diversidade genética em loci microssatélites utilizando dna

DIVERSIDADE GENÉTICA EM LOCI MICROSSATÉLITES UTILIZANDO DNA
MITOCONDRIAL DE TILÁPIAS
ALMEIDA, Diones Bender1*; COSTA, Marco André Paldês da1; OLIVEIRA, Plínio
Aguiar de1; BASSINI, Liane Ney1; MOREIRA, Carla Giovani Ávila1; MOREIRA,
Heden Luiz Marques2.
1
Laboratório de Engenharia Genética Animal – LEGA/CENBIOT/UFPel
2
Campus Universitário, s/nº. 96010-900 - Pelotas, RS; Professor adjunto do Departamento de
Zoologia e Genética/UFPel.*[email protected]
Introdução
Em geral, genes mitocondriais são transmitidos a progênie principalmente por
via materna. Ausência de recombinação e altas taxas evolutivas fazem do DNA
mitocondrial uma importante ferramenta no estudo das relações evolutivas entre
indivíduos e populações (Griffiths et al., 2008).
Marcadores microssatélites (SSR) são bastante utilizados para esse propósito
devido principalmente ao seu alto conteúdo polimórfico. Entretanto, até o momento
não estão disponíveis pesquisas empregando repetições microssatélites nessa
mesma fonte de informação genética.
O presente trabalho teve como objetivo identificar e descrever loci
microssatélites em DNA mitocondriais de tilápias, para posterior utilização em
estudos de diversidade genética.
Metodologia
Tomando como base a abordagem in silico para identificar loci SSRs, as
sequências completas do DNA mitocondrial de duas espécies do gênero
Oreochromis (Oreochromis mossambicus e Oreochromis sp.) foram obtidas no
website do National Center for Biotechnology Information (No de Acesso:
NC_007231.1 e NC_009057.1, respectivamente), em setembro de 2009.
As seqüências repetitivas foram caracterizadas pelo programa SSRLocator
(Maia et al., 2008) programado para localizar trechos com pelo menos 12
nucleotídeos de comprimento.
Resultados e Discussão
A tabela 1 apresenta os loci microssatélites identificados, com suas
respectivas posições e notações no DNA mitocondrial de ambas as espécies.
Um total de sete loci microssatélites perfeitos foram identificados na espécie
Oreochromis mossambicus. Quatro destes não foram encontrados dentre os 11 loci
identificados em Oreochromis sp, sendo oito loci deste último grupo não localizado
em O. mossambicus.
Tabela 1 - Descrição de loci microssatélite (≥12nt) identificados no DNA mitocondrial
de duas espécies de tilápia (Oreochromis mossambicus e Oreochromis sp).
Loci
Omo_mt01
Omo_mt02
Omo_mt03
Omo_mt04
Omo_mt05
Omo_mt06
Omo_mt07
Motivo
(AAAAGA)2
(GCCCTC)2
(TTCTCC)2
(GAAATC)2
(TTCTCC)2
(AGTTAC)2
(TCC)4
Inicio
1969
4343
5807
7413
8976
9256
14788
Fim
1980
4354
5818
7424
8987
9267
14799
Notação
l-rRNA
ND2
COX1
COX2
COX3
COX3
CYTB
Loci
Motivo
Inicio
Osp_mt01 (AAAAGA)2 1971
Fim
1982
Notação
l-rRNA
Osp_mt08 (GAAATC)2 7398
7409
COX2
Osp_mt09 (AGTTAC)2 9250
9261
COX3
Osp_mt02 (CCTAAT)2 2890 2901 ND1
Osp_mt03 (TCCTCT)2 3078 3089 ND1
Osp_mt04 (CCCTCG)2 3762 3773 ND1
Osp_mt05 (CCCTAG)2 4336 4347 ND2
Osp_mt06 (TTC)4
5798 5809 COX1
Osp_mt07 (TATTCT)2 6204 6215 COX1
Osp_mt10 (CTT)4
13777 13788 ND5
Osp_mt11 (ACCCCT)2 15649 15660 tRNA-Pro
Omo: Oreochromis mossambicus; Osp: Oreochromis sp; mt: DNA mitocondrial; l-rRNA: RNA
ribossomal grande; ND2: NADH desidrogenase subunidade 2; COX1: citocromo c oxidase
subunidade 1; COX2: citocromo c oxidase subunidade 2; COX3: citocromo c oxidase subunidade 3;
CYTB: citocromo B; ND1: NADH desidrogenase subunidade 1; ND5: NADH desidrogenase
subunidade 5; tRNA-Pro: RNA transportador para prolina.
Variação em DNA mitocondrial de diferentes espécies de peixes tem sido
identificada em vários estudos populacionais (Wolf et al., 2000; Karaiskou et al.,
2003), porém não orientadas por sequências repetitivas.
Conclusões
Diferentes loci SSRs foram identificados em ambos os representantes do
gênero Oreochromis, sendo os mesmos passíveis de utilização em estudos de
diversidade genética.
.
Referências Bibliográficas
GRIFFITHS, A. J. F.; WESSLER, S. R.; LEWONTIN, R. C.; CARROLL, S. B.
Introduction to genetics analysis. 9.ed. New York and Basingstoke: W.H. Freeman
an Co., 2008. 712p.
KARAISKOU, N.; TRIANTAFYLLIDIS, A.; TRIANTAPHYLLIDIS, C. Discrimination of
three trachuus species usin both mitochondrial and nuclear DNA approaches. J.
Agric. Food Chem, v. 51, p. 4935-4940, 2003.
MAIA, L. C.; PALMIERI, D. A.; DE SOUZA, V. Q.; KOPP, M. M.; DE CARVALHO, F.
I.; COSTA DE OLIVEIRA, A. SSR Locator: Tool for Simple Sequence Repeat
Discovery Integrated with Primer Design and PCR Simulation. International Journal
of Plant Genomics, v. 2008, p. 412-696, 2008.
WOLF, C.; BURGENER, M.; HUBNER, P.; LUTHY, J. PCR-RFLP analysis of
mitochondrial DNA: differentiation of fish species. Labensm. -Wiss. -Technol. v.
33, p. 144-150, 2000.