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No client do Lotus Notes, clicar em “Tools” e depois “Java Debugging
Preferences”;
Aparecerá uma tela de configurações com três opções:

A primeira opção (“Client Agents/Applets”) diz respeito aos agentes que
necessitam de um evento para serem executados (como os agentes que
ficam no menu “Actions”);

A segunda opção (“Locally Scheduled Agents”) diz respeito aos agentes
escalados, que são executados de tempos em tempos;

A terceira opção (“HTTP Preview”) diz respeito aos componentes Java
colocados dentro de formulários ou páginas que serão visualizados
através do navegador.
Coloque uma porta disponível em cada uma das opções que deseja depurar;
Reinicie o Lotus Notes;
Vá até a pasta raiz do Lotus Notes e localize o arquivo notes.ini.
Edite o arquivo e insira a linha:
JavaDebugEnable=1
Abra o projeto Java no Domino Design, vá nas propriedades e marque a opção
“Compile Java code with debugging information”;
Compile o projeto, abra o código Java que queira depurar, clique em “Run” >
“Debug Configuration”.
Vai abrir uma janela com algumas opções. Na coluna à esquerda, clique em
“Remote Java Application” e depois no botão “New”, no topo da coluna.
No formulário que aparecer, coloque o nome do debug, indique o código que
será depurado (ele traz o código aperto como padrão. Em host coloque
“localhost” e em porta coloque a porta que foi definida nas praferencia no
Client. Esta porta deve ser de acordo com o tipo de código que você está
depurando. Geralmente depuramos Agents Clients, porta padrão 8701.
Clique em “Apply”. Volte ao seu código, coloque um breakpoint onde deseja
parar e voltei à esta tela.
Clique em Debug, execute seu código e aguarde.
Aparecerá uma mensagem pedindo para mudar a perspectiva para Debug.
A tela de debug aparece no breakpoint que você definiu.
A partir daqui você tem todas as opções do debug do eclipse, com os valores
de variável, modificação de códigos e valores dinâmicas, entre os outros.
Para retornar para a perspectiva do Domino, cliquem em Window > Open
Perspective > Domino Design
Fonte: Help Oficial do Notes
Adaptação: Bruno de Castro Rodrigues Silva