ZOL820 – Sistemática Molecular- Quinto Tutorial Prof. Almir R

ZOL820 – Sistemática Molecular- Quinto Tutorial
Prof. Almir R. Pepato
Aluno:
Programas/Algoritmos a serem abordados:



jModeltest
MEGA5
MrBayes
Instruções básicas:
Não pule nenhum passo, siga com a turma cada etapa deste tutorial. Lembre-se: Ele é parte
de sua avaliação. Você deve preenchê-lo de maneira sucinta mas completa, eventualmente
com a captura de telas (Ctrl+PrtScr e Ctrl+V). Ao final da aula, mande o arquivo para
[email protected] com o assunto “Tutorial DATA ALUNO”.
1.MEGA5
1.1- Caarregue o arquivo “primate-mtDNA.nex”. No menu principal do MEGA entre
em “Models | Find Best DNA/Protein models (ML)”. Repare que uma das opções da
tela que se abre é “tree to use”: O que ela significa para a análise? Quais são as opções
deste item? Por quê?
1.2 Clique em “Compute”. Qual é o melhor modelo conforme o BIC? Que outras
informações são fornecidas pelo programa?
2.jModeltest
2.1. Instalando e iniciando o programa. O jMODELTEST.jar pode ser baixado
livremente no site http://darwin.uvigo.es/software/jmodeltest.html. Ele roda em Java
portanto você precisa ter o ambiente Java rodando em seu computador
(http://www.java.com/pt_BR/download/index.jsp). Depois de clicar duas vezes no ícone
do arquivo .jar, o programa deverá abrir. Caso isso não ocorra entre no prompt de
comandos e digite ‘‘java –jar jModeltest.1.0.jar’’).
2.2. O primeiro passo será o de carregar o alinhamento a ser testado. Carregue o
alinhamento contido no arquivo “primate-mtDNA.nex” através do caminho: “File > Load
DNA alignment”.
2.3 A qualquer momento você pode salvar tudo o que aparece na tela do programa
usando o caminho ‘‘Edit > Save console’’ ou imprimi-lo utilizando o caminho ‘‘Edit >
Print console’’. Experimente a primeira opção. Abra o arquivo resultante com o Bloco
de Notas ou outro editor de textos.
2.4. Computando as verossimilhanças dos modelos. Existem 88 modelos
implementados no jMODELTEST, incluindo 11 esquemas de substituição, freqüências
nucleotídicas iguais e desiguais, porporção de sítios invaráveis e variação na taxa de
substituição entre os sítios. Você pode selecionar os modelos a serem considerados na
tela baixo, que você pode abri-lá seguindo o caminho “Analysis > ‘‘Compute likelihood
scores’’ Observe as opções apresentadas pela janela e discuta cada uma delas.
O primeiro passo será calcular as verossimilhanças. Para isso basta pressionar o botão
“Compute Likelihods”. Teremos que fazer isso duas vezes. Uma com a topologia fixa,
para a hLRT e outra onde podemos otimizar a topologia para cada modelo (“ML
optimized”) para AIC e BIC. Por quê?
2.5. Seleção de Modelos. Uma vez que as verossimilhanças dos modelos foram
estimadas passamos para a comparação entre os modelos a partir do menu ‘‘Analysis”.
2.5.1. A janela para a escolha dos modelos através de LRTs pode ser vista abaixo.
Repare que você pode escolher a ordem em que os modelos são comparados. Há
estudos que mostram que hLRT é sensível a ela! Qual modelo foi escolhido utilizando
esse critério?
2.6.Repita o cálculo da verossimilhança dos modelos utilizando a opção “ML
optimized”. Empregue agora os critérios AICc e BIC. Quais modelos foram
selecionados?
1.7. Selecionando modelos utilizando fatores Bayesianos. Rode duas análises com modelos
distintos empregando o arquivo “primate-mtDNA.nex” e parâmetros de análise adequados.
Compare os valores Bayesianos estimados a partir da média harmônica da lnL. Mostre os
resultados abaixo.