Conclusão
A busca in silico permite que genes possivelmente
relacionados ao desempenho de frangos sejam
identificados em regiões e proximidades de marcadores
microssatélites.
Bibliografia
1.
2.
International
Chicken
Genome
Sequencing
Consortium. Nature 2004; 432:695-716.
Rosário MF, Ledur MC, Moura ASAMT, Coutinho
LL, Garcia AAF. In: Proceedings of the 30th
INTERNATIONAL CONFERENCE ON ANIMAL
GENETICS; 2006. CDRom.
Tabela 1 – Informações sobre os marcadores utilizados e genes encontrados.
Cromossomo,
Característica
Descrição do gene,
Marcador, Posição
envolvida
Posição em bp
em cM, em bp
GGA1, LEI0160, 309,
102460326-102460573
EA
GGA1, LEI0079, 443,
158352237-158352443
PV, GP e CA
GGA1, MCW0145, 455,
162032735-162032936
CA
GGA3, LEI0161, 113,
35512024-35512111
GGA3, MCW0116, 314,
110574691-110574972
GGA4, MCW0240, 201,
69942858-69943052
GGA4, LEI0085, 231,
85883729-85883989
GGA4, MCW0174, 242,
87837427-87837689
PV
PV e CA
PV, GP e CA
PV, GP, CA e
EA
PV e GP
LOC418472-proteína hipotética,
102310019-102458892
MIRN125B-micro RNA 125B,
102457646-102457735
MYCBP2–proteína ligante 2,
158305464-158512265
LOC418799-similar à proteína Kelch 1,
161817259-162030892
LOC768573-proteína hipotética,
162038823-162067303
SMYD3-domínio 3 contendo SET e MYND,
35201244-35567407
LOC771496-similar à doença hepática e
renal policística 1, 110555169-110612298
LOC770624-similar à proteína glutaredoxina
rica em cisteína 1, 69952038-69988080
MXD4-proteína de MAX dimerização 4,
85853956-85891040
RCJMB04_22g9-proteína ligante C-terminal
1, 87830075-87871088
Função
envolvida
desconhecida
tRNA uridina → tRNA
pseudouridina
sinaptogênese
desconhecida
desconhecida
ativação da transcrição
transporte de elétrons
homeostase celular
regulação da transcrição
redox de NAD e NADH e
biosíntese de L-serina