EG - TP1-5

Mestrado em Engenharia Biomédica
Engenharia Genética
Relatório
TP5 – Tipagem Molecular de Isolados Clínicos de Burkholderia cepacia
Relatório realizado por:
Tatiana Sirgado nº58412
Miguel Amador Rosa nº58484
Joana David Nunes nº58497
João Silva Marques nº58513
1º Semestre, Ano Lectivo 2008/2009
TP 5
Engenharia Genética
2008/2009
Resultados Obtidos
Este trabalho tinha como objectivo a abordagem a uma técnica muito utilizada em
Engenharia Genética, a Tipagem Molecular. Neste caso em particular, foi realizada a análise de
resultados de uma Tipagem Molecular de Isolados Clínicos de Burkholderia cepacia. Foram-nos
fornecidos sinais de hibridação de vários perfis, os quais foram estabelecidos e analisados
posteriormente por nós. A imagem dos sinais de hibridação fornecida foi a seguinte:
Figura 1- Sinais de Hibridação fornecidos para análise
Com base nesta imagem, discriminámos os vários perfis numa matriz binária cujas colunas
correspondiam aos vários indivíduos e cujas linhas correspondiam à presença (1) ou ausência (0)
de um determinado fragmento. A matriz construída com esta imagem foi a seguinte:
2
TP 5
Engenharia Genética
A
1
1
0
1
0
0
1
0
1
0
1
0
0
0
0
0
1
1
0
0
1
0
0
0
0
B
0
0
0
0
1
0
1
0
1
0
0
0
0
0
0
0
1
1
0
0
1
0
0
0
0
C
0
0
0
0
1
0
1
0
1
0
0
0
0
0
0
0
1
1
0
0
1
0
0
0
0
D
0
0
0
0
0
1
1
0
1
1
0
1
0
0
0
0
1
1
0
0
1
0
0
0
1
E
0
0
0
0
0
0
0
1
1
1
1
0
0
0
0
1
1
1
1
1
1
0
1
1
0
F
0
0
0
1
0
1
1
0
1
1
1
1
0
0
0
0
1
1
0
0
1
0
0
0
1
G
0
0
1
0
1
0
1
1
1
0
0
0
0
1
0
0
1
1
0
0
1
1
0
0
0
H
0
0
1
0
1
0
1
1
1
0
0
0
0
1
0
0
1
1
0
0
1
1
0
0
0
2008/2009
I
0
0
0
0
0
0
0
0
1
1
1
1
0
0
0
1
1
1
1
1
1
0
1
1
0
J
0
0
1
0
1
0
1
1
1
1
0
0
0
1
0
0
1
1
0
0
1
1
0
0
0
K
0
0
0
1
0
0
0
0
1
0
0
0
1
0
1
0
1
1
0
1
1
0
0
0
0
Tabela 1- Matriz Binária utilizada para a construção do dendograma que reflecte os dados obtidos da Figura 1
Após a construção desta matriz, esta foi tratada computacionalmente recorrendo a
software apropriado, que culminou com a obtenção de um dendograma, que estabelece a
semelhança entre os vários indivíduos apresentados. O dendograma obtido foi o seguinte:
Figura 2 - Dendograma obtido como resultado final
3
TP 5
Engenharia Genética
2008/2009
Discussão dos Resultados
Os resultados obtidos nesta actividade podem ser observados no dendograma que se
encontra em Resultados Obtidos. Este gráfico relaciona todos os indivíduos em análise e mostranos a semelhança entre eles. Através de uma análise breve, podemos ver que b e c são iguais
entre si, pois apresentam uma semelhança de 1.00. Por outro lado, vemos que a semelhança
mínima que se encontra entre dois quaisquer indivíduos escolhidos ao acaso é de 0.47. Isto levanos a concluir que existe uma grande semelhança entre os vários indivíduos, o que seria de
esperar, pois sabemos que são todos da mesma espécie, mas de estirpes diferentes. Este é um
processo bastante fácil de levar a cabo, e permite, por exemplo, verificar se duas culturas em
estudo possuem ou não a mesma informação genética. Isto pode ser muito importante na
determinação de, por exemplo, padrões de virulência em determinadas espécies, como é o caso
de Burkholderia cepacia, e consequente distinção entre estirpes virulentas e não virulentas.
Podemos concluir que o objectivo desta actividade foi atingido, pois foi-nos possível
construir o dendograma através da nossa interpretação dos dados da experiência. De salientar que
o passo de interpretação dos sinais de hibridação é o passo mais complicado e que pode dar
origem a mais erros, pois é sempre uma avaliação um tanto ao quanto subjectiva e susceptível de
não estar completamente correcta. Existem nalguns casos fragmentos “arrastados” que não é
perceptível se serão 2 fragmentos ou apenas 1. De qualquer forma, apesar das dificuldades, foinos possível perceber a importância desta técnica no âmbito da cadeira.
4