Apresentação: Python é uma linguagem de programação simples e

Apresentação:
Python é uma linguagem de programação simples e poderosa, usada em muitas aplicações, desde tarefas
simples a grandes projetos de desenvolvimento de software. Muitas empresas que atuam nas áreas da Saúde,
Biotecnologia e Farmacêutica usam o Python para, por exemplo, análise em grande escala de dados biológicos e
descoberta de fármacos. O objetivo deste curso é capacitar o aluno a aplicar o Python para os problemas que
surgem no dia a dia em laboratórios de Bioinformática e/ou Simulação Computacional. Embora o curso almeje
cobrir um conjunto limitado de aplicações específicas, espera-se que os alunos saiam com conhecimento
suficientemente generalizado para aplicar a programação em qualquer tipo de projeto de pesquisa em áreas
afins.
Objetivos:
Através de aulas práticas, proporcionar ao aluno uma visão geral do Python voltado para aplicações nas áreas
da Biologia, Bioinformática e Simulação Computacional.
Público-alvo:
Alunos e profissionais das áreas Biológica, Farmacêutica, Biomédica, Biotecnológica, Médica, Química e afins
Conteúdo programático:
O curso será ministrado em 12 aulas (seis dias), totalizando um total de 42 horas-aula. Destas, duas aulas serão
teóricas onde serão abordados os princípios básicos da linguagem de programação Python. Quatro aulas serão
de caráter prático, onde os alunos serão orientados a desenvolver programas em Python de forma a abordar
Dia 1 - Introdução ao Python:
Manipulação de Tipos numéricos: Inteiros, Ponto flutuantes, Booleanos e Complexos;
Operadores aritméticos: +, -, *, /, %, **, +=, -=, *=, /=, %=, **=;
Operador de atribuição: =
Operadores de comparação: >, <, ==, >=, <=, <>, !=, is, in;
Operadores lógicos: and, or, not;
Texto (strings): Mapeamento e manipulação;
Manipulação de listas: Inserção e subtração de elementos. Como obter informações sobre a lista;
Dicionários: Elementos de um dicionário. Adição e subtração de elementos. Alteração de elementos.
Dicionários como estrutura de dados.
Dia 2 – Introdução ao Python 2:
Comparação entre strings e pattern matching;
Laços: For, While; Terminando um laço usando condição interna;
Manipulação de arquivos: Abrir um arquivo existente, criar um novo arquivo, escrever em um arquivo,
modificar um arquivo existente, usando a função Split, fechando arquivos;
Funções: Definição e utilização de funções;
Classes: Definição e utilização de classes.
Dia 3 – Manipulação de arquivos e Pattern Matching em sequências de DNA.
Dia 4 - Ensemble docking usando o autodock vina e python
Dia 5 - Ensemble docking usando o autodock vina e python
Dia 6 – Múltiplas dinâmicas molecular usando o Gromacs e Python.
Ministrante: Prof. Hermes Luís Neubauer de Amorim - Possui graduação em Quimica pela Universidade
Luterana do Brasil (1994), mestrado em Química pela Universidade Federal do Rio Grande do Sul (1997) e
doutorado em Biologia Celular e Molecular pela Universidade Federal do Rio Grande do Sul (2003). Atualmente é
professor adjunto do Curso de Química e coordenador do Programa de Pós-Graduação em Genética e
Toxicologia Aplicada, modalidade Mestrado Profissional, da Universidade Luterana do Brasil (ULBRA). Também
atua como docente orientador no Programa de Pós-Graduação em Biologia Celular e Molecular Aplicada a
Saúde da ULBRA. Tem experiência na área de Química, com ênfase em Modelagem Molecular e Bioinformática,
atuando principalmente nos seguintes temas: bioinformática, dinâmica molecular, relações estrutura-função de
macromoléculas biológicas e planejamento racional de agentes terapêuticos.