Aula 0.2 - azevedolab.net

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© 2016 Dr. Walter F. de Azevedo Jr.
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Download do eclipse
www.eclipse.org
Antes de fazer o download do eclipse, certifique-se que você tem o Java (JDK)
instalado no seu computador. Vá ao site www.eclipse.org . Clique em download.
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Download do eclipse
www.eclipse.org
Na página de download, escolha a opção do Windows, ou qualquer dos sistemas
operacionais disponíveis.
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Download do eclipse
www.eclipse.org
Escolha o “Eclipse IDE for Java Developers”.
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Download do eclipse
www.eclipse.org
Escolha a versão do sistema operacional para download, por exemplo: Windows 32bit.
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Download do eclipse
www.eclipse.org
Clique “Download”.
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Download do eclipse
www.eclipse.org
Clique “Download” e “OK”.
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Download do eclipse
www.eclipse.org
Localize a pasta zipada do eclipse.
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Instalação do eclipse
www.eclipse.org
Abra a pasta onde se encontra o eclipse e copie a pasta eclipse com “<Ctrl> c”.
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Instalação do eclipse
www.eclipse.org
Copie a pasta eclipse para “Arquivos de Programas”, como mostrado abaixo.
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Instalação do eclipse
www.eclipse.org
Uma vez copiada a pasta, você pode abri-la e criar um atalho para o eclipse.
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Instalação do eclipse
www.eclipse.org
Crie um atalho para o eclipse, posicione o mouse sobre o ícone eclipse e clique com o
botão da direita do mouse, depois vá para opção “Enviar para” e “Área de Trabalho”.
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Rodando o eclipse
www.eclipse.org
Depois clique no ícone do eclipse, para acionar o programa.
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Rodando o eclipse
www.pydev.org
Clique “OK” e o eclipse será acionado. Para ter o Python funcionando, você precisa
instalar o Python. Então, instale o PyDev no eclipse.
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Instalação do PyDev
www.pydev.org
Abaixo você tem o site do PyDev. Neste site você encontra detalhes sobre a
instalação do PyDev, o que possibilita que você use o eclipse como Integrated
Development Enviroment (IDE) para códigos em Python. Clique em “Download”.
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Instalação do PyDev
www.pydev.org
Na página de download você tem informações sobre o processo. Acione o eclipse.
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Instalação do PyDev
www.pydev.org
Com o eclipse aberto, clique em: “Help>Install New Software”, como mostrado abaixo.
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Instalação do PyDev
www.pydev.org
Você terá a janela abaixo.
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Instalação do PyDev
www.pydev.org
Passe o endereço http://pydev.org/updates para o campo “Work with”, como mostrado
abaixo. Clique “Add”.
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Instalação do PyDev
www.pydev.org
Preencha o campo “Name” com PyDev e o campo
http://pydev.org/updates, como indicado abaixo. Depois clique OK.
“Location”
com
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Instalação do PyDev
www.pydev.org
Clique nas opções “PyDev” e “PyDev Mylyn Integration”, mostradas abaixo.
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Instalação do PyDev
www.pydev.org
Clique “Next”.
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Instalação do PyDev
www.pydev.org
A barra verde indica o progresso da instalação.
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Instalação do PyDev
www.pydev.org
Quando aparecer a tela abaixo, clique “Next”.
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Instalação do PyDev
www.pydev.org
Clique em “I accept the terms of the license agrements”, como mostrado abaixo.
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Instalação do PyDev
www.pydev.org
Depois, clique em “Finish”.
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Instalação do PyDev
www.pydev.org
O processo de instalação continua...
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Instalação do PyDev
www.pydev.org
Caso apareça a mensagem abaixo, clique OK.
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Instalação do PyDev
www.pydev.org
Clique em “Brainwy Software; PyDev, Brainwy” e OK.
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Instalação do PyDev
www.pydev.org
A instalação continua...
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Instalação do PyDev
www.pydev.org
Para finalizar a instalação, reinicie o eclipse. Clique “Yes”.
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Instalação do PyDev
www.pydev.org
Pronto. O eclipse está de volta. Vamos verificar se o PyDev está funcionando.
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Instalação do PyDev
www.pydev.org
Clique em “Window>Perspective>Open Perspective>Other...”.
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Instalação do PyDev
www.pydev.org
Se tudo correu bem, você terá o ícone do PyDev, como mostrado abaixo.
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Instalação do PyDev
www.pydev.org
Clique em “PyDev” e depois OK.
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Instalação do PyDev
www.pydev.org
Pronto, PyDev instalado. Podemos programar em Python, usando o eclipse como IDE.
Veja o ícone do PyDev à direita.
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Usando eclipse para Python
www.pydev.org
Para rodarmos um novo programa em Python, clique em “File>New>PyDev Project”.
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Usando eclipse para Python
www.pydev.org
Você terá uma janela para a definição do parâmetros do novo projeto.
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Usando eclipse para Python
www.pydev.org
Selecione as opções mostradas abaixo e clique “Finish”.
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Usando eclipse para Python
www.pydev.org
Você acaba de criar a pasta “Test0”, que, por sua vez, está na pasta
“Documents\Workspace”, ou outra pasta que você tenha definido no início da sessão.
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Usando eclipse para Python
www.pydev.org
Para criar um código em Python, clique em “File>New>File”, como mostrado abaixo.
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Usando eclipse para Python
www.pydev.org
Usaremos a pasta “Test0”, para guardar o nosso novo código, como indicado abaixo.
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Usando eclipse para Python
www.pydev.org
No campo “File Name”, digite o nome do programa, neste exemplo temos o “dark.py”,
não esqueça da extensão “.py”. Depois clique “Finish”.
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Usando eclipse para Python
www.pydev.org
Agora temos a tela para edição do código.
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Usando eclipse para Python
www.pydev.org
Digite o código e depois pressione as teclas “<Ctrl> s” para salvar o arquivo. Para
executar o código pressione as teclas “ <Ctrl> <F11>”.
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Usando eclipse para Python
www.pydev.org
Você terá a tela abaixo, pressione “Python Run” e depois OK.
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Usando eclipse para Python
www.pydev.org
A tela de resultados é mostrada abaixo.
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Usando eclipse para Python
www.pydev.org
A tela no retângulo azul indica as pastas que estão no workspace. São os projetos
criados.
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Usando eclipse para Python
www.pydev.org
A tela no retângulo verde indica o editor de códigos em Python (tela de edição).
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Usando eclipse para Python
www.pydev.org
A tela no retângulo azul indica os resultados da execução do código mostrado na tela
de edição.
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Usando eclipse para Python
www.pydev.org
Para sair pressione “File>Exit”, como mostrado abaixo.
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Referências
-BRESSERT, Eli. SciPy and NumPy. Sebastopol: O’Reilly Media, Inc., 2013. 56 p.
-DAWSON, Michael. Python Programming, for the absolute beginner. 3ed. Boston: Course Technology, 2010. 455 p.
-HETLAND, Magnus Lie. Python Algorithms. Mastering Basic Algorithms in the Python Language. Nova York: Springer
Science+Business Media LLC, 2010. 316 p.
-IDRIS, Ivan. NumPy 1.5. An action-packed guide dor the easy-to-use, high performance, Python based free open source
NumPy mathematical library using real-world examples. Beginner’s Guide. Birmingham: Packt Publishing Ltd., 2011. 212 p.
-KIUSALAAS, Jaan. Numerical Methods in Engineering with Python. 2ed. Nova York: Cambridge University Press, 2010. 422
p.
-LANDAU, Rubin H. A First Course in Scientific Computing: Symbolic, Graphic, and Numeric Modeling Using Maple, Java,
Mathematica, and Fortran90. Princeton: Princeton University Press, 2005. 481p.
-LANDAU, Rubin H., PÁEZ, Manuel José, BORDEIANU, Cristian C. A Survey of Computational Physics. Introductory
Computational Physics. Princeton: Princeton University Press, 2008. 658 p.
-LUTZ, Mark. Programming Python. 4ed. Sebastopol: O’Reilly Media, Inc., 2010. 1584 p.
-MODEL, Mitchell L. Bioinformatics Programming Using Python. Sebastopol: O’Reilly Media, Inc., 2011. 1584 p.
-TOSI, Sandro. Matplotlib for Python Developers. Birmingham: Packt Publishing Ltd., 2009. 293 p.
Última atualização:20 de julho de 2016.
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Colophon
This text was produced in a DELL Inspiron notebook with 6GB of memory, a 750 GB
hard disk, and an Intel® Core® i5-3337U CPU @ 1.80 GHz running Windows 8.1. Text
and layout were generated using PowerPoint 2013. This tutorial uses Arial font.
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Author
I graduated in Physics (BSc in Physics) at University of Sao Paulo (USP) in 1990. I
completed a Master Degree in Applied Physics also at USP (1992), working under
supervision of Prof. Yvonne P. Mascarenhas, the founder of crystallography in Brazil.
My dissertation was about X-ray crystallography applied to organometallics compounds
(De Azevedo Jr. et al.,1995).
During my PhD I worked under supervision of Prof. Sung-Hou Kim (University of
California, Berkeley. Department of Chemistry), on a split PhD program with a
fellowship from Brazilian Research Council (CNPq)(1993-1996). My PhD was about the
crystallographic structure of CDK2 (Cyclin-Dependent Kinase 2) (De Azevedo Jr. et al.,
1996). In 1996, I returned to Brazil. In April 1997, I finished my PhD and moved to Sao Jose do Rio Preto (SP,
Brazil) (UNESP) and worked there from 1997 to 2005. In 1997, I started the Laboratory of Biomolecular SystemsDepartment of Physics-UNESP - São Paulo State University. In 2005, I moved to Porto Alegre/RS (Brazil), where I
am now. My current position is coordinator of the Laboratory of Computational Systems Biology at Pontifical
Catholic University of Rio Grande do Sul (PUCRS). My research interests are focused on application of computer
simulations to analyze protein-ligand interactions. I'm also interested in the development of biological inspired
computing and machine learning algorithms. We apply these algorithms to molecular docking simulations, proteinligand interactions and other scientific and technological problems. I published over 160 scientific papers about
protein structures and computer simulation methods applied to the study of biological systems (H-index: 36).
These publications have over 4000 citations. I am editor for the following journals:
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