Resumo Executivo

INSTITUTO DE AVALIAÇÃO DE TECNOLOGIA EM SAÚDE
PROGRAMA DE PÓS-GRADUAÇÃO EM AVALIAÇÃO DE TECNOLOGIA EM SAÚDE
TRABALHO DE CONCLUSÃO DE CURSO
Parecer Técnico-Científico
Teste de Diagnóstico Molecular CLART® PneumoVir
Farmacêutico-Bioquímico: RODRIGO MINUTO PAIVA
Orientador: Prof. Alexsander Itria
PORTO ALEGRE, 2015
Resumo Executivo
Intensidade das recomendações: Recomendação fraca a favor da tecnologia.
Tecnologia: Teste de diagnóstico molecular CLART® PneumoVir.
Indicação: Diagnóstico laboratorial de infecções respiratórias humanas.
Caracterização da tecnologia: É um dispositivo comercial capaz de detectar e
caracterizar a presença de 19 tipos mais frequentes de vírus humanos que
causam infecções respiratórias em espécimes clínicos respiratórios, incluindo a
detecção específica do vírus influenza A H1N1 cepa pandêmica de 2009. Tratase de um ensaio molecular envolvendo uma reação em cadeia da polimerase
com transcrição reversa (RT-PCR), acoplado a um sistema microarray.
Comparador: foram utilizados os ensaios tradicionais de detecção de vírus
respiratórios (isolamento de vírus por cultura e imunofluorescência direta – IFD)
e/ou RT-PCR.
Pergunta: Para os neonatos e crianças até os dois anos de idade, com infecção
respiratória, o dispositivo CLART® PneumoVir, comparado aos testes
tradicionais (isolamento do vírus por cultura e IFD) ou RT-PCR é acurado?
Busca e análise de evidências científicas: A pesquisa foi realizada com alguns
descritores, tais como “CLART Pneumovir” e “microarray and respiratory virus”
nas bases de dados eletrônicas: Medline (via Pubmed), The Cochrane Library
(via Bireme), LILACS, Biblioteca Virtual em Saúde e Web of knowledge. Foram
identificados 70 estudos, dentre os quais 2 foram selecionados, sendo um estudo
observacional e outro estudo de coorte. O primeiro estudo utilizou o sistema de
DNA microarray em conjunto com outro ensaio semelhante e uma técnica de RTPCR clássica. O segundo estudo avaliou os testes de diagnóstico de vírus
respiratórios tradicionais, bem como o dispositivo comercial CLART® PneumoVir.
Resumo dos resultados dos estudos selecionados: Os estudos selecionados
apresentam boa qualidade metodológica. Os principais desfechos avaliados
pelos estudos foram a capacidade do CLART® PneumoVir em detectar um
grande número de vírus respiratórios ao mesmo tempo em uma única amostra
clínica, bem como a possibilidade de diagnóstico de infecções mistas. Os
resultados apontam que o dispositivo comercial CLART® PneumoVir apresenta
melhor sensibilidade diagnóstica, uma vez que detecta uma ampla variedade de
vírus respiratórios, devido ao uso de diferentes sondas nucleotídicas
desenvolvidas para cada alvo. No entanto, existem poucos estudos de validação
metodológica do ensaio CLART® PneumoVir disponíveis, de modo que se possa
assegurar que este ensaio seja mais acurado que os testes tradicionais
propostos nesta análise.
Recomendações: Os estudos analisados demonstram que o ensaio de
diagnostico CLART® PneumoVir apresenta maior sensibilidade analítica frente
as tecnologias isolamento do vírus por cultura, IFD e RT-PCR, bem como a
possibilidade de detectar a presença de infecções mistas.
Sugere-se,
entretanto, a realização de mais estudos comparativos entre o CLART®
PneumoVir e estas técnicas, devido ao número baixo de evidências encontradas
neste PTC.
Executive Summary
Intensity of the recommendations: Recommendation weak in favor of
technology.
Technology:
Molecular
diagnostic
testing
CLART®
PneumoVir.
Indication: Laboratory diagnosis of human respiratory infections.
Characterization of technology: It is a commercial device that can detect and
characterize the presence of the 19 most common types of human respiratory
viruses that cause respiratory infections in clinical specimens, including the
specific detection of influenza virus H1N1 pandemic strain 2009. It is a molecular
assay involving a reverse transcription polymerase chain reaction (RT-PCR),
coupled to a microarray system.
Comparison: we use traditional tests respiratory virus detection (virus isolation
by culture and direct immunofluorescence - IFD) and/or RT-PCR.
Question: For newborns and children up to two years of age with respiratory
infection, CLART® PneumoVir device, compared to traditional tests (virus
isolation by culture and IFD) or RT-PCR is accurate?
Search and analysis of scientific evidence: The survey was conducted with
some descriptors such as "CLART Pneumovir" and "microarray and respiratory
virus" in electronic databases: Medline (via Pubmed), The Cochrane Library (via
Bireme), LILACS, the Virtual Health Library and Web of knowledge. We identified
70 studies, of which 2 were selected, an observational study and one cohort study
were identified. The first study utilized the DNA microarray system together with
other similar test and a classical RT-PCR. The second study evaluated diagnostic
tests traditional respiratory viruses, as well as the commercial device CLART®
PneumoVir.
Summary results of the selected studies: The selected studies have good
methodological quality. The main outcomes assessed by the studies were the
ability of CLART® PneumoVir on detect a large number of respiratory viruses at
the same time in a single clinical sample, as well as the possibility of diagnosis of
mixed infections. The results show that the commercial device CLART®
PneumoVir has better diagnostic sensitivity, once it detects a wide variety of
respiratory viruses due to the use of different nucleotide probes developed for
each target. However, there are few studies on the validation methodology
CLART® PneumoVir test available, so that it can ensure that this test is more
accurate than traditional tests proposed in this analysis.
Recommendation: Studies show that the examined test diagnostic CLART ®
PneumoVir has a higher analytical sensitivity in compare to technologies of virus
isolation in culture, direct immunofluorescence and RT-PCR as well as the
possibility to detect the presence of mixed infections. It is suggested, however,
more comparative studies between CLART® PneumoVir and these techniques
due to the low number of evidence found in this PTC.
SUMÁRIO
Contextualização do problema ........................................................................... 1
Pergunta ............................................................................................................. 2
Introdução .......................................................................................................... 3
Descrição do Dispositivo Avaliado e Alternativa Diagnóstica ............................. 5
CLART Pneumovir
.................................................................................................. 5
Alternativas Diagnósticas .......................................................................................... 6
Bases de Dados e Estratégia de Busca ............................................................. 8
Critérios de Seleção e Exclusão de Artigos ..................................................... 11
Resultados dos Estudos Selecionados ............................................................ 15
Interpretação dos resultados ............................................................................ 16
Recomendações .............................................................................................. 18
Referências Bibliográficas ................................................................................ 19
Contextualização do Problema
Este Parecer Técnico-Científico (PTC) foi elaborado como produto final do
Curso de Especialização em Avaliação de Tecnologias em Saúde – EAD,
caracterizando-se por um Trabalho de Conclusão de Curso. A proposta deste
PTC consiste de análise técnica do teste comercial CLART ® PneumoVir em
relação
aos
testes
tradicionais
(isolamento
do
vírus
por
cultura
e
imunofluorescência direta – IFD) ou mesmo a Reação em Cadeia da Polimerase
por Transcrição Reversa (RT-PCR) para diagnóstico de infecções respiratórias.
Este estudo se faz necessário, uma vez que atualmente os ensaios
laboratoriais tradicionais de pesquisa de vírus respiratórios costumam identificar
uma variedade muito pequena de espécies virais (em torno de 5 a 7 vírus
pesquisados) em amostras respiratórias. Inúmeros pacientes têm seu
diagnóstico de infecção respiratória viral prejudicado, devido à falta de
sensibilidade dos métodos de rotina e possibilidade de identificação de outros
vírus circulantes no ambiente. Em meio a isso, desde 2010 há no mercado
brasileiro o teste comercial CLART® PneumoVir, que tem a capacidade de
identificar 19 tipos virais em uma mesma amostra respiratória.
A elaboração deste PTC é fundamental para avaliar as evidências
científicas disponíveis sobre o uso do dispositivo CLART ® PneumoVir na
pesquisa de vírus respiratórios por técnica molecular, com o objetivo de embasar
a tomada de decisão da área técnica interessada (laboratórios de análises
clínicas) e dos demais gestores em saúde, visando ao bem comum e à eficiência
do SUS.
No processo de elaboração deste PTC, buscou-se atender às Diretrizes
Metodológicas para elaboração de Pareceres Técnico-Científicos propostas pelo
Ministério da Saúde, tendo caráter informativo.
1
Pergunta
O objetivo deste PTC foi analisar as evidências científicas disponíveis
atualmente sobre o perfil de desempenho (acurácia e precisão) do dispositivo
CLART® PneumoVir e a sua utilização na pesquisa de vírus respiratórios
causadores de infecções respiratórias.
Para sua elaboração, estabeleceu-se a seguinte questão de pesquisa,
cuja estruturação encontra-se apresentada no Quadro 1 abaixo:
Pergunta: Para os neonatos e crianças até os dois anos de idade, com infecção
respiratória, o dispositivo CLART® PneumoVir, comparado aos testes
tradicionais (isolamento do vírus por cultura e IFD) ou RT-PCR é acurado?
Quadro 1: Pergunta estruturada para elaboração do PTC
População
ou
subgrupos
de Crianças até 02 anos de idade com
interesse
infecção viral respiratória.
Intervenção (tecnologia)
CLART® PneumoVir
Comparação (tecnologia)
Isolamento do vírus por cultura, IFD1
ou RT-PCR2.
Desfecho
-Desempenho
analítico
igual
ou
superior (mais sensível e específico
que os testes usuais).
-Diagnóstico
de
infecções
respiratórias mistas.
1
IFD: Imunofluorescência direta
2
RT-PCR: Reação em Cadeia da Polimerase por Transcrição Reversa.
2
Introdução
As infecções respiratórias encontram-se entre os principais problemas de
saúde pública devido as suas elevadas taxas de incidência e facilidade de
disseminação na comunidade. As infecções respiratórias agudas (IRAs) estão
associadas com morbidade significante e são uma das principais causas de
consultas médicas e hospitalizações (KOUNI, 2012). As IRAs são muito comuns
em crianças, podendo a etiologia viral ser identificada em até 80% dos casos.
Estas infecções podem levar a um dano no trato respiratório inferior do paciente,
resultando em bronquite, bronquiolite, pneumonia e até superinfecções
bacterianas. Em alguns casos, especialmente em crianças até dois anos de
idade, a hospitalização em unidades de tratamento intensivo pode ser requerida
devido à gravidade do caso (FROBERT, 2011).
As IRAs em crianças até 02 anos de idade, na maioria das vezes, são
atribuídas ao vírus respiratório sincicial (VRS), vírus influenza A e B, vírus
parainfluenza 1, 2 e 3, rinovírus e adenovírus. Os vírus influenza são os que têm
taxa de evolução mais alta, sendo os vírus Influenza A os causadores dos surtos
mais severos e extensos. As variações genéticas nestes vírus geralmente levam
a epidemias ou pandemias globais (FALCHI, 2011). Além destes patógenos,
novos agentes virais foram identificados por métodos moleculares e
relacionados com IRA como o metapneumovírus e o bocavírus humano e, mais
recentemente, o coronavírus (MURRAY, 2014).
O diagnóstico dos vírus respiratórios tem sido tradicionalmente realizado
através de técnicas de detecção de antígeno por imunofluorescência direta
(IFD), isolamento do vírus através de cultura e/ou por Reação em Cadeia da
Polimerase (PCR). Entretanto, a baixa e variável sensibilidade da IFD (50 a 70%)
e cultura (60 a 90%), bem como as limitações da cultura de vírus, tais como ser
uma técnica aplicável somente aos vírus cultiváveis e o tempo prolongado para
obtenção dos resultados, torna o diagnóstico dos vírus respiratórios incompleto
(FERREIRA, 2001; FROBERT, 2011; NIEWIADONSKI, 2012; CULEBRAS,
2013). Mesmo que alguns laboratórios clínicos utilizem as técnicas de IFD e
cultura viral combinadas, algumas amostras clínicas permanecem com resultado
3
negativo, apesar das evidências clínicas e epidemiológicas de uma infecção
respiratória viral (CULEBRAS, 2013). Já em relação ao ensaio de PCR, trata-se
de uma alternativa mais sensível (superior a 80%) e específica (superior a 90%)
que as outras citadas, no entanto requer a validação de uma reação de PCR
para cada agente etiológico a ser pesquisado, tornando o exame mais laborioso
e com custo elevado (MURRAY, 2014). Como consequência disso, um número
grande de infecções pode permanecer não diagnosticada.
A partir deste cenário, o aparecimento de novas técnicas tornou-se
necessário não somente para detectar vírus emergentes não contemplados
pelas metodologias tradicionais, mas também para oferecer às equipes médicas
um aumento de sensibilidade, acurácia e rapidez na obtenção dos resultados. O
emprego de técnicas moleculares, principalmente naquelas baseadas em PCR
têm sido utilizadas por apresentar melhor sensibilidade e especificidade, quando
comparadas aos métodos tradicionais, aumentando a capacidade de detecção
de diferentes agentes etiológicos, bem como a presença de múltiplas infecções
(co-infecções). Dentre estas técnicas, o dispositivo comercial CLART ® (Clinical
Array Technology) PneumoVir (Genomica, Madri, Espanha) permite a detecção
simultânea de até 19 vírus respiratórios através da amplificação por uma RTPCR em multiplex e a detecção do produto amplificado pela tecnologia de
microarray. Trata-se de um método com execução relativamente rápida, capaz
de
detectar
os
seguintes
vírus:
adenovírus,
matapneumovírus
A,
metapneumovírus B, parainfluenza 1, parainfluenza 2, parainfluenza 3,
parainfluenza 4A, parainfluenza 4B, rinovírus, vírus sincicial respiratório A, vírus
sincicial respiratório B, bocavírus, coronavírus, enterovírus, influenza A,
influenza A H1N1 suíno, influenza A H3N2, influenza B e influenza C
(NIEWIADONSKI, 2012; CULEBRAS, 2013).
4
Descrição do Dispositivo Avaliado e Alternativa Diagnóstica
A) CLART® PneumoVir
A tecnologia em avaliação CLART® PneumoVir Versão 8, que possui
registro deferido (Kit Visualização nº 10158120648 e Kit Amplificação nº
10158120649) na Agência Nacional de Vigilância Sanitária (ANVISA), está
sendo distribuída pela empresa bioMérieux no Brasil desde novembro de 2010.
O dispositivo comercial CLART® PneumoVir é um ensaio de RT-PCR em
multiplex associado a tecnologia de microarray (microarranjo de DNA) capaz de
detectar e caracterizar a presença de 19 tipos mais frequentes de vírus humanos
que causam infecções respiratórias nas amostras clínicas mais comuns
(aspirado de nasofaringe e swab nasal), incluindo a detecção do subtipo novo
influenza A H1N1 cepa pandêmica. Primeiramente, a detecção dos vírus é
efetuada através da amplificação de um fragmento específico do genoma viral
que pode variar de 120 a 330 pares de bases, a partir da RT-PCR em multiplex.
Numa segunda etapa, a visualização do produto amplificado é possível devido
ao uso de uma plataforma tecnológica baseada em microarray de baixa
densidade em que ocorre a hibridização do produto amplificado com as sondas
específicas imobilizadas nesta plataforma. Esta plataforma consiste em incluir
um microarray no fundo (base) do poço de uma tira (strip) de 8 poços, que
simplifica consideravelmente todo o processo de hibridização e visualização.
Esta tecnologia permite a detecção simultânea de marcadores moleculares
múltiplos de diagnóstico, incluindo a presença de controles (controle de
hibridização e controle da PCR) que garantem a confiabilidade dos resultados
(NIEWIADONSKI, 2012; CULEBRAS, 2013).
O sistema de detecção do CLART® PneumoVir baseia-se na precipitação
de um produto solúvel do microarray, nos quais ocorreu a hibridização dos
produtos amplificados. Durante a RT-PCR em multiplex, os produtos
amplificados são marcados com biotina. Após a amplificação, os produtos
amplificados hibridizam-se com as sondas específicas que estão imobilizadas no
fundo do poço (os microarranjos), sendo que após isso são incubadas com o
conjugado
estreptavidina-peroxidase.
O
conjugado
liga-se
através
da
estreptavidina com a biotina presente nos produtos amplificados (que também
5
encontram-se ligados às suas sondas específicas) e a atividade da peroxidase
provoca o aparecimento de um produto insolúvel na presença do substrato
odianisidina, que se precipita no local de hibridização do poço. No interior do
equipamento há um tubo de leitura que faz a leitura dos produtos formados por
absorvância em cada poço de reação para determinar a presença dos vírus
respiratórios (GENOMICA, 2010).
B) Alternativas Diagnósticas – Padrão-Ouro
O isolamento do vírus através de cultura em laboratório clínico se faz,
normalmente, em culturas celulares, sendo o diagnóstico caracterizado pelos
efeitos citopatológicos induzidos pelos vírus nas células de culturas. Os efeitos
citopatológicos incluem alterações na morfologia celular, lise celular, formação
de vacúolos, sincícios e corpúsculos de inclusão (MURRAY, 2014).
O teste de IFD é empregado na pesquisa e localização de antígenos em
células ou tecidos, por intermédio de um anticorpo específico marcado com
fluorocromo (conjugado). O conjugado se fixa ao antígeno, formando um
imunocomplexo estável. O anticorpo não-ligado é removido por lavagens e o
preparado é observado em microscópio de fluorescência. Este teste apresenta
sensibilidade e especificidade variáveis, visto que depende de um técnico
operador bem treinado para leitura microscópica e interpretação dos resultados,
ou seja, é uma técnica operador-dependente. Além disso, a IFD requer o preparo
de um conjugado para cada sistema que se queira pesquisar. A principal
aplicação da IFD é na imunocitoquímica, bem como na pesquisa de Chlamydia
trachomatis, Treponema pallidum, Legionella sp., Escherichia coli estreptococos
β-hemolíticos do grupo A e vários vírus como os da família herpesviridae e vírus
respiratórios (FERREIRA, 2001). Os vírus respiratórios que frequentemente a
técnica de IFD é capaz de detectar são: influenza A (InfA), influenza B (InfB),
vírus sincicial respiratório (VSR), parainfluenza (PIV) e adenovírus (ADN)
(NIEWIADONSKI, 2012).
Entre os testes moleculares disponíveis atualmente, a PCR é o ensaio
que mais se destaca. Através da PCR é possível amplificar uma sequência
específica de DNA, obtendo-se quantidade suficiente que permita detectar e
6
analisar a sequência alvo da pesquisa. A PCR consiste em uma reação de
síntese e amplificação de regiões específicas de DNA (regiões alvo) através do
uso de primers (iniciadores) que delimitam a região alvo a ser sintetizada através
da ação catalisadora de uma enzima DNA polimerase termoestável. A PCR é
realizada em três etapas (desnaturação do DNA, anelamento dos primers e
extensão da fita), repetidas, em média, por 25 a 30 ciclos. Análises baseadas na
PCR possibilitaram aos profissionais de laboratório detectar microrganismos que
não podiam ser cultivados, assim como aqueles que eram fastidiosos e/ou de
crescimento lento. Para pesquisa de microrganismos de genoma constituído de
RNA, como é o caso da maioria dos vírus respiratórios, realiza-se uma etapa de
transcrição reversa (RT) antes da amplificação por PCR para a formação do
cDNA, denominando então, ensaio RT-PCR. O ensaio de RT-PCR pode ser
considerado do tipo convencional (detecção do produto amplificado por
eletroforese em gel, por exemplo) ou do tipo RT-PCR em tempo real (detecção
por fluorescência). O RT-PCR em tempo real é o ensaio molecular mais utilizado,
podendo ser realizado a partir de um kit comercial ou, na maioria das vezes, a
partir de um ensaio padronizado e validado pelo próprio laboratório de
diagnóstico clínico (técnica in house). A técnica de RT-PCR in house tem como
vantagem a possibilidade de padronização e utilização para a pesquisa de
diferentes tipos de vírus respiratórios de interesse dos gestores de laboratório.
Entretanto, trata-se de um ensaio laborioso, uma vez que geralmente é
necessária a padronização e realização de uma reação isoladamente para cada
tipo de vírus (ROSSETTI, 2006).
Em todos os testes laboratoriais tradicionais tem sido padronizado como
espécime clínico, amostras respiratórias, tais como aspirado ou secreção de
nasofaringe e swab nasal.
7
Base de Dados e Estratégia de Busca
Para encontrar a melhor evidência atualmente disponível sobre acurácia
do dispositivo comercial CLART® PneumoVir e os benefícios de uso na pesquisa
de vírus respiratórios no diagnóstico de infecções respiratórias foi realizada uma
ampla busca nas bases de dados Medline (via Pubmed), The Cochrane Library,
LILACS, Biblioteca Virtual em Saúde e Web of Knowledge, objetivando-se
encontrar revisões sistemáticas (RS) e ensaios clínicos randomizados (ECR),
considerados as evidências científicas de melhor qualidade. Entretanto, na
ausência de RS e ECR foram também aceitos estudos de coorte e transversais,
visto que são os estudos de maior publicação na área de diagnóstico laboratorial.
O intuito foi selecionar estudos que comparassem o uso do teste comercial
CLART® PneumoVir em relação as alternativas diagnósticas em pacientes com
suspeita clínica de infecção respiratória viral. Para a realização deste PTC não
foram selecionadas avaliações econômicas, estudos de custo-efetividade e
custo-utilidade, relatos de caso e protocolos de estudos. Além disso, foram
selecionados somente os estudos publicados em inglês, português ou espanhol
a partir de 01/01/2005 até 07/01/2015 (data do último acesso).
No Medline (via Pubmed), na busca por todas as referências referentes
ao teste CLART® PneumoVir, foram encontradas 61 referências, mas somente
02 foram selecionadas: um estudo do tipo coorte, comparando cultura viral, IFD,
e RT-PCR frente ao teste CLART® PneumoVir e outro estudo do tipo transversal
prospectivo, comparando nested RT-PCR ao CLART® PneumoVir. Dois estudos
não foram contabilizados no total de referências encontradas, pois haviam sido
localizados utilizando os dois termos de busca (estudos repetidos). As outras 59
referências foram estudos que não respondiam a pergunta do PTC e não foram
selecionadas.
Na base Cochrane via Bireme não foi encontrada nenhuma referência
com o uso do dispositivo comercial CLART®, mesmo utilizando três tipos de
termos de busca. Já na base LILACS foi encontrada uma referência, no entanto
o ensaio de microarray utilizado não correspondia ao dispositivo comercial
CLART®.
8
Na base da Biblioteca Virtual em Saúde foi encontrada uma referência
sobre o teste CLART® PneumoVir, que a partir da leitura de seu resumo, atendia
a pergunta de pesquisa. Entretanto, não houve disponibilização deste estudo por
completo por parte dos autores, para que esta referência pudesse ser utilizada
neste PTC (TOKMAN, 2014).
Na base Web of Knowledge foram encontradas 5 referências, no entanto
nenhum destes estudos foi selecionado, visto que um estudo tratava-se de um
resumo de apresentação oral em congresso científico, e as demais quatro
referências já haviam sido localizadas na base Medline, porém não
selecionadas.
A estratégia de busca encontra-se na TABELA 1 (abaixo), detalhando as
bases de dados e respectivos termos de pesquisa:
Base de
Termos de Busca
Dados
Resultados
Estudos
Estudos
da busca
Elegíveis
Selecionados
57
4
2
1
1
0
5
2
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
("Microarray
Analysis/methods"[Mesh]) AND
"Respiratory
Tract
Infections/virology"[Mesh]
Medline
Pubmed
via
3
("Microarray
Analysis/methods"[Mesh]) AND
"Respiratory Tract
Infections/virology"[Mesh] AND
CLART
“CLART Pneumovir”
("Microarray
Analysis/methods"[Mesh]) AND
The
"Respiratory
Cochrane
Infections/virology"[Mesh]
Library
Bireme4
via
Tract
“microarray and respiratory and
vírus”
“CLART Pneumovir”
9
“microarray
and
respiratory
1
0
0
0
0
0
0
0
0
“CLART Pneumovir”
1
0
0
“CLART Pneumovir”
5
2
0
virus”
LILACS5
“CLART Pneumovir”
“microarray
Biblioteca
Virtual
em
Saúde6
Web
of
Knowledge
7
and
virus”
respiratory
3
Medline (via Pubmed). Disponível em: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez/. Acessado em 07 de janeiro de 2015.
4
The Cochrane Library (via Bireme). Disponível em: http://cochrane.bvsalud.org/cochrane/main.php?lang=pt&lib=COC.
Acessado em 07 de janeiro de 2015.
5
LILACS (via Bireme). Disponível em: http://lilacs.bvsalud.org/. Acessado em 07 de janeiro de 2015.
6
Biblioteca Virtual em Saúde. Disponível em: http://regional.bvsalud.org/php/index.php?lang=pt. Acessado em 07 de
janeiro de 2015.
7
Web of Knowledge. Disponível em:
https://apps.webofknowledge.com/UA_GeneralSearch_input.do?product=UA&search_mode=GeneralSearch&SID=4Df
XuR8DYw7KGoX4twP&preferencesSaved=. Acessado em 07 de janeiro de 2015.
10
Critérios de Seleção e Exclusão de Artigos
Por se tratar de uma questão sobre avaliação de desempenho de um
dispositivo de teste laboratorial a ser utilizado no diagnóstico de infecções
respiratórias de etiologia viral, sabe-se que dificilmente seriam encontrados
estudos como revisões sistemáticas de ensaios clínicos randomizados. Sendo
assim, as melhores evidências encontradas foram estudos do tipo coorte e
estudos transversais (observacionais) para avaliação do desempenho (acurácia)
do dispositivo comercial CLART® PneumoVir frente as alternativas de
diagnóstico atualmente utilizadas (padrão-ouro), de acordo com a questão de
pesquisa.
Conforme descrito anteriormente, apesar de usar na estratégia de busca
termos de busca amplos (p. ex.: microarray analysis e respiratory tract infections)
e específicos (p. ex.: CLART PneumoVir), foram selecionados somente estudos
que utilizaram o dispositivo comercial CLART® PneumoVir com a finalidade de
pesquisar vírus respiratórios de espécimes clínicos de pacientes com infecção
respiratória. Inicialmente, foram selecionadas 70 evidências a partir das bases
dados científicos (TABELA 1), restando 63 estudos após a retirada das
duplicatas. Após isso, 57 estudos foram excluídos da análise a partir da leitura
de seus resumos, sendo o motivo principal para exclusão, o fato de que não
havia sido utilizado o dispositivo comercial CLART ® PneumoVir nas pesquisas.
Os seis estudos elegíveis (Culebras et al., 2013; Kouni et al., 2012; Huguenin et
al.,2012; Falchi et al., 2011; Frobert et al., 2011 e Renois et al., 2010) após a
etapa anterior foram cuidadosamente examinados através de uma leitura crítica
completa, sendo selecionados apenas duas referências (Huguenin et al., 2012 e
Renois et al., 2010), conforme a pergunta estruturada deste PTC (QUADRO 1).
Os motivos de exclusão para os quatro estudos excluídos encontram-se
descritos na TABELA 2.
Não foram selecionados estudos de avaliações econômicas, estudos de
custo-efetividade e custo-utilidade, relatos de caso e protocolos de estudo. Além
disso, foram selecionados somente estudos completos que foram publicados nas
línguas inglesa, portuguesa ou espanhola.
11
Identificação
Fluxograma da Seleção dos Estudos
Publicações identificadas através
da pesquisa nas bases de dados
Publicações adicionais identificadas
por meio de outras fontes
(n = 70)
(n = 0)
Publicações após a remoção das duplicatas
Seleção
(n = 63)
Publicações selecionadas
(n = 63)
Publicações excluídas,
com justificativas
Elegibilidade
(n =57)
Artigos com texto completo
para avaliar a elegibilidade
(n = 6)
Artigos com texto
completo excluídos,
com justificativas
Incluídos
(n =4 )
Estudos incluídos
(n = 2)
12
TABELA 2: Apresentação de motivos para os estudos excluídos
Estudo
Motivo da exclusão
Culebras E, Betriu C, Vázquez-Cid E, López-
O estudo utilizou o dispositivo comercial
Varela E, Rueda S, Picazo JJ. Detection and
CLART® PneumoVir, mas comparou os
genotyping of human respiratory viruses in
resultados
clinical specimens from children with acute
comercial imunocromatográfico que não está
respiratory tract infections.
previsto no PTC como teste diagnóstico
Rev Esp Quimioter 2013;26(1):47-50.
comparativo (padrão-ouro).
Kouni
S1,
Karakitsos
P,
Chranioti
obtidos
com
outro
ensaio
A,
Trata-se de um estudo que fez o diagnóstico
Theodoridou M, Chrousos G, Michos A.
das infecções respiratórias a partir do
Evaluation of viral co-infections in hospitalized
CLART® PneumoVir, mas não utilizou outro
and non-hospitalized children with respiratory
ensaio para comparar os resultados obtidos.
infections using microarrays.
Este estudo fez uma correlação clínica para
Clin Microbiol Infect. 2013 Aug;19(8):772-7.
validar o resultado obtido no teste.
doi: 10.1111/1469-0691.12015.
Frobert E1, Escuret V, Javouhey E, Casalegno
Este estudo fez uma correlação clínica com
JS, Bouscambert-Duchamp M, Moulinier C,
os resultados obtidos no ensaio de CLART®
Gillet Y, Lina B, Floret D, Morfin F. Respiratory
PneumoVir sem utilizar um outro teste
viruses in children admitted to hospital
diagnóstico como padrã-ouro para validar os
intensive care units: evaluating the CLART®
resultados do primeiro teste.
Pneumovir DNA array.
J Med Virol. 2011 Jan;83(1):150-5.
doi: 10.1002/jmv.21932.
Falchi A1, Turbelin C, Andreoletti L, Arena C,
Apesar deste estudo utilizar dois tipos de
Blanchon T, Bonmarin I, Hanslik T, Leruez-
ensaios
Ville
(PneumoVir
M,
De
Lamballerie
X,
Carrat
F.
comerciais
e
da marca CLART®
FluVir),
não
houve
Nationwide surveillance of 18 respiratory
comparação de seus resultados com uma
viruses in patients with influenza-like illnesses:
alternativa diagnóstica proposta neste PTC.
a pilot feasibility study in the French Sentinel
Network.
J Med Virol. 2011 Aug;83(8):1451-7.
doi: 10.1002/jmv.22113.
13
Avaliação da Qualidade da Evidência
Para a avaliação da qualidade da evidência apresentada foi utilizado o
sistema GRADE, proposto pelo grupo Grades of Recommendation, Assessment,
Development and Evaluation (GRADE).
De acordo com a classificação de GRADE, os artigos selecionados para
este PTC apresentam baixo índice de qualidade, uma vez que se trata de um
estudo transversal e um estudo de coorte, sem nenhum sistema de
randomização, o que aumentaria a qualidade da evidência. Entretanto, os
estudos observacionais são os mais realizados no âmbito clínico-laboratorial,
principalmente, quando o foco de comparação são metodologias diagnósticas.
Como o delineamento do estudo observacional foi o mais encontrado, as
características mais importantes para se considerar uma evidência de qualidade
no âmbito laboratorial devem ser:
- publicação do estudo em uma revista internacional com um bom índice
de impacto para a área laboratorial (por exemplo, índice acima de 2);
- um número amostral significativo, mesmo sabendo que os critérios de
definição amostral para trabalhos de comparação entre metodologias
laboratoriais (validação de ensaios) ainda sejam bastante controversos (por
exemplo, 20 amostras positivas e 20 amostras negativas em ensaios
moleculares qualitativos, segundo protocolos norte-americanos);
- descrição completa e objetiva dos materiais e métodos empregados no
estudo, a fim de que se possa reproduzir a metodologia;
- apresentação clara dos resultados com tratamento estatístico adequado,
quando pertinente;
- discussão dos resultados, elucidando as vantagens e desvantagens das
metodologias testadas.
14
Resultados dos Estudos
Estudo
Tipo de População
Huguenin
n = 138 crianças de
O
et
aproximadamente 1 ano
PneumoVir
de
al.,
2012
idade.
Foram
coletadas 138 amostras
de
aspirados
Desfechos
Resultados
CLART®
CLART® PneumoVir, RT-PCRs e
é
uma
IFD associado à cultura viral
metodologia rápida e
apresentaram as seguintes taxas
acurada.
de detecção global de vírus
ensaio
de
respiratórios: 91, 91 e 70%,
respectivamente (p < 0,001).
nasofaringe.
CLART® PneumoVir e RT-PCRs
apresentaram
99%
de
concordância na detecção de
infecções mistas.
Renois et
n = 39 crianças e 56
O
al., 2010
adultos.
PneumoVir
Foram
ensaio
CLART®
Das 95 amostras coletadas, 31%
é
foram
uma
identificadas
coletadas 95 amostras
metodologia rápida e
influenza
de
acurada.
pandêmica em ambos os ensaios
aspirados
de
A
H1N1
como
cepa
nasofaringe ou swabs
(nested RT-PCR e nos sistemas
nasais.
DNA
microarray).
CLART®
PneumoVir detectou 63,3% de
vírus
parainfluenza,
13,3%
rinovírus e 3% de infecções
mistas na mesma amostragem.
15
Interpretação dos Resultados
Estudo 1 – Huguenin et al., 2012:
Neste estudo foram selecionadas prospectivamente (estudo de coorte)
138 crianças hospitalizadas por bronquiolite em um hospital do norte da França,
durante um ano de estudo, com o objetivo de coletar amostras de aspirados de
nasofaringe para realização de testes de diagnóstico de vírus respiratórios. Logo
após a coleta, uma alíquota das amostras foi enviada ao laboratório para a
realização de cultura viral e IFD e outra alíquota foi armazenada para a
realização posterior do ensaio de CLART ® PneumoVir. Para confirmar os
resultados obtidos com o ensaio de DNA microarray, uma combinação de RTPCRs multiplex e monoplex foi realizada usando o mesmo extraído de
DNA/RNA. Neste estudo, a combinação de RT-PCRs funcionou como um ensaio
padrão-ouro, para que se pudesse fazer uma adequada comparação entre os
testes. Todas as amostras coletadas foram testadas para os diferentes tipos de
testes de diagnóstico que o estudo se propôs. Como esperado, as taxas de
detecção global de vírus respiratórios nas amostras coletadas aparecem mais
elevadas no ensaio CLART® PneumoVir, do que comparado com os ensaios
clássicos – cultura viral e IFD (91 vs. 70%, p < 0,001), tanto em vírus respiratórios
comuns quanto em incomuns. Este resultado pode ser explicado pelo grande
número de espécies de vírus, sorotipos ou subtipos capazes de serem
detectados pelo DNA microarray, bem como pela sua performance de alta
sensibilidade analítica (10 a 100 cópias de genomas virais por tubo de
amplificação). As taxas de detecção viral podem ser comparadas a vários
estudos que utilizaram a RT-PCR multiplex para diagnóstico de vírus
respiratórios, os quais reportaram taxas de 61 a 95% nos casos de bronquiolite
(HEYMANN, 2004; CHOI, 2006; MAHONY, 2008; MARGUET, 2009; STEMPEL
2009). Além disso, o CLART® PneumoVir foi capaz de identificar 85 (67%) de
infecções mistas do trato respiratório, embora nenhuma delas tenham sido
detectadas pelos ensaios convencionais de detecção de vírus respiratórios
(cultura viral e IFD), devido às limitações destas técnicas. Esta taxa de detecção
de infecções respiratórias mistas parece ser elevada, quando comparada a
outras taxas já publicadas que variam de 10 a 45% de co-infecções (HEYMANN,
16
2004; CHOI, 2006; MARGUET, 2009; STEMPEL 2009). Este achado também foi
confirmado pela realização dos ensaios de RT-PCRs multiplex e monoplex. O
estudo relatou a identificação de diversos vírus respiratórios de importância
clínica na bronquiolite, no entanto em nenhum momento citou a presença do
Influenza A H1N1 suíno. Além disso, outra limitação deste estudo, é o fato dos
autores não apresentarem os índices de sensibilidade e especificidade dos
ensaios realizados.
Estudo 2 – Renois et al., 2010:
Trata-se de um estudo prospectivo que coletou 95 swabs nasais ou
aspirados de nasofaringe de 56 adultos e 39 crianças com sintomas clínicos de
infecção respiratória por influenza, que estiveram na emergência de um Centro
Médico Universitário Francês, durante os primeiros 15 dias de outubro de 2009.
Dois ensaios de DNA microarray (CLART® PneumoVir e CLART® FluAVir) foram
utilizados para detectar 21 diferentes tipos e subtipos de vírus respiratórios
(incluindo influenza A H1N1 cepa pandêmica). O teste CLART® FluAVir foi
realizado somente para detectar a presença dos vírus influenza A nos espécimes
clínicos coletados. A sensibilidade diagnóstica e especificidade para cada vírus
foi previamente determinada por uma avaliação comparativa destes dois novos
sistemas de DNA microarray com uma técnica clássica de nested RT-PCR
(padrão-ouro). A acurácia do ensaio de DNA microarray em termos de
especificidade e sensibilidade foi extremamente controlada durante as etapas de
extração e amplificação através do uso de um controle interno e, durante a
hibridização, com pelo menos três sondas por cada alvo detectado. Os dois
ensaios de DNA microarray foram utilizados de forma concomitante,
apresentando os mesmos resultados (31% de positividade das 95 amostras
testadas) para detecção do vírus influenza A H1N1 cepa pandêmica, comparado
a técnica clássica de nested RT-PCR. Dessa forma, em ambas técnicas houve
uma concordância de 100% entre os resultados. Em relação à detecção do vírus
influenza A o estudo não diferenciou os resultados para cada tipo de sistema de
microarray. Ficou subentendido que o ensaio de CLART® PneumoVir foi utilizado
para detectar 16 vírus respiratórios, sendo que não ficou claro se o teste foi
capaz de detectar vírus influenza. Entretanto, o dispositivo comercial CLART®
17
PneumoVir foi capaz de detectar com elevada sensibilidade um número grande
de genótipos de vírus parainfluenza e rinovírus (63,3% e 13,3% das amostras
testadas, respectivamente), quando comparado com o uso da nested RT-PCR
em outros estudos de referência. Ademais, o uso do CLART® PneumoVir
conseguiu detectar a presença de 5 casos de co-infecções (3% do total de
amostras testadas), um número bastante baixo quando comparado ao estudo
anterior. Outra limitação deste estudo está em relação à população estudada,
visto que os autores não diferenciaram o tipo de ensaio de DNA microarray que
foi utilizado na população de crianças, especificamente. Logo, os resultados
apresentados não indicam somente o desempenho do CLART® PneumoVir, mas
do uso concomitante do CLART® PneumoVir e CLART® FluAVir.
Recomendações
Acredita-se que esta tecnologia possa desempenhar um importante papel
no campo do diagnóstico de infecções respiratórias. É um ensaio molecular que
tem a capacidade de detectar múltiplos vírus respiratórios em espécimes clínicos
de uma única vez, visto que utiliza um painel molecular que pode pesquisar até
19 tipos de vírus respiratórios. A execução de um único ensaio dispensa o uso
de uma combinação de outros ensaios para poder aumentar o espectro de
diagnóstico, bem como a utilização de mais de uma reação de RT-PCR. Além
disso, este teste pode ser executado no laboratório clínico em até 08 horas, o
que possibilita a liberação de um exame para pesquisa de vírus respiratórios no
mesmo dia em que foi coletada a amostra. Apesar do baixo número de estudos
comparativos desta nova tecnologia frente aos ensaios tradicionais e RT-PCR,
o dispositivo comercial CLART® PneumoVir demonstrou índices de sensibilidade
superiores às técnicas comparadas, bem como a possibilidade de diagnosticar
laboratorialmente uma infecção viral mista.
Conclusão
Recomendação fraca a favor da tecnologia.
18
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