Tutorial de instalação do Ambiente de manipulação

Universidade Estadual de Feira de Santana
Tutorial de configuração do Ambiente PathoSpotter
Feira de Santana - BA
Novembro, 2015
1 INTRODUÇÃO
1
1
Introdução
Tutorial criado por Cássio Silva de Sá Santos, estudante da Universidade Estadual de Feira de
Santana e bolsista do Laboratório de Computação de Alto Desempenho, com o objetivo de orientar
como instalar e configurar o ambiente necessário para a manipulação de imagens do PathoSpotter,
mais precisamente, a instalação da biblioteca Scikit-image no sistema operacional CentOS 6.7.
O conteúdo deste tutorial foi criado para fins de pesquisa e pode ser usado livremente desde que
citada a fonte. O LaCAD não se responsabiliza pelo uso dessas informações.
2 PASSOS DO TUTORIAL
2
2
Passos do tutorial
2.1
Instalando dependências
$ yum g r o u p i n s t a l l ’ ’ Development t o o l s ’ ’
$ yum i n s t a l l z l i b −d e v e l bzip2−d e v e l o p e n s s l −d e v e l n c u r s e s −d e v e l s q l i t e −d e v e l r e
2.2
2.2.1
Python
Baixando e extraindo o python
$ wget h t t p : / /www. python . or g / f t p / python / 2 . 7 . 8 / Python − 2 . 7 . 8 . t a r . xz
$ xz −d Python − 2 . 7 . 8 . t a r . xz
$ t a r −x v f Python − 2 . 7 . 8 . t a r
2.2.2
$
$
$
$
Instalando o python
cd Python − 2 . 7 . 8
. / c o n f i g u r e −−p r e f i x =/u s r / l o c a l
make
make a l t i n s t a l l
Exportando caminho
$ export PATH="/ u s r / l o c a l / b i n :$PATH"
$ bash
2.2.3
$
$
$
$
a l i a s python =’/ u s r / l o c a l / bi n / python2 . 7 ’
. ~/. bashrc
update−a l t e r n a t i v e s −− i n s t a l l / u s r / b in / python python / u s r / l o c a l / bi n / python2 . 7
update−a l t e r n a t i v e s −−c o n f i g python
2.3
2.3.1
$
$
$
$
Modificando Bash do Python
Instalando PIP
Instalando SetupTools
wget −−no−check−c e r t i f i c a t e h t t p s : / / pypi . python . or g / p a c k a g e s / source / s / s e t u p t o o
t a r −x v f s e t u p t o o l s − 1 . 4 . 2 . t a r . gz
cd s e t u p t o o l s − 1 . 4 . 2
python2 . 7 s e t u p . py i n s t a l l
2.3.2
Instalando Pip
$ c u r l h t t p s : / / raw . g i t h u b u s e r c o n t e n t . com/pypa/ p ip / master / c o n t r i b / get−p ip . py | py
2.4
Instalando dependências do scikit-image
$ yum i n s t a l l numpy s c i p y python−m a t p l o t l i b i p y t h o n python−pandas sympy python−n
$ yum update
2 PASSOS DO TUTORIAL
2.5
3
Instalando Numpy
$ p ip i n s t a l l numpy = 1 . 1 0 . 1
$ p ip i n s t a l l Theano
2.6
Instalando Cython
Entre na pasta Downloads
$
$
$
$
wget h t t p : / / cython . o rg . r e l e a s e /Cython − 0 . 2 3 . 4 . z i p
u nz i p Cython − 0 . 2 3 . 4
cd Cython − 0 . 2 3 . 4
python s e t u p . py i n s t a l l
2.7
Instalando SIX
$ wget h t t p s : / / pypi . python . o rg / p a c k a g e s / source / s / s i x / s i x − 1 . 1 0 . 0 . t a r . gz#md5=34 e e d
$ t a r −x v f s i x − 1 . 1 0 . 0 . t a r . gz
$ python s e t u p . py i n s t a l l
2.8
Instalando Lapack
$ yum i n s t a l l a t l a s a t l a s −d e v e l lapack−d e v e l b l a s −d e v e l
2.9
$
$
$
$
Instalando Scipy
wget h t t p : / / s o u r c e f o r g e . n et / p r o j e c t s / s c i p y / f i l e s / s c i p y / 0 . 1 6 . 1 / s c i p y − 0 . 1 6 . 1 . t a r
t a r −x v f s c i p y − 0 . 1 6 . 1 . t a r . gz
cd s c i p y − 0 . 1 6 . 1
python2 . 7 s e t u p . py i n s t a l l
2.10
Instalando Scikit-Image
$ p i p 2 . 7 i n s t a l l s c i k i t −image
3 TESTANDO INSTALAÇÃO
3
4
Testando instalação
Para verificar se a instalação das bibliotecas foram efetuadas de forma correta, importe-as utilizando
o python.
$ python2 . 7
>>> import s c i p y
>>> import cython
>>> import numpy
>>> import skimage
Se não apresentar erro em nenhuma das importações, significa que a instalação foi efetuada com
sucesso.