programa geral e ementas - Pós
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PROGRAMA DE PÓS-GRADUAÇÃO “BIODIVERSIDADE VEGETAL E MEIO AMBIENTE” INSTITUTO DE BOTÂNICA ÁREA: BIODIVERSIDADE NÍVEIS: MESTRADO E DOUTORADO 2014 APRESENTAÇÃO O Programa de Pós-Graduação do Instituto de Botânica, em BIODIVERSIDADE VEGETAL E MEIO AMBIENTE – Área Botânica, é o único do país que abrange desde plantas avasculares até vasculares, incluindo fungos e cianobactérias. O objetivo do Programa é formar e aperfeiçoar profissionais para interpretar as situações de impacto ambiental que afetam os ecossistemas terrestres e aquáticos visando sua preservação ou recuperação e enfrentando, para tanto, os desafios e avanços científicos e tecnológicos nas áreas de Botânica e Meio Ambiente. O Programa foi aprovado pelo Conselho Técnico Científico da CAPES, com conceito 4, em reunião realizada em 25-26 de julho de 2002, cujo resultado foi publicado em Diário Oficial da União (DOU) de 21 de dezembro de 2002, Seção 1, página 43. Foi reconhecido pelo MEC através da Portaria no. 3949, de 30/12/2002, como “Stricto Sensu”, Mestrado e Doutorado, publicada em DOU de 31/12/2002, Seção I - página 31. Em 2005 tal reconhecimento foi reafirmado pela Portaria MEC no. 2878 de 24/08/2005, DOU de 26/08/2005, e, em 2008, pela Portaria MEC no. 524 de 29/04/2008, publicada no DOU de 30/04/2008. O primeiro Regimento do Programa, Portaria IBt 006 de 12 de setembro de 2002, foi publicado em 13 de setembro de 2002. O atual Regimento em vigor, Portaria IBt 011 de 15 de junho de 2007, foi publicado em 16 de junho de 2007 no Diário Oficial do Estado, Seção I - página 33 e seu conteúdo pode ser consultado ao final das ementas das disciplinas. A Comissão de Pós-Graduação (CPG) é assim constituída: Coordenadora Geral / Presidente o Dra. Celia Leite Sant’Anna Vice-Coordenador Geral / Vice-Presidente o Dr. Regina Maria de Moraes Coordenadora da Área de Plantas Avasculares e Fungos em Análises Ambientais (PAF) o Dra. Carla Ferragut Vice-Coordenadora da Área de Plantas Avasculares e Fungos em Análises Ambientais o Dra. Nair Sumie Yokoya Coordenador da Área de Plantas Vasculares em Análises Ambientais (PVA) o Dr. Fabio de Barros Vice-Coordenadora da Área de Plantas Vasculares em Análises Ambientais o Dra. Edenise Segala Alves Secretaria da Pós-Graduação Fone: 0xx11-5067 6038 www.biodiversidade.pgibt.ibot.sp.gov.br 2 CONTEÚDO pg CORPO DOCENTE 04 REGIME DIDÁTICO 07 ÁREAS DE CONCENTRAÇÃO 07 DISCIPLINAS COMUNS ÀS DUAS ÁREAS 08 DISCIPLINAS PAF - PLANTAS AVASCULARES E FUNGOS 65 DISCIPLINAS PVA – PLANTAS VASCULARES 84 ANEXO - REGIMENTO DO CURSO 125 3 CORPO DOCENTE ORIENTADORES – NÚCLEO PERMANENTE E COLABORADORES Plantas Avasculares e Fungos em Análises Ambientais (PAF) Andréa Tucci – Núcleo de Pesquisa em Ficologia Adriana de M. Gugliotta – Núcleo de Pesquisa em Micologia Carla Ferragut – Núcleo de Pesquisa em Ecologia Carlos E. de M. Bicudo – Núcleo de Pesquisa em Ecologia Carmen L.A. Pires-Zotarelli – Núcleo de Pesquisa em Micologia Célia L. Sant’Anna – Núcleo de Pesquisa em Ficologia Denise de C. Bicudo – Núcleo de Pesquisa em Ecologia Luciana R. de Carvalho – Núcleo de Pesquisa em Ficologia Marina Capelari – Núcleo de Pesquisa em Micologia Mutue T. Fujii – Núcleo de Pesquisa em Ficologia Nair S. Yokoya – Núcleo de Pesquisa em Ficologia Plantas Vasculares em Análises Ambientais Armando R. Tavares – Núcleo e Pesquisa em Plantas Ornamentais Catarina de C. Niévola – Núcleo e Pesquisa em Plantas Ornamentais Cláudio J. Barbedo – Núcleo de Pesquisa em Sementes Cynthia F. Pinto da Luz – Núcleo de Pesquisa em Palinologia Edenise S. Alves – Núcleo de Pesquisa em Anatomia Eduardo L. M.Catharino – Núcleo de Pesquisa Orquidário do Estado Eduardo P. C. Gomes – Núcleo de Pesquisa em Ecologia Fábio de Barros – Núcleo de Pesquisa Orquidário do Estado Gerleni L. Esteves – Núcleo de Pesquisa Curadoria do Herbário de São Paulo Inês Cordeiro – Núcleo de Pesquisa Curadoria do Herbário de São Paulo Luiz M. Barbosa – Núcleo de Pesquisa em Ecologia Márcia R. Braga – Núcleo de Pesquisa em Fisiologia e Bioquímica Marcos P. M. Aidar – Núcleo de Pesquisa em Fisiologia e Bioquímica Maria Angela M. Carvalho – Núcleo de Pesquisa em Fisiologia e Bioquímica Maria Cláudia M. Young – Núcleo de Pesquisa em Fisiologia e Bioquímica Maria das Graças L. Wanderley – Núcleo de Pesquisa Curadoria do Herbário de São Paulo Maria Tereza G. Guaratini – Núcleo de Pesquisa em Ecologia Marília Gaspar – Núcleo de Pesquisa em Fisiologia e Bioquímica Marisa Domingos – Núcleo de Pesquisa em Ecologia Regina M. de Moraes – Núcleo de Pesquisa em Ecologia Rita de Cássia L.Figueiredo-Ribeiro – Núcleo de Pesquisa em Fisiologia e Bioquímica Rosangela Simão-Bianchini – Núcleo de Pesquisa Curadoria do Herbário de São Paulo Sérgio Romaniuc Neto – Núcleo de Pesquisa Curadoria do Herbário de São Paulo Silvia R. de Souza – Núcleo de Pesquisa em Ecologia Vivian Tamaki – Núcleo de Pesquisa em Plantas Ornamentais 4 COLABORADORES EM DISCIPLINAS E/OU ORIENTADORES PONTUAIS Pesquisadores, Visitantes e Pós-Doutorandos do Instituto de Botânica Adriana H. Hayashi – Núcleo de Pesquisa em Anatomia Agnes E. Luchi – Núcleo de Pesquisa em Anatomia Andréa M. Corrêa – Núcleo de Pesquisa Orquidário do Estado Carla Z. S. Camargo – Núcleo de Pesquisa em Ecologia Cintia Kameyama - Núcleo de Pesquisa Curadoria do Herbário de São Paulo Clovis J. F. de Oliveira Junior – Núcleo de Pesquisa em Plantas Ornamentais Dácio R. Matheus – Núcleo de Pesquisa em Micologia Danilo C. Centeno – Núcleo de Pesquisa em Fisiologia e Bioquímica Denilson F. Peralta – Núcleo de Pesquisa em Briologia Diclá P. Santos – Núcleo de Pesquisa em Ficologia Domingos S. Rodrigues – Núcleo de Pesquisa em Plantas Ornamentais Edison P. Chu – Núcleo de Pesquisa em Fisiologia e Bioquímica Emerson A. da Silva – Núcleo de Pesquisa em Fisiologia e Bioquímica Fábio Pinheiro – Núcleo de Pesquisa Orquidário do Estado Iracema H. Schoenlein-Crusius – Núcleo de Pesquisa em Micologia José I. de Souza – Núcleo de Pesquisa em Micologia José M. Barbosa – Núcleo de Pesquisa em Sementes Kelly Simões – Núcleo de Pesquisa em Fisiologia e Bioquímica Luce M. B. Torres – Núcleo de Pesquisa em Fisiologia e Bioquímica Luciano M. Esteves – Núcleo de Pesquisa em Palinologia Marcia I. M. S. Lopes – Núcleo de Pesquisa em Ecologia Maria Amélia V. Cruz Barros – Núcleo de Pesquisa em Palinologia Maria Beatriz R. Caruzo – Universidade Federal de São Paulo – Campus de Diadema Maria Candida H. Mamede – Núcleo de Pesquisa Curadoria do Herbário de São Paulo Maria Margarida R. Fiuza de Melo – Núcleo de Pesquisa Curadoria do Herbário de São Paulo Marie Sugiyama – Núcleo de Pesquisa - Curadoria do Herbário de São Paulo Michel N. Benatti – Núcleo de Pesquisa em Micologia Nelson Augusto dos Santos Junior – Núcleo de Pesquisa em Sementes Olga Yano – Núcleo de Pesquisa em Briologia Patricia Bulbovas – Núcleo de Pesquisa em Ecologia Patricia C. P. da Silva – Núcleo de Pesquisa Curadoria do Herbário de São Paulo Rogério M. Suzuki – Núcleo de Pesquisa Orquidário do Estado Rosely A. P. Grandi – Núcleo de Pesquisa em Micologia Shoey Kanashiro – Núcleo de Pesquisa em Plantas Ornamentais Silvia M. P. B. Guimarães – Núcleo de Pesquisa em Ficologia Solange C. Mazzoni-Viveiros – Núcleo de Pesquisa em Anatomia Tarciso Filgueiras – Núcleo de Pesquisa Curadoria do Herbário de São Paulo/Universidade de Brasília, DF Vera L. R. Bononi – Núcleo de Pesquisa em Micologia Vera M. V. Vitali – Núcleo de Pesquisa em Micologia 5 Docentes de Outras Instituições Ana M. B. Iseppon – Universidade Federal de Pernambuco Arsenio J. A. Mallea – Instituto de Oceanografia – Recife/PE Bruno Tomio Goto – Universidade Federal de Pernambuco Décio L. Semensatto Junior – Universidade Federal de São Paulo – Campus de Diadema Eduardo Leãno – Universidade de Bangkok, Tailândia Elaine Malosso – Universidade Federal de Pernambuco Eric C. Smidt – Universidade Federal do Paraná Gilson L. Volpato – Universidade Estadual Paulista – Campus de Registro Gladstone Alves da Silva – Universidade Federal de Pernambuco Iuri Goulart Baseia – Universidade Federal do Rio Grande do Norte Jhoana D. Larrea – Universidade Autonoma Metropolitana-Izpalapa, México João Semir – Universidade de Campinas João V. C. Nunes – Universidade Estadual Paulista – Campus de Registro John P. Smol – Queen's University, Canadá Leonardo C. Mazza – Universidade de Alcalá, Espanha Leonor Costa Maia – Universidade Federal de Pernambuco Luís M. Bini – Universidade Federal de Goiás Martin F. Pareja – Universidade Federal de Lavras Patrícia G. Morgante – Universidade Estadual Paulista – Campus de Botucatu 6 REGIME DIDÁTICO MESTRADO Duração máxima de 26 meses: Disciplinas (mínimo de 25 créditos); Dissertação e defesa (85 créditos); Proficiência na língua inglesa; Exame de qualificação entre 12 e 18 meses. DOUTORADO Duração máxima de 48 meses; Disciplinas (mínimo de 40 créditos, incluindo 30 créditos equivalentes à homologação do título de mestre); Tese e defesa (165 créditos); Proficiência na língua inglesa; Exame de qualificação entre 18 e 30 meses. ÁREAS DE CONCENTRAÇÃO PLANTAS AVASCULARES E FUNGOS EM ANÁLISES AMBIENTAIS (PAF) Linhas Ecologia e Biomonitoramento de Ambientes Terrestres e Aquáticos Diversidade e Sistemática PLANTAS VASCULARES EM ANÁLISES AMBIENTAIS (PVA) Linhas Ecologia e Biomonitoramento de Ambientes Terrestres e Aquáticos Fisiologia e Bioquímica Florística e Sistemática DISCIPLINAS As disciplinas do Programa de PG estão organizadas em três grupos: BMA - comuns às duas áreas de concentração do Programa em “Biodiversidade Vegetal e Meio Ambiente (BMA)”; PAF - disciplinas específicas da área de Plantas Avasculares e Fungos em Análises Ambientais (PAF); PVA - disciplinas específicas da área de Plantas Vasculares em Análises Ambientais (PVA). Informações pormenorizadas sobre cada uma delas podem ser obtidas nas ementas que se seguem. 7 DISCIPLINAS COMUNS ÀS DUAS ÁREAS 8 BMA 01 - BIOSSEGURANÇA PROFESSOR RESPONSÁVEL: Dr. Edison Paulo Chu Carga Horária Teórica Prática (por semana) (por semana) 2h 1h Estudos (por semana) Duração Total Créditos 1h 15 semanas 60 horas 4 EMENTA A disciplina visa fornecer conhecimento teórico e prático que desperte os discentes à uma conduta profissional e individual que garanta a biossegurança em laboratórios e meio ambiente, estabelecendo procedimentos de segurança individual, atividades técnicas (boas práticas laboratoriais) e aspectos gerais (arquitetura de laboratório, gerenciamento de produtos químicos e uso de equipamentos científicos). PROGRAMA RESUMIDO 1. Conceito de Biossegurança – descrição e boas práticas laboratoriais 2. Caracterização dos agentes físicos, químicos e biológicos que atuam no meio ambiente e em laboratórios – riscos em laboratórios de saúde, ensino e pesquisa 3. Métodos de prevenção de ocorrências de acidentes e suas características – montagem de laboratórios seguros, equipamentos de proteção individual e coletiva 4. Legislação Brasileira e Internacional de Biossegurança 5. Gerenciamento de resíduos químicos e biológicos - reciclagem 6. Biossegurança em laboratórios e meio ambiente 7. Biossegurança e organismos geneticamente modificados (OGM) 8. Bioindicadores naturais de poluição BIBLIOGRAFIA BÁSICA Commitee on Prudent Practices for Handling, Storage, and Disposal of Chemicals in Laboratories 2000. Prudent Practices in the Laboratory: Handling and disposal of Chemicals, 3a. ed., Washington: National Research Council and National Academy Press, 444pp. (disponível em www.nap.edu/catalog/4911.html) Coyne, G. S. 1992 The Laboratory Handbook of Materials, Equipment, and Technique. Englewood Cliffs: Prentice Hall, 468pp. Custers, R. (Ed) 2004. Biosafety in the Laboratory, Zwijnaarde: Flanders Interuniversity Institute for Biotechnology, 71pp (disponível na rede internet) Hirata, M. H. & J. Mancini Filho 2002 Manual de Biossegurança. Barueri: Editora Manole, 496pp. Minister of Health (Canada) 2004. The Laboratory Biosafety Guidelines, 3a. ed., Ottawa: Minister of Health Canada, 125pp. (disponível na rede internet) Richmond, J.Y. (Ed) 1998. Bioseguridad em Laboratórios de Microbiologia y Biomedicina, 4ª. Ed., Atlanta: Centro de Control y Prevencion de Enfermedades e Washington: CDC/NIH (disponível em www2.umdnj.edu, biosafety) World Health Organization (WHO) 2004. Laboratory Biosafety Manual, 3ª. Ed., Genova: WHO/ONU, 186pp (disponível na rede internet) 9 Zubrick, J. W. 1997. The Organic Chem Lab Survival Manual. A Student´s Guide to Techniques. New York: John Wiley & Sons, 381 pp. 10 BMA 02 – NOMENCLATURA TAXONÔMICA VEGETAL PROFESSOR RESPONSÁVEL: Dr. Carlos Eduardo de Mattos Bicudo Carga Horária Teórica Prática (por semana) (por semana) 15h 25h Estudos (por semana) Duração Total Créditos 5h 1 semana 45 horas 3 EMENTA Visa a fornecer conhecimento teórico e prático sobre a nomenclatura taxonômica e os princípios do Código que regem sua aplicação em botânica. PROGRAMA RESUMIDO 1. O CINB: o que é, como está constituído e como utilizá-lo. 2. Princípios, artigos, recomendações e notas. 3. Publicação efetiva e publicação válida. 4. Tipos nomenclaturais e tipificação. 5. Prioridade e limitação do princípio. 6. Retenção, escolha e rejeição de nomes e epítetos. 7. Nomes conservados. BIBLIOGRAFIA BÁSICA LIVRO Código Internacional de Nomenclatura Botânica. (IMPORTANTE: última edição disponível = Código de Vienna, 2006). PERIÓDICO Taxon 11 BMA 04 - SEMINÁRIOS GERAIS PROFESSORA RESPONSÁVEL Coordenadora do Curso: Dra. Celia Leite Sant’Anna Carga Horária Teórica Prática (por semana) (por semana) Estudos (por semana) Duração Distribuição a ser definida em cada semestre Total Créditos 30 horas 2 EMENTA Esta disciplina será ministrada em conjunto para os alunos de todas as linhas e áreas de concentração, permitindo maior integração e motivação entre alunos e docentes do curso, intercâmbio de conhecimentos e divulgação de resultados de pesquisa. A disciplina visa a propiciar uma visão holística da ciência, abordando temas atuais e temas polêmicos sobre as origens, os conceitos e a situação atual da biodiversidade. Serão convidados para apresentar os seminários especialistas desta e de outras instituições para os temas mais abrangentes e será dada oportunidade aos alunos do curso para apresentarem seus proprios resultados quando já suficientes para essa finalidade. PROGRAMA RESUMIDO O programa será variável em função dos temas selecionados e da disponibilidade dos palestrantes. 12 BMA 05 - TÓPICOS ESPECIAIS EM BIODIVERSIDADE CONSERVAÇÃO DE AMBIENTES NATURAIS E PROFESSORA RESPONSÁVEL Coordenadora do Curso: Dra. Celia Leite Sant’Anna Carga Horária Teórica Prática (por semana) (por semana) Estudos (por semana) A definir de acordo com cada disciplina Duração Total Créditos 30 horas (mínimo) 2 (mínimo) EMENTA A disciplina será oferecida por professores colaboradores, nacionais e do exterior, especialmente convidados, visando a fornecer conhecimentos teóricos sobre aspectos da biodiversidade e da conservação de recursos e ambientes naturais não abordados no elenco de disciplinas ofertadas pelo Curso. PROGRAMA RESUMIDO A ser definido em cada caso pelo professor responsável, em conjunto com o coordenador da disciplina. BIBLIOGRAFIA A ser definida em cada caso pelo professor responsável, em conjunto com o coordenador da disciplina. OBSERVAÇÃO Seguem abaixo ementa, programa resumido e bibliografia básica das disciplinas aprovadas pelo Conselho do curso de Pós-Graduação para ser ministrada Tópicos Especiais. 13 BMA 05.1 – ECOLOGIA DA DISPERSÃO PROFESSORA RESPONSÁVEL: Dra Maria Tereza Grombone Guaratini PROFESSORES COLABORADORES: Dr. João Semir e Dra. Valéria Forni Martins Carga Horária Teórica Prática (por semana) (por semana) 20h 10h Estudos (por semana) Duração Total Créditos 8h 2 semanas 76 horas 5 EMENTA Esta disciplina, com aulas teóricas e práticas, têm por objetivo introduzir os conceitos fundamentais e hipóteses de dispersão, como a influência da dispersão na dinâmica de populações e na estrutura de comunidades, agentes dispersores, evolução da dispersão, e invasões biológicas, além de promover a discussão sobre trabalhos recentes na literatura. A parte prática envolverá a discussão de métodos envolvidos no estudo de dispersão e o desenvolvimento de projeto em grupo, em campo, e sobre dispersão de sementes. PROGRAMA RESUMIDO TEORIA 1. 2. 3. 4. 5. 6. 7. 8. 9. O significado do movimento entre os organismos. Curvas de dispersão; a hipótese de Janzen-Connell Padrões de distribuição; dispersão e abundância O desenvolvimento da teoria de metapopulações Agentes dispersores Dispersão primária e secundária Invasões biológicas Metodologia de estudo de dispersão: métodos clássicos e genéticos Evolução de frutos PRÁTICA Serão realizadas práticas na área florestal da Reserva do Parque Estadual das Fontes do Ipiranga, São Paulo, SP. AVALIAÇÃO Participação 15% da nota final Apresentação de projeto em duplas 35 % da nota final Avaliação de monografia 50% da nota final BIBLIOGRAFIA BÁSICA Begon, M., Townsend, C.R. E Harper, J. 2007. Ecologia; de indivíduos a Ecossistemas. 4ª edição. Artmed, Porto Alegre. 752p. Harper, J. 1977. Population Biology of Plants. Academic Press, London. 892p. 14 Forget, P.-M., Lambert, J.E., Hulme, P.E. E Vander Wall S.B. 2005. Seed fate: predation, dispersal and seedling establishment. CABI, Cambridge. 41p. Levine, J.M. & Murrell, D. 2003. The community-level consequences of seed dispersal patterns. Annals Review of Ecology Evolution and Systematic 34: 549-574. Nathan, R. & Muller-Landau, C. 2000. Spatial patterns of seed dispersal, their determinants and consequences for recruitment. TREE 15: 278-285. Martins V. F., Guimarães, P.R., Haddad, C.R.B. & Semir, J. 2009.The effect of ants on the seed dispersal cycle of the typical myrmecochorous Ricinus communis. Plant Ecology 205: 213-222. Vinha, D., Alves, L.F. Zaidan, L.B.P. & Grombone-Guaratini, M.T. The soil seed bank after 7 years of bamboo dominance in a Tropical Forest in SE Brazil. 2011. Landscape and Urban Planning 99: 178-185 15 BMA 05.2 – ECOLOGIA E BIOTECNOLOGIA DE FUNGOS PROFESSORAS RESPONSÁVEIS: Dra. Vera L.R. Bononi, Dra. Adriana M. Guigliotta e Dra. Vera Vitali Carga Horária Teórica Prática (por semana) (por semana) 4h 2h Estudos (por semana) Duração Total Créditos 3h 10 semanas 90 horas 6 EMENTA Preparar o aluno para atuar no campo da micologia, com enfoque principal em ecologia e biotecnologia, fornecendo uma visão dos grupos de fungos, de suas relações com os demais seres vivos e sua aplicação atual em processos biotecnológicos, incluindo princípios teóricos, técnicas e tendências atuais da biotecnologia. PROGRAMA RESUMIDO 1. Noções gerais de fisiologia e ecologia de fungos e seu papel na absorção e ciclagem de nutrientes e processos de fermentação sólida e em meio líquido 2. Produção de biomassa: zigomicetos na indústria de alimentos, farmacêutica, biorremediação e controle biológico 3. Bioconversão de resíduos lignocelulósicos: cogumelos comestíveis 4. Micorrizas: endo e ectomicorrizas, taxonomia e ecologia 5. Aplicações de micorrizas na produção de mudas e recomposição de áreas degradadas 6. Metabólitos secundários de fungos e suas aplicações BIBLIOGRAFIA BÁSICA Anke, T. Fungal biotechnology. Chapman & Hall, 1997, 409p. Arora,D.K, ELANDER, R.P.& MUKERGI, K.G. 1992. Handbook of Applied Mycology Vol.4: Fungal Biotetechnology Mareel Dekker, New York 1114p. Boddy, L.; Frankland, J.C.; West, P.V. ( eds.) 2008. Ecology of Saprotrophic Basidiomycetes. Londo:Elseveir 372p. Bononi, V.L.R. (org.) 1998. Zigomicetos, basidiomicetos e deuteromicetos: noções básicas de taxonomia e aplicações biotecnológicas, São Paulo: Instituto de Botânica, Secretaria de Estado do Meio Ambiente, 184p. Bononi, V.L.R.; Capelari M.; Maziero,R.;Trufem,S.F.B. 1995. Cultivo de Cogumelos Comestíveis São Paulo: Ícone, 1995 206p Burnet, J. 2003. Fungal Population and Species. University Press, Oxford. 348p. Cannon, P.F,; Kirk, P.M. 2007 Fungal Families of the World. Cabi, Wallingford, 456p. Dighton, J.; White, J.F.; Oudemans, P. (eds.) 2005. The Fungal Community: Its Ofrganization and Role em the Ecosystem. Mycology, 3ª ed. New York:CRC Press, volume 23, 936p., Glaszer, A.N. & Nikaido,H. (2007) Microbial Biotecnology: Fundamentals of applied Microbiology 2ª ed. New York:Cambridge University Press, 554p. Heijden, M.G.A.; Sanders I.R. 2003. Mycorrhizal Ecology. Heidelberg: Verlag Berlin.469p. 16 Khachatourians, G.G. & Dilip, K.A. 2001-2002. Applied Mycology and Biotechnology. Amsterdam: Elsevier, vol. 1 e 2, 435 e 347. Melo, I. S. & Azevedo, J.L. (eds.) 2008. Microbiologia Ambiental 2ª Ed. Ver ampl. Jaguariuna:Embrapa. 647p. Mueller, G.M., Bills, GF, Foster, M.S. Biodiversity of Fungi: Inventory and Minitoring Methods. Elsevier academic press. 2004 Pfleger , F.L.; Linderman, R.G. 1996. Mycorrhizae and plant health. St. Paul: APS Press. 344p. Schenck, N.C. ed. 1982. Methods and principles of Mycorrhizal Research. St.Paul: The Ameriican Phytopathological Society. 234p. Smith, J.E. 2004. Biotechnology, Studies in Biology, 4ª ed. Cambridge New York:University Press, 271p. Söderström, B.& Wicklow, D.T. 1997. The Mycota: Environmental and Microbial Relationship. New York: Springer 373p. 17 BMA 05.3 – FUNDAMENTOS DE QUÍMICA ORGÂNICA E PRÁTICAS LABORATORIAIS PROFESSORA RESPONSÁVEL: Dra. Luciana Retz de Carvalho Carga Horária Teórica Prática (por semana) (por semana) 4h 0h Estudos (por semana) Duração Total Créditos 2h 15 semanas 60 horas 4 EMENTA: Conceitos básicos sobre concentração e dilução de soluções, química de compostos do carbono e seus principais grupos funcionais, pH e polaridade alem de princípios de cromatografia e de técnicas para extração, isolamento e purificação de substancias orgânicas. PROGRAMA RESUMIDO 1. Conceito de concentração e de dilução. Moralidade. 2. Concentração hidrogênica. pH. 3. Introdução à Química dos compostos de carbono 4. Principais classes funcionais dos compostos orgânicos 5. Eletronegatividade. Estruturas de Lewis. A polaridade na Química. 6. Conceito de reação química. 7. Técnicas cromatográficas. 8. Técnicas para extração, isolamento e purificação de substancias orgânicas. BIBLIOGRAFIA BÁSICA Bauer, K., Gros, L. & Sauer, W. 1990. Thin layer chromatography. – Na introduction. Merck. Collins, C.H., Braga, G. & Bonato, P.S. 2006. Fundamentos de Cromatografia. Editora Unicamp. Malone, L.J. 2008. Basic concepts of Chemistry. Editora Wiley Scude, P.H. Eletron flow in organic chemistry. John Wiley & Sons, Inc. Silva, R.R. 2006. Calculos basicos da Química. Editora Edufscar. 18 BMA 05.4 - LATIM INSTRUMENTAL PARA BOTÂNICOS PROFESSOR RESPONSÁVEL: Dr. Tarciso S. Filgueiras Carga Horária Teórica Prática (por semana) (por semana) 15h Estudos (por semana) Duração Total Créditos 15h 2 semanas 60 horas 4 0h EMENTA A disciplina tem por objetivos: fornecer elementos básicos da estrutura gramatical do latim botânico; ensinar o uso de literatura especializada para tradução e versão do latim; permitir a elaboração de textos de descrições e diagnoses de táxons novos; ensinar a composição de nomes novos em latim. PROGRAMA RESUMIDO 1. Língua latina: importância, história, evolução. 2. Latim botânico: importância, história. 3. Gramática latina: declinações, verbos, preposições, conjunções. 4. Exercícios práticos sobre os conteúdos abordados 5. Tradução e versão de textos latinos históricos e contemporâneos. 6. Descrições e Diagnoses: teoria e prática. 7. Elaboração de descrições e diagnoses 8. Composição de nomes novos em latim PROCEDIMENTOS DIDÁTICOS: 1. 2. 3. 4. 5. 6. 7. Aulas teóricas sobre a gramática latina . Técnicas de como utilizar a bibliografia especializada Leitura e análise de textos clássicos de latim botânico Tradução de textos científicos botânicos Versão de textos científicos botânicos Elaboração de diagnoses latinas Exercícios orais e escritos BIBLIOGRAFIA BÁSICA Baranov, A. 1971. Basic Latin for Plant Taxonomists. Lehe. Brown, R.W. 1979.Composition of scientific words. Washington, DC. Cabrera , A. L. 1946. Nociones sobre redacción de diagnosis y terminologias botánica empleada en la misma. Bol. Soc. Argent. Bot. 1: 253-279. Ferreira, A. G. 1983. Dicionário de Latim-Português, Porto, Porto Editora Ltda. Ferreira, A. G. 1983. Dicionário de Português-Latim, Porto, Porto Editora Ltda. Filgueiras, T.S. 1997. In defense of Latin for describing new taxa. Taxon 46: 747-749. Filgueiras, T.S. & Prado, J. 2009. Proposal do maintain the terminations of plant names citing in validadting Latin description or diagnosis in a new protologue. Taxon 58(2):658-672. Manara, B. 1989. Latín básico para botánicos. Ernstia 55: 1-155. 19 Rizzini, C.T. 1979. Latim para biologistas. Rio de Janeiro. Academia Brasileira de Ciências. stern, w. t. 1983. Botanical Latin, London, David & Charles. 20 BMA 05.5 – MÉTODOS DE ESTUDO PARA AVALIAÇÃO DA QUALIDADE AMBIENTAL, UTILIZANDO AS ALGAS MARINHAS BENTÔNICAS COMO INDICADORAS PROFESSORES RESPONSÁVEIS: Dr. Arsenio José Areces Mallea e Dra. Mutue Toyota Fujii Carga Horária Teórica Prática (por semana) (por semana) 25h 15h Estudos (por semana) Duração Total Créditos 5h 1 semana 45 horas 3 EMENTA Aplicação dos princípios básicos para o uso de uma categoria biológica na diagnose ambiental, levando em conta as escalas de organização biológica: vantagens e limitações de seu uso para a bioindicação e monitoramento de qualidade ambiental. PROGRAMA RESUMIDO 1. As algas marinhas bentônicas como ferramenta de trabalho e seu modo de emprego: características ecofisiológicas, características fitogeográficas e características ecológicas; 2. Identificação da severidade e extensão dos processos de eutrofização mediante o uso de macrofitobentos; 3. Elaboração de mapas de sensibilidade; 4. Algas marinhas bentônicas na conformação da linha base durante a implementação do processo de gestão integrada da zona costeira (GIZC). SISTEMA DE AVALIAÇÃO: Elaboração de relatório com resultados da pesquisa para posterior publicação BIBLIOGRAFIA BÁSICA Alcolado, P.M.; García, E.E. Y Espinosa, N. 1999. Protección de la Biodiversidad y Desarrollo Sostenible en el Ecossistema Sabana-Camagüey, Proyecto GEF/PNUD Sabana-Camagüey CUB/92/G31, CESYTA S.L., Madrid. Brodie, J. & Lewis, J. 2007. Unravelling the Algae: the past, present, and future of algal systematics. The Systematics Association. CRC Press, Boca Ratton, 376 p. Hoek, C. van den, Mann, D.G. & Jahans, H.M. 1997, Algae: an introduction to Phycology. Cambridge University Press, Cambridge, 627 p. Littler, M.M., Littler, S.D. 1985. Handbook of Phycological Methods. Ecological Field Methods: Macroalgae. Cambridge University Press, 633 p. Lobban, C. S. & Harrison, P. J. 1994. Seaweed Ecology and Physiology. Cambridge University Press, Cambridge, 366 p. Lüning, K. 1990, Seaweeds. Their Environmental, Biogeography, and Ecophysiology. Wylwy-Interscience Publication, New York, 527 p. Murray, S.N., Ambrose, R.E. & Dethier, M.N. 2006. Monitoring Rocky Shores. University of California Press, Berkeley, 220 p. 21 Pereira, R. C. & Soares-Gomes, A. (org.) 2002. Biologia Marinha. Editora Interciência Ltda, Engenho Novo, 382 p. Schmitt, R.J.& Osenberg, C.W. 1996. Detecting Ecological Impacts – Concepts and Applications en Coastal Habitats. Academic Press, San Diego. 401 p. Zar, J.H. 1996. Biostatistical Analysis. Prentice-Hall, New Jersey, 300 p. 22 BMA 05.6 – POACEAE: MORFOLOGIA, FILOGENIA E DISTRIBUIÇÃO TAXONOMIA, PROFESSOR RESPONSÁVEL: Dr. Tarciso de Sousa Filgueiras Carga Horária Teórica Prática (por semana) (por semana) 20h 20h Estudos (por semana) Duração Total Créditos 5h 2 semanas 90 horas 6 EMENTA A disciplina tem por objetivos: fornecer conhecimentos básicos de morfologia, sistemática, taxonomia, filogenia, ecologia, distribuição geográfica e importância econômica de representantes da família Poaceae; identificar representantes da família com o uso de chaves de identificação e textos especializados; reconhecer os principais grupos de Poaceae. PROGRAMA RESUMIDO 1. Breve história da domesticação de plantas. Origens da agricultura de grãos 2. Poaceae ou Gramineae. Importância econômica, ecológica e cultural. 3. Morfologia da família: Sistema radicular, rizomas, colmos, folhas e apêndices, 4. Sinflorescências. A espigueta e suas partes. A flor. O fruto (cariopse). O embrião. A plântula. 5. Anatomia dos órgãos vegetativos. 6. Filogenia. Sistemas de classificação. Uso de chaves de identificação. 7. Coleta de plantas para estudos científicos. Herbário. Coleções vivas. Bambusetum. 8. Excursão (Reserva do PEFI e de Paranapiacaba) para observação e coleta de material. BIBLIOGRAFIA BÁSICA Chase, A. & Sendulsky, T. 1991. Primeiro Livro de Gramíneas. Instituto de Botânica. São Paulo. Clayton, W.D. & Renvoize, S. A. 1986. Genera Graminum: Grasses of the World. Her Majesty´s Stationary Office. Kew. Filgueiras, T.S. & Santos-Gonçalves, A.P. 2004. A checklist of the basal grasses and bamboos in Brazil. Bamboo Science & Culture 18: 7-18. Filgueiras, T.S. No prelo. Gramíneas dos Cerrados do Brasil. GPWG (The grass phylogeny working group). 2001. Phylogeny and subfamiliar classification of grasses (Poaceae). Annals of the Missouri Botanical Garden 88: 373457. Judziewicz, E.J., Clark, L.G., Londoño, X. & Stern, M.J. 1999. American bamboos. Smithsonian Institution, Washiington, DC. Longhi-Wagner, H.M. 1990. Flora da Serra do Cipó, Minas Gerais: Gramineae I. Chloridoideae (1). Boletim de Botânica, Universidade de São Paulo 12: 15-42. 23 Longhi-Wagner, H.M. 1999. O gênero Aristida (Poaceae:Choridoideae) no Brasil. Boletim de Botânica, Universidade de São Paulo 12: 113-179. Longhi-Wagner, H.M. (ed.) Poacae. In: Wanderley, M.G.L., Shepherd, G.J. & Giulietti, A.M. (orgs.) Flora Fanerogàmica do Estado de São Paulo. vol. 1. Soderstrom, T.R., Hilu, K. W. H., Watson, L. & Dallwitz, M.J. 1992. The Grass Genera of the World. C.A.B. International. Wallingford. Zuloaga, F. O., Morrone, O., Davidse, G., Filgueiras, T.S., Peterson, P.M., Soreng, R. J. & Judziewicz, E. 2003. Catalogue of the New World grasses. Contrib. U.S. Natl. Herb. 46:1-662. 24 BMA 05.7 – SISTEMÁTICA DE MONOCOTILEDÔNEAS COM ÊNFASE NA ORDEM POALES PROFESSORA RESPONSÁVEL: Dra. Maria das Graças L. Wanderley Carga Horária Teórica Prática (por semana) (por semana) 3h 2h Estudos (por semana) Duração Total Créditos 1h 15 semanas 90 horas 6 EMENTA Propiciar aos alunos o conhecimento teórico-prático das Monocotiledôneas visando o reconhecimento das principais famílias do grupo, especialmente da ordem Poales sensu APG II. A disciplina fornecerá os seguintes aspectos: a) noções e conceitos básicos sobre os estudos em taxonomia de fanerógamas; b)caracterização geral e sistemas de classificação em monocotiledôneas; c) caracterização morfológica das principais famílias, especialmente da ordem Poales; d) treinamento do uso de chaves de identificação ao nível de família, gênero e espécies, com ênfase nas espécies ocorrentes no estado de São Paulo. PROGRAMA RESUMIDO 1. A importância dos inventários florísticos, floras e revisões taxonômicas no conhecimento e conservação da diversidade vegetal; 2. Conceitos básicos, técnicas de coleta, preparação de descrições e uso de chaves de identificação em taxonomia de fanerógamas; 3. Caracterização e sistemas de classificação em Monocotiledôneas; 4. Caracterização morfológica das principais famílias de Monocotiledôneas; 5. Morfologia e taxonomia das principais famílias da ordem Poales; 6. Treinamento do uso de chaves de identificação, especialmente das espécies de Monocotiledôneas ocorrentes no estado de São Paulo. BIBLIOGRAFIA BÁSICA: APG II. 2003. An update of the angiosperm phylogeny group classification for the orders and families of flowering plants: APG II. Botanical Journal of the Linnean Society 141: 399-436. Cronquist, A. 1981. An integrated system of classification of flowering plants. Columbia University Press. Dahlgren, R. & Clifford, T. H. 1982. The Monocotyledons. A comparative Study. Academic Press, London. Dahlgren, R.; Clifford, T. H. & Yeo, P. E. 1985. The Families of the Monocotyledons: Structure, Evolution and Taxonomy. Springer-Verlag, Berlin. Judd,W. S., Campbell, C.S., Kellogg, E.A. & Stevens, P.F. 1999. Plant Systematics: a Phylogenetic approach. Sinauer Associates Inc., Sunderland. Longhi-Wagner, H.M. et al 2001. Poaceae In Flora Fanerogâmica do Estado de São Paulo. FAPESP/HUCITEC . 25 Wanderley, M.G.L. et al 2002. Flora Fanerogâmica do Estado de São Paulo.Vol. 2 FAPESP/HUCITEC Wanderley, M.G.L.et al 2003. Flora Fanerogâmica do Estado de São Paulo. Vol. 3 FAPESP/RIMA. Wanderley, M.G.L. et al 2005. Flora Fanerogâmica do Estado de São Paulo. Vol. 4 FAPESP/RIMA. 26 BMA 05.8 – TAXONOMIA DE BROMELIACEAE PROFESSORA RESPONSÁVEL: Dra. Maria das Graças Lapa Wanderley Carga Horária Teórica Prática (por semana) (por semana) 13h 13h Estudos (por semana) Duração Total Créditos 4h 2 semanas 60 horas 4 EMENTA Fornecer aos alunos o conhecimento teórico e prático sobre morfologia e taxonomia de Bromeliaceae, permitindo a identificação nos níveis de subfamília, gênero e espécie, com ênfase aos táxons nativos no estado de São Paulo. Dar informações sobre os sistemas de Classificação na família. Permitir ao aluno conhecer aspectos da distribuição geográfica, endemismos e conservação das bromélias. PROGRAMA RESUMIDO 1. Caracterização, distribuição geográfica e importância econômica 2. Sistemas de classificação 3. Adaptações ecológicas e plasticidade dos caracteres morfológicos 4. Métodos de coleta e importância das coleções de herbário 5. Descrições e preparação de chaves de identificação 6. A importância de floras regionais e revisões genéricas 7. Aulas práticas para o reconhecimento e identificação de gêneros e espécies BIBLIOGRAFIA BÁSICA Benzing, D.H. 2000. Bromeliaceae: profile of an adaptive radiation. Cambridge University Press, Cambridge, United Kingdom. Smith, L. B. & Downs, R. J. 1974. Pitcairnioideae (Bromeliaceae). Flora Neotropica Monograph 14 (1) New York, Hafner Press. 1-658p. Smith, L.B. & Downs, R.J. 1977. Tillandsioideae (Bromeliaceae). Flora Neotropica Monograph 14 (2) New York, Hafner Press. 663-1492p. Smith, L.B. & Downs, R.J. 1979. Bromelioideae (Bromeliaceae). Flora Neotropica Monograph 14 (3). New York, Halfner Press. 1493-2141p. Wanderley, M. G. L. & Mollo, L. 1992. Flora fanerogâmica da Ilha do Cardoso (são Paulo, Brasil) Bromeliaceae. In: Melo, M. M. R. F. et al. (eds.). vol. 3: 89-140. Wanderley, M. G. L. & Moreira, B. A. 2000. Flora Fanerogâmica do Parque Estadual das Fontes do Ipiranga (São Paulo, Brasil): 178-Bromeliaceae. Hoehnea 27(3): 259-278. Wanderley, M.G.L. & Forzza, R.C. 2003. Flora de Grão Mogol – Bromeliaceae. Boletim de Botânica da Universidade de São Paulo 21(1): 131-139. 27 BMA 05.9 - TAXONOMIA DE ORCHIDACEAE, COM ÊNFASE EM GÊNEROS E ESPÉCIES DO BRASIL PROFESSOR RESPONSÁVEL: Dr. Fábio de Barros Carga Horária Teórica Prática (por semana) (por semana) 13h 13h Estudos (por semana) Duração Total Créditos 4h 2 semanas 60 horas 4 EMENTA: Fornecer base teórica e prática sobre morfologia e taxonomia de orquídeas permitindo a identificação em níveis de gênero e espécie, principalmente para os téxons ocorrentes no Brasil. Dar informações sobre sistemas de classiicação e filogenia da família. PROGRAMA RESUMIDO: 1. Introdução às orquídeas 2. Características morfológicas de importância taxonômica 3. Principais sistemas de classificação da família Orchidaceae 4. Identificação de gêneros de orquídeas 5. Identificação de espécies de orquídeas ocorrentes no Brasil 6. Filogenia da família Orchidaceae BIBLIOGRAFIA BÁSICA: Cameron, K.M., Chase, M.W., Whiten, W.M., Kores, P.J., Jarrell, D.C., Albert, V.A., Yukawa, T., Hills, H.G. & Goldman, D.H. 1999. A phylogenetic analysis of the Orchidaceae: evidence from rbcL nuceleotide sequences. American Journal of Botany. 86(2): 208-224. Cogniaux, A. 1893-1896. Orchidaceae. In C.F.P. Martius, A.W. Eichler & I. Urban (eds.) Flora brasiliensis. Lipsiae, Monachii, vol. 3, pars 4, p. 1-672. Cogniaux, A. 1898-1902. Orchidaceae In C.F.P. Martius, A.G. Eichler & I. Urban (eds.) Flora brasiliensis. Lipsiae, Monachii, vol. 3, pars 5, p. 1-663. Cogniaux, A. 1904-1906. Orchidaceae. In C.F.P. Martius, A.G. Eichler & I. Urban (eds.) Flora brasiliensis. Lipsiae, Monachii, vol. 3, pars 6, p. 1-604. Dressler, R.L. 1981. The Orchids. Natural History and Classification. Harvard University. Cambridge. Dressler, R.L. 1993. Phylogeny and Classification of the Orchid Family. Dioscorides Press. 314p. Hoehne, F.C. 1940. Orchidaceas. In F.C Hoehne (ed.) Flora Brasilica. Secretaria da Agricultura, São Paulo, vol. 12, fasc. 1, p. 1-254. Hoehne, F.C. 1942. Orchidaceas. In F.C Hoehne (ed.) Flora Brasilica. Secretaria da Agricultura, São Paulo, vol. 12, fasc. 6, p. 1-128. Hoehne, F.C. 1945. Orchidaceas. In F.C Hoehne (ed.) Flora Brasilica. Secretaria da Agricultura, São Paulo, vol. 12, fasc. 2, p. 1-389. Hoehne, F.C. 1949. Iconografia das Orchidaceas do Brasil. Secretaria da Agricultura. São Paulo. 28 Hoehne, F.C. 1953. Orchidaceas. In F.C Hoehne (ed.) Flora Brasilica. Secretaria da Agricultura, São Paulo, vol. 12, fasc. 7, p. 1-397. Pabst, G.F.J. & Dungs, F. 1975. Orchidaceae Brasilienses I. Kurt Schmersow. Pabst, G.F.J. & Dungs, F. 1977. Orchidaceae Brasilienses II. Kurt Schmersow. Pridgeon, A.M.; Cribb, P.; Chase, M. & Rasmussen, F.N. 1999 Genera Orchidacearum. vol. 1. General Introduction, Apostasioideae, Cypripedioideae. Oxford University Press. Pridgeon, A.M.; Cribb, P.; Chase, M. & Rasmussen, F.N. 2001 Genera Orchidacearum. vol. 2. Orchidoideae (Part 1). Oxford, Oxford University Press. Pridgeon, A.M., Cribb, P., Chase, M. & Rasmussen, F.N. 2003. Genera Orchidacearum. vol. 3. Orchidoideae (Part 2), Vanilloideae. Oxford University Press. Oxford. 29 BMA 05.10 - ÍNDICES DE DIVERSIDADE E ANÁLISE DE ESTRUTURA DE COMUNIDADES PROFESSOR RESPONSÁVEL: Prof. Dr. Décio Luis Semensatto Junior Carga Horária Teórica Prática (por semana) (por semana) 25h 25h Estudos (por semana) Duração Total Créditos 5h 1 semana 45 horas 3 EMENTA A disciplina visa capacitar os alunos no planejamento e execução de análises de estruturas de comunidades empregando índices de diversidade. Abrangerá: conceitos fundamentais de ecologia de comunidades; abundância e riqueza de espécies; índices de diversidade; índices de similaridade aplicados a comunidades; Análise Hierárquica de Cluster (AHC) e introdução à utilização de softwares para análise de estrutura de comunidades. PROGRAMA Conceitos fundamentais de Ecologia de Comunidades; Padrões de distribuição de abundâncias; Índice alfa-Fisher (α); Índice de Simpson (S); Equitatividade de Simpson (E); Índice de Shannon (H’); Equitatividade de Pielou (J’); Índice de McIntosh (D); Equitividade de McIntosh (E); Índice de Brillouin (B); Índices de similaridade para comparação de comunidades (Jaccard, Dice-Sorensen e Bray-Curtis); Análise Hierárquica de Cluster (AHC ou HCA) aplicada à análise de comunidades; Diversidade beta; Introdução ao software PAST e ao uso do Excel para execução de cálculos. Exercícios práticos. BIBLIOGRAFIA BÁSICA BEGON, M.; TOWNSEND, C.R.; HARPER, J.L. Ecology: from individuals to ecosystems. 4th ed. Oxford: Blackwell Publishing, 2006, 738p. KREBS, C.J. Ecology: the experimental analysis of distribution and abundance. 4th ed. New York: Harper Collins College Publishers, 1994, 801p. KREBS, C.J. Ecological Methodology. 2nd ed., Addison-Wesley Educational Publishers, Inc., 1999, 620 p. MAGURRAN, A.E. Measuring Biological Diversity. Blackwell Publishing, Oxford, UK. 2004. 256 p. McINTOSH, R.P. An index of diversity and the relations of certain concepts of diversity. Ecology, v. 48, p. 392-404, 1967. 30 PIELOU, E. C. An Introduction to Mathematical Ecology. New York: Wiley-Interscience, 1969. 286 p. PINTO-COELHO, R.M. Fundamentos em Ecologia. Porto Alegre: Artmed Editora, 2000. 252p. 31 BMA 05.11 - REDAÇÃO CIENTÍFICA INTERNACIONAL PROFESSOR RESPONSÁVEL: Dr. Gilson Luiz Volpato Carga Horária Teórica Prática (por semana) (por semana) 16h ----- Estudos (por semana) Duração Total Créditos 14h 3 dias 30 horas 2 EMENTA A disciplina visa capacitar os alunos na estruturação e redação científica visando publicação em periódicos de nível internacional. Para isso, inicialmente será discutida base teórica e filosófica da construção do conhecimento científico, o que guiará a prática da estrutura de cada parte do texto científico, incluindo a construção de frases. PROGRAMA Bases sobre Ciência (Ciência empírica, objetividade científica, ciência e tecnologia); Bases sobre Publicação Científica (Porque publicar, O que publicar, Critérios e Avaliação da Atividade Científica, Onde aprender a publicar, A Escolha do Periódico, Passos para a Publicação); A Lógica da Pesquisa Científica; A Criatividade no Processo Científico (A escolha do objetivo da pesquisa); Delineamento Experimental; Bases teóricas para redação (A Arte da redação, O texto como argumento lógico, Seqüência da redação e Autoria científica); Estruturação das partes do texto científico (Resumo, Conclusões, Resultados, Material e Métodos, Discussão, Introdução, Título e Citações); A construção de frases. BIBLIOGRAFIA BÁSICA Barber B. Resistência dos cientistas à descoberta científica. Ciência e Cultura, v.28, p.4050, 1976. Beveridge, W.I.B. Sementes da descoberta científica. TA Queiroz Editores e Edusp: São Paulo, 1981. Bickenbach, J.E.; Davies, J.M. Good reasons for better argument; an introduction to the skill and values of critical thinking. Broadview Press: Toronto, 1997. Bornmann, L., Nast, I., Daniel, H-D. Do editors and referees look for signs of scientific misconduct when reviewing manuscripts? A quantitative content analysis of studies that examined review criteria and reasons for accepting and rejecting manuscripts for publication. Scientometrics v.77, p.415-432, 2008. Chalmers, A.F. O que é ciência afinal? Editora Brasiliense: São Paulo, 1993. Davis, M. Scientific papers and presentations. Academic Press: San Diego, London, 1997. Day, R.A. How to write and publish a scientific paper. 5 ed. Oryx Press: Phoenix, 1998. Gopen, G.D.; Swan, J. The science of scientific writing. Am. Sci., v.78, p.550-558, 1990. Hacker, D. The Bedford Handbook, 7ª ed. Bedford: New York, 2006. Hirsch, J.E. An index to quantify an individual's scientific research output. PNAS Proc. Nat. Acad. Sci. U. S. A., v.102, p.16569-16572, 2005. 32 Kuhn, T.S. A estrutura das revoluções científicas. 2 ed. Editora Perspectiva: São Paulo, 1978. Maddox, J. Making publication more respectable. Nature, v.369, p.353, 1994. Magnusson, W.E. How to write backwards. Bull. Ecol. Soc. Am., v.77, p.88, 1996. Popper, K.R. Conhecimento objetivo. Editora da USP/Livraria Itatiaia Editora: São Paulo/Belo Horizonte, 1975. Popper, K.R. A lógica da pesquisa científica. 9 ed. Editora Cultrix: São Paulo, 1993. Russel, B. História da filosofia ocidental. v.1-3. Companhia Editora Nacional: São Paulo, 1977. Timpane, J. How to convince a reluctant scientist. Sci. Am., Jan, p. 84, 1995. Volpato, G.L. Pérolas da Redação Científica. Cultura Acadêmica: São Paulo, 2010. Volpato, G.L. Administração da vida científica. Cultura Acadêmica: São Paulo, 2009. Volpato, G.L. Publicação Científica. 3 ed. Cultura Acadêmica: São Paulo, 2008. Volpato, G.L. Bases teóricas para a redação científica. Cultura Acadêmica/Scripta Editora: São Paulo/Vinhedo, 2007. Volpato, G.L. Ciência: da filosofia à publicação. 5 ed. Cultura Acadêmica/Scripta Editora: São Paulo/Vinhedo, 2007. Volpato, G.L. Dicas para Redação científica. 3 ed. Cultura Acadêmica, São Paulo, 2010. Zar JH. Biostatistical Analysis. 4ª ed. Prentice Hall, New Jersey, 1999. Zugman, F. O mito da criatividade. Campus: São Paulo, 2008. 33 BMA 05.12 – CITOTAXONOMIA BÁSICA PROFESSORA RESPONSÁVEL: Dra. Andréa Macedo Corrêa PROFESSORES COLABORADORES Dra. Ana Paula de Moraes e Dr. Fábio de Barros Carga Horária Teórica Prática (por semana) (por semana) 15h 20h Número de Vagas: mínimo 03 Estudos (por semana) Duração Total Créditos 10h 1 semana 45 horas 3 máximo 10 EMENTA Serão abordados caracteres cariotípicos: número cromossômico, morfologia e tamanho cromossômico, distribuição de eucromatina e heterocromatina e de seqüências de DNA (hibridação de DNA in situ). Principais seqüências de DNA utilizadas na hibridação in situ. Metodologia para estudos cromossômicos: coloração convencional, bandamentos diversos e hibridação in situ. Evolução cariotípica: alterações cromossômicas numéricas (poliploidia, aneuploidia/disploidia, agmatoploidia) e estruturais (adição, deleção, inversão, translocação, transposição, etc). O uso da citogenética como ferramenta para a taxonomia de plantas. PROGRAMA RESUMIDO 1. Apresentação. Estrutura do cromossomo / Mitose e Meiose / Estrutura da cromatina (teórico/prático) 2. Bandeamento/Cariótipo e Ideograma / FISH (teórico/prático) 3. Alterações cromossômicas / Alterações numéricas / Alterações estruturais (teórico/prático) 4. Citotaxonomia e evolução (Seminário) - discussão de artigos (teórico/prático) 5. Apresentação dos seminários e resultados das práticas Forma de ensino: aulas expositivas e discussão de trabalhos recentes da área, aulas práticas em laboratório. Seminário: Dr. Fábio de Barros – Uso da citogenética como ferramenta para a taxonomia de grupos de Orchidaceae. Avaliação: Apresentação de seminários sobre trabalhos relacionados às aulas ministradas; apresentação dos resultados obtidos nas aulas práticas. Observação: Os alunos que tiverem interesse em utilizar seu material de tese ou dissertação, para a confecção de lâminas nas aulas práticas, devem procurar a Dra. Andréa, no núcleo do Orquidário, no momento da matrícula na disciplina. 34 BIBLIOGRAFIA BÁSICA APPLES, R.; MORRIS, R.; GILL, B.S. & MAY, C.E. 1998. Chromosome Biology. Boston, Kluwer Academic Publishers. BORZAN, Z. & SCHLARBAUM, S.E. (ed.)1993. Cytogenetic studies of Forest trees and shrubs species – contributions by members of the IUFRO cytogenetics Working Party. Zagreb, Hrvatske Sume, Sumarski fakultet Sveucilista. CLARK, M.S. & WALL, W.J. 1996. Chromosomes – the complex code . Oxford, Chapman & Hall. DARLINGTON, C.D. & LA COUR,L.F. 1976. The handling of chromosomes. London, George Allen & Unwin Ltda. DYER, A. 1979. Investigating chromosomes . London, Edward Arnold. GUERRA, M. 1988. Introdução à Citogenética Vegetal. Rio de Janeiro, Editora Guanabara S.A. GUERRA, M. & SOUZA, M.J. 2002. Como observar cromossomos. Ribeirão Preto, FUNPEC. HENRIQUESGIL, N.; PARKER, J.S. & PUERTAS, M.J. (eds.). 1997. Chromosomes today, vol 12. London, Chapman & Hall. JAHIER, J. 1996. Techniques of Plant Cytogenetics. Enfield, Science Publishers, Inc. JOHN, B. & LEWIS, K.R. 1979. Hierarquia cromossômica: introdução à Biologia dos cromossomos . Rio de Janeiro, LTC; São Paulo, EDUSP. JONES, R.N. & REES, H. 1982. B Chromosomes. London, Academic Press. KING, M. 1995. Species evolution – the role of chromosome change . Cambridge, Cambridge University Press. LEITCH, A.R.; SCHWARZACHER, T.; JACKSON, D. & LEITCH, I.J. 1994. In situ hybridization: a practical guide . Oxford, BIOS Scientific Publishers Limited. LEVIN, D.A. 2002. The role of chromosomal change in plant evolution . Oxford, Oxford University Press. MOORE, D.M. 1976. Plant Cytogenetics. London, Chapman and Hall. RIEGER, R.; MICHAELIS, A.; GREEN, M.M. 1976. Glossary of Genetics and Cytogenetics . 4 a ed. Berlin, SpringerVerlag. SHARMA, A. & SEN, S. 2002. Chromosome Botany. Enfield, Science Publishers, Inc. SHARMA, A.K. & SHARMA, A. 1994. Chromosome techniques: a manual . Chur (Switzerland), Hardwood Academic Publishers. SHARMA, A.K. & SHARMA, A. 1999. Plant chromosomes – analysis, manipulation and engineering. Amsteldijk, Harwood Academic Publishers. SCHWARZACHER, T. & HESLOPHARRISON, P. 2000. Practical in situ hybridization . Oxford, BIOS Scientific Publishers Limited. STEBBINS, G.L. 1971. Chromosomal evolution in higher plants . London, Edward Arnold Publishers, Ltda. SUMNER, A.T. 1990. Chromosome banding . London, Unwin Hyman. SUMNER, A.T. 2003. Chromosomes – organization and function . Malden, Blackwell Publishing. SWANSON, C.P.; MERZ, T.; YOUNG, W.J. 1969. Citogenética . São Paulo, Editora da Universidade de São Paulo. SWANSON, C.P.; MERZ, T.; YOUNG, W.J. 1981. Cytogenetics. The chromosomes in division, inheritance and evolution . Englewood Cliffs, PrenticeHall, Inc. WHITE, M.J.D. 1977. Os cromossomos . São Paulo, Editora da Universidade de São Paulo. 35 Periódicos: Serão selecionados artigos para leitura em diversos periódicos, como: Annals of Botany / American Journal of Botany Botanical Journal of the Linnean Society / Caryologia / Cytologia Cytogenetic and Genome Research / Chromosome Research / Molecular Biology Plant Systematics and Evolution Genetics and Índices de Números Cromossômicos: http://www.mobot.org 36 BMA 05.13 – BIOSSISTEMÁTICA MOLECULAR E VEGETAL PROFESSORA RESPONSÁVEL: Dra. Ana Maria Benko Iseppon Carga Horária Teórica Prática (por semana) (por semana) 15h Estudos (por semana) Duração Total Créditos - 2 semanas 45 horas 3 30h Necessário que o aluno tenha computador EMENTA A disciplina visa introduzir o discente aos princípios da sistemática molecular, com o uso de marcadores moleculares, sequências de DNA e/ou proteínas, associados ou não a caracteres morfológicos e fisiológicos. Desdobramentos, vantagens, desvantagens e limitações dos procedimentos existentes serão discutidos no que tange à evolução dos mais diversos grupos de eucariotos, com enfoque em vegetais. O aluno será introduzido às bases teóricas e práticas para o adequado desenho experimental de um projeto envolvendo sistemática molecular, incluindo discussões e simulações conduzidas em conjunto. PROGRAMA Sistemática e Diversidade Biológica Métodos Numéricos (Fenética) Métodos Filogenéticos (Cladística) Tempo e Forma: Pleisiomorfia e Apomorfia Grupos Monofiléticos e Merofiléticos Sinapomorfias, Homoplasias, Simplesiomorfias e Reversões Organismos Modelo: Por que, para que e como eles contribuem para o entendimento do “todo”? Desenhando um projeto Matrizes de Informação Grupo de Estudo & Grupo Irmão/Externo Tipos de Dados - Morfológicos - Fisiológicos - Marcadores Moleculares Marcadores Protéicos Isoenzimas Marcadores de DNA Polimorfismos no comprimento dos fragmentos de restrição Marcadores baseados em locos hipervariáveis de minisatélites Polimorfismos de DNA amplificado ao acaso Marcadores baseados na amplificação de microsatélites Polimorfismo de comprimento de fragmentos amplificados SNPs Sequências de DNA/Proteínas Sequências extra-nucleares Sequências nucleares 37 Relógios biológicos macro e microevolutivos Construção de Cladogramas Principais programas computacionais Marcadores e Sequencias de Macromoléculas em Sistemática Molecular Taxonomia de grandes grupos Diferenciação em nível de espécie, subespécie, raças, populações e linhagens. Discussão de Protocolos Avaliação: Interesse nas discussões e nas práticas; Seminários de Artigos e Relatório de Práticas. BIBLIOGRAFIA BÁSICA Amorim, D.S. (2002). Fundamentos de Sistemática Filogenética. Holos Editora, Ribeirão Preto, SP. 154 pp. Eça et al. (2004). Biologia Molecular. Guia Prático e Didático. Livr. E Edit. Revinter Ltda. 262pp. Hillis, D.M., Moritz, C. & Mable, B.K. (1996). Molecular Systematics, Second Edition. Massacchusetts: Simauer Assoc. Publ. 628 pp. Kahl, G. (2004): Dictionary of Gene Technology. VCH Science for the Culture. 550 pp. Lesk, A.M. (2002). Introduction to Bioinformatics. Oxford University Press. 283 pp. Meinke, D. & Tanksley, S. (2000). Genome studies and molecular genetics the maturation and specialization of plants genomics. Curr. Opin. Plant Biol. 3: 95-96. Stearns, S.C. & Hoekstra, R.F. (2003). Evolução, uma introdução. Atheneu Editora, São Paulo. 379 pp. Weising, K., Nybom, H., Wolff, K. & Kahl, G. (2004). DNA fingerprinting in plants and fungi. CRC Press, Boca Raton. Observações: . Serão discutidos artigos recentes envolvendo análises de organismos de diferentes grupos taxonômicos para apresentação de seminários pelos participantes. . Alunos que tenham dados próprios serão encorajados a trazê-los para análise em conjunto. . Alunos que não tenham dados próprios serão instruídos para minerá-los em bancos de dados para realização de suas próprias análises. 38 BMA 05.14 – FERRAMENTAS MOLECULARES ANÁLISE GENÉTICA DE PLANTAS PARA PROFESSORA RESPONSÁVEL: Dra. Patrícia Gleydes Morgante PROFESSOR COLABORADOR: Dr. João Vicente Coffani-Nunes Carga Horária Teórica Prática (por semana) (por semana) 20h 15h Estudos (por semana) Duração Total Créditos 10h 1 semana 45 horas 3 EMENTA DNA – conceitos básicos da estrutura e função da molécula. Métodos simples e rápidos envolvidos na análise genética – extração de DNA vegetal, PCR e eletroforese em gel de agarose. Uso de marcadores moleculares no estudo da estrutura e diversidade genética das plantas. Filogenia molecular. PROGRAMA 1. Revisão da estrutura e função da molécula de DNA. Introdução aos métodos moleculares usados em análise genética (aula teórica). 2. Extração de DNA vegetal, PCR e eletroforese em gel de agarose (aula teórica); Extração de DNA vegetal (aula prática). 3. PCR e eletroforese em gel de agarose (aula prática). 4. Uso de marcadores moleculares no estudo da estrutura e diversidade genética das plantas. Introdução à filogenia molecular (aula teórica). 5. Apresentação de seminários pelos estudantes, avaliação e encerramento do curso. Avaliação: Os estudantes serão avaliados pela participação nas discussões e execução das aulas práticas, pela apresentação de seminários e por relatório escrito sobre as aulas práticas. BIBLIOGRAFIA BÁSICA Amorin, D.S. Fundamentos de Sistemática Filogenética. Ribeirão Preto: Editora HOLOS. 2009. APG II. Angiosperm Phylogeny Website. www.mobot.org/MOBOT/research/APWeb/. Acesso 23 de setembro de 2009. Ferreira, M. E.; Grattapaglia, D. Introdução ao uso de marcadores moleculares em análise genética. 2. ed. Brasília: EMBRAPA-CENARGEN, 1995. Frankham, R.; Ballou, J. D.; Briscoe, D. A. Fundamentos da genética da conservação. Ribeirão Preto: Editora SBG, 2008. Frankham, R.; Ballou, J. D.; Briscoe, D. A. Introduction to conservation genetics. Cambridge: Cambridge University Press, 2006. Futuyma, D. Biologia evolutiva. 2. ed. Ribeirão Preto: FUNPEC-RP, 2002. 39 Griffiths, A. J. F.; Gelbart, W. M.; Miller, J. H.; Lewontin, R. C. Genética moderna. Rio de Janeiro: Guanabara Koogan, 2001. Griffiths, A. J. F.; Wessler, S. R.; Lewontin, R. C.; Carrol, S. B. Introdução à genética. 9. ed. Rio de Janeiro: Guanabara Koogan, 2009. Judd, W. S; Campevell, C. S; Kellog, E. A; Stevens, P. F.; Donoghue, M.J. Sistemática Vegetal – um Enfoque Filogenético. Artmed, Porto Alegre. 2009. Junqueira, L. C. U.; Carneiro, J. Biologia celular e molecular. 7. ed. Rio de Janeiro: Guanabara Koogan, 2000. Lewin, B. Genes VII. Porto Alegre: Artmed, 2001. Matioli, S.R. Biologia Molecular e Evolução. Ribeirão Preto: Editora HOLOS. 2001. Sambrook, J.; Russell, D. W. Molecular cloning: a laboratory manual. 3. ed. New York: Cold Spring Harbor Laboratory, 2001. Snustad, P.; Simmons, M. J. Fundamentos de genética. 2. ed. Rio de Janeiro: Guanabara Koogan, 2001. Snustad, P.; Simmons, M. J. Principles of Genetics. 3. ed. [S. L.]: John Wiley & Sons, 2003. Zaha, A. Biologia molecular básica. 3. ed. Porto Alegre: Ed. Mercado Aberto, 2001. 40 BMA 05.15 – GENÉTICA DE POPULAÇÕES APLICADA A DELIMITAÇÃO DE ESPÉCIES PROFESSORA RESPONSÁVEL: Dra. Clarisse Palma da Silva PROFESSOR COLABORADOR: Dr. Fabio Pinheiro Carga Horária Teórica Prática (por semana) (por semana) 40h 40h Estudos (por semana) Duração Total Créditos 10h 10 semanas 90 horas 6 EMENTA Origem, quantidade e organização da diversidade genética presente nas populações e o destino desta variação no tempo e no espaço. A importância da variação genética e suas conseqüências evolutivas. Fatores que influenciam os níveis de diversidade genética nas populações. Conceitos de espécie e variação intra-específica. Isolamento reprodutivo e especiação. PROGRAMA Historia da evolução e Neodarwinismo Introdução e importância da Genética de População A natureza da variabilidade genética populacional Características e dinâmica das populações Parâmetros de variabilidade populacional Estrutura genética das populações e filogeografia Forças Evolutivas: mutação; seleção natural e migração Teorema de Hardy-Weinberg Viabilidade populacional e extinção Conceitos de espécie Microevolução e especiação Variação geográfica e adaptação Mecanismos de isolamento reprodutivo Avaliação: os alunos serão avaliados através da presença e da participação nas discussões de artigos em aula; apresentação de seminário sobre a aplicação da genética de populações com ênfase nos Neotrópicos e apresentação de projeto de pesquisa relacionado aos tópicos discutidos em aula incluindo o grupo vegetal de interesse do estudante. BIBLIOGRAFIA BÁSICA Frankham, R.; Ballou, J. D.; Briscoe, D. A. Fundamentos da genética da conservação. Ribeirão Preto: Editora SBG, 2008. Frankham, R.; Ballou, J. D.; Briscoe, D. A. Introduction to conservation genetics. Cambridge: Cambridge University Press, 2006. 41 Futuyma, D. Biologia evolutiva. 2. ed. Ribeirão Preto: FUNPEC-RP, 2002. Ridley, M. Evolução. 3° Ed. Porto Alegre. Editora Artmed. 2008. 42 BMA 05.16 – ECOLOGIA DE DISTÚRBIOS PROFESSORAS RESPONSÁVEIS Dra Carla Zuliani Sandrin Camargo e Dra Patricia Bulbovas Carga Horária Teórica Prática (por semana) (por semana) 10h 30h Estudos (por semana) Duração Total Créditos 20h 2 semanas 60 horas 4 EMENTA A raiz de muitos problemas ambientais, se não de todos, decorre dos efeitos de uma população humana grande e em crescimento. Mais pessoas significa um aumento da demanda por energia, um maior consumo de recursos não renováveis, mais pressão sobre recursos renováveis e mais necessidade de produção de alimentos. Dessa forma, os fatores físicos relacionados aos grandes compartimentos dos ecossistemas (atmosfera, solo e água) e às respectivas interfaces vão sendo significativamente alterados, podendo modificar a estrutura de comunidades vegetais, animais e microbiológicas. Embora os ecossistemas possam recuperar-se após muitas perturbações antrópicas, distúrbios em sua estrutura e dinâmica podem ser observados quando sua capacidade de resistência e/ou elasticidade não são mais capazes de manter a homeostase. Em conseqüência, a biodiversidade fica ameaçada. É com esta abordagem que a presente disciplina visa discutir a importância dos fatores físicos como reguladores da vida e da qualidade dos ecossistemas, assim como compreender os distúrbios a eles relacionados, enfatizando suas causas, efeitos e possíveis medidas de mitigação. PROGRAMA RESUMIDO a) Estrutura e dinâmica de ecossistemas brasileiros: - conceitos de estrutura trófica; - conceitos e exemplos de fluxo de matéria e energia; - conceitos de sucessão ecológica. b) Fatores limitantes em ecossistemas: - conceituação e exemplificação dos fatores limitantes nos diferentes ecossistemas brasileiros, incluindo: temperatura, luz, radiações ionizantes, água, gases atmosféricos, nutrientes, correntes e pressões, solos e fogo. - conceituação da estabilidade dos ecossistemas (resistência e elasticidade) frente às alterações dos fatores físicos do ambiente; c) Distúrbios na estrutura e dinâmica de ecossistemas brasileiros: - conceituação e exemplificação de distúrbios, em escalas local e global, causados pela agropecuária, urbanização e industrialização; - estudos de caso sobre os distúrbios causados pelos diferentes usos da terra: monocultura, agrotóxicos, desmatamento, fogo, erosão, fragmentação da vegetação nativa, invasão de espécies exóticas, eutrofização, poluição (ar, água e solo), construção de rodovias, mineração, energia nuclear, poluição térmica e perda da biodiversidade; - estudos de caso sobre possíveis medidas de mitigação dos distúrbios antrópicos. 43 BIBLIOGRAFIA BÁSICA Freedman B. 1993. Environmental ecology: the ecological effects of pollution, disturbance, and other stresses. San Diego: Academic Press, 606 p. Gurevitch J., Scheiner S.M., Fox G.A. 2009. Ecologia Vegetal. Porto Alegre: Artmed, 592 p. Malhi Y., Phillips O. 2005. Tropical forests & global atmospheric change. London: Oxford University Press, 260 p. Odum E.P. 1988. Ecologia. Rio de Janeiro: Guanabara Koogan, 434 p. Raven P.H., Berg L.R., Johnson G.B. 1993. Environment. Orlando: Saunders College Publishing, 569 p. Ricklefs R.E. 2003. A economia da natureza. Rio de Janeiro: Guanabara Koogan, 503 p. Spurr S.H., Barnes B.V. 1980. Forest Ecology. John Wiley & Sons, 687 p. Townsend C.R., Begon M., Harper J.L. 2010. Fundamentos em ecologia. Porto Alegre: Artmed, 576 p. 44 BMA 05.17 – MORFOMETRIA APLICADA AO ESTUDO DE COMPLEXOS DE ESPÉCIES E POPULAÇÕES PROFESSOR RESPONSÁVEL: Dr. Fábio Pinheiro Carga Horária Teórica Prática (por semana) (por semana) 18h 24h Estudos (por semana) Duração Total Créditos 18h 8 semanas 60 horas 4 EMENTA Morfometria pode ser definida como o estudo de variáveis quantitativas que definem a forma e o tamanho de organismos. A disciplina pretende oferecer uma introdução aos métodos mais utilizados em morfometria, dentre eles a análise multivariada. Será enfatizada a utilização destes métodos em estudos que tenham como objetivo investigar a variação morfológica em complexos de espécies e populações naturais de plantas. As aulas teóricas compreenderão a discussão de temas como: conceitos de espécie, origem e significado da variação morfológica em populações naturais de plantas, aplicação da morfometria em estudos populacionais e em complexos de espécies, métodos de agrupamento, ordenação e análise discriminante. As aulas práticas têm como objetivo apresentar aos alunos programas de análise multivariada utilizados em estudos de morfometria, incluindo detalhes de sua operação, aplicação de análises e interpretação dos resultados obtidos. PROGRAMA Histórico da morfometria e sua aplicação na classificação dos organismos Conceitos de espécie e variação populacional Introdução à análise multivariada. Coeficientes de distância. Métodos de agrupamento Métodos de ordenação Análise de variáveis canônicas Análise discriminante Teste não paramétrico (Kruskal-Wallis) Avaliação: A forma de avaliação proposta esta dividida em duas partes: a) a participação dos alunos nas discussões dos textos sugeridos; b) elaboração de um projeto de pesquisa utilizando morfometria, de preferência abordando o grupo de organismos com o qual o aluno trabalha ou já possui experiência. Ao final da disciplina, os alunos serão avaliados através de uma apresentação do projeto proposto. BIBLIOGRAFIA BÁSICA Curi, P.R. 1983. Análise de agrupamento: métodos seqüenciais, aglomerativos e hierárquicos. Ciência e Cultura 35:1416-1429. Duncan, T. & Baum, B.R. 1981. Numerical phenetics: its uses in botanical systematics. Annual Review of Ecology and Systematics 12:387-404. 45 Jensen, R.J. 2003. The conundrum of morphometrics. Taxon 52:663-671. Manly, B.F.J. 1994. Multivariate Statistical Methods, a primer. London, Chapman & Hall. 215p. Rohlf, F.J. 1990. Morphometrics. Annual Review of Ecology and Systematics 21:299-316. Sneath, P.H.A. & Sokal, R.R. 1973. Numerical Taxonomy: the Principles and Practice of Numerical Classification. W. H. Freeman and Company, San Francisco. 573p. 46 BMA 05.18 – FISIOLOGIA E BIOQUÍMICA DE FUNGOS FILAMENTOSOS PROFESSORES RESPONSÁVEL: Dra. Kelly Simões e Dr. Mauricio Batista Fialho PROFESSORA COLABORADORA: Dra. Rita de Cássia Leone Figueiredo-Ribeiro Carga Horária Teórica Prática (por semana) (por semana) 20h 60h Estudos (por semana) Duração Total Créditos 11h 10 semanas 90 horas 6 EMENTA A disciplina Fisiologia e Bioquímica de Fungos Filamentosos tem como objetivo capacitar os alunos no entendimento dos aspectos fisiológicos e bioquímicos envolvidos no ciclo de vida de fungos e aplicação destes conhecimentos na obtenção de enzimas de interesse biotecnológico. A disciplina contará com aulas teóricas e práticas, e apresentação de relatos de trabalhos científicos por parte dos alunos. PROGRAMA 1 Teórica: Fungos: aspectos gerais, bioquímica e fisiologia (Teórica)/ Preparo do meio de cultura e cultivo do fungo (Prática) 2 Crescimento e reprodução (Teórico-Prática) 3 Requerimentos nutricionais (Teórico-Prática) 4 Requerimentos físicos (Teórico-Prática) 5 Metabolismo primário e secundário (Teórico) /Preparo de soluções/ Obtenção dos filtrados de culturas e micélio (Prática) 6 Extração e quantificação de proteínas (Teórico-Prática) 7 Quantificação de açúcares totais e redutores (Teórico-Prática) 8 Produção de exoenzimas/ Atividade enzimática (Teórico-Prática) 9 Eletroforese/ TLC (Teórico-Prática) 10 Seminários AVALIAÇÃO A avaliação será realizada através da apresentação de seminários e relatórios das aulas práticas. BIBLIOGRAFIA BÁSICA ALEXOPOULOS, C.J.; MIMS, C.W. & BLACKWELL, M. Introductory mycology. 4.ed. New York, John Wiley & Sons, 1996. CARLILE, M.J., WATKINSON, S.C. & GOODAY, G.W. The fungi. 2nd edition. San Diego, Academic Press, 2001. 588p. GRIFFIN, D.H. Fungal Physiology. 2.ed. New York, Wiley-Liss, 1994. 47 JENNINGS, D.H. The physiology of fungal nutrition. Cambridge, Cambridge University Press, 1995. MADIGAN, M.T.; MARTINKO, J.M. & PARKER, J. Microbiologia de Brock, São Paulo, Prentice Hall. 2004. MOORE-LANDECKER, E. Fundamentals of fungi. 4 ed. Englewood Cliffs, Prentice-Hall, 1996. NELSON, D.L. & COX, M.M. Lehninger - Principles of biochemistry. 4ª ed. New York, Freeman and Company. 2005. PATERSON, R.R.M. & BRIDGE, P.D. Biochemical techniques for filamentous fungi. St. Paul, APS Press. 2000. 48 BMA 05.19 - USO ECONÔMICO DA BIODIVERSIDADE VEGETAL E DESENVOLVIMENTO RURAL SUSTENTÁVEL PROFESSORES RESPONSÁVEIS: Dr. Clovis José Fernandes de Oliveira Júnior e Dr. Domingos Sávio Rodrigues Carga Horária Teórica Prática (por semana) (por semana) 3h 1h Estudos (por semana) Duração Total Créditos - 15 semanas 60 horas 4 EMENTA A disciplina tem como objetivos capacitar os alunos para compreensão dos aspectos relativos à produção agrícola e suas conseqüências e impactos sobre os ecossistemas e recursos naturais, realizando análise da sustentabilidade do atual modelo de produção agrícola. É também objetivo da disciplina capacitar para o entendimento de como envolver a flora nativa na cadeia produtiva, através de modelos agroecológicos e de sistemas agroflorestais. A disciplina será constituída de aulas teóricas e práticas com visitas a áreas de produção com agricultura orgânica e ecológica e a áreas com sistemas agroflorestais implantados. PROGRAMA AULA 01 02 03 04 05 06 e 7 08 AULA Introdução Revolução verde Impactos do modelo agrícola na saúde humana Impactos do modelo agrícola sobre a biodiversidade e ecossistemas naturais Impactos do modelo agrícola sobre aspectos socioeconômicos e culturais Agricultura “industrial” (modelo revolução verde) e modelos de agricultura alternativa (ecológica) Agroecologia Agricultura familiar Agricultura urbana Agrobiodiversidade Plantas alimentícias não convencionais Economia solidária Economia ecológica Valoração econômica da biodiversidade Pagamentos serviços ambientais Sistemas agroflorestais Visita a área de produção com sistemas agroecológicos Etnobotânica 49 09 10 11 e 12 13 14 e 15 Utilização de recursos naturais por populações locais Biorregionalismo Pesquisa ação Metodologias participativas Diagnóstico rural participativo Extensão rural agroecológica Seminários Acesso ao conhecimento tradicional e repartição de benefícios Visita área de produção com sistemas agroflorestais AVALIAÇÃO A avaliação será feita mediante participação nas aulas, apresentação de seminários e relatórios das visitas. BIBLIOGRAFIA Albuquerque, UP; Lucena, RFP; Cunha, LVFC. 2008. Métodos e técnicas na pesquisa etnobotânica (2a. Ed.). Recife : Cominigraf, 323p. Altieri, M. 2009. Agroecologia: a dinâmica produtiva da agricultura sustentável. 5.ed. Porto Alegre: Editora da UFRGS. 120p. Araújo, EL; Moura, AN; Sampaio, EVSB; Gestinari, LMS; Carneiro, JMT. 2002. Biodiversidade, conservação e uso sustentável da flora do Brasil. Recife : UFRPE, Arruda, M. 2009. Educação para uma economia do amor: educação da práxis e economia solidária. Aparecida, SP: Idéias & Letras, 344p. Caporal, FR; Costabeber, JA. 2000. Agroecologia e desenvolvimento rural sustentável: perspectivas para uma nova extensão rural. Agroecologia e Desenvolvimento Rural Sustentavel, 1(1):16-37. Diegues, AC. 2000. Etnoconservação: novos rumos para a proteção da natureza nos trópicos. São Paulo : Hucitec, Diegues, AC; Viana, VM. 2004. Comunidades tradicionais e manejo dos recursos naturais da Mata Atlântica. São Paulo : NUPAUB, Ehlers, E. 1996. Agricultura sustentável: origens e perspectivas de um novo paradigma. São Paulo: Livros da Terra. 178p. Freire, P. 1975. Extensão ou comunicação. 2ª Ed. Rio de Janeiro: Editora Paz e Terra, 93p. Kishi SAS; Kleba, JB. 2009. Dilemas do acesso a biodiversidade e aos conhecimentos tradicionais - direito, política e sociedade. Belo Horizonte : Fórum, 329p. May, P.H.; Lustosa, M.C.; Vinha, V. (Orgs.). 2003. Economia do Meio Ambiente: teoria e prática. Rio de Janeiro: Elsevier, 318p. Ming, L.C.; Amorozo, M.C.M.; Kffuri, C.W. (Orgs.). 2010. Agrobiodiversidade no Brasil: experiências e caminhos da pesquisa. 308p. Moran, EF.; Ostrom, E. 2009. Ecossistemas florestais: Interação homem-ambiente. Trad. Alves, DS; Batistela, M. São Paulo: Editora Senac: Edusp. 544p. Padua, JA. 2009. Desenvolvimento justiça e meio ambiente. Belo Horizonte : UFMG, 325p. Sachs, I; Vieira, PF (org.). 2007. Rumo a ecossocioeconomia: teoria e pratica do desenvolvimento. São Paulo : Cortez, 472p. Schmitz, H. 2010. Agricultura familiar: extensão rural e pesquisa participativa. São Paulo: Annablume, 352p. Shiva, V. 2003. Monoculturas da mente: perspectivas da biodiversidade e da biotecnologia. São Paulo: Editora Gaia, 240p. 50 Silva, V.A.; Almeida, A.L.S.; Albuquerque, UP. 2010. Etnobiologia e etnoecologia: pessoas & natureza na América Latina. Recife: NUPEEA, 382p. Singer, P. 2002. Introdução a economia solidaria. São Paulo : Fundação Perseu Abramo, Thiolent, M. 2007. Metodologia da pesquisa-ação (15ª edição). São Paulo : Cortez. 132p. 51 BMA 05.20 – FORMAÇÃO E ELIMINAÇÃO DE ESPÉCIES ATIVAS DE OXIGÊNIO (ROS) EM PLANTAS. ANÁLISES DOS PRINCIPAIS COMPONENTES DO SISTEMA DE PROTEÇÃO ANTIOXIDANTE PROFESSORES RESPONSÁVEIS: Dr. Leonardo Casano Mazza (Universidade de Alcalá, Alcalá de Henares, Espanha) e Dra. Marcia Regina Braga Carga Horária Teórica Prática (por semana) (por semana) 8h 16h Estudos (por semana) Duração Total Créditos 6h 03 dias 30 horas 2 EMENTA Serão estudados os principais processos metabólicos que resultam na formação de ROS e como as plantas se protegem do estresse oxidativo. PROGRAMA TEORIA 1. Geração de ROS em células fotossintetizantes e não-sintetizantes. O transporte fotossintético de elétrons e a cadeia respiratória como sítios de formação de ROS. Outras fontes de ROS. 2. Formação de ROS sob condições de estresse biótico e abiótico. Estresse oxidativo. Degradação de componentes celulares. ROS como sinalizadores de respostas frente ao estresse. 3. Sistema de proteção antioxidante. Antioxidantes não enzimáticos hidrossolúveis e lipossolúveis. Enzimas antioxidantes. Codificação, localização sub-celular, regulação. Análises de antioxidantes não enzimáticos e enzimáticos. PRÁTICA Serão analisados os padrões enzimáticos de superóxido dismutase e de glutationa redutase e os resultados serão comparados com as medidas espectrofotométricas de atividade dessas enzimas, em materiais trazidos pelos alunos. Aqueles alunos que desejarem realizar as práticas com material de seu interesse deverão trazê-lo na primeira aula. BIBLIOGRAFIA BÁSICA N. CARRILLO & EM VALLE. 2008. El lado oscuro del Oxígeno. Monografía de la Sociedad Argentina de Fisiología Vegetal. http://www.safv.com.ar/Carrillo%200305.pdf S. SINGH GILL AND N. TUTEJA. 2010. Reactive oxygen species and antioxidant machinery in abiotic stress tolerance in crop plants. Plant Physiol. Biochem. 48: 909-930. R. RELLÁN-ÁLVAREZ ET AL. 2006. Direct and simultaneous determination of reduced and oxidized glutathione and homoglutathione by liquid chromatography– electrospray/mass spectrometry in plant tissue extracts. Anal. Biochem. 356: 254–264. 52 VIVES-BAUZA ET AL. 2008. Measurements of the Antioxidant Enzyme Activities of Superoxide Dismutase, Catalase, and Glutathione Peroxidase. Methods in Cell Biology 80: 379-393. 53 BMA 05.21 – ECOLOGIA QUÍMICA EM AMBIENTE POLUÍDO PROFESSORA RESPONSÁVEL: Dra. Silvia Ribeiro de Souza PROFESSOR COLABORADOR: Dr. Martín Francisco Pareja Carga Horária Teórica Prática (por semana) (por semana) 10h 10h Estudos (por semana) Duração Total Créditos 2h 05 semanas 90 horas 2 EMENTA Esse curso visa apresentar os conceitos gerais de ecologia química, abordando os fundamentos teóricos envolvidos na comunicação intra e interespecífica e nas relações tróficas. É objetivo do curso também apresentar os principais efeitos da poluição aérea nas interações tróficas mediadas pelos compostos químicos. Dessa forma, espera-se proporcionar ao aluno conhecimento sobre a importância dos compostos químicos nas interações comportamentais e ecológicas entre seres vivos. Ainda, o aluno poderá aplicar esses conceitos em suas pesquisas, especialmente àquelas relacionadas com poluição atmosférica e vegetação. PROGRAMA 1. Conceitos básicos de ecologia química 2. Comunicação química intraespecífica e interespecífica 3. Origem e produção dos semioquímicos 4. Recepção e percepção dos semioquímicos Feromônios 5. Aleloquímicos 6. Cross talk em ambiente limpo e poluído 7. Defesa induzida em ambiente limpo e poluído 8. Métodos de análises (Cromatografia gasosa (GC) Espectrometria de massas (MS) Microextração em fase sólida (SPME) ) 9. Apresentação de seminários BIBLIOGRAFIA BÁSICA Wink, M., editor. 2010. Biochemistry of Plant Secondary Metabolism. Second edition. Wiley Blackwell, Chichester. Freedman B. 1995. Environmental ecology. The ecological effects of pollution, disturbance, and other stresses. 2nd ed. Academic Press, New York. Wyatt, T. D. 2003. Pheromones and Animal Behaviour. Cambridge University Press, Cambridge. Haynes, K. F., and J. G. Millar, editors. 1998. Methods in Chemical Ecology. Volume 2: Bioassay Methods. Kluwer Academic Publishers, Norwell. Karban, R., and I. T. Baldwin. 1997. Induced Responses to Herbivory. University of Chicago Press, Chicago. Herrmann, A., 2010. The Chemistry and Biology of Volatiles. Wiley, Chichester. 54 BMA 05.22 – CARACTERIZAÇÃO DO AMBIENTE FÍSICO SOLOS PROFESSORA RESPONSÁVEL: Dra. Márcia Inês Martin Silveira Lopes Carga Horária Teórica (por semana) Prática (por semana) Estudos (por semana) Duração Total Créditos 5h 3h 2h 09 semanas 90 horas 6 EMENTA Por meio de aulas teóricas e práticas de campo e de laboratório, apresentar os principais indicadores de qualidade do solo de áreas com vegetação natural, bem como, os principais métodos de caracterização física e química do solo e suas interpretações. Desta forma espera-se que o aluno possa caracterizar o ambiente biofísico como subsídio aos próprios estudos e à gestão ambiental. PROGRAMA RESUMIDO Teórica 1. Solo: definição, formação, componentes e organização 2. O solo nos grandes domínios morfoclimáticos do Brasil: relação solo/paisagem, classificação e atributos físicos e químicos 3. Fertilidade do solo e nutrição mineral de plantas 4. Avaliação da fertilidade e indicadores da qualidade do solo 5. Ciclos biogeoquímicos em ambientes preservados e degradados Prática: 1. Levantamento dos indicadores visuais da qualidade do solo, localização de parcelas de trabalho e pontos amostrais na floresta do PEFI; 2. Descrição morfológica de perfis de solo e amostragens para fins pedológicos e de fertilidade do solo em ambiente de Cerrado (Reserva Biológica de Mogi-Guaçu) e de Mata Atlântica (Reserva Biológica de Paranapiacaba e floresta do PEFI) 3. Avaliação das principais propriedades químicas e físicas dos solos e critérios para interpretação dos resultados nas relações solo-planta nos laboratórios do Núcleo de Ecologia. Estudos: 1. Levantamento e interpretação dos principais descritores ambientais de áreas com vegetação natural, por meio de pesquisa bibliográfica a ser realizada em publicações disponíveis na Biblioteca do Instituto de Botânica, principalmente, e/ou de interesse do aluno. Avaliação: Relatório sobre os trabalhos práticos de campo e de laboratório e apresentação dos descritores ambientais de áreas com vegetação natural. BIBLIOGRAFIA BÁSICA 55 Álvares V, V.H., Fontes, L.E.F. & Fontes, M.P.F. 1996. O solo nos grandes domínios morfoclimáticos do Brasil e o desenvolvimento sustentado. Viçosa, Sociedade Brasileira de Ciência do Solo, Universidade Federal de Viçosa, 1996, 930p. Epstein, E. & Bloom, A.J. Nutrição mineral de plantas: princípios e perspectivas. 2ªed., Londrina, Planta, 2006, 403p. Fernandes, M.S. (ed.). Nutrição mineral de plantas. Viçosa, Sociedade Brasileira de Ciência do Solo, Universidade Federal de Viçosa, 2006, 432p. Killham, K. Soil ecology. Cambridge, Cambridge University, 2001, 242p. Lepsch, I.F. Formação e conservação de solos. São Paulo, Oficina de Textos, 2002, 178p. Malavolta, E. Manual de nutrição mineral de plantas. São Paulo, Agronômica Ceres, 2006, 631p. Moniz, A. C. (coord.). Responsabilidade social da ciência do solo. Campinas, Sociedade Brasileira de Ciência do Solo, 1988, 525p. Novais, R.F., Alvarez V., V.H., Barros, N.F., Fontes, R.L., Cantarutti, R.B.& Neves, J.C. Fertilidade do solo. 1ª ed., Viçosa, Sociedade Brasileira de Ciência do Solo, 2007, 1017p. Oliveira, J.B. Pedologia Aplicada. 2ª ed., Piracicaba, FEALQ, 2005, 574p. Raij, B. Van. Análise química para avaliação da fertilidade de solos tropicais. Campinas, Instituto Agronômico, 2001, 285p. Resende, M., Curi, N. Rezende, S.B. & Corrêa, G.F. Pedologia: base para distinção de ambientes. 5a ed., Lavras, Universidade Federal de Lavras, 2007, 322p. Santos, R.D, Lemos, R.C., Santos, H.G., Ker, J.C. & Anjos, L.H.C. Manual de descrição e coleta de solo no campo. 5ª ed. Viçosa, Sociedade Brasileira de Ciência do Solo, 2005, 92p. Siqueira, J.O., Moreira, F.M.S., Lopes, A.S., Guilherme, L.R.G., Faquin, V., Furtini Neto, A.E. & Carvalho, J.G. Inter-relação fertilidade, biologia do solo e nutrição de plantas. Lavras, Sociedade Brasileira de Ciência do Solo, Universidade Federal de Lavras, 1999, 818p. Periódico importante: Revista Brasileira de Ciência do Solo 56 BMA 05.23 – BIOINFORMÁTICA APLICADA ÀS ANÁLISES MOLECULARES E EVOLUTIVAS PROFESSORAS RESPONSÁVEIS: Dra. Jhoana Díaz Larrea (Universidad Autônoma Metropolitana, México) e Dra. Mutue Toyota Fujii Carga Horária Teórica (por dia) Prática (por dia) Estudos (por dia) Duração Total Créditos 2h 4h 2h 07 dias 60 horas 4 EMENTA A Bioinformática é a disciplina que se encarrega de estudar o conteúdo e o fluxo de informações em sistemas e processos biológicos. Está entre a informática e a biología, e surgiu, principalmente, como resposta às necessidades computacionais de análise de dados genéticos produzidos nos estudos do projeto “Genoma Humano”. Hoje, a bioinformática oferece grandes possibilidades para o avanço da ciência. O presente curso se dará tanto no âmbito teórico como prático, com ênfase no uso da Bioinformática para análise de resultados em biología molecular, cujos principais objetivos são: conhecer e capacitar os alunos no uso de programas de bioinformática aplicados à biología molecular, para análise de seqüências de DNA e de Proteínas e treinar os estudantes no uso das ferramentas básicas de bioinformática e no desenvolvimento de propostas de pesquisas mediante o uso destas ferramentas. PROGRAMA RESUMIDO Introdução à Biología Molecular; Genes e genomas do cloroplasto, mitocondria e núcleo; Extração de DNA, amplificação dos marcadores moleculares por PCR e Sequenciamento Bases teóricas sobre métodos de inferência filogenética; Definição de caracteres, estados de caráter; codificação de caracteres e construção de matrizes. Conceitos críticos do paradigma: grupos mono, para e polifiléticos. Plesiomorfía, apomorfía e conceitos relacionados. Sinapomorfía e homologia. Inferência filogenética. Método de Parsimonia; Inferência filogenética. Método de Distancia; Inferência filogenética. Método de Máxima Verosimilhança; Seleção de modelos de evolução molecular; Análise de Regiões codificantes e regiões não codificantes: implicações na filogenia; Considerações filogenéticas; Análise, identificação e caracterização de espécies da ficoflora brasileira. CRITÉRIOS DE AVALIAÇÃO: Participação em aulas e execução de exercícios. 57 Leitura, apresentação e discussão de trabalhos científicos relacionados ao tema. Elaboração de relatórios e apresentação dos resultados obtidos. OBSERVAÇÃO: Cada aluno deve estar munido de um computador. BIBLIOGRAFIA BÁSICA Abascal F., Zardoya R. & Posada D. 2005. ProtTest: Selection of best-fit models of protein evolution. Bioinformatics 21(9):2104-2105. Edgar R.C. 2004. MUSCLE: multiple sequence alignment with high accuracy and high throughput. Nucleic Acids Research (32)5: 1792-1797. Goloboff P.A. 1999. Analyzing large data sets in reasonable times: solutions for composite optima. Cladistics 15(4): 415-428. Hall T.A. 1999. BioEdit: a user-friendly biological sequence alignment editor and analysis program for Windows 95/98/NT. Nucleic Acids Symposium Series 41: 95-98. Huelsenbeck J.P. & Ronquist F.R. 2001. MrBayes. Bayesian inference of phylogeny. Biometrics 17: 754-755. Larkin M.A., Blackshields G., Brown N.P., Chenna R., McGettigan P.A., McWilliam H., Valentin F., Wallace I.M., Wilm A., Lopez R., Thompson J.D., Gibson T.J. & Higgins D.G. 2007. Clustal W and Clustal X version 2.0. Bioinformatics 23: 29472948. Librado P. & Rozas J. 2009. DnaSP v5: A software for comprehensive analysis of DNA polymorphism data. Bioinformatics 25: 1451-1452. Posada D. & Crandall K.A.. 1998. Modeltest: testing the model of DNA substitution. Bioinformatics 14: 817-18. Swofford D.L. 2001. PAUP. Phylogenetic analysis using parsimony (and other methods). Version 4. Sinauer Associates, Sunderland, Massachusetts. Tamura K., Peterson D., Peterson N., Stecher G., Nei M. & Kumar S. 2011. MEGA5: Molecular Evolutionary Genetics Analysis using Maximum Likelihood, Evolutionary Distance, and Maximum Parsimony Methods. Molecular Biology and Evolution 28: 2731-2739. 58 BMA 05.24 – FILOGENIA DE PLANTAS ATRAVÉS DE CARACTERES MORFOLÓGICOS PROFESSORA RESPONSÁVEL: Dra. Eric de Camargo Smidt Carga Horária Teórica Prática (por semana) (por semana) 15h 30h Estudos (por semana) Duração Total Créditos - 1 semana 45 horas 3 EMENTA Disciplina prático-teórica com o objetivo de propiciar ao aluno a familiarização com a área do conhecimento de inferências filogenéticas e teoria cladística, visando a sua utilização em estudos de evolução dos diferentes grupos de plantas através de caracteres morfológicos, tanto quantitativos quanto qualitativos. PROGRAMA 1. Introdução ao pensamento filogenético 2. Princípio da sistemática filogenética a. Homologia e homoplasia b. Grupos monofiléticos, parafiléticos, polifiléticos c. Caracteres primitivos e derivados, polaridade e enraizamento 3. Técnicas de análise filogenética a. Dados morfológicos: obtenção e codificação b. Métodos de codificação de caracteres qualitativos c. Métodos de codificação qualitativos (Thiele, Wiens) d. Parcimônia, Análise Baiesiana e. Grupo externo e interno f. Árvores não enraizadas g. Árvores de consenso h. Métodos de suporte: bootstrap, Jacknife, Índice de Decaimento 4. Príncipios de classificação fiologenética a. Reconstrução e análise de cladogramas 5. Programas para geração e análise de árvores fiolgenéticas: NDE, PAUP, PHYLIP, MrBayes, Treeview, Winclada 6. Análises combinadas, obtenção de seqüências no GenBank AVALIAÇÃO Presença em aula, questionários sobre temas e artigos científicos indicados em aula, relatório de atividades. 59 BIBLIOGRAFIA BÁSICA 60 BMA 05.25 – MARINE OOMYCETES: ABUNDANCE, DIVERSITY AND ECOLOGICAL IMPORTANCE PROFESSOR RESPONSÁVEL: Dr. Eduardo Leãno (Universidade de Bangkok, Tailândia) Carga Horária Teórica Prática Estudos Duração Total Créditos 10h 15h 05h 5 dias 30 horas 2 EMENTA A disciplina visa oferecer aos alunos conhecimentos sobre a biodiversidade de organismos zoospóricos do Filo Oomycota presentes nos ecossistemas marinhos. Serão enfocados parâmetros morfológicos e ecológicos, com ênfase no papel dos mesmos como sapróbios e parasitas. Técnicas específicas para coleta, estudo e preservação dos grupos serão também tratados. O curso será ministrado em inglês. PROGRAMA RESUMIDO Lecture Introduction to marine Oomycetes: species composition, distribution Ecological role and importance: Saprobic Halophytophthoras and Thraustochytrids Ecological role and importance: Pathogenic marine Oomycetes Laboratory Sample collection, isolation and identification of Halophytophthoras and Thraustochytrids BIBLIOGRAFIA BÁSICA ALEXOPOULOS, C.J., MIMS, C.W. & BLACKWELL, M. 1996. Introductory Mycology. New York, John Wiley & Sons, Inc., 4th Edit., 869 p. DICK, M.W. 2001. Straminipilous Fungi: systematics of the Peronosporomycetes including accounts of the marine straminipilous protists, the plasmodiophorids and similar organisms. Kluwer Academic Publishers, Holanda, 670p. DIX, N.J.& WEBSTER, J. 1995. Fungal ecology. Cambridge: Chapman & Hall, 549p. FULLER, M.S. & JAWORSKY, A. 1987. Zoosporic fungi in teaching and research. Athens, Ga., Southeastern Publishing Co, 303p. HO, H.H. & JONG, S.C. 1990. Halophytophthora, gen. nov., a new member of the family Pythiaceae Mycotaxon 36: 377-382. KOHLMEYER, J., VOLKMANN-KOHLMEYER, B. & NEWELL, S.Y. 2004. Marine and estuarine mycelia Eumycota and Oomycota. In: Müeller GM, Bills GF, Foster MS (eds). Biodiversity of fungi: Inventory and monitoring methods. Elsevier Academic Press, San Diego, pp 533-545 LEAÑO, E.M. 2001. Straminipilous organisms from fallen mangrove leaves from Panay Island, Philippines. Fungal Diversity 6:75-81 61 LEAÑO, E.M. 2002. Haliphthoros spp. from spawned eggs of captive mud crab, Scylla serrata, broodstocks. Fungal Diversity 9:93-103 NEWELL S.Y. & FELL L. W. 1992. Distribution and experimental responses to substrate of marine oomycetes (Halophytophthora spp.) in mangrove ecosystem. Mycological Research 96: 851-856. NEWELL S.Y., MILLER J.D., FELL J.W. 1987. Rapid and pervasive occupation of fallen mangrove leaves by marine zoosporic fungus. Applied and Environmental Microbiology 53: 2464-2469. TAN T.K., PEK C.L. 1997. Tropical mangrove leaf litter fungi in Singapore with an emphasis on Halophytophthora. Mycological Research 101: 165-168. 62 BMA 05.26 – PALEOLIMNOLOGY AS A TOOL FOR THE STUDY AND MANAGEMENT OF LAKES AND RESERVOIRS PROFESSOR RESPONSÁVEL: Dr. John P. Smol (Paleoecological Environmental Assessment and Research Lab; Dept. Biology, Queen's University) Carga Horária Teórica Prática Estudos Duração Total Créditos 18h - 12h 3 dias 30h 2 EMENTA Introduzir as técnicas básicas utilizadas por paleolimnólogos e cientistas correlatos interessados nas mudanças ambientais de longo termo; e revisar estudos-chave especialmente relevantes para o entendimento de problemas ambientais atuais (eutrofização, mudanças climáticas globais). PROGRAMA RESUMIDO 1. Paleolimnologia e técnicas relacionadas (sedimentos, recuperação do arquivo sedimentar, estabelecimento da geocronologia, marcadores ambientais, introdução aos modelos de função de transferência). 2. Acidificação, eutrofização e erosão. 3. Mudanças climáticas globais. 4. Novas aplicações da paleolimnologia. BIBLIOGRAFIA BÁSICA Smol, J.P. 2008. Pollution of Lakes and Rivers: A Paleoenvironmental Perspective – 2nd Edition. Blackwell Publishing, Oxford. 383 pp. Textbook website: http://post.queensu.ca/~pearl/textbook.htm 63 BMA 05.27 – SISTEMÁTICA MOLECULAR E RECONSTRUÇÃO FILOGENÉTICA PROFESSORES RESPONSÁVEIS: Dra. Elaine Malosso e Dr. Gladstone Alves da Silva (Universidade Federal de Pernambuco, Departamento de Micologia, Recife, PE) Carga Horária Teórica Prática (por semana) (por semana) 30h 30h Estudos (por semana) Duração Total Créditos -- 02 semanas 60h 4 EMENTA Teoria e prática da inferência filogenética com dados moleculares, introdução a alguns dos métodos mais úteis e programas computacionais, discussão e encorajamento de uma atitude crítica em relação aos dados e sua análise. PROGRAMA RESUMIDO Teórico: 1. Introdução e Conceitos básicos 2. Alinhamento de seqüências múltiplas 3. Métodos com matriz de distância 4. Método de máxima parcimônia 5. Método de máxima verossimilhança 6. Teste de modelos 7. Robustez de dados e hipóteses 8. Discussão Prático: 1. Edição de seqüências 2. Alinhamento de seqüências 3. Análise filogenética usando PHYLIP 4. Análise filogenética usando PAUP* 5. Análise de dados dos alunos e esclarecimentos BIBLIOGRAFIA BÁSICA Matioli, S.R., 2001. Biologia molecular e evolução. Holos Editora, Ribeirão Preto, 202p. Amorim, D.S., 2002. Fundamentos de sistemática filogenética. Holos Editora, Ribeirão Preto, 156p. Altschul, S.F., Gish, W., Miller, W., Myers, E.W., Lipman, D.L., 1990. A basic local alignment search tool. Journal of Molecular Biology 215, 403-410. Bruns, T.D., White, T.J., Taylor, J.W., 1991. Fungal molecular systematics. Annual Review of Ecology and Systematics 22, 525-564. Felsenstein, J., 1985. Confidence-limits on phylogenies – an approach using the bootstrap. Evolution 39, 783-791. Felsenstein, J., 1988. Phylogenies from molecular sequences: inference and reliability. Annual Review of Genetics 22, 521-565. 64 Galtier, N., Gouy, M., 1995. Inferring phylogenies from DNA-sequences of unequal base compositions. Proceedings of the National Academy of Science of the USA 92, 1131711321. Hibbett, D.S. et alli, 2007. A higher-level phylogenetic classification of the Fungi. Mycological Research 111, 509-547. James, T.Y. et alli, 2006. Reconstructing the early evolution of Fungi using a six-gene phylogeny. Nature 443, 818-822. Lutzoni, F. et alli, 2004. Assembling the fungal tree of life: progress, classification, and evolution of subcellular traits. American Journal of Botany 91, 1446-1480. Saitou, N., Nei, M., 1987. The neighbour joining method: a new method for constructing phylogenetic trees. Molecular Biology and Evolution 6, 514-525. Swofford, D.L., 2002. PAUP*. Phylogenetic Analysis Using Parsimony (*and Other Methods). Versão 4. Sinauer Associates, Sunderland, Mass. USA. Thompson, J.D., Gibson, T.J., Plewniak, F., Jeanmougin, F., Higgins, D.G., 1997. The CLUSTAL_X windows interface: flexible strategies for multiple sequence alignment aided by quality analysis tools. Nucleic Acids Research 25, 4876-4882. van de Peer, Y., De Wachter, R., 1997. Construction of evolutionary distance trees with TREECON for Windows: Accounting for variation in nucleotide substitution rate among sites. Computer Applications in the Biosciences 13, 227-230. 65 BMA 05.28 – MICORRIZAS (COM ÊNFASE NOS FUNGOS MICORRÍZICOS ARBUSCULARES - GLOMEROMYCOTA) PROFESSORES RESPONSÁVEIS: PROFESSORES RESPONSÁVEIS: Dra. Leonor Costa Maia e Dr. Bruno Tomio Goto (Universidade Federal de Pernambuco, Departamento de Micologia, Recife, PE) Carga Horária Teórica Prática (por semana) (por semana) 30h 30h Estudos (por semana) Duração Total Créditos -- 02 semanas 60h 4 EMENTA Micorrizas. Tipos e características morfológicas. Plantas e fungos que constituem a associação. Fungos micorrizícos arbusculares: germinação, formação de esporos, caracteres taxonômicos, classificação e distribuição. Métodos de estudo e identificação taxonômica. Aplicação prática.. PROGRAMA RESUMIDO Teórico: 1. Conceito, histórico, origem e importância das micorrizas. 2. Distinção entre os tipos de micorriza. 3. Ectomicorrizas 3.1. Aspectos morfológicos 3.2. Fungos e plantas associados 4. Ectendomicorrizas: Pinus, Arbutóide, Monotropóide 4.1. Aspectos morfológicos 4.2. Fungos e plantas associados 5. Endomicorrizas: Ericóide, Orquidóide, Arbuscular 5.1. Aspectos morfológicos 5.2. Fungos e plantas associados 6 - Fungos micorrízicos arbusculares (FMA) 6.1. Ciclo de vida 6.2. Formação de esporos 6.3. Germinação 6.4. Classificação – características de ordens, famílias e gêneros. 6.5. Efeitos sobre as plantas (crescimento e proteção contra estresses bióticos e abióticos) e potencial de uso agrícola e na preservação ambiental. Prático: 1. Coleta de solo e de raízes para exame de FMA. 2. Extração e contagem de esporos do solo. 3. Preparo de lâminas para estudo morfológico de esporos visando à identificação. 4. Exame de esporos de espécies representativas dos diversos gêneros de FMA. 5. Técnicas para coloração de raízes colonizadas com FMA. 6. Observação e quantificação da colonização micorrízica. 66 BIBLIOGRAFIA BÁSICA Bentivenga, S.P.; Morton, J.B. A monography of the genus Gigaspora incorporating developmental patterns of morphological characters. Mycologia, 87:720-732, 1995. Brundrett, M.; Melville, L.; Peterson, L. Practical Methods in Mycorrhiza Research. Ontario, Mycologue Publ., 1994. 161p. Cardoso, E.J.B.N.; Tsai, S.M.; Neves, M.C.P. 1992.Microbiologia do solo. Campinas, Sociedade Brasileira de Ciência do Solo. 360p. de SOUZA, F.A. DA SILVA, I.C.L. & BERBARA, R.L.L. 2008. Fungos micorrízicos arbusculares: muito mais diversos do que se imaginava. Pp. 483 – 536. In: Moreira, F.M.S.; Siqueira, J.O.; Brussaard, L. Biodiversidade do solo em Ecossistemas Brasileiros. Ed. UFLA. Colozzi-Filho, A., Balota, E. L. (1994) Micorrizas arbusculares. Pp.383-418. In: Manual de métodos empregados em estudos de microbiologia agrícola. M. Hungria & R. S. Araújo, Eds.) EMBRAPA. Brasília. Gerdemann, J.W. & Nicolson, T.H. 1963. Spores of mycorrhizal Endogone species extracted from soil by wet sieving and decanting. Trans. Br. Mycol. Soc. 46: 235-244. Giovannetti, M. & Mosse, B. 1980. An evaluation of techniques for measuring vesicular arbuscular mycorrhizal infection in roots. New Phytol. 84: 489-500. Hibbett, D. S.; Binder, M.; Bischoff, J.F.; Blackwell, M.; et al. A higher-level phylogenetic classification of the Fungi. Mycol. Res. 2007. Jastfer, A.G. & Sylvia, D.M. 1992. Inoculum production and inoculation strategies for vesicular-arbuscular mycorrhizal fungi. Pp. 349-377. In: Soil Microbial Tecnologies: Applications in Agriculture, Forestry and Environmental Management. B. Metting (Ed.) Marcel Dekker, New York. Jenkins, W.R. 1964. A rapid centrifugal-flotation technique for separating nematodes from soil. Pl. Dis. Rep. 48, 692. Koske, R.E. & Gemma, J.N. 1989. A modified procedure for staining roots to detect VA mycorhhizas. Mycol. Res. 92(4): 486-488. Mehrotra, V.S. (Ed.) 2005. Mycorrhiza: Role and Applications. Allied Publ., New Delhi. Moreira, F.M.S.; Siqueira, J.O. 2002. Microbiologia e Bioquímica de Microrganismos. UFLA, Lavras. Morton, J.B.; Benny, G. Revised classification of arbuscular mycorrhizal fungi (Zygomycetes): A new order, Glomales, two new suborders, Glomineae and Gigasporineae, and two new families, Acaulosporaceae and Gigasporaceae, with an emendation of Glomaceae. Mycotaxon 37: 471-491, 1990. Norris, J.T.; Read, D.J.; Varma, A.K. Methods in Microbiology. London, Academic Press, 1992. v.24. 450p. Newman, E. I. 1966. A method of estimating the total length of root in a sample. J. Appl. Ecol. 3: 139. Oehl, F.; Sieverding, E. 2004. Pacispora, a new vesicular arbuscular mycorrhizal fungal genus in the glomeromycetes. J. Appl. Bot. Food Quality 78: 72-82. Oehl, F.; de souza, F.A.; Sieverding, E. 2008. Revision of Scutellospora and description of five new genera and three new families in the arbuscular mycorrhiza-forming Glomeromycetes. Mycotaxon 106: 311–360. Peterson, R. L.; Massicotte, H.B.; Melville, L.H. 2004. Mycorrhizas: anatomy and cell biology. CABI Publishing, Wallingford. Phillips, J.M. & Hayman, D. 1970. Improved procedures for clearing roots and staining parasitic and vesicular arbuscular mycorrhizal fungi for rapid assessment of infection. Trans. Br. Mycol. Soc. 55: 158- 161. 67 Redecker, D.; Raab, P.; Oehl, F.; Camacho, F.J. & Courtecuisse, R. 2007. A novel clade of sporocarp-forming species of glomeromycotan fungi in the Diversisporales lineage. Mycol. Prog. 6: 35 – 44. Schenck, N.C. & Pérez, Y. 1990. Manual for the identification of VA mycorrhizal fungi. 3rd edition.Gainesville, Synergistic Publications. 286p. Schü ler, A; Schwarzott, D; Walker, C. 2001. A new fungal phylum, the Glomeromycota: phylogeny and evolution. Mycol. Res. 105(12): 1413-1421. Siqueira, J. O. 1994. Micorrizas arbusculares. Pp. 235-249. In: Microrganismos de importância agrícola. Ed. R. S.Araújo, M. Hungria. EMBRAPA-SPI. Brasília. Smith, S.E. & Read, D.J. 1997. Mycorrhizal Symbiosis. 2nd ed.Academic Press, San Diego. Sturmer, S.L. & Siqueira, J.O. 2008. Diversidade de Fungos Micorrízicos Arbusculares em Ecossistemas Brasileiros. In: Moreira, F.M.S.; Siqueira, J.O.; Brussaard, L. (Org.). Biodiversidade do Solo em Ecossistemas Brasileiros. UFLA, Lavras p. 537-583, 2008. Stutz, J.C. & Morton, J.B. 1996. Sucessive pot cultures reveal high species richness of arbuscular endomycorrhizal fungi in arid ecosystems. Can. J. Bot. 74: 18831889. 68 BMA 05.29 – SISTEMÁTICA Y FILOGENÍA DE LA SUBTRIBU PLEUROTHALLIDINAE (ORCHIDACEAE) PROFESSOR RESPONSÁVEL: Dr. Rodolfo Solano Gómez (Centro Interdisciplinario de Investigación para el Desarrollo Integral Regional, Unidad Oaxaca, México) Carga Horária Teórica Prática (por semana) (por semana) 15h 15h Estudos (por semana) Duração Total Créditos - 1 semana 30 horas 2 EMENTA Esta disciplina, cuja duração será de uma semana, pretende apresentar uma introdução sobre a diversidade morfológica e taxonômica deste grupo de orquídeas, abordando seus padrões biogeográficos, as relações filogenéticas entre seus gêneros e a necessidade de contar com um sistema de classificação no qual os gêneros da subtribo sejam reconhecidos de acordo com os critérios da cladística. PROGRAMA RESUMIDO 1) Introdução à subtribo Pleurothallidinae 2) Padrões biogeográficos na subtribo 3) Relações filogenéticas na subtribo 4) Identificação dos gêneros pertencentes à subtribo OBS: A disciplina ministrada em Espanhol BIBLIOGRAFIA BÁSICA CAMERON, K.M., CHASE, M.W., WHITEN, W.M., KORES, P.J., JARRELL, D.C., ALBERT, V.A., YUKAWA, T., HILLS, H.G. & GOLDMAN, D.H. 1999. A phylogenetic analysis of the Orchidaceae: evidence from rbcL nuceleotide sequences. American Journal of Botany. 86(2): 208-224. CHASE, M.W., CAMERON, K.M., BARRETT, R.L. & FREUDENSTEIN, J.V. 2003. DNA data and Orchidaceae systematics: A new phylogenetic classification. In K.W. Dixon, S.P. Kell, R.L. Barrett & P.J. Cribb (eds.)Orchid Conservation.: Kota Kinabalu, Natural History Publications, Sabah, p. 69-89. CHIRON, G.R., GUIARD, J. & VAN DEN BERG, C. 2012. Phylogenetic relations in Brazilian Pleurothallis sensu lato (Pleurothallidinae, Orchidaceae): evidence from nuclear ITS rDNA sequences. Phytotaxa 46: 34-58. KARREMANS, A.P.; BAKKER, F.T.; PUPULIN, F.; SOLANO-GÓMEZ, R.; SMULDERS, J.M. 2013. Phylogenetic of Stelis and closely related genera (Orchidaceae: Pleurothallidinae). Plant Systematics and Evolution 299: 151-176. PRIDGEON, A.M. & CHASE, M.W. 2001. A phylogenetic reclassification of Pleurothallidinae (Orchidaceae). Lindleyana 16: 235-271. 69 PRIDGEON, A.M., SOLANO, R. & CHASE, M.W. 2001. Phylogenetic relationships in Pleurothallidinae (Orchidaceae): combined evidence from nuclear and plastid DNA sequences. American Journal of Botany 88: 2286-2308. PRIDGEON, A.M., CRIBB, P.J., CHASE, M.W. & RASMUSSEN, F.N. (eds.). 2005. Genera Orchidacearum vol 4. Epidendroideae (Part 1). Oxford University Press, New York. 70 BMA 08 - FUNDAMENTOS TEÓRICOS E APLICAÇÕES DA BIOLOGIA MOLECULAR PROFESSORA RESPONSÁVEL: Dra. Marília Gaspar Carga Horária Teórica Prática (por semana) (por semana) 3h 3h Estudos (por semana) Duração Total Créditos 1h 13 semanas 90 horas 6 EMENTA Esta disciplina teórico-prática tem por objetivo introduzir os conceitos fundamentais da genética molecular e as técnicas básicas de biologia molecular, além de promover a discussão sobre alguns assuntos de atualidade na área, como transgênicos, biossegurança, clonagem, projetos genoma. A segunda parte da disciplina terá um enfoque mais aplicado, mostrando de que forma a biologia molecular pode ser uma ferramenta para os estudos de diversidade, filogenia e para o entendimento das respostas aos estresses bióticos e abióticos. PROGRAMA RESUMIDO 1. Histórico da Biologia Molecular 2. Bases do DNA: estrutura e características, organização, replicação 3. Bases do RNA: estrutura, diferentes tipos, transcrição 4. Bases de proteínas: estrutura, tradução 5. Introdução às técnicas básicas de biologia molecular: purificação de ácidos nucléicos, digestão do DNA com enzimas de restrição, clonagem em vetores, transformação de bactérias, eletroforese, entre outras 6. Reação de Polimerase em Cadeia (PCR): definição, etapas, condições, aplicações, tecnologias baseadas na PCR 7. Marcadores Moleculares e aplicações em estimativa de biodiversidade e filogenia 8. Expressão gênica: northern blot, cDNA AFLP, ddRT-PCR, SAGE, Real Time PCR, RNAi, transcritômica e proteômica. 9. Aplicação das técnicas de biologia molecular para a identificação e estudo de genes atuando nos mecanismos de resposta das plantas a estresses bióticos e abióticos 10. Bibliotecas genômicas e de expressão 11. Técnicas de sequenciamento de DNA e projetos genoma 12. Transformação de plantas e melhoramento genético 13. OGMs: alimentação, saúde e riscos para a biodiversidade e o meio ambiente 14. Introdução à Bioinformática OBS: O curso será complementado com palestras de especialistas BIBLIOGRAFIA BÁSICA Alberts, B. et al. 2002. Molecular Biology of the Cell. Garland, New York. 1616 p. Brown, T.A. 2006. Gene Cloning and DNA Analysis: An Introduction. 5a ed. Blackwell Scientific 71 Hawkesford, M.J. & Buchner, P. 2001. Molecular Analysis of Plant Adaptation to the Environment. Springer. Heidelberg. 276 p. Lajolo & Nutti. 2003. Transgênicos: bases científicas da sua segurança. SBAN. São Paulo. 112 p. Lewin, B. 2001. Genes VII. 8 ed. Artmed Editora. Porto Alegre. 955 p. (versão em português). Lewin, B. 2008. Genes IX. Jones and Bartlett Publishers, Massachusetts. 892 p. (versão em ingles). Mir, L. 2004. Genômica. Editora Atheneu, São Paulo, 1114 p. Watson, J.D., Gilman, M., Witkowski, J. & Zoller, M. 1992. Recombinant DNA. 2 ed. W.H. Freeman and Company. New York. 626 p. Watson et al. 2008. Molecular Biology of the Gene. 6 ed. CSH Press, USA. 841 p. Artigos científicos e de revisão, selecionados de periódicos tais como: NATURE, NATURE GENETICS, SCIENCE GENOMICS, CELL, TRENDS IN GENETICS, TRENDS IN BIOTECNOLOGY, PLANT PHYSIOLOGY, PLANT MOLECULAR BIOLOGY E OUTROS. 72 BMA 09 – O USO DE BANCOS DE DADOS EM TAXONOMIA (2008) PROFESSORA RESPONSÁVEL Dra. Maria Candida Henrique Mamede Carga Horária Teórica Prática (por semana) (por semana) 15h 15h Estudos (por semana) Duração Total Créditos 15h 2 semanas 90 horas 6 EMENTA Noções básicas sobre bancos de dados. Programas para gerenciamento de coleções científicas e informações biológicas. Programas para gerenciamento de informações sobre taxonomia, morfologia, distribuição geográfica, bibliografia. Principais padrões utilizados em bancos de dados. Desenho de um banco de dados. PROGRAMA RESUMIDO 1. Estrutura de banco de dados 2. Desenho de um banco de dados 3. Padronização das informações (dicionários e descritores) 4. Bases de dados na web 5. Ferramentas na web 6. Espécies vs. Espécimes 7. Chaves interativas 8. Elaboração de mapas 9. BRAHMS: instalação, utilização, produção de relatórios BIBLIOGRAFIA BÁSICA Allkin, R. & Bisby, F.A. 1984. Databases in Systematics. The Systematic Association, Special Volume n. 26. London: Alden Press. Ministério de Ciência e Tecnologia. 2006. Diretrizes e estratégias para a modernização de coleções biológicas brasileiras e a consolidação de sistemas integrados de informação sobre biodiversidade. Brasília: Centro de Gestão e Estudos Estratégicos, MCT. Bases de dados na web (2008): W3TROPICOS: http://mobot.mobot.org/W3T/Search/vast.html IPNI: http://www.ipni.org/ipni/plantnamesearchpage.do CRIA: http://www.cria.org.br/projetos MOBOT LIBRARY: http://www.mobot.org/MOBOT/molib/ BOTANICUS: http://www.botanicus.org/ ITIS: http://www.cbif.gc.ca/pls/itisca/taxaget?p_ifx=cria&p_lang=pt COLEÇÕES: http://sciweb.nybg.org/science2/hcol/allvasc/index.asp http://www.ibot.sp.gov.br/Herbario/tipos.htm http://www.jbrj.gov.br/jabot/formularios/frmfiltroespecimes_pub.php http://projects.bebif.be/enbi/martius/voucher?collection=m&barecode=0086083 http://splink.cria.org.br/tools?criaLANG=pt 73 BMA 10 – PLANEJAMENTO E ANÁLISES QUANTITATIVAS EM ESTUDOS DA BIODIVERSIDADE PROFESSOR RESPONSÁVEL: Dr. Eduardo Pereira Cabral Gomes Carga Horária Teórica Prática (por semana) (por semana) 4h 2h Estudos (por semana) Duração Total Créditos 2h 8 semanas 60 horas 4 EMENTA A disciplina apresenta os métodos de planejamento, coleta, descrição, tratamento, análise e interpretação de dados de pesquisa ou monitoramento. O modo de pensar estatístico é exposto mostrando a aplicação dos conceitos fundamentais e das técnicas estatísticas de análise de dados com vistas a capacitar o pós-graduando para a análise de problemas e decisão. PROGRAMA RESUMIDO 1. Necessidade de planejamento e questões científicas; 2. Coleta, organização, descrição e resumo de dados; 3. Distribuições de probabilidade; 4. Estimação; 5. Acúmulo de erros em comparações simples; 6. Teste de hipóteses: 7. Erros de tipo I e II; 8. Análise de regressão e correlação; 9. Transformação de dados; 10. Análise multivariada; 11. Pseudoreplicação e experimentos. BIBLIOGRAFIA BÁSICA Dancey, C.P. & J. Reidy. 2004. Estatística sem matemática para psicologia. 608 pp. Artmed. Porto Alegre. Lapponi, J.C. 2003. Estatística usando excell. São Paulo: Editora Lapponi. 450 pp. Levin, B. & Stephan. 2000. Estatística: teoria e aplicações. LTC. Rio de Janeiro. Magnusson, W. & Mourão, G. 2003. Estatística Sem Matemática: a ligação entre as questões e a análise. Londrina: Editora Planta. 126pp. Vieira, S. 1991. Introdução à bioestatística. Editora Campus. Campinas. Vieira, S. 2004. Bioestatística. Editora Campus. Campinas. 74 DISCIPLINAS PAF ÁREA DE PLANTAS AVASCULARES E FUNGOS 75 PAF 01 - AMBIENTES AQUÁTICOS CONTINENTAIS: LIMNOLOGIA PROFESSORAS RESPONSÁVEIS Dra. Denise de C. Bicudo e Dra. Carla Ferragut Carga Horária Teórica Prática (por semana) (por semana) 6h 6h Estudos (por semana) 3h Duração 12 dias (não condensados) Total Créditos 90 horas 6 EMENTA A disciplina visa fornecer conhecimentos básicos sobre a estrutura e o funcionamento dos ecossistemas continentais de águas doces, incluindo a integração da limnologia com outras ciências. Também serão tratados temas sobre uso, disponibilidade, principais impactos antropogênicos, recuperação e conservação dos ecossistemas aquáticos, bem como sobre o papel da Limnologia no gerenciamento dos recursos hídricos. PROGRAMA RESUMIDO TEORIA 1. 2. 3. 4. 5. 6. 7. Considerações históricas sobre a Limnologia e sua Importância como Ciência. Principais ecossistemas de águas doces: caracterização, origem e distribuição. Bacia Hidrográfica como unidade de estudo. Características do meio físico: luz, temperatura, regime de circulação da água. Características químicas da água e ciclos biogeoquímicos. Comunidades aquáticas: principais características, dinâmica e interação. Principais impactos nos ecossistemas de águas doces, com ênfase em eutrofização e mudanças climáticas globais. 8. Desafios do século XXI: uso, conservação, recuperação e gerenciamento. PRÁTICA 1. Coleta em reservatório. 2. Determinação, em campo ou no laboratório, de variáveis limnológicas bióticas e abióticas. 3. Avaliação do regime de mistura e do estado trófico a partir de dados coletados e/ou banco de dados. 4. Apresentação e discussão dos resultados sob a forma de seminário. BIBLIOGRAFIA BÁSICA Bicudo, C.E.M. & Bicudo, D.C. (eds.) 2004. Amostragem em Limnologia. São Carlos: RIMA Editora. 253p. Dodds, W.K. 2002. Freshwater Ecology: concepts and environmental applications. London: Academic Press. 569p. Kalff, J. 2002. Limnology. New Jersey: Prentice Hall. 592p. Rebouças, A., Braga, B. & Tundisi, J.G. (Eds.) 1999. Águas doces no Brasil: capital ecológico, uso e conservação. Rio de Janeiro: Academia Brasileira de Ciências. 763p. 76 Roland, F., Cesar, D. & Marinho, M. (eds.). 2005. Lições de Limnologia. São Carlos: RiMa. 517p. Smol, J.P. 2008. Pollution of lakes and rivers: a paleoenvironmental perspective. 2 ed. 383p. Tundisi, J.G. 2005. Água no Século XXI: enfrentando a escassez. São Carlos: RiMa, IIE. 248p. (2ª edição). Tundisi, J.G. & Tundisi, T.M. 2008. Limnologia. São Paulo: Oficina de Textos. 631p. Wetzel, R.G. 2001. Limnology: lake and river ecosystems. San Diego: Elsevier. 1006p. Wetzel, R. G. & G. E. Likens, 2000. Limnological analyses. Springer-Verlag, New York. 429p. 77 PAF 02 - BIOLOGIA DE ALGAS MARINHAS BENTÔNICAS PROFESSORAS RESPONSÁVEIS Dra. Silvia Maria Pita de Beauclair Guimarães e Dra. Mutue Toyota Fujii Carga Horária Teórica Prática (por semana) (por semana) 15h 20h Estudos (por semana) Duração Total Créditos 10h 2 semanas 90 horas 6 EMENTA As algas marinhas são importantes componentes dos ecossistemas marinhos desempenhando um papel ecológico fundamental para a manutenção destes ecossistemas. Do ponto de vista econômico, as algas marinhas são importantes na alimentação humana, além de fornecerem matéria prima para inúmeros produtos industrializados. O curso pretende fornecer informações básicas sobre as algas marinhas bentônicas visando a formação e a capacitação de recursos humanos nesta área. PROGRAMA RESUMIDO 1. Biodiversidade das algas marinhas bentônicas brasileiras; 2. Introdução à taxonomia e biologia de Rhodophyta, Chlorophyta e Phaeophyta; 3. Metodologia geral de estudos taxonômicos; 4. Caracterização morfológica e anatômica: organização do talo e estruturas de reprodução; 5. Tipos morfológicos mais simples e mais complexos; 6. Caracteres gerais da reprodução sexuada, assexuada, alternâncias de gerações; 7. Tipos de históricos de vida; 8. Critérios para definição de ordens, famílias, gêneros e espécies; 9. Considerações filogenéticas; 10. Análise, identificação e caracterização de espécies da flora brasileira. CRITÉRIOS DE AVALIAÇÃO: Participação nas aulas. Leitura, apresentação e discussão de trabalhos científicos relacionados ao tema. Elaboração de relatórios. OBSERVAÇÕES: O curso prevê a realização de uma excursão para observação das comunidades de algas, coleta de material para estudo do material. BIBLIOGRAFIA BÁSICA Brodie, J. & Lewis, J. 2007. Unraveling the Algae: the past, present, and future of algal systematics. CRC Press, London, 376 p. Cole, K.M. & Sheath R.G. 1990. Biology of the Red Algae. Cambridge University Press. Cambridge, 517p. Dawes, C.J. & Mathieson, A.C. 2008. The Seaweeds of Florida. University Press of Florida. Gainesville, 591p. Graham L.E. & Wilcox, L.W. Algae. 2000. Prentice-Hall, Inc. NJ,640p. 78 Hoek, C. van den, Mann, D.G. & Jahns, H.M. 1997. Algae. An Introduction to Phycology. Cambridge University Press, United Kingdom. 627pPERIÓDICOS: Phycologia, Journal of Phycology, Phycological Research. Lee, R.E. 2008. Phycology. Cambridge University Press. Cambridge, Maggs, C.A. & Hommersand, M.H. 1993. Seaweeds of the British Isles. Volume 1 Rhodophyta. Part 3 A Ceramiales. The Natural History Museum, London, 444 p. Schneider, C.W. & Searles, R.B. 1991. Seaweeds of the Southeastern United States. Cape Hatteras to Cape Canaveral. Duke University Press, Durham and London, 533 p. Womersley, H.B.S. 2003. The marine benthic flora of Australia. Rhodophyta – Part III D. Australian Biological Resources Study, Canberra and the State Herbarium of South Australia, Adelaide. Wynne, M.J. 2005. A checklist of the benthic marine algae of the tropical and subtropical western Atlantic: second revision. Nova Hedwigia 129: 1-152. Teses e dissertações sobre a flora marinha brasileira. Periódicos: Phycologia, Journal of Phycology, Botanica Marina, etc. 79 PAF 03 - CYANOBACTERIA: BIOLOGIA, ECOLOGIA E TOXICOLOGIA PROFESSOR RESPONSÁVEL Dra. Célia Leite Sant'Anna PROFESSORES COLABORADORES Dra. Maria Teresa de Paiva Azevedo e Dra. Luciana Retz de Carvalho Carga Horária Teórica Prática (por semana) (por semana) 18h 30h Estudos (por semana) Duração Total Créditos 12h 2 semanas 120 horas 8 EMENTA Conhecimento da variabilidade morfológica, reprodução, identificação, distribuição geográfica e desenvolvimento das espécies de cianobactérias, bem como suas relações com fatores ambientais, formação de florações, produção e análise de toxinas e biotecnologia. . PROGRAMA RESUMIDO 1. Sistemas de classificação 2. Morfologia e reprodução 3. Estudos biológicos em cultura 4. Fatores ambientais interferindo na distribuição das cianobactérias 5. Eutrofização 6. Dominância e florações 7. Contagem de células 8. Cianotoxinas 9. Espécies tóxicas 10. Metodologia de análise de cianotoxinas 11. Biotecnologia BIBLIOGRAFIA BÁSICA Anagnostidis, K. & Komárek, J. 1990. Modern approach to the classification system of Cyanophytes, 5: Stigonenatales. Algological Studies 59: 1-73. Carvalho, L.R., Haraguchi, M. & Górniak, S.L. 2008. Intoxicação produzida por algas de água doce. In: H.S. Spinosa, S.L.Górniak & J. Palermo-Neto (Eds.). Toxicologia aplicada à Medicina Veterinária. Editora Manole, Barueri, SP, p. 621-640. Carvalho, L.R. 2006. Cianotoxinas. In: C.L. Sant’ Anna, M.T.P.Azevedo, L.F. Agujaro, M.C. Carvalho, L.R. Carvalho, & R.C.R. Souza (Eds.). Manual Ilustrado para Identificação e Contagem de Cianobactérias Planctônicas de Águas Continentais Brasileiras. Editora Interciência, Rio de Janeiro, p. 9 -19. Chorus, I. & Bartram, J. 1999. Toxic Cyanobacteria in Water. E & FN Spon. 416p. Hoffmann, L., Kastovskii, J. & Komárek, J. 2005. System of Cyanoprokariotes (Cyanobacteria). Algological Studies 117: 95-115. Komárek, J. & Anagnostidis, K. 1989. Modern approach to the classification system of Cyanophytes, 4: Nostocales. Archiv für Hydrobiologie, Suppl.. 82, Algological Studies 56: 247-345. 80 Komárek, J. & Anagnostidis, K. 1999. Cyanoprokaryota – 1: Chroococcales. In: Süsswasserflora von Mitteleuropa 19/1 (Etti, H. et als. Eds.). Stuttgart, Gustav Ficher. 548p. Komárek, J. & Anagnostidis, K. 2005. Cyanoprokaryota – 2: Oscillatoriales. In: Süsswasserflora von Mitteleuropa 19/2 (B. Budel, l. Krienitz, G. Gardner & M. Schagerl, eds.). Elsevier, Spektrum Akademischer Verlag, München. 759p. Nicholson, B.C. & Burch, M.D. 2001. Evaluation of analytical methods for detection and quantification of cyanotoxins in relation to Australian drinking water guidelines. Cooperative Research Centre for Water Quality and Treatment, Sidney, Austrália. Whitton, B. & Potts, M. 2000. The ecology of Cyanobacteria: their diversity in time and space. Kluwer Academic Publishers, London. 669p. 81 PAF 04 - DIVERSIDADE DAS BRIÓFITAS NOS ECOSSISTEMAS PROFESSOR RESPONSÁVEL Dra. Olga Yano Carga Horária Teórica Prática (por semana) (por semana) 15h 20h Estudos (por semana) Duração Total Créditos 10h 2 semanas 90 horas 6 EMENTA Os estudantes deverão conhecer a morfologia e anatomia das briófitas e suas variações. Irão adquirir conhecimento para diferenciar os grupos (musgos, hepáticas e antóceros) e os ciclos de vida. Os tipos de reprodução, as associações entre si e com outros grupos vegetais, sua importância como indicadores de diferentes ecossistemas e poluição ambiental, bem como seu importante papel de conservação que exerce na natureza; ainda algumas espécies tem importante papel na germinação de sementes. Deverão aprender como preparar o material para a observação e também como acondicionar para o herbário. PROGRAMA RESUMIDO 1. Morfologia dos musgos, hepáticas e antóceros; 2. Anatomia dos musgos, hepáticas e antóceros; 3. Tipos de reprodução e ciclos de vida; 4. Taxonomia atual; 5. Identificação em nível específico; 6. Importância econômica; 7. Noções de ecologia das briófitas; 8. Noções de biologia molecular. BIBLIOGRAFIA BÁSICA Buck, W.R. 1998. Pleucocarpous Mosses of the West Indies. Memoirs of the New York Botanical Garden 82: 1-400. Chopra, R. N. & Kumra, P. K. 1988 - Biology of Bryophytes. The New Delhi, Wiley Eastern Limited. 350p. Churchill, S. P., Balslev, H,. Forero, R. & Luteyn, J. L. 1995 - Biodiversity and conservation of neotropical montane forests. Bronx, NY. 702p. Clark, G. C. S. & Duckett, J. G. 1979 - Bryophyte systematics. London, Academic Press. 582p. Dyer, A. F. & Ducket, J. G. 1984 - The experimental biology of Bryophytes. London, Academic Press. 281p. Geissler, P. & Greene, S. W. 1982 - Bryophyte taxonomy methods, practices and floristic exploration. Beih. Nova Hedwigia 71: 1-558. Goffinet, B. & Shaw, A.J. 2009. Bryophyte Biology. Cambridge University Press 2nd ed. 581 p. Gradstein, S.R. & Costa, D.P. 2003. The Hepaticae and Anthocerotae of Brazil. Memoirs of The New York Botanical Garden 87: 1-318. Schofield, W. B. 1985 - Introduction to Bryology. New York, Macmillan Publishing Company. 431p. 82 Schuster, R. M. (ed.). 1984 - New Manual of Bryology. Japan, The Hattori Botanical Laboratory. v.1-2. 1295p. Smith, A. J. E. (ed.) 1982 - Bryophyte ecology. New York, Chapman and Hall. 511p. 83 PAF 05 - DIVERSIDADE DE FUNGOS NOS ECOSSISTEMAS PROFESSORES RESPONSÁVEIS Dra. Rosely Ana Piccolo Grandi e Marina Capelari PROFESSORES COLABORADORES Dra. Adriana de M. Gugliotta, Dra. Carmen L. A. Pires-Zottarelli, Iracema H. SchoaenleinCrusius, Dr. José Ivanildo de Souza, Dr. Michel N. Benatti e Vera M. V. Vitali Carga Horária Teórica Prática (por semana) (por semana) 10h 15h Estudos (por semana) Duração Total Créditos 5h 4 semanas 120 horas 8 EMENTA O curso terá início com a situação dos fungos e organismos relacionados dentro da atual classificação dos Reinos. Os alunos deverão conhecer estruturas de fungos, em diferentes níveis de organização, desde as mais simples até as mais complexas, aprendendo a diferenciar os grandes grupos de fungos e organismos relacionados, com a observação das estruturas sexuadas e assexuadas, presentes em seus ciclos de vida. O conhecimento das estruturas somáticas, modos de reprodução, relações com outros organismos e interações nos diferentes ecossistemas deverão completar as informações de modo a capacitá-los na visualização da importância dos fungos e organismos relacionados, em seus aspectos benéficos e prejudiciais para o homem, bem como o papel que exercem na natureza. Deverão aprender algumas técnicas de coleta, isolamento, herborização e cuidados em laboratório. Disciplina voltada principalmente aos aspectos taxonômicos dos fungos. PROGRAMA RESUMIDO 1. Reino Fungi e suas relações com outros reinos – características gerais. 2. Estruturas somáticas: morfologia externa, microestruturas, citologia. 3. Aspectos bioquímicos, fisiológicos e de adaptabilidade ao meio ambiente. 4. Estruturas de reprodução sexuada e assexuada: tipos, fases haplóide, diplóide e dicariótica. 5. Reino Fungi – Chytridiomycota, Blastocladiomycota e Neocallimastigomycota: caracterização, reprodução, ciclos de vida, importância ecológica e econômica. 6. Reino Fungi – Zygomycota: caracterização, reprodução, ciclos de vida, importância ecológica e econômica. 7. Reino Fungi – Ascomycota (incluindo leveduras): caracterização, reprodução, ciclos de vida, importância ecológica e econômica. 8. Reino Fungi – Ascomycota (Liquens): caracterização, reprodução, ciclos de vida, importância ecológica e econômica. 9. Reino Fungi – Basidiomycota (incluindo leveduras): caracterização, reprodução, ciclos de vida, importância ecológica e econômica. 10. Reino Fungi – Fungos Anamorfos ou conidiais (incluindo leveduras): caracterização, reprodução, ciclos de vida, importância ecológica e econômica. 11. Reino Fungi – Glomeromycota: caracterização dos fungos micorrízicos arbusculares, importância ecilógica e econômica. 84 12. “Fungos Zoospóricos” (Reino Chromista – Oomycota e Hyphochytridiomycota) e “Fungos palsmodiais” (Reino Protozoa – Plasmodiophoromycota, Myxomycetes: caracterização, reprodução, ciclos de vida, importância ecológica e econômica. 13. Interação dos fungos com outros organismos: parasitismo e outras associações. 14. Aspectos relevantes dos fungos para o meio ambiente. 15. Esta disciplina envolve coleta de material, análises em laboratório, observação de lâminas prontas e outras práticas importantes para discussão, integração do conhecimento e avaliação. Os alunos deverão participar de todas as atividades. BIBLIOGRAFIA BÁSICA Abarca, G.H. (Ed.). 2008. Tópicos sobre Diversidad: Ecologia y Usos de los Hongos Microscopicos en Iberoamerica. REDEMIC, México D.F. Alexopoulos, C.J., Mins, C.W. & Blackwell, M. 1996. Introductory Mycology. 4 ed. John Wiley & Sons, New York. Bononi, V.L.R. & Grandi, R.A.P. (coods.).1999. Zigomicetos, Basidiomicetos e Deuteromicetos: noções básicas de taxonomia e aplicações biotecnológicas. Instituto de Botânica, SMA, São Paulo. Cannon, P.F. & Kirk, P.M. 2007. Fungal Families of the World. CAB International, London. Carlile, M.J. & Watkinson, S.C. 1996. The Fungi. Academic Press. Dix, N.J. & Webster, J. 1995. Fungal Ecology. Chapman & Hall. Guerrero, R.T. & Homrich, M.H. 1999. Fungos Macroscópicos comuns no Rio Grande do Sul. 2 ed. Editora UFRGS, Porto Alegre. Herrera, T. & Ulloa, M. 1990. El Reino de los Hongos. Universidad Nacional Autónoma de México, Fondo de Cultura Econômica, México D.F. Kirk, P.M., Cannon, P.F., Minter, D.W. & Stalpers, J.A. 2008. Dictionary of the Fungi. 10 ed. CAB International, Wallingford. Moore-Landecker, E. 1996. Fundamentals of the Fungi. 4 ed. Prentice Hall, New Jersey. Mueller, G.M., Bills, G.F. & Foster, M.S. 2004. Biodiversity of Fungi – Inventory and monitoring methods. Elsevier Academic Press, Burlington. Raven, P.H., Evert, R.F. & Eichhorn, S.E. 2007. Biologia Vegetal. 7 ed. Editora Guanabara Koogan, Rio de Janeiro. Xavier Filho, L., Legaz, M.E., Córdoba, C.V. & Pereira, E.C. (eds.). 2006. Biologia de Liquens. Âmbito Cultural, Rio de Janeiro. 85 PAF 06 - DIVERSIDADE E TAXONOMIA DE BASIDIOMYCOTA PROFESSOR RESPONSÁVEL Dra. Marina Capelari PROFESSOR COLABORADOR Dr. Iuri Goulart Baseia – Universidade Federal do Rio Grande do Norte Carga Horária Teórica Prática (por semana) (por semana) 3h 4h Estudos (por semana) Duração Total Créditos 1 15 semanas 120 horas 8 EMENTA Conhecer a diversidade dos diversos grupos e ordens de Agaricomycotina (Basidiomycota) com base na classificação filogenética recente; aprender técnicas de coleta e herborização; identificar gêneros/espécies com base na morfologia; introduzir o uso de técnicas moleculares na taxonomia do grupo. PROGRAMA RESUMIDO 1. Introdução: classificação atualizada, morfologia básica, trabalho de campo e herborização, identificação e descrição morfológica, estudos moleculares 2. Phallomycetidae 3. Agaricomycetidae 4. Demais ordens de Agaricomycetes BIBLIOGRAFIA BÁSICA Alexopoulos, C.J., Mims, C.W. & Blackwell, M. 1996. Introductory Mycology. 4th ed. John Wiley :& Sons, New York, 869 p. Cannon, P.F. & Kirk, P.M. 2007. Fungal Families of the World. CABI, Egham. Crous, P.W., Verkley, G.J.M., Groenewald, J.Z. & Samson, R.A. 2009. Fungal Biodiversity. CBS-KNAW Fungal Biodiversity Centre, Utrecht. Frisvad, J.C., Bridge, P.D. & Arora, D.K. 1998. Chemical Fungal Taxonomy. Marcel Dekker, New York, 398 p. Gilbertson, R.L. & Ryvarden, L. 1987. North American Polypores. Fungiflora, Oslo, 885 p. Hibbett, D.S., Binder, M., Bischoff, J.F., Blackwell, M., Cannon, P.F., Eriksson, O.E., Huhndorf, S., James, T., kirk, P.M., Lücking, R., Thorsten Lumbsch, H., Lutzoni, F., Matheny, P.B., Mclaughlin, D.J., Powell, M.T., Redhead, S., Schoch, C.l., Stapaphora, J.W., Stalpers, J.A., Vylgalys, R., Aime, M.C., Aptroot, A., Bauer, R., Begerow, D., Benny, G.L., Castlebury, L.A., Crous, P.W., Dai, Y-C., Gams, W., Geiser, D.M., Griffith, G.W., Gueidan, C., Hawksworth, D.L., Hestmark, G., HOsaka, K., Humber, R.A., Hyde, K.D., Ironside, J.E., Kõljalg, U., Kurtzman, C.P., Larsson, K.-H., Lichtwardt, R., Longcore, J., Miadlikowska, J., Miller, A., Moncalvo, J.-M., MozlweyStandridge, V.S., Oberwinkler, F., Parmasto, E., Reeb, V., Rogers, J.D., Roux, C., Ryvarden, L., Sampaio, J.P., Schüβler, W.A., Sugiyama, J., Thorn, R.G., Tibell, L., Untereiner, W.A., Walker, C., Wang, Z., Weir, A., Weiss, M., White, M.M., Winka, 86 K., Yao, Y-J. & Zhang, N. 2007. A higher level phylogenetic classification of the fungi. Mycological Research 111: 509-547. Pegler, D.N. 1983. The Agaric Flora of the Lesser Antilles. Kew Bulletin Additional Series 9:1-668 Petersen, R. (ed.). 1989. Evolution in the Higher Basidiomycetes. U.M.I. Ann Arbor, 562 p. Singer, R. 1986. The Agaricales in Modern Taxonomy. Koeltz Scientific Books, Koenigstein, 981 p. Spataphora, J.W., Hughes, K.W. & Blackwell, M. 2006. A phylogeny for kingdom Fungi – Deep Hyphae issue. Mycologia 98: 829-1103. Talbot. P.H.B. 1978. Principles of Fungal Taxonomy. The Macmillan Press, London, 274 p. Vasilyeva, L. 1999. Systematics in Mycology. Bibliotheca Mycologica 178:1-253. 87 PAF 07 - ECOFISIOLOGIA DE ALGAS MARINHAS BENTÔNICAS PROFESSOR RESPONSÁVEL Dra. Nair Sumie Yokoya Carga Horária Teórica Prática (por semana) (por semana) 3h 2h Estudos (por semana) Duração Total Créditos 2h 10 semanas 90 horas 6 EMENTA Tem como objetivos fornecer conhecimentos básicos sobre a fisiologia das algas marinhas bentônicas, incluindo uma abordagem teórico-experimental sobre os efeitos de fatores ambientais no desenvolvimento e distribuição destes organismos, e uma abordagem da aplicação prática dos estudos fisiológicos nos processos tecnológicos das algas marinhas bentônicas. PROGRAMA RESUMIDO 1. Introdução aos estudos fisiológicos das algas marinhas bentônicas; 2. Desenvolvimento das algas marinhas bentônicas: padrões de germinação e histórico de vida; 3. Fatores controladores do desenvolvimento: temperatura, salinidade, irradiância, fotoperíodo, nutrientes e reguladores de crescimento vegetal; 4. Técnicas de cultura unialgáceas (meios de cultura e isolamento de esporos ou de ápices); 5. Leitura e discussão de textos especializados, analisando as tendências atuais nos estudos ecofisiológicos na compreensão da distribuição das algas marinhas bentônicas. BIBLIOGRAFIA BÁSICA Andersen, R. A. 2005. Algal Culturing Techniques. Elsevier Academic Press, London, 578p. Cole, K.M. & Sheath, R.G. 1990. Biology of red algae. Cambridge University Press, Cambridge, 517p. Littler, M. M. & Littler, D. S. 1985. Ecological Field Methods: Macroalgae. Handbook of Phycological Methods. Cambridge University Press, Cambridge, 617p. Lobban, C. S. & Harrison, P. J. 1994. Seaweed Ecology and Physiology. Cambridge University Press, Cambridge, 366p. Pereira, R.C. & Soares-Gomes, A.(Org.) 2002. Biologia Marinha. Editora Interciência, Engenho Novo, 382p. 88 PAF 08 - ECOLOGIA DE COMUNIDADES DE ALGAS PERIFÍTICAS DE ÁGUAS CONTINENTAIS PROFESSORES RESPONSÁVEIS Dra. Denise de Campos Bicudo e Dra. Carla Ferragut Carga Horária Teórica Prática (por semana) (por semana) 6h 6h Estudos (por semana) Duração Total Créditos 3h 12 dias (não condensado) 90 horas 6 EMENTA Refere-se à ecologia da comunidade perifítica e do papel da mesma nos ecossistemas aquáticos continentais. A estrutura e o funcionamento das algas perifíticas são abordados em nível de microescala, ou seja, dentro dos limites do complexo perifíton/substrato e em nível de macroescala (sistêmico). PROGRAMA RESUMIDO TEORIA 1. 2. 3. 4. 5. 6. Terminologia, mecanismos de fixação, colonização, sucessão, fisionomia. Principais fatores que influenciam o desenvolvimento da comunidade de algas perifíticas. Interação metabólica perifíton/substrato. Papel da região de interface terra/água nos ecossistemas aquáticos. Uso do perifíton na qualidade da água. PRÁTICA 1. 2. 3. 4. Desenvolvimento de projeto. Excursões a reservatórios do PEFI. Amostragem, coleta e preservação. Determinação e avaliação crítica de medidas estruturais e funcionais da comunidade. BIBLIOGRAFIA BÁSICA Azin, M.E., Verdegen, M.C.J., Van Dam, A.A. & Beveridge, C.M. 2006. Periphyton ecology, explotation and management. Cabi Publishing, 273p. Roland, F., Cesar, D. & Marinho, M. (eds.). 2005. Lições de Limnologia. São Carlos: RiMa. 517p. Stevenson, R.J., Bothwell, M.L. & Lowe, R.L. (eds.). 1996. Algal Ecology: freshwater benthic ecosyyystems. New York: Academic Press. 753p. Wetzel, R.G. 2001. Limnology: lake and river ecosystems. San Diego: Elsevier. 1006p. Wetzel, R. G. & G. E. Likens, 2000. Limnological analyses. Springer-Verlag, New York. 429p. PERIÓDICOS Aquatic Botany Ecology Freshwater Biology Hydrobiologia Journal of The North American Benthodological Society. 89 PAF 09 – FUNGOS ZOOSPÓRICOS: DIVERSIDADE, ECOLOGIA E APLICAÇÃO EM ESTUDOS AMBIENTAIS. PROFESSORES RESPONSÁVEIS Dra. Carmen L. A. Pires-Zottarelli Carga Horária Teórica Prática (por semana) (por semana) 2-3h 4h Estudos (por semana) Duração Total Créditos 1h 10 semanas 75 horas 5 EMENTA A disciplina visa oferecer aos alunos aprofundamento dos conhecimentos sobre a biodiversidade de organismos zoospóricos de importância ambiental, especialmente como sapróbios e parasitas. Serão enfocados parâmetros morfológicos, fisiológicos e bioquímicos utilizados na identificação de espécies, bem como, os avanços realizados por meio de técnicas moleculares. Técnicas específicas para coleta, estudo e preservação dos grupos serão também tratados. PROGRAMA RESUMIDO TEORIA - Importância dos organismos zoospóricos, hoje inseridos nos Reinos Chromista, Fungi e Protozoa, e suas eventuais aplicações ambientais; - Taxonomia dos vários grupos de organismos zoospóricos: Características de cada grupo Parâmetros utilizados na taxonomia de cada grupo Aspectos filogenéticos dos grupos - Fatores abióticos e bióticos que interferem na ocorrência e distribuição destes organismos; - Técnicas especiais de coleta, isolamento e identificação: Métodos de iscagem Meios especiais de isolamento Identificação de espécimes Preservação de espécimes PRÁTICA As aulas práticas envolverão o preparo dos diferentes meios de cultura, coleta, isolamento e identificação de espécimes, bem como, uso e construção de chaves de identificação. O objetivo maior das aulas práticas será proporcionar aos alunos a oportunidade do reconhecimento dos diferentes grupos de organismos zoospóricos presentes na água e no solo, bem como, sua importância nos diferentes ecossistemas. BIBLIOGRAFIA BÁSICA ALEXOPOULOS, C.J., MIMS, C.W. & BLACKWELL, M. 1996. Introductory Mycology. New York, John Wiley & Sons, Inc., 4th Edit., 869 p. DICK, M.W. 1990b. Key to Pythium. Reading, UK, University of Reading Press. 90 DICK, M.W. 2001. Straminipilous Fungi: systematics of the Peronosporomycetes including accounts of the marine straminipilous protists, the plasmodiophorids and similar organisms. Kluwer Academic Publishers, Holanda, 670p. DIGHTON, J., WHITE, J.F. & OUDEMANS, P. (eds.). 2005. The fungal community: its organization and role in the ecosystem. CRC Press. 3rd ed. 936p. DIX, N.J.& WEBSTER, J. 1995. Fungal ecology. Cambridge: Chapman & Hall, 549p. FULLER, M.S. & JAWORSKY, A. 1987. Zoosporic fungi in teaching and research. Athens, Ga., Southeastern Publishing Co, 303p. HEITMAN, J., KRONSTAD, J.W.; TAILOR, J.W. & CASSELTON, L.A. 2007. Sex in fungi: molecular determination and evolutionary implications. ASM press. 542p. JOHNSON, T.W. Jr. 1956. The genus Achlya: morphology and taxonomy. Ann Arbor, MI., University of Michigan Press. JOHNSON JR., SEYMOUR, R.L. & PADGETT, D.E. 2002. Biology and systematics of Saprolegniaceae. Disponível em > www.uncw.edu/people/padgett/book. Acesso em Novembro/2002. JOHNSON JR., T.W., SEYMOUR, R.L. & D.E. PADGETT. 2005. Systematics of the Saprolegniaceae: New taxa. Mycotaxon 92: 1-10. KARLING, J.S. 1977. Chytridiomycetarum Iconographia. Vaduz: J. Cramer, 414p. KARLING, J.S. 1981. Predominantly holocarpic and eucarpic simple biflagellate phycomycetes. Vaduz: J. Cramer. 252p. KIRK, P. M., CANNON, P. F., MINTER, D.W. & STALPERS, J. A. (EDS.). 2008. Dictionary of Fungi. 10th edition. MILANEZ, A.I. 1989. Fungos de águas continentais. In Fidalgo, O. & Bononi, V.L.R. coords. Técnicas de coleta, preservação e herborização de material botânica. São Paulo, Instituto de Botânica, p. 17-20 (SMA Série Documentos). MILANEZ, A.I., PIRES-ZOTTARELLI, C.L.A. & GOMES, A.L. (eds.). 2007. Brazilian zoosporic fungi. São Paulo. 112p. MUELLER, G.M., BILLS, G.F. & FOSTER, M.S. (eds.). 2004. Biodiversity of fungi. Inventory and monitoring methods. Elsevier Academic Press, San Diego. 777p. PLAATS-NITERINK, A.J. van der. 1981. Monograph of the genus Pythium. Studies in Mycology 21: 332p. SCOTT, W.W. 1961. A monograph of the genus Aphanomyces. Technical Bulletin. Va. Agr. Exp. Station, 151: 106p. SEYMOUR, R.L. 1970. The genus Saprolegnia. Beihefte Nova Hedwigia, 19: 124p. SPARROW, F.K., Jr. 1960. Aquatic Phycomycetes, 2nd. Edit. Ann Arbor, Mich, University of Michigan Press, 1181p. TSUI, C.K.M. & HYDE, K.H. (eds.). 1998. Freshwater Mycology. Hong Kong. Fungal Diversity Press, 350p. 91 PAF 15 - TAXONOMIA DE ALGAS EUCARIONTES DE ÁGUAS CONTINENTAIS. PROFESSOR RESPONSÁVEL Dr. Carlos Eduardo de Mattos Bicudo e Dra. Andrea Tucci Carga Horária Teórica Prática (por semana) (por semana) 15h Estudos (por semana) Duração Total Créditos 20h 2 semanas 120 horas 8 25h EMENTA Visa a fornecer conhecimento taxonômico teórico, sobre os principais grupos de algas eucariontes que ocorrem nos ambientes continentais brasileiros, e prático para identificação, no nível gênero, das formas mais comuns nesses ecossistemas. PROGRAMA RESUMIDO TEORIA 1. Definição de alga. 2. Análise crítica dos principais sistemas de classificação em níveis divisão e classe. 3. Critérios taxonômicos para definição de ordens, famílias e gêneros em Chlorophyceae, Charophyceae, Zygnemaphyceae, Oedogoniophyceae, Euglenophyceae, Dinophyceae, Chrysophyceae, Xanthophyceae, Bacillariophyceae, Cryptophyceae, Raphidophyceae e Rhodophyceae; estudo dos principais representantes de cada classe na flora brasileira. 4. Polimorfismo em algas e suas implicações taxonômicas. 5. História dos estudos de águas continentais no Brasil. PRÁTICA 1. Excursões na área do PEFI para coleta de material. 2. Exame de material ao microscópio para identificações de gêneros. 3. Construção de chaves artificiais para identificação de gêneros. BIBLIOGRAFIA BÁSICA LIVROS Bicudo, C.E.M. & Menezes, M. 2006. Gêneros de algas de águas continentais do Brasil: chave para identificação e descrições. São Carlos: RiMa Editora. 489p. (2ª edição). Parra O.O. & Bicudo, C.E.M. 1996. Introducción a la biología y sistematica de las algas de aguas continentales. Concepción: Ediciones Universidad de Concepción. 268p. van den Hoek, C., Mann, D.G. &Jahns, H.M. 1997. Algae: an introduction to phycology. Cambridge: Cambridge University Press. 627p. (reimpressão). PERIÓDICOS Journal of Phycology Phycologia Algological Studies European Journal of Phycology Hoehnea 92 PAF 18 - BIORREMEDIAÇÃO AMBIENTAL PROFESSOR RESPONSÁVEL Dr. Dácio Roberto Matheus COLABORADORES Drª Vera Maria V. Vitali Carga Horária Teórica Prática (por semana) (por semana) 4h 4h Estudos (por semana) Duração Total Créditos 2h 12 semanas 120 horas 8 EMENTA A disciplina objetiva dar ao aluno uma visão atual dos principais problemas de contaminação ambiental do Brasil e do Estado de São Paulo, bem como os princípios teóricos e a tendência atual da biorremediação ambiental, abordando as relações entre os diferentes grupos de microrganismos e plantas utilizados nestes processos e os diferentes poluentes a serem degradados e os ambientes a serem restaurados. PROGRAMA RESUMIDO 1. Contaminação ambiental química: histórico e situação atual 2. Biodegradação, ciclos bio-geoquímicos e crescimento microbiano 3. Biodegradação e biosorção de poluentes orgânicos e inorgânicos 4. Efeitos do ambiente e das estruturas químicas dos poluentes na biodegradação 5. Métodos de avaliação da biodegradabilidade de poluentes 6. Tecnologias de biorremediação: fitorremediação, micorremediação, outras. BIBLIOGRAFIA BÁSICA Alexander, M. 1999. Biodegradation and bioremediation, London: Academic Press, 453p Bononi, V.L.R. (org.) 1998. Zigomicetos, basidiomicetos e deuteromicetos: noções básicas de taxonomia e aplicações biotecnológicas, São Paulo: Instituto de Botânica, Secretaria de Estado do Meio Ambiente, 184p. Dupont, R.R.; Bruell, C.J.; Marley, M.C.; Downey, D.C.; Norris, R.D.; Hulling, S.G.; Pivets, B. 1997. Innovative site remediation technology: design & application, Bioremediation (v.1). Annapolis: American Academy of Environmental Engineers and USEPA, 596p. Khachatourians, G.G.; Arora, D.K., 2001. Applied Mycology and Biotechnology, Amsterdam: ELSEVIER, v.1, 435p. Leeson, A., Foote, E.A., Banks, M.K., Magar, V.S. Phytoremediation, wetlands and sediments (v.6). Columbus: Battelle Press, 383p. 93 DISCIPLINAS PVA ÁREA DE PLANTAS VASCULARES 94 PVA 01 - ASPECTOS FITOGEOGRÁFICOS NA GESTÃO DO MEIO AMBIENTE PROFESSOR RESPONSÁVEL Dr. Sergio Romaniuc Neto PROFESSOR COLABORADOR Um professor será convidado (do Brasil ou estrangeiro) para aprofundar temas inerentes a disciplina. Carga Horária Teórica Prática (por semana) (por semana) 3h 2h Estudos (por semana) Duração Total Créditos 1h 15 semanas 90 horas 6 EMENTA Fornecer informações sobre a prática em gestão do meio ambiente nos países tropicais com ênfase para a América Latina e especialmente para o Brasil. Capacitar o aluno a analisar os aspectos taxonômicos e biogeográficos dos componentes bióticos, com ênfase para os vegetais, como elementos fundamentais passiveis de serem utilizados nas políticas de conservação de espaços e espécies. Propiciar ao aluno experimentar os conhecimentos adquiridos através de ensaios práticos baseados em estudo de caso. PROGRAMA RESUMIDO 1. Biogeografia e fitogeografia: conceitos básicos; 2. Características e classificação dos ecossistemas tropicais: principais formações vegetais brasileiras; 3. Analise taxonômica e fitogeográfica dos componentes bióticos, com ênfase para os vegetais, como elementos fundamentais passíveis de serem utilizados nas políticas de conservação de espaços e espécies; 4. Dispositivos científicos e legais de proteção dos espaços e das espécies; 5. Degradação dos meios naturais e a perda da biodiversidade; 6. Instrumentos para a conservação: metodologias aplicáveis na análise e classificação de espaços e espécies; 7. Ensaio prático baseado em estudo de caso. BIBLIOGRAFIA BÁSICA Blondel, J. 1995. Biogéographie: approche écologique et évolutive. Masson, Paris. 297p. Brow, J.H. & Lomolino, M.V. 2006. Biogeografia. Editora FUNPEC, Ribeirão Preto, 2a ed. rev. ampl. 692p. Carvalho, C.J.B. & Almeida, E.A. 2010. Biogeografia da América do Sul: padrões e processos. Roca Editra, Sao Paulo. 306p. Cox, C.B. & Moore, P.D. 2009. Biogeografia: uma abordagem ecológica e evolucionária. Editora LTC, Rio de Janeiro. 398p. Crisci, J.V. et al. 2003. Historical Biogeography. Harvard University Press, Cambridge. 250p. 95 Fernandes, A. 2007. Fitogeografia brasileira. Editora UFC, Fortaleza. 3a ed. 183p. Hallam A. 1994. An outline of phanerozoic biogeography. Oxford Biogeography Series 10. Oxford University Press, Oxford. 246p. Humphries C.J. & Parenti L.R. 1986. Cladistic biogeography. Clarendon Press, Oxford. 187p. IUCN (The World Conservation Union). 1994. IUCN red list categories prepared by IUCN Species Survival Commission, as approved by the 40th Meeting of IUCN Council. Gland, Switzerland. Lacoste, A. & Salanon, R. 1999. Éléments de biogéographie et d’écologie. Nathan Université. Paris. 2a ed. 318p. Lage, A. & Métalilé, G. 2005. Dictionaire de biogéographie végétale. CNRS, Paris. 579p. Leadlay, E. & Jury, S. (eds.). 2006. Taxonomy and plant conservation. Cambridge University Press., New York. 343p. Lomolino, M.V. et al. (eds.). 2004. Foundations of biogeography. The University of Chicago Press, Chicago. 1291p. Nelson G.J. & Platnik N.I. 1981. Systematics and biogeography : cladistics and vicariance. Columbia University Press, New York. 698p. Prance G.T. 1982. A review of the Phytogeographic evidences for Pleistocene Climate Changes in the Neotropics. Ann. Missouri Botanical Garden 69 : 594-624. Rizzini C.T. 1979. Tratado de Fitogeografia do Brasil. HUCITEC/EDUSP, São Paulo, Brasil. 747p. Rocha, C.F.D. et l. 2006. Biogografia da conservação: Essências. Editora RiMa, São Carlos. 582p. Sampaio A.J. 1945. Fitogeografia do Brasil. Biblioteca Pedagógica Brasileira ser. 5a. v. 35 Companhia Editora Nacional, São Paulo. 372 p. Schnell R. 1987. La Flore et la Végétation de l'Amérique Tropicale. Masson, Paris. Vol. 1: 480p. et vol. 2: 448p. Singaravelou, M. 1997. Pratiques de gestion de l'environnement dans les pays tropicaux. DYMSET & CRET, Talence. 558p. Smith L.B. 1962. Origins of the flora of southern of the brazil. Contributions from the United States National Herbarium 35(3/4): 215-250. Zunino, M. & Zullini, A. 2003. Biogeografía: la dimensión especial de la evolución. Casa Editrice Ambrosiana, México, DF. 359p. 96 PVA 03 - BIOLOGIA DE SEMENTES DE ESPÉCIES FLORESTAIS TROPICAIS PROFESSOR RESPONSÁVEL Dr. José Marcos Barbosa e Dr. Nelson Augusto dos Santos Junior Carga Horária Teórica Prática (por semana) (por semana) 3h 2h Estudos (por semana) Duração Total Créditos 1h 15 semanas 90 horas 6 EMENTA A disciplina objetiva discutir os eventos biológicos do processo de formação, maturação e germinação de sementes de formações vegetais tropicais, bem como associá-los à tecnologia de produção de sementes de espécies florestais. As discussões serão direcionadas considerando os conhecimentos nas áreas da tecnologia, ecofisiologia e biologia de sementes, sob o foco da conservação e restauração de florestas e as interfaces com outras áreas da botânica, como ferramenta para melhor compreender os diversos eventos ocorrentes nestas formações vegetais. PROGRAMA RESUMIDO O programa envolverá: 1. Sistemas reprodutivos em plantas, ecologia floral e noções de seleção de matrizes 2. Origem, estrutura e formação dos diásporos 3. Maturação de frutos/ sementes 4. Tecnologia de produção de sementes tropicais (colheita ,beneficiamento, secagem e armazenamento). 5. Germinação, dormência e vigor de sementes 6. Análise de sementes tropicais 7. Síndromes de dispersão de sementes em ecossistemas naturais 8. Sucessão ecológica e ecofisiologia de sementes 9. A pesquisa com sementes tropicais BIBLIOGRAFIA BÁSICA Aguiar, I.B.; Piña-Rodrigues, F.C.M. & Figliolia, M.B. (coord.) 1993. Sementes Florestais Tropicais. Brasília: ABRATES. 350p. Bewley, J.D. & Black, M. 1985. Seeds: physiology of development and germination., New York: Plenum Press. 367p. Brasil. 2009. Ministério da Agricultura, Pecuária e Abastecimento. Regras para análise de sementes. Brasília. 399p. Carvalho, N.M. & Nakagawa, J. 1988. Sementes: ciência, tecnologia e produção. 3 ed. Campinas: Fundação Cargill. 424p. Davide, A.C. & Silva, E.A.A. 2008. Produção de sementes e mudas de espécies florestais. Lavras: UFLA. 180p. Ferreira, A.G. & Borghetti, F. 2004. Germinação: do básico ao aplicado. Porto Alegre: Editora Artmed. 324p. Kigel, J. & Galili, G. 1995. Seed development and germination. New York: Marcel Dekker. 853p. 97 Raven, P.H.; Evert, R.F. & Eichhorn, S.E. 2001. Biologia vegetal. Rio de Janeiro: Guanabara Koogan. Santana, D.G. & Ranal, M.A. 2004. Análise da germinação: um enfoque estatístico. Brasília, Ed Universidade de Brasília. 248p. 98 PVA 04 - BIOMONITORAMENTO DA QUALIDADE DO AR COM PLANTAS PROFESSOR RESPONSÁVEL Dra. Marisa Domingos PROFESSORAS COLABORADORAS Dra. Silvia Ribeiro de Souza, Dra. Edenise Segala Alves, Dra. Patricia Bulbovas, Dra. Carla Zuliani Sandrin Camargo Carga Horária Teórica Prática (por semana) (por semana) 15h 15h Estudos (por semana) Duração Total Créditos 10h 3 semanas 120 horas 8 EMENTA Pretende-se mostrar como a qualidade do ar pode ser alterada pela emissão de poluentes, como as plantas ou populações/comunidades vegetais reagem a esses poluentes e de que forma tais reações podem ser utilizadas como indicadoras para a avaliação da qualidade do ar, em centros urbanos e/ou industriais. Espera-se dar ao aluno base conceitual para desenvolver pesquisas visando ao monitoramento biológico da qualidade do ar, utilizando plantas. PROGRAMA RESUMIDO Por meio de aulas teóricas, os seguintes temas serão abordados: Poluentes atmosféricos: conceitos e tendências globais; Efeitos de poluentes atmosféricos em plantas, considerando os diferentes níveis da organização biológica; Biomonitoramento: conceitos e aplicações; Plantas bioindicadoras: exemplos e aplicações; Análise critica da aplicabilidade dos métodos físicos e químicos para monitoramento de qualidade do ar; Análise crítica sobre a eficiência de plantas para monitoramento qualidade do ar. Em aulas práticas, os alunos terão oportunidade de conhecer alguns métodos aplicados em biomonitoramento da qualidade do ar, utilizando plantas. BIBLIOGRAFIA BÁSICA Agrawal SB & Agrawal M (eds.). 2000. Environmental pollution and plant responses. Lewis Publishers, Boca Raton. Arndt U, Flores F & Weinstein L. 1995. Efeitos do flúor sobre as plantas. Diagnose de danos na vegetação do Brasil. Editora da Universidade, Universidade Federal do Rio Grande do Sul, Porto Alegre. Arndt, U. & Schweiger, B. 1991. The use of bioindicators for environmental monitoring in tropical and subtropical countries. In Ellenberg et al. Biological monitoring. Signals from the environment. Vieweg. Eschborn. pp. 199-298. Bray, E.A., Bailey-Serres, J. & Weretilnyk, E. 2000. Responses to abiotic stresses. In: Biochemistry & Molecular Biology of Plants, B.B. Buchanan, W. Gruissen, R.L. 99 Jones (eds.). American Society of Plant Physiologists (USA), New York, pp. 11581203. Dässler HG & Bortitz S. 1988. Air pollution and its influence on vegetation. Dr W. Jung Publishers, Dordrecht. De Temmerman, L., Bell, J.N.B., Garrec, J.P., Klumpp, A., Krause, G.H.M. & Tonneijck, A.E.G. 2004. Biomonitoring of air pollutants with plants – considerations for the future. In: Proceedings of Eurobionet 2002 – Urban Air Pollution, Bioindication and Environmental Awareness, A. Klummp, W. Ansel & G. Klummp (eds.). pp. 337-373. Ellenberg, H. 1991. Bioindicators and biological monitoring. In Biological Monitoring. Signals from the environment (Ellenberg et al., eds.). Friedr. Vieweg & Sohn Verlagsgesellschaft mbH, Braunschweig, p. 13-127. Freedman B. 1995. Environmental ecology. The ecological effects of pollution, disturbance, and other stresses. 2nd ed. Academic Press, New York. ICP – Forest. 2004. United Nations Economic Commission for Europe Convention on Long-range Transboundery Air Pollution – International Co-operative Programme on Assessment and Monitoring of Air Pollution Effects on Forests. Manual on methods and criteria for harmonized sampling, assessment, monitoring and analysis of the effects of air pollution on forests Part I – Mandate of ICP Forests and Programme Implementation. ICP – Forest. 2004. United Nations Economic Commission for Europe Convention on Long-range Transboundery Air Pollution – International Co-operative Programme on Assessment and Monitoring of Air Pollution Effects on Forests. Manual on methods and criteria for harmonized sampling, assessment, monitoring and analysis of the effects of air pollution on forests Part X – A. Monitoring of Air Quality. ICP – Forest. 2005. United Nations Economic Commission for Europe Convention on Long-range Transboundery Air Pollution – International Co-operative Programme on Assessment and Monitoring of Air Pollution Effects on Forests. Manual on methods and criteria for harmonized sampling, assessment, monitoring and analysis of the effects of air pollution on forests Part IV – Sampling and Analysis of needles and leaves. ICP – Forest. 2006. United Nations Economic Commission for Europe Convention on Long-range Transboundery Air Pollution – International Co-operative Programme on Assessment and Monitoring of Air Pollution Effects on Forests. Manual on methods and criteria for harmonized sampling, assessment, monitoring and analysis of the effects of air pollution on forests. Part III – A Sampling and Analysis of Soil ICP – Forest. 2006. United Nations Economic Commission for Europe Convention on Long-range Transboundery Air Pollution – International Co-operative Programme on Assessment and Monitoring of Air Pollution Effects on Forests. Manual on methods and criteria for harmonized sampling, assessment, monitoring and analysis of the effects of air pollution on forests. Part VI – Sampling and Analysis of Deposition ICP – Forest. 2006. United Nations Economic Commission for Europe Convention on Long-range Transboundery Air Pollution – International Co-operative Programme on Assessment and Monitoring of Air Pollution Effects on Forests. Manual on methods and criteria for harmonized sampling, assessment, monitoring and analysis of the effects of air pollution on forests. Part II – Visual Assessment of Crown Condition Manning, W.J. & Feder, W.A. 1980. Biomonitoring air pollutants with plants. Applied Science Publishers Ltd., London. Markert B. 1994. Plants as biomonitors – potential advantages and problems. In Biogeochemistry of trace elements (DC Adriano, ZS Chen & SS Yang, eds.). Science and Technology Letters, Nrthwood, pp. 601-613. 100 Mulgrew A & Williams P. 2000. Biomonitoring of air quality using plants. WHO Collaborating Centre for Air Quality Manegement and Air Pollution Control/Federal Environmental Agency-Germany, Report 10, Berlin. Rengel Z. 1997. Mechanisms of plant resistance to toxicity of aluminium and heavy metals. In Mechanisms of environmental stress resistance in plants (AS Basra & RK Basra, eds.). Hardwood Academic Publishers, Australia, pp. 241-276. VDI – Verein Deutscher Ingenieure. 1999. Biological measuring techniques for the determination and evaluation of effects of air pollutants on plants. Fundamentals and aims. VDI 3957/1. VDI/DIN Handbuch Reinhaltung der Luft, Vol. 1a, Beuth, Berlin. VDI - Verein Deutscher Ingenieure. 2003. Biological measuring techniques for the determination and evaluation of effects of air pollutants on plants (bioindication). Determination and evaluation of the phytotoxic effects of photooxidants. Method of the standardized tobacco exposure. VDI 3957/6. VDI/DIN Handbuch Reinhaltung der Luft, Vol. 1a, Beuth, Berlin. VDI – Verein Deutscher Ingenieure. 2003. Biological measuring techniques for the determination and evaluation of effects of air pollutants on plants (bioindication). Method of standardised grass exposure. VDI-Guideline 3957/2 (draft). In: VDI/DIN Handbuch Reinhaltung der Luft, Beuth Verlag, Berlin, Vol. 1a. 101 PVA 08 - DIVERSIDADE E TAXONOMIA DE FANERÓGAMAS COM ESPECIAL ENFOQUE EM MATA ATLÂNTICA NO ESTADO DE SÃO PAULO PROFESSORES RESPONSÁVEIS Dra. Inês Cordeiro e Dr. Eduardo Luís Martins Catharino Carga Horária Teórica Prática (por semana) (por semana) 3h 4h Estudos (por semana) Duração Total Créditos 2h 10 semanas 90 horas 6 EMENTA Fornecer conhecimentos teórico-práticos sobre a taxonomia dos grupos de fanerógamas que ocorrem em Mata Atlântica no Estado de São Paulo, capacitando o aluno a reconhecer as principais famílias e gêneros ocorrentes nesse ecossistema. PROGRAMA RESUMIDO 1. Introdução à Sistemática Filogenética. 2. Morfologia e Taxonomia das principais ordens e famílias de Angiospermas com base no APG III. 3. Taxonomia das principais famílias e gêneros de Angiospermas da Mata Atlântica no Estado de São Paulo. Avaliação: Os estudantes serão avaliados pela participação nas aulas teóricas e práticas, e por relatório escrito sobre as aulas práticas. BIBLIOGRAFIA BÁSICA APG III. 2009. Un update of the Angiosperm Phylogeny Group classification for the orders and families of flowering plants: APG III. Botanical Journal of the Linnean Society 161:105-121. Barroso, G.M. 1978. Sistemática de Angiospermas do Brasil v.1. Universidade de São Paulo, São Paulo.. Barroso, G.M. 1984. Sistemática de Angiospermas do Brasil v. 2. Universidade Federal de Viçosa, Viçosa. Barroso, G.M. 1986. Sistemática de Angiospermas do Brasil v. 3. Universidade Federal de Viçosa, Viçosa. Judd, W. S; Campbell, C. S; Kellog, E. A; Stevens, P. F.; Donoghue, M.J. 2009. Sistemática Vegetal – um Enfoque Filogenético. 3ª ed. Artmed, Porto Alegre. Ferri, M.G., Menezes, N.L. & Monteiro, W.R. 2005. Glossário Ilustrado de Botânica. reimpressão da 1ª ed. Nobel, São Paulo. Gonçalves, E.G. & Lorenzi, H. 2007. Morfologia Vegetal. Instituto Plantarum, Nova Odessa. Souza, V.C. & Lorenzi, H. 2008. Botânica Sistemática, 2ª edição. Instituto Plantarum, Nova Odessa. Wanderley, M.G.L., Sheperd, G.J. & Giulietti, A,M. (coords.) 2001. Flora Fanerogâmica do Estado de São Paulo v. 1. FAPESP/HUCITEC, São Paulo. 102 Wanderley, M.G.L., Sheperd, G.J. & Giulietti, A,M. (coords.) 2002. Flora Fanerogâmica do Estado de São Paulo v. 2. FAPESP/HUCITEC, São Paulo. Wanderley, M.G.L., Sheperd, G.J. & Giulietti, A,M. (coords.) 2003. Flora Fanerogâmica do Estado de São Paulo v. 3. FAPESP/RIMA, São Paulo. Wanderley, M.G.L., Sheperd, G.J. & Giulietti, A,M. (coords.) 2005. Flora Fanerogâmica do Estado de São Paulo v. 4. FAPESP/RIMA, São Paulo. Wanderley, M.G.L., Sheperd, G.J. & Giulietti, A,M. (coords.) 2007. Flora Fanerogâmica do Estado de São Paulo v.5. FAPESP/Instituto de Botânica, São Paulo. Wanderley, M.G.L., Sheperd, G.J. & Giulietti, A,M. (coords.) 2009. Flora Fanerogâmica do Estado de São Paulo v. 6. FAPESP/Instituto de Botânica, São Paulo. 103 PVA 15 - MÉTODOS FLORÍSTICOS QUALITATIVOS EM INVENTARIOS PROFESSOR RESPONSÁVEL Dra. Gerleni Lopes Esteves Carga Horária Teórica Prática (por semana) (por semana) 15h 10h Estudos (por semana) Duração Total Créditos 5h 3 semanas 90 horas 6 EMENTA Abordagem sobre a metodologia usual para a realização de inventários florísticos fornecendo ao aluno conhecimentos básicos sobre coleta, identificação e descrição de material botânico, bem como sua inclusão e manutenção no herbário. PROGRAMA RESUMIDO 1. Levantamento bibliográfico 2. Coleta 3. Herborização 4. Identificação 5. Descrição 6. Ilustração 7. Montagem de material 8. Inclusão de material no herbário 9. Manutenção no herbário 10. Intercâmbio de material botânico 11. Publicação BIBLIOGRAFIA BÁSICA LIVROS Barroso, G.M.; Guimarães, E.F.; Ichaso, C.L.F.; Costa, C.G. & Peixoto,. A.L. 1978. Sistemática de Angiospermas no Brasil. Livros técnicos e científicos, Rio de Janeiro, Editora S.A.; São Paulo, EDUSP, vol. 1. Barroso, G.M.; Peixoto, A.L.; Ichaso, C.L.F.; Costa, C.G.; Guimarães, E.F. & Lima, H.C. 1984/1986. Sistemática de Angiospermas no Brasil. Imprensa Universitária, Universidade Federal de Viçosa, Viçosa, vols 2, 3. Holmgren, P.K.; Holmgren, N.H. & Barbett, L. 1990. Index herbariorum, 8th ed New York Botanical Garden. New York. 693p. Lawrence, G.H.M. 1951. Taxonomy of vascular plants, vol. 2. Macmillan Company, New York, 855p. Martius, C.F.P. (ed.) 1840-1906. Flora Brasiliensis. Typographia Regia. Monachii, 15 vol. Mori, S. A.; Silva, L.A.M.; Lisboa, G & Coradin, L. 1985. Manual de manejo do herbário fanerogâmico. Centro de Pesquisas do Cacau, Ilhéus-Itabuna. 97p. Radford, A.E.; Dickison, W.C.; Massey, J.R. & Bell, C.R. 1974. Vascular plant systematics. Haper & Row, publishers, New York, 891p. PERIÓDICOS: 104 Annals of Missouri Botanical Garden - Flora of Panama. Flora Fanerogâmica da Ilha do Cardoso, Cananéia, SP. Flora Ilustrada Catarinense, Santa Catarina. Hoehnea - Flora do Parque Estadual das Fontes do Ipiranga, São Paulo, SP. 105 PVA 16 - MÉTODOS QUANTITATIVOS EM INVENTÁRIOS FLORÍSTICOS PROFESSORES RESPONSÁVEIS Dra. Maria Margarida da Rocha Fiuza de Melo e Dr. Eduardo Pereira Cabral Gomes Carga Horária Teórica Prática (por semana) (por semana) 4h 3h Estudos (por semana) Duração Total Créditos 2h 10 semanas 90 horas 6 EMENTA Oferecer aos alunos de pós-graduação conhecimentos básicos sobre os métodos quantitativos utilizados em estudos de vegetação, visando subsidiar estudos de preservação, recuperação e manejo de áreas naturais ou alteradas. PROGRAMA RESUMIDO TEORIA 1. 2. 3. 4. 5. 6. Conceituação Evolução histórica Métodos de levantamentos fitossociológicos Parâmetros fitossociológicos Estrutura vertical e de tamanho da floresta Métodos de ordenação PRÁTICA Serão realizadas práticas na área florestal da Reserva do Parque Estadual das Fontes do Ipiranga, São Paulo, SP. BIBLIOGRAFIA BÁSICA Braun-Blanquet, J. 1979. Fitosociologia: bases para el estudio de las comunidades vegetales. Trad. JO, J.L. Rosario, H. Blume. xx + 820 p. Daubenmire, R. 1968. Plant communities. A textbook of plant synecology. New York: Harper & Row. Greig-Smith, P. 1983. Quantitative Plant Ecology. 3rd ed. Oxford, Blackwell. xiv + 359 p. (Studies in Ecology vol. 9). Kershaw, K.A. & Looney, J.H.H. 1985. Quantitative and Dynamic Plant Ecology. 3rd. ed. London, Edward Arnold. vi + 282 p. Krebs, C.J. 1989. Ecological metodology. Harper & Row, New York. 654p. Martins, F.R. 1991. Estrutura de uma floresta mesófila. Editora da UNICAMP, Campinas. 246p. Matteucci, S.D. & Colma, A. 1982. Metodologia para el Estudio de la vegetacion. Washington, OEA. vi + 168 p. (série de biologia, monografia no 22). Moore, P.D. & Chapman, S.B. 1986. Methods in Plant Ecology. 2nd. ed. New York, John Wiley & Sons, xvii + 589 p. Mueller-Dombois, D. & Ellenberg, H. 1974. Aims and Methods of Vegetation Ecology. New York, John Wiley & Sons + 547 p. 106 Pielou, E.C. 1974. Population and community ecology. Principles and methods. New York, Gordon and Breach Science Publ. viii + 424 p. Kindt, R. & R. Coe. 2005. Tree diversity analysis. A manual and software for common statistical metnhods for ecological and biodiversity studies. Nairuobi: World Agroforestry Centre. OBS: http://www.worldagroforestry.org/resources/databases/tree-diversity-analysis (livro em pdf e software gratuitos, pelo Centro Mundial de Agroforestras da FAO) PERIÓDICOS Acta Amazônica; Acta Botanica Brasilica; American Naturalist; Biotropica; Boletim do Instituto de Botânica; Ecological Monographs; Ecology; Forest Ecology and Management; Journal of Ecology; Journal of Tropical Ecology; Oecologia; Oikos; Revista Brasileira de Botânica; Science; Tropical Ecology; Vegetation 107 PVA 18 – PRINCÍPIOS, FERRAMENTAS E AÇÕES PARA A RESTAURAÇÃO ECOLÓGICA DE ÁREAS DEGRADADAS Disciplina intitulada “Princípios da recuperação vegetal de áreas degradadas” até 2010. PROFESSOR RESPONSÁVEL Dr. Luiz Mauro Barbosa Carga Horária Teórica Prática (por semana) (por semana) 4h 3h Estudos (por semana) Duração Total Créditos 1h 15 semanas 120 horas 8 EMENTA A disciplina abordará os principais conhecimentos e técnicas sobre a restauração ecológica, visando à recuperação ambiental de ecossistemas degradados, danificados ou destruídos. Serão discutidos os processos ecológicos envolvidos na conservação e restauração, destacando-se os conceitos, modelos, generalizações e predições, embasados em métodos científicos ou técnicas validadas por meio da experimentação. Adicionalmente, serão apresentadas e discutidas as implicações legais da conservação da biodiversidade e restauração ecológica, com ênfase nas degradações de áreas de preservação permanente (APP), na compensação ambiental de empreendimentos licenciados ou de passivos ambientais e na constituição de reserva legal. PROGRAMA RESUMIDO AULAS TEÓRICAS 1. Introdução – histórico da restauração de áreas degradadas 2. Conceitos e referências sobre restauração e conservação 3. Situações e modelos de restauração de áreas degradadas 4. Dinâmica das florestas tropicais, biodiversidade e sucessão ecológica 5. Legislação ambiental básica (instrumentos legais e práticas de restauração) 6. Diagnóstico dos estágios e regeneração de florestas naturais 7. Restauração vegetal em floresta: Atlântica, Cerrado, Mata Ciliar, Restinga 8. Tecnologia e produção de sementes e mudas nativas 9. Formação de viveiros florestais de espécies nativas 10. Indicadores universais para monitoramento de áreas degradadas (a busca da sustentabilidade das áreas restauradas e o resgate da biodiversidade em paisagens fragmentadas e antropizadas) AULAS PRÁTICAS 1. Aplicação de questionário para avaliação de conhecimento (início e final) 2. Elaboração de projetos de restauração de área degradada 3. Visitas a campo em áreas restauradas (casos de sucesso e insucesso) 4. Diagnóstico dos estágios de regeneração de florestas naturais 5. Visita a viveiro florestal 6. Tecnologia de colheita de sementes de espécies nativas. 7. Visita a unidade de pesquisa e tecnologia de sementes 8. Discussão de trabalhos práticos de restauração ecológica 108 BIBLIOGRAFIA BÁSICA Aguiar, I.B.; Pinã-Rodrigues, F.C.M. & Figliolia, M.B. (coords.). Sementes Florestais Tropicais Associação Brasileira de Tecnologia de Sementes, Brasília (DF). 350p. 1993. ARAUJO, F.S.; MARTINS, S.V.; MEIRA-NETO, J.A.A.; LANI, J.L. Florística da vegetação arbustivo-arbórea colonizadora de uma área degradada por mineração de caulim, em Brás Pires, MG. Revista Árvore, v.29, n.6, p.983-992, 2005. BARBOSA, K.C. PIZO., M.A. Seed Rain and Seed Limitation in a Planted Gallery Forest in Brazil. Restoration Ecology, v. 14 *n.4), p. 504-515, 2006. BARBOSA, L.M. (Coord.). Modelos de repovoamento vegetal para proteção de sistemas hídricos em áreas degradadas dos diversos biomas no Estado de São Paulo. São Paulo: SMA/FAPESP. Relatório de Atividades Parcial da 2ª fase. Projeto FAPESP, Políticas Públicas, 203p. 2002. BARBOSA, L.M. (Coord.). Workshop sobre recuperação de áreas degradadas da serra do mar e formações florestais litorâneas, 1., 2000, São Paulo. Anais... São Paulo: Secretaria do Meio Ambiente, 2000. BARBOSA, L.M. Estudos interdisciplinares do Instituto de Botânica em Mogi-Guaçu, SP. In: Simpósio sobre mata ciliar, 1., 1989. Campinas. Anais... Campinas: Fundação Cargill. p.171-191. 1989 BARBOSA, L.M. Inovação na geração e aplicação do conhecimento sobre a biodiversidade para o desenvolvimento sustentado em São Paulo. In: Seminário temático sobre recuperação de áreas degradadas, 1., São Paulo. Anais... São Paulo, 2003, p.13-20, 2003 BARBOSA, L.M. Manual para recuperação de áreas degradadas do Estado de Sâo Paulo: Matas Ciliares do Interior Paulista. São Paulo: Instituto de Botânica, 129 p., 2006. BARBOSA, L.M., Anais do II Simpósio sobre Recuperação de Áreas Degradada: MogiGuaçu: Faculdade Municipal Professor Franco Montoro (FMPFM), 161p. 2008. BARBOSA, L.M., Anais do III Simpósio sobre Recuperação de Áreas Degradadas. São Paulo: Instituto de Botânica, 290 p., 2009. BARBOSA, L.M., (coord.), BARBOSA, K.C. BARBOSA, J,M., FILDAGO,A. RONDON, J. NEVES., JUNIOR, N. MARTINS.S., CASAGRANDE, J.C., CARLONE. N.P.. Estabelecimento de políticas públicas para recuperação de áreas degradadas no Estado de São Paulo: o papel das instituições de pesquisa e Ensino. Revista Brasileira de Biociências. Porto Alegre: Porto Alegre, v.5 p. 162-164., 2008. BARBOSA, L.M., BARBOSA, K.C., BARBOSA, T.C., A importância da biodiversidade nas ações de restauração florestal no Estado de São Paulo. Memórias do Conselho Cientifico da Secretaria do Meio Ambiente. A Síntese de um ano de conhecimento acumulado, p.118 – 141, 2009. BARBOSA, L.M., J.M., BARBOSA, K.C., POTOMATI, A., MARTINS, S.E., ASPERTI, L.M. Recuperação florestal com espécies nativas no Estado de São Paulo: pesquisa apontam, mudanças necessárias. Florestar Estatístico , v.6 p. 28-34, 2003. BARBOSA, L.M., MANTOVANI, W., Degradação ambiental conceituação e bases para o repovoament6p vegetal In: Recuperação de área degradadas da Serra do Mar e formações florestais litorâneas. Anais... São Paulo: SMA p. 33-49, 2000. BARBOSA, L.M.; BARBOSA, T.C.; BARBOSA, K.C. Diversificando o reflorestamento heterogêneo com espécies nativas para recuperação de matas ciliares: orientações, ferramentas e procedimentos técnico-científicos disponibilizados pelo Instituto de Botânica – SMA. In: SIMPÓSIO DE ATUALIZAÇÃO EM RECUPERAÇÃO DE 109 ÁREAS DEGRADADAS, 2., Mogi-Guaçu. Anais... Mogi-Guaçu , 2008. p.04-25. 2008 BARBOSA, L.M.; SANTOS JÚNIOR, N.A. (Orgs.). A Botânica no Brasil: pesquisa, ensino e políticas públicas ambientais. São Paulo: Sociedade Botânica do Brasil, 2007. BARBOSA, L.M.A situação atual da recuperação de áreas degradadas no Estado de São Paulo e a importância da Resolução SMA 21 de 21/11/2000, p. 31-32. In: Manual prático para recuperação de áreas degradadas e Anais do seminário regional sobre recuperação de áreas degradadas: conservação e manejo de formações florestais litorâneas. 2003, Ilha Comprida Anais... Ilha Comprida: Secretaria do Meio Ambiente de São Paulo e Prefeitura de Ilha Comprida, 85p. 2003. BARBOSA, L.M. (Org.). SIMPÓSIO SOBRE RECUPERAÇÃO DE ÁREAS DEGRADADAS, 3., 2009, São Paulo. Anais... São Paulo,. 289p. 2009. BRANCALION, P.H., RODRIGUES, R.R, GANDOLFI S., KAGEYAMA, P.Y., NAVE A.G., GANDARA, F.B., BARBOSA, L.M., TABARELLI, M. Instrumentos legais podem contribuir para a restauração de florestas tropicais biodiversas, Revista Árvore, Viçosa-MG, v.34, n.3, p.455-470, 2010. Jansen D.H. Ecologia Vegetal nos Trópicos. EPU/EDUSP, São Paulo (SP) 79p. 1977 KAGEYAMA, P.Y.A biodiversidade como ferramenta em agroecossistemas. In: BARBOSA, L.M.; SANTOS JR, N.A. (Orgs.). A Botânica no Brasil: pesquisa, ensino e políticas públicas ambientais. São Paulo, p.83-87. 2007 KRICHER, J.C. Neotropical Companion: An Introduction to animals, plants and ecosystems of the New World Tropics. Princeton University Press. New Jersey. 435 p. 1990. RODRIGUES, R.R.; BONONI, V.L.R. Diretrizes para conservação e restauração da biodiversidade no Estado de São Paulo. São Paulo: Instituto de Botânica, 248p. 2008. 7 RODRIGUES, R.R.; MARTINS, S.V.; BARROS, L.C. Tropical rain forest regeneration in an area degraded by mining in Mato Grosso State, Brazil. Forest ecology and management, v.190, p. 323-333, 2004. SÃO PAULO. Resolução SMA 08 de janeiro de 2008. Altera e amplia as Resoluções SMA 21 de 21 de novembro de 2001, SMA 47 de 26 de novembro de 2003 e SMA 08 de março de 2007. Fixa orientações para os reflAguiar, I.B.; Pinã-Rodrigues, F.C.M. & Figliolia, M.B. (coords.). Sementes Florestais Tropicais Associação Brasileira de Tecnologia de Sementes, Brasília (DF). 350p. 1993. 110 PVA 19 - TAXONOMIA E DISTRIBUIÇÃO DE PLANTAS EPÍFITAS PROFESSORES RESPONSÁVEIS Dr. Fábio de Barros Carga Horária Teórica Prática (por semana) (por semana) 3h 2h Estudos (por semana) Duração Total Créditos 1h 15 semanas 90 horas 6 EMENTA Tendo em vista a importância das plantas epífitas como indicadoras de modificações ambientais, o curso tem por objetivo fornecer aos alunos uma base para o reconhecimento delas, tanto no aspecto taxonômico (morfologia, coleta e identificação) quanto em relação às características biológicas e ecológicas (distribuição, peculiaridades fisiológicas, adaptações, etc.). PROGRAMA RESUMIDO: - Introdução ao epifitismo - Principais classificações aplicadas às plantas epífitas - Distribuição de epífitas e fatores condicionantes do epifitismo - Plantas epífitas como indicadores ambientais - Principais grupos vegetais com representantes epífitas - Epífitas não vasculares: Briófitas e Liquens - Samambaias epífitas - Fanerógamas epífitas - Caracterização morfológica e taxonômica das principais famílias com representantes epifíticos - Aulas práticas de identificação de famílias e gêneros de epífitas BIBLIOGRAFIA BÁSICA BENZING, D.H. 1987. Vascular epiphytism: traxonomic participation and adaptative diversity. Annals of the Missouri Botanical Garden 74: 183-204. BENZING, D.H. 1990. Vascular epiphytes. General biology and related biota. Cambridge University Press, Cambridge. 354p. GENTRY, A.H. & DODSON, C.H. 1987. Diversity and Biogeography of Neotropical Vascular Epiphytes. Annals of the Missouri Botanical Garden 74: 205-233. KERSTEN, R.A. 2010. Epífitas vasculares - Histórico, participação taxonômica e aspectos relevantes com ênfasee na Mata Atlântica. Hoehnea 37(1): 9-38. KRESS, W.J. 1986. The systematic distribution of vascular epiphytes: an update. Selbyana 9: 2-22. LÜTTGE, U. (Ed.). 1989. Vascular plants as epiphytes: Evolution and ecophysiology. Ecological Studies v. 76. Springer-Verlag, Berlin. 270p. 111 PVA 20 - TÉCNICAS DE PROPAGAÇÃO IN VITRO DE PLANTAS TROPICAIS PROFESSOR RESPONSÁVEL Dr. Edison Paulo Chu Carga Horária Teórica Prática (por semana) (por semana) 2h 2h Estudos (por semana) Duração Total Créditos 1h 12 semanas 60 horas 4 EMENTA: A disciplina visa fornecer uma ampla visão da cultura de tecidos, seu potencial na propagação vegetal permitindo desenvolver metodologias específicas para espécies não produtoras de sementes viáveis, capacitando os alunos a conduzir experimentos básicos em fisiologia vegetal (ensaios totalmente controlados a partir de clones de um único indivíduo), a participar de programas de melhoramento genético com ênfase na sua diversidade e potencial econômico além de bancos de germoplasma, produção de compostos de interesse industrial envolvendo a biotecnologia e organismos geneticamente modificados. PROGRAMA RESUMIDO: Apresenta os seguintes tópicos: 1. organização de um laboratório de cultura de tecidos vegetais; 2. seleção do meio de cultura e nutrientes para tecidos e células vegetais; 3. determinação da viabilidade e crescimento de explantes; 4. controle hormonal do crescimento e desenvolvimento; 5. organogênese e manutenção de calos, embriões somáticos, protoplastos e suspenção de células vegetais; 6. micropropagação de gemas apicais, gemas axilares e embriões isolados; 7. micropropagação de briófitas, palmas, gimnospermas, gramíneas e orquídeas; 8. aclimatação de plantas micropropagadas; 9. armazenamento de germoplasma e criopreservação; 10. culturas específicas e biotecnologia. BIBLIOGRAFIA BÁSICA Bhojwani & Razdan, M. K. 1996 Plant Tissue Culture: Theory and Practice, a Revised Edition. Amsterdam: Elsevier, 779pp. Davey, M. & Anthony, P. 2010 Plant Cell Culture. Essential Methods. Hoboken: John Wiley & Sons, 341pp. Debergh, P. C. & Zimmerman, R. H. (eds) 1991 Micropropagation. Technology and Application, Dordrecht: Kluwer Academic Press, 484pp. George, E. F.; Hall, M. A. & Klerk, G-J. D. 2008 Plant Propagation by Tissue Culture Volume 1. The Background. 3rd Edition. Dordrecht: Springer, 504pp. Jain, S. M. & Ochatt, S. J. (eds) 2010 Protocols for In Vitro Propagation of Ornamental Plants. New York: Humana Press, 400pp. 112 Lindsey, H. (ed.) 1991 Plant Tissue Culture Manual. Fundamentals and Applications, Dordrecht: Klumer Academic Publishers, 4 Seções. Srivastava, P.S. & Narula, A. (Eds) 2004 Plant Biotechnology and Molecular Markers. New York: Kluwer Academic Publishers, 411pp. Vasil, I. K (ed.) 1984 Cell Culture and Somatic Cell Genetics of Plants. Volume 1. Laboratore Procedures and Their Application, Orlando: Academic Press, 825pp. Wayne, R. 2009 Plant Cell Biology. San Diego: Elsevier, 392pp. 113 PVA 21 - BASES METODOLÓGICAS PARA PESQUISA COM SEMENTES TROPICAIS PROFESSOR RESPONSÁVEL Dr. Claudio José Barbedo Carga Horária Teórica Prática (por semana) (por semana) 4h 4h Estudos (por semana) Duração Total Créditos 2h 12 semanas 120 horas 8 EMENTA A disciplina objetiva fortalecer as bases para o desenvolvimento de pesquisa com sementes de espécies tropicais, principalmente comparando-se os modelos desenvolvidos para espécies domesticadas com a realidade da pesquisa com sementes de espécies das formações vegetais brasileiras. São abordadas questões relativas à fundamentação da pesquisa científica, bem como os cuidados necessários para a definição do delineamento experimental. Os alunos são incentivados a elaborar e desenvolver projetos envolvendo sementes de espécies nativas do Brasil, bem como conduzir um trabalho desde a sua idealização até a redação final com vistas à sua publicação. Noções da utilização e importância da análise estatística também são abordadas ao longo do curso. Ao final, os alunos são conduzidos a transformar suas propostas científicas em projetos voltados aos interesses da iniciativa privada. PROGRAMA RESUMIDO O programa envolverá: 1. Elaboração de hipóteses 2. Bases metodológicas para a pesquisa 3. Bases metodológicas para a pesquisa com sementes tropicais 4. Desenvolvimento experimental, obtenção de resultados científicos, análise e interpretação desses resultados 5. Desenvolvimento de pesquisas voltadas aos interesses da iniciativa privada BIBLIOGRAFIA BÁSICA Adkins, S.W., Ashmore, S.E. & Navie, S.C. 2007. Seeds: biology, development and ecology. Oxfordshire/Cambridge, CABI International. Aguiar, I.B.; Pinã-Rodrigues, F.C.M. & Figliolia, M.B. coord. Sementes Florestais Tropicais. Brasília, ABRATES, 1993. 350p. Bewley, J.D. & Black, M. Seeds: physiology of development and germination. Plenum Press, New York, 1985. 367p. Black, M., Bradford, K.J. & Vázquez-Ramos, J. 2000. Seed Biology: advances and applications. Oxfordshire/Cambridge, CAB International. BRASIL. Ministério da Agricultura e Reforma Agrária. Regras para análise de sementes. Brasília, 1992. 365p. Carvalho, N.M. & Nakagawa, J. Sementes: ciência, tecnologia e produção. 3 ed. Campinas: Findação Cargill, 1988. 424p. 114 Ferreira, A.G. & Borghetti, F. 2004. Germinação de sementes. Porto Alegre, Artmed. Kigel, J. & Galili, G. 1995. Seed development and germination. New York, M. Dekker. Marcos Filho, J. 2005. Fisiologia de sementes de plantas cultivadas. Piracicaba, Fealq. Volpato, G. L. 2007. Ciência: da filosofia à publicação. São Paulo, Cultura Acadêmica/ Vinhedo, Scripta. 115 PVA 22- ECOFISIOLOGIA DOS METABOLISMOS DE CARBONO E NITROGÊNIO EM PLANTAS SUPERIORES PROFESSORES RESPONSÁVEIS Dr. Marcos Pereira Aidar e Dr. Marco Aurélio Tiné Carga Horária Teórica Prática (por semana) (por semana) 25h 10h Estudos (por semana) Duração Total Créditos 5h 3 semanas 120 horas 8 EMENTA A disciplina visa contribuir para o conhecimento do metabolismo das plantas superiores em diferentes ecossistemas, abordando os ciclos de carbono e nitrogênio e suas implicações na conservação e manejo dos mesmos. PROGRAMA RESUMIDO TEORIA 1. Germinação de sementes e uso de reservas de carboidratos, proteínas e lipídeos; 2. Metabolismo de carbono: fotossíntese, respiração, metabolismo de amido, sacarose e outros açucares solúveis, metabolismo da parede celular e de sinalização em plantas; 3. Ecofisiologia do desenvolvimento: massa seca, área foliar; partição de recursos; 4. Ecofisiologia do metabolismo de nitrogênio: assimilação de nitrogênio (N2, NO3-, NH4+) e as enzimas envolvidas (nitrogenase, nitrato e nitrito redutase; GS-GOGAT; GDH); 5. Transporte de aminoácidos e utilização de nitrogênio em plantas arbóreas de diferentes grupos funcionais; 6. Relação C:N: da célula ao ecossistema; ecofisiologia isotópica: assinatura isotópica 13 15 N) em plantas. PRÁTICA 1. Efeito do enriquecimento de CO2 atmosférico na ecofisiologia de Sesbania marginata; 2. Analise do crescimento (altura, área foliar e massa seca); 3. Fotossíntese e pigmentos fotossintéticos; composição de carboidratos da raiz, caule e folhas; 4. Atividade de nitrato redutase foliar e radicular. BIBLIOGRAFIA BÁSICA Brett, C. & Waldron, K. (1990) Physiology and Biochemistry of Plant Cell Walls. Topics in Plant Physiology 2, M.Black and J.Chapman Eds. Unwin Hyman, London. Chaplin, M.F. and Kennedy, J.F. (1986) Carbohydrate Analysis: a practical approach, IRL Press, Oxford. Dey, P.M. & Harborne, J.B. (1997). Plant Biochemistry. Academic Press, London. Encyclopedia of Plant Physiology New Series (1976) A. Pirson & M.H. Zimmermann Eds. (vários volumes) Springer-Verlag, Berlin. 116 Lodish, H., Baltimore, D., Berk, A., Zipursky, S.L., Matsudaira, P. & Darnell, J. Molecular Cell Physiology. Scientific American Books. 3 ed. Marschner H. 1995. Mineral nutrition of higher plants. Academic Press, London. Nelson, D.L. & Cox, M.M. 2000. Lehninger Principles of Biochemistry. Worth Publ. 1232p. 3a. Ed. 1417p. Stumpf, P.K. & Conn E.E. (1981) The Biochemistry of Plants: a comprehensive treatise (vários volumes) Academic Press Inc. NY Voet, D. & Voet, J.G. (1995). Biochemistry, (Second Ed.), John Wiley & Sons, Inc, New York Wilson, K. & Goulding, K.H. (1992) Principles and Techniques of Practical Biochemistry, Cambridge Univ. Press 117 PVA 23 - IMPACTOS DA POLUIÇÃO AÉREA EM ECOSSISTEMAS FLORESTAIS PROFESSOR RESPONSÁVEL: Dra. Regina Maria de Moraes Carga Horária Teórica Prática (por semana) (por semana) 2h 1h Estudos (por semana) Duração Total Créditos 2h 12 semanas 60 horas 4 EMENTA Familiarizar o aluno com os princípios, conceitos, técnicas e literatura envolvidos na pesquisa sobre os efeitos da poluição aérea em ecossistemas florestais. PROGRAMA RESUMIDO 1. Introdução e perspectiva histórica 2. Natureza, tipo e fontes dos principais poluentes aéreos 3. Dispersão e transporte na atmosfera 4. Deposição e “tomada” pela vegetação 5. Efeitos no ecossistema: fluxos de energia, ciclagem de nutrientes 6. Efeitos na comunidade vegetal: composição específica, estrutura espacial e competição 7. Interação com outros estresses 8. Declínio de florestas nos Estados Unidos e Europa 9. A Mata Atlântica na região de Cubatão 10. Poluição aérea e Mudanças Climáticas BIBLIOGRAFIA BÁSICA Bell JNB, Treshow M. 2003. Air pollution and plant life. John Wiley & Sons, Chichester. Dässler HG & Börtitz S. 1988. Air pollution and its influence on vegetation. Dr. W. Jung Publishers, Dordrecht. Freedman B. 1995. Environmental ecology. The ecological effects of pollution, disturbance, and others stresses. Academic Press, New York. Krupa SV. 1997. Polution, people, and plants. APS, Minessota PERIÓDICOS Environmental Pollution; Environmental and Experimental Botany; Atmospheric Environment; Water, Air and Soil Pollution; New Phytologist 118 PVA 24 - MORFOLOGIA E SISTEMÁTICA DE PLANTAS RUDERAIS PROFESSOR RESPONSÁVEL Dra. Rosângela Simão Bianchini Carga Horária Teórica Prática (por semana) (por semana) 2h 3h Estudos (por semana) Duração Total Créditos 1h 15 semanas 90 horas 6 EMENTA O curso propiciará aos alunos o reconhecimento das principais plantas ruderais e subespontâneas no Estado de São Paulo, diferenciando-as das nativas e das exóticas invasoras. Serão avaliadas as principais dificuldades para identificação destas espécies destacando a ampla variação morfológica, o grande número de híbridos e a distribuição geográfica. Serão abordadas algumas adaptações e características que auxiliam o crescimento e desenvolvimento e estabelecimento de algumas espécies em detrimento de outras. Aulas práticas de campo serão realizadas para reconhecimento de algumas famílias bem representadas entre espécies subespontâneas ou ruderais, assim como aulas práticas de laboratório, para identificação, uso de chaves, confecção de um herbário com amostras de espécies ruderais. PROGRAMA RESUMIDO 1. Conceito e definição de plantas ruderais, subespontâneas e exóticas invasoras. 2. Sucesso na dispersão e colonização de ambientes: jardins, culturas, clareiras e orla de matas. 3. Dificuldades na identificação: principais trabalhos e chaves para utilização na identificação. 4. Espécies com ampla variedade morfológica. 5. Taxonomia e sistemática em híbridos. 6. Famílias com bem representadas entre as ruderais: Asteraceae, Convolvulaceae, Cyperaceae, Euphorbiaceae, Fabaceae, Lamiaceae, Malvaceae, Poaceae, Rubiaceae e Solanaceae. BIBLIOGRAFIA BÁSICA Aranha, C., Leitão Filho, H.F. & Yahn, C.A. 1988. Sistemática de plantas invasoras. Campinas, Instituto Campineiro de Ensino Agrícola, 174 p. Bailey, L.H. 1951. Manual of cultivated plants. 2º ed. Mcmillan publ. Co. Inc. NY, 1116 p. Basel, E.H. & Berlin, H.S. 1980. Grass weeds I. Ed. Ciba Geigi Ltda, Basle, Switzerland. 142p + 25 figs. Basel, E.H. & Berlin, H.S. 1981. Grass weeds II. Ed. Ciba Geigi Ltda, Basle, Switzerland. 138p + 23 figs. Correa, M.P. 1984. Dicionário das plantas úteis do Brasil 1-6. Ministério da Agricultura IBDF. Imprensa Nacional (reedição). Cronk, Q.C.B. & Fuller, J.L. 2001. Plant invaders: The threat to natural ecosystems. Eartscan, London. 240p. 119 Deuber, R. 1992. Ciência das plantas daninhas 1: Fundamentos. FUNEP, Ed. Legis Luma Ltda, Jaboticanbal. 438p. Holm, L.G., Plucknett, D.L., Pancho, J.V. & Herberger, J.P. 1977. The World´s worst weeds. Honolulu, Hawaii Univ. press, 610 p. Kissmann, K.G. 1997. Plantas infestantes e nocivas 1. São Paulo, 2a. ed. BASF, 826 p. Kissmann, K.G. & Groth, D. 1995. Plantas infestantes e nocivas 3. São Paulo, BASF, 684 p. Kissmann, K.G. & Groth, D. 1999. Plantas infestantes e nocivas 2. São Paulo. BASF, 978p. Kuntschik, D.P. & Eduarte, M. 2010. Espécies Exóticas Invasoras. Cadernos da Mata Ciliar 3. SMA, São Paulo. 30p. Leitão Filho, H.F., Aranha, C. & Bachii, O. 1972. Plantas invasoras de cultura no Estado de São Paulo, vol. 1-3. Campinas, Ed. Hucitec, 291p. Lorenzi, H. 1990. Manual de Identificação e Controle de Plantas Daninhas. Ed. Plantarum, Nova Odessa, SP. 240pp. Lorenzi, H. 1991. Plantas Daninhas do Brasil. Nova Odessa , Ed. Plantarum Ltda, 2 ed. 440 p. Stace, C.A. 1980. Plant Taxonomy and Biosystematics. Ed. Pitman Press. 280p. 120 PVA 26 – ECOFISIOLOGIA DO DESENVOLVIMENTO E METABOLISMO DE CARBOIDRATOS DE PLANTAS NATIVAS PROFESSORES RESPONSÁVEIS Dra. Maria Angela Machado de Carvalho e Dra. Rita de Cássia L. F. Ribeiro Carga Horária Teórica Prática (por semana) (por semana) 4h 3h Estudos (por semana) Duração Total Créditos 2h 10 semanas 90 horas 6 EMENTA A disciplina visa a informar o aluno sobre os processos fisiológicos de crescimento e desenvolvimento, relacionando-os, sempre que possível, ao metabolismo de carboidratos de reserva. Serão abordados efeitos de fatores ambientais e dos ciclos fenológicos predominantes no cerrado e na mata atlântica. Visa também proporcionar um treinamento nos principais métodos de avaliação de crescimento e análise de carboidratos por meio de aulas práticas em laboratório e em casa de vegetação. PROGRAMA RESUMIDO 1. Sazonalidade em plantas tropicais; 2. Fases fenológicas do desenvolvimento e as variações sazonais dos carboidratos de reserva; 3. Crescimento vegetativo: métodos de análise; 4. Propagação vegetativa e floração; 5. Fatores ambientais que afetam o desenvolvimento e o metabolismo de carboidratos de reserva em plantas; 6. Técnicas de extração, purificação e análises de açúcares solúveis por colorimetria e cromatografia; 7. Principais carboidratos de reserva encontrados em órgãos subterrâneos de plantas nativas brasileiras; 8. Potencial de utilização de carboidratos na indústria alimentícia e farmacêutica. BIBLIOGRAFIA BÁSICA Buchanan, B.B., Wilhelm, G. & Jones, R.L. 2001. Biochemistry and Molecular Biology of Plants. American Society of Plant Physiologists, Rockville. 1367p. Coutinho, L. M. 1990. Fire in the tropical biota – ecosystem process and global chalenges. In: Ecological Studies vol. 84 (J. G. Goldammer, ed.) Springer-Verlag, Berlin, p.82105. Dey, P.M. & Harborne, J.B. 1997. Plant Biochemistry. Academic Press, London. Gupta, A.K. & Kaur, N. 2000. Carbohydrate Reserve in Plants – Synthesis and Regulation. Elsevier, Amsterdam. Hunt, R. 1978. Plant gowth analysis. Edward Arnold, London. Lewis, D. H. 1984. Storage carbohydrates in vascular plants. Cambridge University Press, Cambridge. Medina, E. & Silva, J. 1990. The savannas of northern South America: a steady state regulated by water-fire interactions on a background of low nutrient availability. Journal of Biogeography 17: 403-413. 121 Monasterio, M. & Sarmiento, G. 1976. Phenological strategies of plant species in the tropical savanna and the semi-deciduous forest of the Venezuelan llanos. Journal of Biogeography 3: 325-355. Sano, S. M. & Almeida, S. P. (ed.). 1998. Cerrado: ambiente e flora. Embrapa, Planaltina, D.F. Sarmiento, G. 1984. The ecology of neotropical savannas. Harvard University Press, Cambridge. Suzuki, M. & Chatterton, N.J. 1996. Science and Technology of Fructans. CRC Press., Boca Raton, 369p. Taiz, L. & Zeiger, E. 2010. Plant Physisology. 5th Ed. Sinauer Associates Inc., Sunderland. Thomas, B. & Vince-Prue, D. 1997. Photoperiodism in Plants. Academic Press, San Diego. 122 PVA 27 – A PALINOLOGIA E SUAS APLICAÇÕES NOS ESTUDOS DA BIODIVERSIDADE VEGETAL PROFESSOR RESPONSÁVEL: Dra. Maria Amélia Vitorino da Cruz-Barros CORRESPONSAVEL: Dra. Cynthia Fernandes Pinto da Luz PROFESSOR COLABORADOR: Dr. Luciano Mauricio Esteves Carga Horária Teórica Prática (por semana) (por semana) 4h 4h Estudos (por semana) Duração Total Créditos 1h 10 semanas 90 horas 6 EMENTA: Propiciar a aquisição de conhecimentos e aplicações relativos aos aspectos palinológicos das Angiospermas, Gimnospermas e Pteridófitas; identificar caracteres palinológicos de cunho taxonômico. PROGRAMA RESUMIDO 1. Importância e aplicabilidade da palinologia 2. Padronização de amostragem e normas de coleta; 3. Técnicas mais utilizadas para análises fotônicas e eletrônicas; 4. Diferentes métodos de preparação dos grãos de pólen e esporos: acetólise, Aclac, Wodehouse; 5. Palinotaxonomia: estudo das principais famílias de Angiospermas, Gimnospermas e Pteridófitas; 6. Aeropalinologia: alergias, sedimentação polínica (chuva polínica); 7. Melissopalinologia: estudo palinológico de amostras de mel e de produtos apicolas; 8. Palinologia do Quaternário: estudo palinológico de amostras de solo e testemunhos de sondagem; 9. Banco de esporos; 10. Organização e apresentação de dados quali e quantitativos. BIBLIOGRAFIA BÁSICA Barth, O.M. 1989. O pólen no mel brasileiro. Gráfica Luxor. Rio de Janeiro. Erdtman, G. 1952. Pollen morphology and plant taxonomy - Angiosperms. Hafner Publishing Company. New York Hesse, M.; Halbritter, H.; Zetter, R.;Weber M.; Buchner, R.; A. Frosch-Radivo & Ulrich, S. 2009. Pollen Terminology. An illustrated handbook. Wien. Springer-Verlag. FAEGRI, K.; KALAND, P.E. & KRZYWINSKI, K. 1989. Textbook of pollen analysis. Alden Press. London. JUDD, W.S.; CAMPBELL, C. S.; KELLOGG, E. A. & STEVENS, P. F. 1999. Plant Systematics: a Phylogenetic approach. Sinauer Associates Inc. Sunderland. LELLINGER, D.B. 2002. A modern multilingual glossary for taxonomic pteridology. American Fern Society. Washington. MELHEM, T.S., CRUZ-BARROS, M.A.V., CORRÊA, A.M.S., MAKINO-WATANABE, H. SILVESTRE-CAPELATO, M.S.F. & ESTEVES, V.L.G. 2003. Variabilidade 123 polínica em plantas de Campos do Jordão (São Paulo, Brasil). Boletim do Instituto de Botânica 16: 1-204. RAVEN, P. H.; EVERT, R. F. & EICHHORN, S. E. 1999. Biology of plants. W. H. Freeman. NewYork. ROUBIK, D.W. & MORENO P., J.E. 1991. Pollen and spore of Barro Colorado Island. Monographs in Systematic Botany 36: 1-268. PUNT, W.; HOEN, P.P.; BLACKMORE, S.; NILSSON, S. & LE THOMAS, A. 2007. Glossary of pollen and spore terminology. Review of Paleobotany and Palynology 143: 1-81. SALGADO-LABOURIAU, M.L. 2007. Critérios e técnicas para o Quaternário. Editora Edgard Blücher. São Paulo. TRYON, R.M. & TRYON, A.F. 1982. Ferns and allied plants with special reference to tropical America. Springer Verlag. New York. TRYON, A.F. & LUGARDON, B. 1990. Spores of Pteridophyta: surface, wall structure and diversity based on electron microscope studies. Springer Verlag. New York. YBERT, J.P.; SALGADO-LABOURIAU, M.L.; BARTH, O.M.; LORSCHEITTER, M.L.; BARROS, M.A.; CHAVES, S.A.M.; LUZ, C.F.P.; RIBEIRO, M.B.; SCHEEL, R. & VICENTINI, K.F. 1992. Sugestões para padronização da metodologia empregada em estudos palinológicos do Quaternário. Boletim Instituto de Geologia da Universidade de São Paulo 13: 47-49. 124 PVA 28 - ESTRUTURA DOS ÓRGÃOS VEGETATIVOS E IMPORTÂNCIA NA ADAPTAÇÃO AO AMBIENTE PROFESSORES RESPONSÁVEIS Dra. Edenise Segala Alves e Dra. Adriana Hissae Hayashi PROFESSORES COLABORADORES Dra. Solange C. Mazzoni-Viveiros e Dra. Agnes Elisete Luchi Carga Horária Teórica Prática (por semana) (por semana) 12,5h 12,5h Estudos (por semana) Duração Total Créditos 15h 3 semanas 120 horas 8 EMENTA 1. Fornecer conhecimento da anatomia de órgãos vegetativos das fanerógamas associando-o ao desenvolvimento do vegetal e ao seu significado adaptativo às diferenças ambientais de ecossistemas e a fatores antrópicos diversos. 2. Adicionar ao conhecimento estrutural adquirido a correlação ecofisiológica, buscando compreender e diagnosticar características de caráter adaptativo em diferentes ecossistemas ou bioindicativos de alterações ambientais. 3. Ao final do curso o aluno estará apto a reconhecer as características estruturais da madeira e demais órgãos vegetativos, a diagnosticar características de cunho ecológico, bem como suas possíveis potencialidades para estimar alterações ambientais pretéritas. PROGRAMA RESUMIDO 1. Padronização de amostragem, normas de coleta e organização e apresentação dos dados (qualitativos e quantitativos); 2. Técnicas mais utilizadas para análises fotônicas e eletrônicas; 3. Estrutura, ultra-estrutura e função dos diferentes tipos de células e tecidos presentes nos órgãos vegetativos; 4. Plasticidade fenotípica nos órgãos vegetativos, incluindo madeira e casca, e sua importância na adaptação do vegetal a condições de estresses ambientais; 5. Aspectos morfológicos, estruturais e ultraestruturais dos órgãos vegetativos, incluindo madeira e casca, que conferem adaptações às condições de estresses ambientais em diferentes ecossistemas e em ambientais sob influência antrópica; 6. Aspectos estruturais e ultraestruturais em estudos de biomonitoramento ambiental. BIBLIOGRAFIA BÁSICA Appezzato-da-Glória, B. 2003. Morfologia de sistemas subterrâneos, histórico e evolução do conhecimento no Brasil. A.S. Pinto, Ribeirão Preto. Appezzato-da-Glória, B. & Carmello-Guerreiro, S. M. 2006. Anatomia Vegetal. Universidade Federal de Viçosa, Viçosa. Carlquist, S. 1988. Comparative Wood Anatomy: systematic, ecological and evolutionary aspects of dicotyledons wood. Springer Verlag, Berlin. Dickson, W.C. 2000. Integrative plant anatomy. Academic Press, San Diego. 125 Evert R.F. 2006. Esau´s Plant Anatomy: meristems, cells, and tissues of the plantbody – their structure, function, and development. 3rd ed. John Wiley & Sons, New Jersey. Fahn, A. 1990. Plant anatomy. 4th ed. Pergamon Press, Oxford. Holbrook, N.M. & Zwieniecki, M.A. 2005. Vascular transport in plants. Elsevier Academic Press, Amsterdan. Larcher, 2000. Ecofisiologia Vegetal. Rima Editora, São Carlos. Metcalfe, C.R. (ed.) 1972 - Anatomy of the Monocotyledons. Claredon Press, Oxford. Metcalfe, C.R. & Chalk, L. 1979/1983 - Anatomy of the Dicotyledons. v. 1 & 2. 2nd.ed. Clarendon Press, Oxford. Schweingruber, F.H. 2007. Wood Structure and Environment. Springer-Verlag, Heildelberg. Taiz, L. & Zeiger, E. 2004. Fisiologia Vegetal. Artmed Ed., Porto Alegre. 126 PVA 29 – PRÁTICAS EM LABORATÓRIOS DE BIOQUÍMICA VEGETAL PROFESSOR RESPONSÁVEL Dra. Márcia Regina Braga e Marília Gaspar Carga Horária Teórica Prática (por semana) (por semana) 2h 2h Estudos (por semana) Duração Total Créditos 2h 15 semanas 90 horas 6 EMENTA A disciplina visa fornecer subsídios para a prática de laboratório em bioquímica vegetal, possibilitando ao aluno adquirir habilidades no manuseio de vidraria e equipamentos rotineiramente utilizados em pesquisa na área, bem como introduzir os princípios da metodologia de extração, quantificação e análise de compostos vegetais. As técnicas apresentadas são de caráter geral e abrangente, podendo ser aplicadas para a obtenção e interpretação de resultados com espécies dos diversos grupos taxonômicos, tais como plantas, algas e fungos. PROGRAMA RESUMIDO A disciplina consta de três módulos: 1. Princípios básicos em bioquímica: medidas e micropipetagem, molaridade, normalidade, pH e tampões, preparo de soluções e reagentes 2. Métodos de extração de compostos vegetais: preparo das amostras, métodos de extração de carboidratos, proteínas, lipídeos, ácidos nucleicos e compostos fenólicos 3. Métodos de quantificação e análise de compostos vegetais: métodos espectrofotométricos para a quantificação de carboidratos, proteínas e compostos fenólicos; análises cromatográficas em camada delgada, em coluna, líquida de alto desempenho, a gás acoplada com espectrometria de massas; eletroforese de DNA, RNA e proteínas; uso de reveladores químicos; ensaios enzimáticos e bioensaios. BIBLIOGRAFIA BÁSICA Albersheim, P. et al. 2010. Plant Cell Walls - From Chemistry to Biology. Garland Science,Taylor & Francis Group, New York. Amaral, L. I. V. ; Gaspar, M. ; Costa, P. M. F. ; Aidar, M. ; Buckeridge, M. S. 2007. Novo Método Enzimático Rápido e Sensível de Extração e Dosagem de Amido em Materiais Vegetais. Hoehnea 34: 425-433. Bettelheim, F.A. & March, J. 1990. General, Organic & Biochemistry, Hartcourt Col. Pub, New York. Dashek, W. 1997. Methods in Plant Biochemistry and Molecular Biology, CRC Press, New York. Lenhinger, A.L. 1976. Bioquímica. Vol 1-4., Ed. Blucher Ltda, São Paulo. Lenhinger, A.L. 1990. Princípios de Bioquímica, Sarvier ed., 725p. Sambrook, J. & Russell, D. 2001. Molecular Cloning: A Laboratory Manual. 3a. ed., Cold Spring Harbor Lab. Press, Cold Spring Harbor, New York. 127 Vários. Methods in Plant Biochemistry. Series, Academic Press, London. Wilson, K. & Walker, J. 2000. Principles and Techniques of Practical Biochemistry, Cambridge University Press, Cambridge. 128 PVA 30 - METABÓLITOS SECUNDÁRIOS: BIOSSÍNTESE, FUNÇÃO E MÉTODOS DE ANÁLISE PROFESSORES RESPONSÁVEIS: Dra. Maria Cláudia Marx Young e Dra. Luce Maria Brandão Torres Carga Horária Teórica Prática (por semana) (por semana) 3h 3h Estudos (por semana) Duração Total Créditos 2h 12 semanas 90 horas 6 EMENTA O curso tem por objetivo dar ao aluno uma visão geral sobre a biossíntese, distribuição, função e métodos de análise das principais classes de metabólitos secundários vegetais. PROGRAMA RESUMIDO TEORIA: Vias de biossíntese das principais classes de metabólitos secundários vegetais e distribuição no Reino Vegetal. Metabólitos secundários nas interações com animais, plantas e microorganismos. Fundamentos dos métodos de análises: químicos – reações específicas de caracterização e derivatização de grupos funcionais; físicos: cromatografia líquida em camada delgada, em coluna, em sistemas de alta eficiência (HPLC) e em fase gasosa (CG e CG/EM). Noções básicas de espectroscopia na região do ultravioleta – visível (UV/VIS), na região do infravermelho (FT-IR), de ressonância magnética nuclear (RMN) e espectrometria de massas (EM). PRÁTICA: Extração e análise de óleos essenciais. Extração e detecção de alcalóides, fenóis, taninos e flavonóides usando métodos químicos (reações específicas) e espectrofotométricos (UV/VIS). Ensaios biológicos com extratos para detecção de atividades antifúngica, antioxidante, anticolinesterásica e inibidora de germinação e crescimento. BIBLIOGRAFIA BÁSICA Harborne, J.B. 1993. Introduction to Ecological Biochemistry, Academic Press, London. Mann, J. 1994. Chemical Aspec,ts of Biosynthesis, Oxford University Press, New York. Sarker, S. D.; Latif, Z.; Gray, A. I. 2005. Natural Products Isolation, Second Edition. Humana Press, Totowa, New Jersey. Silverstein, R. M. Bassler, C. G.; Morril, T. C. 1991. Spectrometric Identification of Organic Compounds. Fifth Edition, John Wiley & Sons. Inc. Wagner, H.; Bladt, S. 1996. Plant Drug Analysis. Second Edition. Springer Dewick, P.M. 2009. Medicinal Natural Products: a biosynthetic approach. Third Edition. Wiley. Bowsher, C.; Steer, M.; Tobin, A. 2008. Plant Biochemistry. Garland Science, New York. 129 PVA 31 – FUNDAMENTOS DE FISIOLOGIA VEGETAL PROFESSOR RESPONSÁVEL: Dr. Emerson Alves da Silva PROFESSOR COLABORADOR: Dr. Danilo da Cruz – Universidade Federal do ABC Carga Horária Teórica Prática (por semana) (por semana) 4h - Estudos (por semana) Duração Total Créditos* 2h 15 semanas 90 horas 6 EMENTA Abordar a importância dos processos fisiológicos através dos quais hereditariedade e ambiente interagem para determinar e influenciar no crescimento e desenvolvimento de plantas, com ênfase nos processos fisiológicos básicos como, relações hídricas, fotossíntese, respiração, metabolismo de nitrogênio e fitorreguladores. PROGRAMA RESUMIDO Serão introduzidos conceitos básicos de grandezas físicas (termodinâmica) que regem alguns processos fisiológicos. Em cada aula serão apresentados artigos para leitura e discussão. As aulas expositivas abordarão os conceitos e definições baseados nas principais funções, propiciando compreensão e integração dos diferentes níveis de organização fisiológica pelos quais as plantas lidam com o ambiente físico, incluindo os recentes avanços em cada assunto. Tópicos abordados: 1. Relações hídricas: sistema solo-planta-atmosfera 2. Nutrição mineral 3. Fotossíntese 4. Transporte na planta: relações fonte e dreno 5. Metabolismo de nitrogênio 6. Respiração 7. Fotofisiologia: fitocromo e luz azul 8. Reguladores de crescimento AVALIAÇÃO Questionários periódicos referentes a cada aula, e três avaliações, sendo a ultima de caráter substitutivo. BIBLIOGRAFIA BÁSICA Buchanan, B.B.; Gruissem, W.; Jones, R.L. 2000. Biochemistry and molecular biology of plants. American Society of Plant Physiologists, 1406p. 130 Prado, C.H.B. de A. & Casali, C.A. 2006. Fisiologia Vegetal: práticas em relações hídricas, fotossíntese e nutrição mineral. Ed. Manole. 448p. Heldt, H-W. 1997. Plant Biochemistry and Molecular Biology. Oxford University Press. 522p. Kerbauy, G. B. 2008. Fisiologia Vegetal. 2º ed. Guanabara Koogan, 431p. Koslowski , T.T. & Pallardy, S.G. 1997. Physiology of Woody Plants. 2º ed. Academic Press. 411p Larcher, W. 2000. Ecofisiologia Vegetal. Rima Editora, 531p. Lambers, H; Chapin III, F.S; Pons, T. 1998. Plant Physiological Ecology. SpringerVerlag.. 540p. Lambers, H.; Ribas-Carbo, M. 2005. Plant Respiration: from cell to ecosystem. Springer. 250p. Raghavendra, A.S. 1998. Photosynthesis: a comprehensive treatise. Cambridge University Press, 376p. Raven, P.H.; Evert, R.F.; Eichhorn, S.E. 2007. Biologia Vegetal. Guanabara Koogan. 830p. Smith, A.M. 2010. Plant biology. New York: Garland Science; Taylor & Francis, 664p. Taiz, L. & Zeiger, E. 2008. Fisiologia Vegetal. 5ª ed. Sinauer, 820p. 131 PVA 32 – FISIOLOGIA DO ESTRESSE EM PLANTAS PROFESSORES RESPONSÁVEIS: Dra. Catarina C. Nievola e Dra. Vivian Tamaki Carga Horária Teórica Prática (por semana) (por semana) 16h 2h Estudos (por semana) Duração Total Créditos 6h 5 semanas 120 horas 8 EMENTA Esta disciplina tem como objetivo apresentar noções básicas sobre processos fisiológicos das plantas em condições de estresse como: falta ou excesso de água, alterações de temperatura, alterações nutricionais, excesso de sais, exposição à radiação e presença de poluentes. Visa também estudar as alterações fisiológicas, morfológicas e bioquímicas induzidas pelos estresses, mencionando também a importância da influência de fatores bióticos sobre as plantas. PROGRAMA RESUMIDO 1. Conceito e terminologia de estresse 2. Estresse hídrico: falta ou excesso de água 3. Estresse térmico: altas e baixas temperaturas. Congelamento. 4. Estresse nutricional: falta ou excesso de nutrientes 5. Estresse salino 6. Efeitos de poluentes sobre as plantas 7. Efeito da radiação ultra-violeta sobre as plantas 8. Interação dos diferentes tipos de estresse sobre a fisiologia das plantas 9. Fatores bióticos 10. Aulas práticas 11. Leitura e discussão de textos especializados BIBLIOGRAFIA BÁSICA Basra, A.S. & Basra, R. 1997. Mechanisms of environmental stress resistance in plants. Harwood Academic Publishers. Buchanan, B. B.; Gruissem, W.; Jones, R. L. 2000. Biochemistry and molecular biology of plants. American Society of Plant Physiologists, Maryland.1367p. Gurevitch, J., Scheiner, S. M. & Fox, G. A. 2009. Ecologia Vegetal 2ª ed. Porto Alegre: Artmed, 592p. Kerbauy, G. B. 2004. Fisiologia Vegetal. Editora Guanabara Koogan S.A. Rio de Janeiro, 452p. Larcher, W. 1995. Physiological plant ecology: ecophysiology and stress physiology of functional groups. Berlin: Springer. 506p. Lerner, H. R. 1999. Plant responses to environmental stresses: from phytohormones to genome reorganization. Marcel Dekker. Inc. New York. Levitt, J. 1980. Responses of Plants to Environmental Stresses. Academic Press New York. Vol.I – Chilling, Freezing and High Temperature Stresses. Academic Press, Inc. New York, 497p. 132 Levitt, J. 1980. Responses of Plants to Environmental Stresses. Vol.II – Water, Radiation, Salt and Other Stresses. Academic Press New York, 607p. Pessarakli, M. 2005. Handbook of Photosynthesis, New York, Taylor & Francis Group, LLC, 928p. Smallwood, M.F., Calvert, C.M. & Bowles, D.J. 1999. Plant responses to environmental stress. BIOS Scientific, Oxford. 224p. Taiz, L. & Zeiger, E. 2008. Plant Physiology, 3rd ed. Sinauer Associates, Inc., Publishers, Sunderland, MA, USA. 792p. 133 PVA 33 – CONSERVAÇÃO DE EPÍFITAS NATIVAS DA MATA ATLÂNTICA: COLEÇÕES BOTÂNICAS E ASPECTOS HORTICULTURAIS (a partir de 2011) PROFESSORES RESPONSÁVEIS: Dr. Armando Reis Tavares e Dr. Shoey Kanashiro Carga Horária Teórica Prática (por semana) (por semana) 2h 1h Estudos (por semana) Duração Total Créditos 2h 12 semanas 60 horas 4 EMENTA O objetivo da disciplina é oferecer ao aluno uma visão sobre a conservação de plantas vivas epífitas, propiciando a aquisição de conhecimentos teóricos e práticos abrangendo os tópicos: a) Gerenciamento e documentação de coleções vivas, visando à conservação da biodiversidade; b) Técnicas de conservação de plantas epífitas; c) Aspectos horticulturais aplicados à conservação coleções “ex situ” e d) Conservação de germoplasma “in vitro”. PROGRAMA RESUMIDO Considerações gerais sobre coleções botânicas/ Manejo horticultural de coleções/ Registro de plantas/ Considerações gerais sobre propagação/ Equipamentos e instalações/ Substratos e recipientes/ Propagação: sexuada, assexuada e micropropagação/ Conservação in vitro de recursos genéticos de plantas. BIBLIOGRAFIA BÁSICA Benzing, D.H. Bromeliaceae: profile of an adaptative radiation. Cambridge University Press, Cambridge, 2000. 708 p. Leadlay, E.; Greene, J. Manual Técnico para Jardins Botânicos. Instituto de Pesquisa Jardim Botânico do Rio de Janeiro, Rio de Janeiro, 1999. 154p. Hartmann, T.H.; Kester, D.E. Plant propagation, Prentice/Hall, Englewood Cliffs, 1983, 4a. ed. 726p. Valladares-Pádua, C. Manejo e Conservação de Vida Silvestre no Brasil. CNPq, Brasília, 1997. 296 p. Morellato, L.P.C. História Natural da Serra do Japi: Ecologia e preservação de uma área florestal no Sudeste do Brasil. Editora da UNICAMP, Campinas, 1992. 321 p. Bunt, A.C. Modern potting composts. George Allen & Unwin, London, 1976. 277p. Torres, C.A.; Caldas, L.S.; Buso, J.A. Cultura de tecidos e transformação genética de plantas, EMBRAPA-CNPH, Brasília, v. 1 e 2, 1999. 864p. Whitcomb, C.E. Plant production in containers. Lacebark Publ., Stillwater, 1984. 638p. 134 REGIMENTO PROGRAMA DE PÓS-GRADUAÇÃO (PORTARIA IBT Nº 002/2013) Válido para as turmas de 2012 em diante e para discentes de turmas anteriores que optaram por este regimento 135 PORTARIA IBt Nº 002/2013 REGIMENTO DO PROGRAMA DE PÓS-GRADUAÇÃO O DIRETOR TÉCNICO DE DEPARTAMENTO DO INSTITUTO DE BOTÂNICA, DA SECRETARIA DE ESTADO DO MEIO AMBIENTE dentro das atribuições legais conferidas pelo inciso IV do Artigo 378 da Seção V do Decreto no 11.138 de 03 de fevereiro de 1978, baixa a seguinte PORTARIA referente ao Regimento do Programa de Pós-graduação “stricto sensu” em Biodiversidade Vegetal e Meio Ambiente: CAPÍTULO I – DOS OBJETIVOS Artigo 1o – O Programa de Pós-graduação do Instituto de Botânica (IBt) destina-se à capacitação, à atualização e ao aprimoramento de profissionais de nível superior, em aspectos científicos e tecnológicos das áreas de botânica e microbiologia e suas interações com o meio ambiente. Parágrafo único – O Programa, ou Curso, reger-se-á pelas normas ora baixadas e demais disposições legais e regulamentares aplicáveis. Artigo 2o – O Programa de Pós-graduação “stricto sensu” em Biodiversidade Vegetal e Meio Ambiente compreende dois níveis de formação, Mestrado e Doutorado, conduzindo aos graus de Mestre e Doutor, respectivamente. § 1o – O Mestrado tem como objetivo desenvolver e ampliar o conhecimento técnicocientífico do graduado e aprimorá-lo para a docência e pesquisa. § 2o – O Doutorado tem como objetivo aprimorar, ampliar e aprofundar a formação científica do profissional proporcionando-lhe maior capacitação para o desenvolvimento de pesquisa científica, estimulando a criatividade e a independência. CAPÍTULO II – DA ESTRUTURA ADMINISTRATIVA Artigo 3o – A Pós-graduação no Instituto de Botânica tem a seguinte organização geral: 136 I- Comissão de Pós-graduação II - Conselho de Curso III - Corpo Docente IV - Corpo Discente § 1o – A Comissão de Pós-graduação é o órgão de assessoramento do Diretor Técnico de Departamento do Instituto de Botânica para a execução da política de capacitação e atualização de recursos humanos, em nível de Pós-graduação, e o órgão superior de gestão acadêmica e deliberação para questões relativas ao Programa. § 2o – O Conselho de Curso é o órgão de gestão acadêmica com representação docente e discente de cada Área de Concentração do Programa. § 3o – O Corpo Docente é o conjunto de profissionais habilitados e de reconhecida competência para o ensino e a pesquisa em suas especialidades. § 4o - O Corpo Discente é o conjunto dos alunos matriculados no Programa. CAPÍTULO III – DA COMISSÃO DE PÓS-GRADUAÇÃO Artigo 4o – A Comissão de Pós-graduação é composta de seis membros: um Presidente, um VicePresidente, um Coordenador e um Vice-coordenador de cada uma das duas Áreas de Concentração do Programa. § 1o – O Presidente da Comissão de Pós-graduação será escolhido e designado pelo Diretor Técnico de Departamento do Instituto de Botânica, a partir de uma lista de no máximo três nomes votados pelos docentes. § 2o – O Presidente terá mandato de 4 (quatro) anos, permitida a recondução por igual período. § 3o – O Vice-presidente é escolhido diretamente pelo Presidente, sendo o seu mandato mantido por 4 (quatro) anos. § 4o - Os demais membros serão escolhidos por eleição direta pelos docentes e terão mandato de até 3 (três) anos, permitida a recondução para qualquer cargo. 137 Artigo 5o – A Comissão de Pós-graduação reunir-se-á periodicamente, por convocação do Presidente. § 1o – O quorum para a reunião será composto pelo Presidente ou Vice-presidente e, no mínimo, três outros membros da Comissão de Pós-graduação. § 2o – As deliberações, exceto as complementações e modificações deste regimento, serão tomadas por maioria simples dos presentes. Artigo 6o – Compete à Comissão de Pós-graduação: I. elaborar propostas de política de ensino de Pós-graduação do Instituto de Botânica para apreciação e aprovação do Conselho de Curso e do Diretor Técnico de Departamento do Instituto de Botânica, aplicando-as quando aprovadas; II. elaborar propostas de criação ou desativação de áreas de concentração para aprovação do Conselho de curso, ouvido o Diretor Técnico de Departamento do Instituto de Botânica; III. deliberar sobre o Regimento do Curso e alterações propostas pelo Corpo Docente; IV. deliberar sobre a estrutura curricular do Curso, bem como eventuais alterações propostas pelo Corpo Docente e aprovadas pelo Conselho de Curso; V. acompanhar e avaliar o desempenho do Programa; VI. deliberar sobre o credenciamento e desligamento de docentes, ouvido o Conselho de Curso; VII. deliberar sobre o número máximo de orientandos por docente credenciado; VIII. deliberar sobre o número máximo de vagas no Curso, proposto pelo Conselho, ouvido o Diretor Técnico de Departamento; IX. definir o processo de seleção de candidatos ao Curso; X. definir o processo de avaliação da proficiência em Língua Inglesa; 138 XI. definir o processo de avaliação dos Exames de Qualificação; XII. deliberar sobre a admissão de candidatos ao doutorado que não possuam título de Mestre ou equivalente, ouvido o Conselho de Curso; XIII. deliberar sobre o desligamento de discentes, ouvido o Conselho de Curso; XIV. homologar a equivalência do título de Mestre outorgado a alunos de Doutorado, assim como a equivalência de créditos já obtidos por estes alunos, ouvido o Conselho de Curso; XV. deliberar sobre o trancamento justificado de disciplina; XVI. deliberar sobre o trancamento temporário de matrículas; XVII. propor ao Diretor Técnico de Departamento complementações e modificações no regimento do Curso de Pós-graduação quando aprovadas por, no mínimo, 4 (quatro) membros; XVIII. zelar pelo cumprimento do presente regimento, das normas sobre o assunto e demais disposições pertinentes; XIX. deliberar sobre os casos omissos neste Regimento. Artigo 7o – Atribuições do Presidente da Comissão de Pós-graduação: I. representar o Curso de Pós-graduação do Instituto de Botânica nas diferentes instâncias; II. convocar a Comissão de Pós-graduação, divulgando previamente a agenda de reunião; III. convidar, quando necessário, pessoas não pertencentes à Comissão para esclarecimentos de matérias em discussão; IV. designar membros da Comissão de Pós-graduação para relatar processos a serem encaminhados; V. emitir documentação de implementação das deliberações da Comissão de Pós-graduação; 139 VI. fornecer informações sobre o Curso, quando solicitadas pela Comissão de Pós-graduação, unidades do Instituto de Botânica e órgãos externos; VII. cumprir e fazer cumprir o presente Regimento. CAPÍTULO IV – DO CONSELHO DE CURSO Artigo 8o – O Conselho de Curso é constituído de: I. Presidente, na qualidade de Coordenador Geral ou pelo Vice-presidente na ausência do Presidente; pelo Coordenador da Área de Concentração em Plantas Vasculares ou pelo Vice-coordenador na ausência do Coordenador; pelo Coordenador da Área de Concentração em Plantas Avasculares e Fungos ou pelo Vice-coordenador na ausência do Coordenador; II. Representante dos Docentes da Área de Concentração em Plantas Vasculares ou por seu suplente na ausência do Representante; pelo Representante dos Docentes da Área de Concentração em Plantas Avasculares e Fungos ou por seu suplente na ausência do Representante; III. Representante dos Discentes da Área de Concentração em Plantas Vasculares ou por seu suplente na ausência do Representante; pelo Representante dos Discentes da Área de Concentração em Plantas Avasculares e Fungos ou por seu suplente na ausência do Representante. § 1o – Os membros docentes e discentes do Conselho de Curso serão indicados pelo Corpo Docente e Corpo Discente das respectivas áreas por processo eletivo. § 2o – No caso da inexistência de candidatos para qualquer área, a composição do Conselho de Curso será reduzida. Artigo 9o – O Presidente exerce a função de Coordenador Geral do Curso e, em seu impedimento, esta será exercida por um dos membros do Conselho de Curso por ele escolhido. Artigo 10 – Compete ao Conselho de Curso: I. propor à Comissão de Pós-graduação modificações do Corpo Docente do Curso, respeitada a regulamentação vigente; 140 II. propor à Comissão de Pós-graduação o número de vagas para cada ano letivo, ouvido o Corpo Docente do Curso; III. propor o credenciamento de docentes; IV. assistir o Corpo Docente na elaboração das ementas de cada disciplina e da estrutura curricular do Curso, para deliberação da Comissão de Pós-graduação; V. deliberar sobre propostas de co-orientação; VI. deliberar sobre Bancas de Exames de Qualificação, Dissertações, Teses e Comissões “ad hoc”; VII. deliberar sobre a homologação de matrículas e títulos; VIII. submeter à Comissão de Pós-graduação o Regimento do Curso e suas alterações; IX. acompanhar o desenvolvimento acadêmico dos membros do Corpo Docente e Discente do Curso; X. encaminhar à Comissão de Pós-graduação os casos omissos e considerados fora de sua competência; XI. zelar, no âmbito de sua competência, pelo fiel cumprimento deste Regimento, das normas e disposições pertinentes. Artigo 11 – Atribuições do Coordenador Geral: I. exercer a coordenação das atividades acadêmicas do Programa; II. convocar e presidir as reuniões do Conselho de Curso; III. convocar e presidir reuniões dos Corpos Docente e Discente do Curso; IV. designar as Bancas Examinadoras e Comissões “ad hoc” mencionadas no item VI do Artigo 10; 141 V. emitir a documentação de implementação das deliberações do Conselho de Curso; VI. cumprir e fazer cumprir o presente Regimento. CAPÍTULO V – DO CORPO DOCENTE Artigo 12 – O Corpo Docente do Curso é constituído por Doutores ou equivalente e, a juízo do Conselho Nacional de Educação, por Mestre com experiência equivalente. Artigo 13 – Compete aos membros do Corpo Docente do Curso: I. ministrar e responsabilizar-se por disciplinas constantes do currículo do Curso; II. exercer a orientação acadêmica de alunos e orientar os trabalhos de Dissertações e Teses; III. participar das reuniões convocadas pelo Presidente do Curso de Pós-graduação ou, por pelo, menos quatro membros do Conselho de Curso; IV. informar à Comissão de Pós-graduação sobre a oferta de disciplinas para cada período letivo; V. propor modificações para o Regimento do Curso, junto ao Conselho de Curso, por meio do representante dos docentes; VI. elaborar as ementas de cada disciplina e a estrutura curricular do Programa, para deliberação da Comissão de Pós-graduação; VII. eleger um representante e um suplente docente de cada Área de Concentração para o Conselho de Curso, com mandato de um ano, com direito à recondução; VIII. opinar, junto ao Conselho de Curso, por meio dos representantes dos docentes, sobre assuntos de interesse do Curso de Pós-graduação; XII. fornecer, quando solicitado pela CPG, informações necessárias à elaboração do relatório anual do Programa ou de outros documentos de interesse do Programa; 142 XIII. apreciar, por solicitação da CPG, projetos e relatórios de alunos e outros processos de interesse do Programa; XIV. cumprir e fazer cumprir, no âmbito de sua competência, o Regimento, as normas e as disposições pertinentes; CAPÍTULO VI – DO CORPO DISCENTE Artigo 14 – O Corpo Discente do Curso é constituído por alunos nele admitidos e regularmente matriculados. Artigo 15 – O Corpo Discente elegerá um representante de cada Área de Concentração para o Conselho de Curso, com mandato de um ano, com direito à recondução. Artigo 16 – Cada aluno deverá cumprir o Regimento, as normas e as disposições pertinentes. CAPÍTULO VII – DA ADMISSÃO AO CURSO Artigo 17 – Para admissão ao Curso, o candidato deverá ser aprovado em processo de seleção, a ser definido pela Comissão de Pós-graduação e satisfazer os seguintes requisitos: I – Para o Mestrado: a) possuir diploma ou declaração de colação de grau superior pleno outorgado por instituição nacional reconhecida pelo MEC, ou por instituição estrangeira, sendo a aceitação, no segundo caso, dependente de aprovação da Comissão de Pós-graduação, ouvida a avaliação do Conselho de Curso; b) apresentar, quando do ato da matrícula e dentro dos prazos estabelecidos, a documentação exigida. II – Para o Doutorado: a) ser portador do título de Mestre outorgado por instituição nacional reconhecida pelo MEC, o qual poderá vir a ser dispensado, excepcionalmente, a critério da Comissão de Pósgraduação, ouvida a avaliação do Conselho de Curso; 143 b) o candidato que concluiu o Mestrado no próprio curso (aluno egresso) poderá vir a ser dispensado do processo de seleção, a critério da Comissão de Pós-graduação e ouvido o Conselho de Curso, desde que atenda o artigo 18; c) apresentar, quando do ato de inscrição e dentro dos prazos estabelecidos, a documentação exigida. d) Artigo 18 – O aluno egresso do Mestrado que tenha interesse em se matricular no Doutorado tem o direito de requerer vaga, desde que atenda os itens abaixo relacionados: I. O aluno não poderá ter ultrapassado dois semestres letivos sem matrícula, incluindo o da defesa; II. A solicitação de matrícula deverá ser entregue com dois meses de antecedência ao próximo período regular de matrícula; III. O requerimento de vaga deverá conter: ofício do orientador solicitando avaliação do pedido de matrícula pela Comissão de Pós-graduação, projeto de pesquisa completo, incluindo a viabilidade financeira para a execução do mesmo, cronograma de atividades para 48 (quarenta e oito) meses e súmula curricular do aluno, com ênfase na produção oriunda do Mestrado. § 1o – o aluno egresso do Mestrado que venha a receber bolsa de Doutorado de fonte independente à Pós-graduação poderá requerer matrícula fora do período regular desde que atenda aos itens I e III estabelecidos no “caput” deste Artigo e a critério da Comissão de Pós-graduação. Artigo 19 – Ao aluno de Mestrado matriculado no Programa poderá ser concedida a transferência para o Doutorado Direto, por solicitação justificada do orientador, acompanhada de relatório sucinto de desempenho para apreciação do Conselho de Curso. Neste caso o tempo já cumprido no Mestrado será computado no tempo do Doutorado. § 1o – A solicitação de transferência para o Doutorado Direto deverá ser realizada antes do aluno completar 20 (vinte) meses no programa. § 2o – O Exame de Qualificação para Doutorado deverá ser realizado novamente, caso o aluno já o tenha feito durante o período em que esteve matriculado no Mestrado, respeitando o disposto no Artigo 33. 144 Artigo 20 – No caso de alteração do regimento no decorrer do Curso, o aluno poderá permanecer no mesmo regimento ou optar pelo novo regimento, mediante solicitação formal com anuência do orientador. Artigo 21 – A admissão do candidato ao Curso ficará vinculada ao aceite prévio do orientador e à homologação da matrícula pelo Conselho de Curso. CAPÍTULO VIII – DAS ATIVIDADES DE PÓS-GRADUAÇÃO Artigo 22 – Os Cursos de Mestrado e de Doutorado do Programa compreendem, dentre outras atividades, disciplinas, seminários, trabalhos de laboratório, trabalhos de campo e estudos orientados tanto na Área de Concentração do Curso quanto em domínios conexos, prestação de Exame de Qualificação e Exame de Língua, bem como atividades de pesquisa e defesa de Dissertação ou Tese, atividades estas definidas neste Regimento. Parágrafo único – É obrigatória a matrícula em Atividade de Pesquisa nos períodos em que o aluno não estiver matriculado em disciplinas, exceto naqueles em que houver trancamento de matrícula concedido pela Comissão de Pós-graduação. Artigo 23 – Cada aluno terá um Orientador, aprovado pelo Conselho de Curso, dentre o Corpo Docente. § 1o – O Orientador deverá fixar o programa de estudos do aluno, acompanhar e avaliar sua atividade de pesquisa. § 2o – Os alunos de Doutorado poderão ter um co-orientador, desde que a participação seja devidamente justificada pelo orientador e aprovada pela Comissão de Pós-graduação, ouvido o Conselho de Curso. Artigo 24 – O aproveitamento em cada disciplina de Pós-graduação será avaliado por meio de provas, exames ou trabalhos, a critério do(s) Docente(s) e expresso pela atribuição de um dos seguintes conceitos: A (excepcional), B (bom), C (regular) e D (deficiente). § 1o – o aluno será considerado aprovado em uma disciplina quando tiver os conceitos A, B ou C e freqüência igual ou superior a 85%. 145 § 2o – Quando não for aplicável um dos conceitos de aprovação mencionados no “caput” deste Artigo como, por exemplo, em estudos orientados, seminários e atividades de pesquisa, dever-se-á atribuir o conceito P – Aprovado ou R – Reprovado. § 3o – Para a obtenção do título o aluno deverá obter conceito global igual ou superior a B. Artigo 25 – Das disciplinas obrigatórias: § 1o – A disciplina BMA 04 – Seminários Gerais, deve ser cursada pelo menos uma vez pelos mestrandos e doutorandos, sendo que aqueles que concluírem o Mestrado no Programa estão dispensados de cursá-la no Doutorado. § 2o – A disciplina BMA 05 – Tópicos Especiais, deve ser cursada no Mestrado e no Doutorado, não havendo dispensa para os discentes que concluírem o Mestrado no Programa. Artigo 26 – O aluno terá direito a cancelar matricula em disciplina não condensada até, no máximo, quatro semanas após o início do período letivo e em disciplina condensada somente até transcorrido 15% das aulas da mesma. Artigo 27 – O aluno de Mestrado deverá completar no mínimo 110 (cento e dez) créditos, sendo 25 (vinte e cinco) cursando disciplinas e 85 (oitenta e cinco) pela dissertação, e o de Doutorado deverá completar no mínimo 205 (duzentos e cinco) créditos, sendo 40 (quarenta) em disciplinas e 165 (cento e sessenta e cinco) pela tese. Parágrafo único – No caso de falta de 1 (um) ou 2 (dois) créditos para a conclusão total de créditos exigidos para os níveis de Mestrado e Doutorado, o Conselho de Curso poderá avaliar, com a solicitação formal do aluno e com a anuência do orientador, a possibilidade de considerá-lo(s) realizado(s) mediante a comprovação de atividades extracurriculares realizadas, ou de créditos excedentes do Mestrado no caso de Doutorado. Artigo 28 - Cada 15 horas/aula correspondem a um crédito. Artigo 29 – Poderá ser desligado do Curso o aluno que tiver conceito médio igual ou inferior ao conceito C em duas disciplinas em um único período letivo, a critério da Comissão de Pósgraduação. 146 § 1o – O conceito D poderá implicar no desligamento do aluno do Curso, mediante a avaliação do orientador e a critério da Comissão de Pós-graduação. § 2o – O aluno que não se matricular em disciplina ou atividade de pesquisa, em dois semestres sucessivos será desligado do Curso. Artigo 30 – A critério do Conselho de Curso, poderão ser aceitos até 30% de créditos de disciplinas obtidos em outros Programas de Pós-graduação “stricto sensu”. Parágrafo único – Os créditos mencionados no “caput”c deste artigo deverão ser obtidos somente após a matrícula na Pós-graduação. Artigo 31 – Ao título de Mestre homologado pela Comissão de Pós-graduação, ouvido o Conselho de Curso, correspondem 30 (trinta) créditos em disciplinas no cômputo para o Doutorado. Artigo 32 – Todo aluno de Mestrado e Doutorado deverá submeter um Projeto de Pesquisa à Comissão de Pós-graduação, que verificará a validade do projeto, podendo, inclusive, solicitar parecer de consultor “ad-hoci”, selecionado pelos coordenadores de área. § 1o – O projeto deverá ser entregue no ato da primeira matrícula, ou excepcionalmente, até 30 (trinta) dias após a data da matrícula. § 2o – Os projetos serão considerados definitivos somente após sua aprovação integral, levando em conta reformulações e correções solicitadas. § 3o – O não encaminhamento do projeto, dentro dos termos estabelecidos pela Comissão de Pós-graduação, implicará no desligamento do aluno do Curso. Artigo 33 – Todo aluno de Mestrado ou Doutorado deverá se submeter a um Exame de Qualificação, perante uma Banca Examinadora, que evidencie a amplitude e a profundidade de seus conhecimentos, bem como sua capacidade crítica e didática. § 1o – A Banca do Exame de Qualificação será constituída de três membros, sendo no mínimo um deles Docente do Curso e um externo ao Curso. § 2o – O Exame de Qualificação deverá ser solicitado entre 12 (doze) e 18 (dezoito) meses de curso para o Mestrado e entre 18 (dezoito) e 30 (trinta) meses para o Doutorado. 147 § 3o – A não realização do Exame de Qualificação no prazo estabelecido poderá implicar na reprovação do aluno, a critério da Comissão de Pós-graduação. § 4o – Ao aluno reprovado no Exame de Qualificação será concedida apenas uma nova oportunidade adicional para prestá-lo até 2 (dois) meses após a data do primeiro exame. Caso haja uma nova reprovação, o aluno será desligado do Curso. Artigo 34 – Todo aluno de Mestrado e de Doutorado deverá demonstrar proficiência em Língua Inglesa, mediante atestado emitido por entidade de reconhecida capacitação, selecionada entre aquelas indicadas pela Comissão de Pós-graduação, ou outro processo de avaliação definido pela Comissão de Pós-graduação. Artigo 35 – Todo aluno de Mestrado deverá defender, perante uma Banca Examinadora, uma Dissertação que represente trabalho individual, original, fruto de atividade de pesquisa e que demonstre conhecimento do tema abordado. Artigo 36 – Todo aluno de Doutorado deverá defender, perante uma Banca Examinadora, uma Tese que represente trabalho individual, original, fruto da atividade de pesquisa, importando real contribuição para a área do conhecimento. Artigo 37 – A defesa final da Dissertação ou Tese deverá ser feita em sessão pública, em local e hora previamente divulgados, perante uma Banca Examinadora de três membros titulares e dois suplentes, para o Mestrado, e de cinco membros titulares e dois suplentes, para o Doutorado. § 1o – Pelo menos um dos membros da Banca Examinadora da defesa de Dissertação de Mestrado e dois membros da defesa de Tese de Doutorado devem ser externos ao Programa de Pós-graduação do Instituto de Botânica. § 2o – A Banca Examinadora, de Dissertação ou de Tese, emitirá parecer individual escrito, devendo a aprovação do trabalho ser feita por mais de 50% dos membros da Banca e constar de ata assinada pelos membros da Banca e pelo secretário do Curso. § 3o – A defesa poderá ser presencial ou virtual (videoconferência) a critério da Comissão de Pós-graduação. CAPÍTULO IX – DA CONCESSÃO DE TÍTULOS ACADÊMICOS 148 Artigo 38 – Para a obtenção do título são necessários: I – de Mestre a) mínimo de 25 (vinte e cinco) créditos em disciplinas; b) proficiência em Língua Inglesa para Mestrado; c) aprovação em Exame de Qualificação; d) conceito global igual ou superior a B; e) aprovação de uma Dissertação, correspondendo a 85 (oitenta e cinco) créditos; f) solicitação de homologação do título em até 5 (cinco) meses, a contar da data da defesa, improrrogável, acompanhada da seguinte documentação: – versão definitiva da Dissertação, atendidas as eventuais recomendações da Banca Examinadora; – CD contendo versão definitiva da Dissertação em PDF com até 100 MB, arquivo em Word com título, resumo e palavras-chave e arquivo com matéria informativa resumida da defesa para ser divulgado na página “Web” do Programa; – comprovante da submissão de artigo em periódico com seletiva política editorial; – comprovação da inexistência de pendências junto à Biblioteca e às Curadorias de Coleções Científicas, especialmente quanto à inclusão e devolução de material botânico; – comprovação do cumprimento das exigências da legislação vigente quanto à coleta, acesso e conservação do patrimônio genético. II – de Doutor a) mínimo de 40 (quarenta) créditos em disciplinas, b) proficiência em Língua Inglesa para Doutorado; c) conceito global igual ou superior a B; d) aprovação em Exame de Qualificação; e) aprovação de uma Tese, correspondendo a 165 (cento e sessenta e cinco) créditos; f) solicitação de homologação do título em até 5 (cinco) meses, a contar da data da defesa, improrrogável, acompanhada da seguinte documentação: – versão definitiva da Tese, atendidas as eventuais recomendações da Banca Examinadora; – CD contendo versão definitiva da Tese em PDF com até 100 MB, arquivo em Word com título, resumo e palavras-chave e arquivo com matéria informativa resumida da defesa para ser divulgado na página “Web” do Programa; – comprovante da submissão de artigo em periódico com seletiva política editorial; 149 – comprovação da inexistência de pendências junto à Biblioteca e às Curadorias de Coleções Científicas, especialmente quanto à inclusão e devolução de material botânico; – comprovação do cumprimento das exigências da legislação vigente quanto à coleta, acesso e conservação do patrimônio genético. Artigo 39 – A banca de defesa da Dissertação de Mestrado ou da Tese de Doutorado somente será constituída após o cumprimento dos itens a, b, c e d do artigo 38, parte I - Mestre para Mestrado e parte II - Doutor para Doutorado e dentro do prazo para defesa na unidade de pós-graduação de 26 (vinte e seis) meses para a Dissertação de Mestrado e de 48 (quarenta e oito) meses para a Tese de Doutorado, improrrogáveis. § 1o – O prazo mencionado no “caput” deste Artigo será computado a partir do início da primeira matrícula no Programa de Pós-graduação do aluno. § 2o – A Comissão de Pós-graduação poderá autorizar o trancamento temporário de matrícula em casos especiais, plenamente justificados. § 3o – O trancamento, se concedido, não poderá exceder dois períodos letivos, consecutivos ou intercalados. § 4o – O período em que o aluno estiver com matrícula trancada será computado no prazo estabelecido neste Artigo. CAPÍTULO X – DISPOSIÇÕES GERAIS E TRANSITÓRIAS Artigo 40 – Este Regimento poderá ser alterado por força de Lei ou conforme o estabelecido no item III do Art. 6o deste Regimento. Artigo 41 – Os casos omissos serão resolvidos pela Comissão de Pós-graduação, ouvido o Conselho de Curso e o Diretor Técnico de Departamento, quando cabível. Artigo 42 – A Portaria referente ao presente regimento entrará em vigor na data de sua publicação, revogadas as disposições em contrário. São Paulo, 19 de março de 2013 150 Luiz Mauro Barbosa Diretor Técnico de Departamento 151
