Biologia dos marcadores moleculares parte I: o mundo de RNA

Marcadores mais utilizados
Almir R. Pepato
Definição de marcador molecular
Uma sequência nucleotídica ou de
aminoácidos detectável
experimentalmente
Marcadores mais utilizados na
literatura recente
Genes Ribossomais
27 de 64 artigos empregam sequências oriundas dos genes ribossomais
Todos os genomas apresentam
genes ribossomais (Procariotos,
Mitocôndrias, Cloroplastos,
Nucleares)
Nos Eucariotos há várias cópias
agrupadas em diversos
cromossomos
Metáfases de Serrasalmus
serrulatus marcadas para o 18S
(Nakayama et al, 2008)
Estrutura dos genes Ribossomais
Nas mitocôndrias esses genes
são ainda mais compactos:
SSU: 12S
LSU: 16S
Estrutura secundária
Estrutura secundária
Vantagens do emprego dos rDNA
Primers conservados
Múltiplas cópias, evolução concertada
Poucos problemas de paralogia
É um dos únicos marcadores que pode ser sequenciado em
qualquer ser vivo
A estrutura secundaria auxília no alinhamento das sequências e
fornece outros caracteres.
Genes codificantes
Genes codificantes
Dos trabalhos examinados, 64 utilizam sequências de genes codificantes.
Oriundos dos genomas nucleares (24) ou de organelas (Mit.: 29, CP: 11)
Dificuldades técnicas: Poucas
cópias na amostra reduz a
quantidade de substrato para a
reação de PCR.
Propriedades
semelhantes aos dos
genes ribossomais
Genes codificantes
Exemplo de gene com multiplas cópias, com evidências de evolução
concertada.
A Histona H3 foi utilizada em um dos artigos examinados
Genes codificantes
Alternativa para a obtenção de genes de cópia simples: Transcriptase
Reversa- PCR (Utilizado também para ESTs, apenas um artigo).
ITS e outros introns
Empregado em 23 artigos (ITS 14,
outros introns 9)
Os introns são regiões excluídas do
mRNA graças ao mecanismo de
splicing.
Como são regiões que não codificam
proteínas estão menos sujeitas à
seleção natural estabilizadora e
assim acumulam mais substituições.
Geralmente empregados para
recuperar histórias evolutivas
recentes.
DNA organelar
Empregado em 49 dos artigos investigados (Mit.: 40, CP: 11)
DNA organelar
O genoma mitocondrial
completo foi utilizado em
cinco artigos
DNA organelar
Fênomeno comum
nos genomas
mitocôndriais, o viés
no emprego de
nucleotídeos pode
levar a erros nas
inferências
filogenéticas