Capítulo 6 – Mecanismos genéticos básicos Capacidade das células manterem alto grau de ordem através de vários processos: Síntese de RNA e de proteína; Reparação do DNA; Replicação do DNA; Recombinação genética; Vírus e plasmídeos. Sítnese de RNA e de proteína Metade da massa da célula proteína sintetizada nos ribossomas; Mecanismo da síntese de proteínas: o Núcleo: DNA (codifica a proteína) transcrição mRNA; o Citoplasma: Cada um dos 20 aa ligados à sua molécula específica de tRNA; Subunidades dos rbss carregadas com factores proteícos acessórios rbss funcional. Início da síntese proteica. mRNA desloca-se pausadamente no ribossoma – sequência de nucleótidos tradução sequência de aa correspondente. RNA polimerase: o Copia o DNA em RNA transcrição; o A nova cadeia de RNA cresce na direcção 5’3’; o É complementar, em sequência, à cadeia molde de DNA. o Mecanismo: 1) A RNA polimerase liga-se à sequência de DNA específica – sítio de iniciação – que sinaliza o início da síntese; 2) A RNA polimerase abre uma região específica na dupla hélice para expôr os nucleótidos do segmento de DNA em cada cadeia uma das cadeias serve de molde para o emparelhamento de bases complementares dos monómeros de robinucleósidos trifosfato disponíveis; 3) 2 ribonucleósidos são ligados pela ribonuclease para iniciar a transcrição 4) A cadeia de RNA cresce pela a adição de um nucleótido de cada vez; 5) O alongamento continua até a RNA polimerase encontrar uma sequência de DNA específica (codão STOP) libertação das 2 cadeias e a cadeia de RNA formada. Apenas regiões seleccionadas do cromossoma são utilizadas para produzir moléculas de RNA. Somente uma cadeia de DNA é usada como molde para produzir RNA: o RNA sintetisado: Complementar à cadeia molde; Correspondente à sequência de nucleótidos que não serviu de molde. Promotor: o Sequência orientada de DNA que dirige a RNA polimerase para uma ou outra direcção (sempre 5’3’!) determina a cadeia de DNA a ser copiada. Proteínas reguladoras de genes: o Ajudam a determinar quais as regiões do DNA que são transcritas pela RNA polimerase papel fundamental na determinação de quais as proteínas sintetisadas pela célula. Procariotas mRNA directamente transcrito do DNA; Eucariotas mRNA transcrito excisão de intrões do RNA (splicing – no núcleo). o Sofre alterações a maior parte do DNA transcrito é extensivamente alterado!; o Exões: sequências codificadoras; o Intrões: sequências não codificadoras. tRNA: o Actuam como adaptadores que traduzem sequências de nucleótidos em proteínas; o Através de uma das suas extremidades liga-se a um codão específico do mRNA; o A outra extremidade liga-se ao aa específico para aquele codão; o Permite o alimento dos aa de acordo com a sequência de nucleótidos do mRNA; o Cada um tRNA carrega apenas um dos vinte aa proteinogénicos, mas cada um dos vinte aa tem pelo menos um tRNA a ele associado, podendo ter mais; o tRNA que transporta a glicina: tRNAgly; o A sua conformação tridimensional é em L: Extremidade carboxi-terminal (3’) para o aa; 3 nucleótidos que constituem o anti-codão. o Par codão-anticodão: Permite que cada aa seja inserido numa cadeia crescente de proteína, de acordo com o que está determinado na sequência de nucleótidos do mRNA permite que o código genético seja usado para traduzir sequências de aa que formarão proteínas!. Portanto! – Funções do tRNA Código genético: função de “adaptador” da molécula de tRNA usado para traduzir sequências de nucleótidos; Ligação do aminoácidos: o Activação do aa o processo de activação é necessário para a síntese de proteínas porque só quando activados os outros aa se podem ligar à cadeia polipeptídica crescente... o Gera ligação muito energética na extremidade... Ligação peptídica Ligação do aa ao tRNA respectivo: o Mediada pelas [aminoacil-tRNA sintetases] acopulam cada aa ao seu conjunto apropriado de moléculas de tRNA: tRNA + aa = aminoacil-tRNA. o Existe uma sintetase distinta para cada aminoácido 20 sintetases para cada. A síntese proteica ocorre da extremidade amino-terminal para a extremidade carboxi-terminal (onde se liga o novo aa pelo seu grupo amino-livre; Extremidade carboxil crescente da cadeia polipeptídica permanece activada pela sua ligação covalente com o tRNA: o A ligação (peptidil-tRNA) que activa a extremidade crescente é regenerada cada aa carrega consigo a energia necessária para a adição do próximo aa a ligação covalente é rompida e imediatamente substituida em cada ciclo. O código genético é degenerado: o Mais do que um tRNA para cada aminoácido; o Um tRNA pode emparelhar com mais de um codão; o Sequência do mRNA 3 nucleótidos = 1 aa = 64 codões possíveis: 3 codões STOP; 61 codões para 20 aa um aa especificado por mais de um codão: Emparelhamento oscilante emparelhamento preciso apenas nos dois primeiros codões. Ribossomas: o Síntese de proteínas representam um complexo catalítico para guiálas; o Grandes complexos de moléculas de RNA e proteínas (muitas foram pouco conservadas durante a evolução! muitas não são essenciais às funções do ribossoma; o Duas subunidades: Subunidade menor: Cataliza a formação das ligações peptídicas. Subunidade maior: Liga o mRNA e o tRNA; Varia o seu tamanho mas a sua estrutura é mantida. o rRNA: Papel fundamental nas suas actividades catalíticas (as proteínas apenas melhoram esta função). o Deslizam pausadamente ao longo da cadeia de mRNA; o Três sítios de ligação (na subunidade menor): Um para o mRNA; Dois para o tRNA: Sítio P: o Sítio de ligação peptidil-tRNA; o Prende o tRNA que está ligado à cadeia polipeptídica; Sítio A: o Sítio de ligação aminoacil-tRNA; o Prende o t-RNA carregado com aa. Os sítios A e P estão tão próximos um do outro que as duas moléculas de tRNA são forçadas a emparelhar com codões adjacentes na molécula de mRNA; A molécula de tRNA só permanece firmemente ligada a qualquer um dos sítios se o seu anticodão emparelhar com o codão complementar na molécula de mRNA que está ligada ao ribossoma. Processo de alongamento da cadeia polipeptídica – ciclo de 3 etapas: o 1) Uma molécula de aminoacil-tRNA liga-se ao ribossoma no sítio A desocupado (adjacente ao sítio P ocupado) emparelhamento com os 3 nucleótidos (codão) expostos no sítio A; o 2) A extremidade carboxil da cadeia polipeptídica separa-se da molécula de tRNA no sítio P e liga-se por ligação peptídica o aa seguinte [peptidil trasferase]; o 3) O novo peptidil-tRNA localizado no sítio A é translocado para o sítio P, enquanto o ribossoma desliza sobre 3 nucleótidos ao longo da cadeia de mRNA hidrólise de uma moléula de GTP. Deslocamento dos ribossomas ao longo do mRNA: o Direcção 5’3’ (direcção de síntese do RNA); o Síntese da proteína consome muita energia! ligações de fosfato de alta energia são quebradas para fazer cada nova ligação peptídica: 2 para carregar cada cada molécula de tRNA e 1 aa; 2 direccionam etapas no ciclo da reacção: 1 para a ligação do aminoacil-tRNA (etapa1); 1 para a translocação do ribossoma (etapa 2). Libertação da cadeia de aminoácidos do ribossoma: o Quando um dos 3 codões STOP é alcançado: UAA | UAG | UGA (no mRNA). o Factores de libertação: Proteínas citoplasmáticas que se ligam a qualquer codão que alcance o sítio A no ribossoma; Alteração da actividade da [peptidil-transferase] cataliza a adição de água em vez de um aa ao peptidil-tRNA. Libertação da extremidade carbxilo da cadeia polipeptídica crescente, a partir da sua ligação com uma molécula de tRNA como só esta ligação prende a cadeia polipeptídica crescente ao ribossoma... libertação da cadeia para o citoplasma Dissociação das duas subunidades do ribossoma Podem actuar num novo mRNA e iniciar um novo cilco de síntese. Processo de iniciação: o Estabelece o quadro de leitura para a síntese da proteína: Sequência de RNA 3 quadros de leitura possíveis depende do codão onde se inicia a leitura (!). o Fase de iniciação na síntese proteica: As duas subunidades do ribossoma deslocam-se até ao ponto exacto do mRNA onde a cadeia polipeptídica é iniciada; Processo de iniciação catalizado por proteínas – factores de iniciação (IFs), que podem ser compostos por várias cadeias polipeptídicas. o Ligação do ribossoma ao mRNA: 1) Subunidade menor carregada com factores de iniciação encontra o codão de iniciação (AUG); 2) Ligação da subunidade maior. o Síntese proteica: O ribossoma liga-se ao Aminoacil-tRNA no sítio P: Onde normalmente só se ligam moléculas peptidil-tRNA. tRNA iniciador: transporta metionina inicia cada cadeia polipeptídica todas as proteínas recém sintetizadas têm metionina como o seu resíduo amino-terminal. o Local correcto de iniciação do mRNA: Seleccionado pela subunidade menor, actuando conjuntamente com factores de iniciação. Somente uma espécie de cadeia polipeptídica é usualmente sintetizada a partir de cada molécula de mRNA em eucariontes: o mRNA várias sequências de AUG codificam a metionina: Apenas uma é reconhecida pelo tRNA iniciador codão de iniciação; Outras sequências AUG codificam metionina intermédia. o Os RNAs eucarióticos são exclusivamente extensivamente modificados no núcleo após a sua transcrição: Adição de uma estrutura peculiar – o “cap” (resíduo de 7-metilguanosina na extremidade 5’; Adição de aproximadamente 200 resíduos adenílicos (poli A) na eextremidade 3’. o Mecanismo: (A) Subunidade ribossomal menor liga-se à extremidade 5’ da cadeia de mRNA: Auxiliada pelo reconhecimento do ‘cap’ (resíduo de 7metil-guanosina – modificação introduzida no núcleo); Para a maioria do RNAs eucarióticos, após ter sido reconhecido o codão de inicação próximo da extremidade 5’, nenhum dos muitos outros codões AUG mais distantes funcionam como sítios de iniciação. (B) Desliza ao longo da cadeia de mRNA: Transporta o seu tRNA ligado à procura de um codão de iniciação AUG. Adição de uma série aproximada de 200 resíduos adenílicos (“poli A”) na extremidade 3’; Selecção do codão de inicação: Aparentemente pouco rigorosa a subunidade menor selecciona a primeira AUG que encontra. o RNA bacterianos: Não têm a estrutura ‘cap’ mas possuem uma sequência específica com 6 nucleótidos mais ou menos, em várias regiões um pouco antes de cada AUG Codificam várias proteínas saparadas, a partir de um mesmo mRNA policistrónicos. o RNA eucarióticos: Traduzem apenas uma espécie de cadeia polipeptídica monocistrónicos. Polirribossomas: o Formados por vários ribossomas espaçados (aproximadamente 80 nucleótidos de distância), ao longo de uma única molécula de mRNA; o Uma série de ribossomas podem traduzir simultâneamente a mesma molécula de mRNA; o Iniciações múltiplas geralmente acontecem em cada molécula de mRNA que está a ser traduzida. Inibidores da síntese de proteínas em seres procariontes – úteis antibióticos: o Se inibirmos a síntese proteica da bactéria ela morre! (eheheh); o Exemplo: Estreptimicina: Impede a transcrição do complexo de iniciação para o alongamento da cadeia no ribossoma; Causa leitura errada. o Mas... os ribossomas das mitocôndrias eucarióticas são semelhantes ao ribissomas procarióticos quanto à sensibilidade a inibidores alguns antibióticos podem ter um efeito negativo para as mitocôndrias humanas! o Parte das drogas explora as diferenças estruturais e funcionais entre os ribossomas dos seres procariontes e eucariontes de modo a interferir principalmente no funcionamento dos primeiros. o Cloranfenicol = atinge os ribossomas das mitocôndrias; Cicloeximida = atinge ribossomas do citosol; Diferença na sensibilidade da síntese de proteínas às drogas forma poderosa de determinar em que compartimento celular uma determinada proteína é sintetizada. Evolução da síntese proteica: o Por que existem moléculas rRNA e como podem elas ser tão dominantes na estrutura e função dos ribossomas? Nos ribossomas bacterianos as moléculas de rRNA demonstram ter funções catalíticas na síntese proteica; Principal rRNA da subunidade menor [peptidil transferase]; rRNA da subunidade menor forma uma curta hélice emparelhada com a sequência do sítio de iniciação das moléculas de mRNA bacteriano, posicionando o codão de iniciação: Síntese de proteína depende muito de um grande número de proteínas que estão ligadas ao rRNA do ribossoma; Moléculas de RNA podem actuar como enzimas; Moléculas de rRNA podem ter actuado com um ribossoma inteiro. [RESUMO] Síntese de RNA e proteína: Antes da síntese mRNA produzido por transcrição do DNA; Depois: o Subunidade menor do ribossoma liga-se à molécula de mRNA no sítio de iniciação (AUG) reconhecido pelo tRNA iniciador; o Subunidade maior do ribossoma liga-se para completar o ribossoma e iniciar a fase de alongamento da síntese proteica; o Cada aminoacil-tRNA, com um aa específico, liga-se sequencialmente ao codão apropriado do mRNA, formando um emparelhamento de bases complementares com o anticodão do tRNA; o Cada aa é adicionado à extremidade carboxiterminar do polipeptídeo crescente, em 3 etapas: Ligação do aminoacil-tRNA; Formação da ligação peptídica [peptidil-transferase]; Translocação do ribossoma. Ribossoma: o Progride de codão em codão na direcção 5’3’ ao longo da molécula de mRNA; o Até alcançar um dos 3 codões de STOP (UAA | UAG | UGA) o factor de libertação liga-se ao codão de STOP terminação da tradução e libertação da cadeia polipeptídica completa do ribossoma. Reparação do DNA Sobrevivência do indivíduo depende da estabilidade genética! mecanismos de reparação do DNA de muitas lesões acidentais. Mutação: o Pode destruir um organismo se ocorrer em posção vital do DNA; o A maioria das mutações são temporárias são eliminadas através da reparação; o Um único gene que codifica uma proteína de tamanho médio sofrerá uma mutação em cada 106 gerações a taxa de mutação pode ser estimada através da observação da taxa de mutações genéticas espontâneas que ocorrem numa grande população de células num curto período de tempo. Sequências de DNA mantidas com alta fidelidade: o Proteínas cuja sequência não é importante: Os genes que as codificam podem acumular mutações sem serem seleccionados; Fibrinopeptídeos resíduos de proteína: fibrinogéneos, quando está activado pode formar fibrina, durante a coagulação do sangue. A maioria das mutações nas proteínas são letais e são eliminadas pela selecção natural: o Quanto mais longo o período a partir da divergência das espécies, maior o número de diferenças; o Mudanças nas sequências de aminoácidos mais danosas para algumas proteínas do que para outras indivíduos portadores de mutações muito danosas eliminados por selecção natural; Baixas taxas de mutação são necessárias para a vida: o A maioria das mutações é letal nenhuma espécie pode acumular em alta taxa nas células: Células germinativas: devem ser protegidas contra altas taxas de mutações para manter a espécie; Células somáticas: devem ser protegidas de mudanças genéticas para resguardar o indivíduo. Mudança de nucleótidos pode originar células variantes algumas crescem mais rapidamente proliferação celular descontrolada cancro. Perpetuação de uma espécie; (estabilidade das células germinativas) Prevenção do cancro resultante de mutações em células somáticas. (estabilidade das células somáticas) Depende da alta fidelidade com a qual as sequências de DNA são mantidas Baixas taxas de mutação significam que os organismos relacionados devem ser compostos pelas mesmas proteínas: o Proteínas de Baleias vs Proteínas de Humanos muito semelhantes! No entanto... Baleias ≠ Humanos... Mutações evolutivas produziram ≠as orfológicas tão marcantes devem envolver poucas mudanças nas moléculas. o ≠as morfológicas surgiram a partir das ≠as no: Padrão temporal e espacial; Expressão génica durante o desenvolvimento embrionário. Se deixadas sem correcção, as lesões espontâneas mudariam rapidamente as sequências do DNA: o Gene muito pequeno: Caso contrário o grande número de genes não caberia no núcleo da célula; Por ser tão pequeno esperáva-se que um gene sofresse mudanças significativas por colisões térmicas aleatórias o DNA sofreu grandes alterações resultantes de flutuações térmicas. o 5000 bases púricas (A e G) são perdidas por dia do DNA de cada célula humana devido à disrupção térmica das suas ligações N-glicosídicas à desoxirribose Depurinação; Era esperado que a maioria das mudanças promovesse delecções numa ou mais bases na cadeia-filha do DNA, após a sua replicação ou promovesse substituição no emparelhamento de bases. o Desaminação: C U; o Mudanças aleatórias no DNA: (Só as mudanças estáveis se acumulam na sequência de DNA) Por energia do calor; Por acidentes metabólicos. o Mudanças acidentais de bases no DNA são eliminadas reparação do DNA necessária em caso de alterações espontâneas: Exemplo: os sítios de cada nucleótido que são conhecidos sofreram modificações por lesão oxidativa espontânea, ataque hidrolítico, metilação descontrolada, grupo metil doador de Sadenosil-metionina. Mecanismos de reparação: o Catalizados por ≠s conjuntos de enzimas; o Dependem da existência de duas cópias da informação genética uma em cada cadeia da dupla-hélice de DNA: Se a sequência de uma das cadeias é acidentalmente modificada a informação não é irrecuperavelmente perdida uma cópia complementar da cadeia alterada permanece na sequência de nucleótidos da outra cadeia. o Reparação do DNA – 3 etapas: 1) Porção alterada da fita de DNA danificada é reconhecida e retirada por [nucleases de reparação] do DNA hidrolizam as ligações fosfodiéster que mantêm os nucleótidos danificados ligados ao resto da molécula de DNA, deixando uma pequena falha na hélice de DNA; 2) A [DNA polimerase] liga-se à extremidade 3’-OH da cadeia de DNA cortada e preenche a falha, fazendo uma cópia complementar da informação contida na cadeia intacta (molde); 3) A [DNA ligase] completa o processo de restauração. o A [DNA polimerase] e a [DNA ligase] têm um papel tanto na replicação como na reparação do DNA; o [DNA polimerase] cataliza a adição de um desoxirribonucleótido na extremidade 3’-OH de uma cadeia polinucleotídica (fita iniciadora), que está emparelhada com uma segunda cadeia cadeia molde sintetizase uma nova cadeia na direcção 5’3’. As lesões no DNA podem ser removidas por vários processos: o Excisão na reparação do DNA depende do tipo de lesões: Exemplo: Depurinação (lesão mais frequente) deixa uma desoxirribose com uma base a menos açúcar exposto reconhecimento por uma enzima [AP nuclease]. o [DNA ligase]: Completa o processo de restauração; Enzima que une uma ponte fosfoéster quebrada; 1ª etapa usa ATP para activar a extremidade 5’ da falha; 2ª etapa forma a próxima ponte. Reparação de DNA 2 vias principais: o Reparação por excisão de bases; o Reparação por excisão de nucleótidos. Reparação por excisão de bases: o Envolve [DNA glicolases]: Reconhecem uma base alterada no DNA e catalisam a sua remoção por hidrólise; Exemplo: [Uracil DNA glicolase] remove a citosina do DNA acidentalmente desaminado. Reparação por excisão de nucleótidos: o Remove qualquer tipo de lesão do DNA que produza uma extensiva mudança na dupla-hélice de DNA; o Complexo multienzimático examina o DNA à procura de uma distorção na dupla-hélice: Exemplo: dímeros de pirimidina (T-T, T-C e C-C), causados pela luz solar. o Quando a lesão é encontrada: a cadeia da fosfodiéster da cadeia anormal é clivada em ambos os lados da distorção (lesão) é removida da duplahélice do DNA pela [DNA helicase]; o A falha produzida na hélice de DNA é reparada como é normal pela: [DNA polimerase]; [DNA ligase]. o Xeroderma pigmentosum: Indivíduos que possuem defeitos no processo de reparação por excisão de nucleótidos desenvolvem várias lesões na pele (incluindo cancro) devido à acumulação de dímeros. As células podem produzir enzimas de reparação de DNA em resposta a lesões causadas no DNA: o Células possuem mecanismos que permitem produzir enzimas de reparação de DNA como resposta de emergência a lesões causadas no DNA; o Resposta SOS na E. Coli: qualquer bloqueio na replicação de DNA causado por lesões produz um sinal que induz a transcrição de genes que codificam proteínas que actuam na reparação do DNA; o O sistema de reparação de DNA activado na resposta SOS não é o único sistema induzível: Outro sistema (também nas bactérias): activado pela presença de nucleótidos metilados no DNA. A estrutura e a química da dupla-hélice de DNA facilitam a reparação: o Dupla-hélice de DNA favorável à reparação; o RNA surgiu antes do DNA... Por que razão o U do RNA foi substituido pelo T do RNA? A desaminação espontânea da C converte C U, facto reconhecido como inofensivo pela [uracil DNA glicosilase] Assim, a desaminação é possível no DNA produz uma base artificial é directamente reconhecida por uma [DNA glicosilase] específica. o DNA cópias separadas da informação genética nas duas cadeias da dupla-hélice é muito improvável que ambas as cadeias sejam simultaneamente lesadas no mesmo par de bases se acontecesse, a célula ficava sem uma cópia directa para servir de molde para a reparação do DNA mesmo nestes casos, as células desenvolveram alguns mecanismos para reparar a lesão! necessitam de uma segunda hélice de DNA com a mesma sequência, presente na célula Conversão genética mecanismos de recombinação genética para transferir a informação perdida de uma hélice de DNA para outra. [RESUMO] Reparação de DNA: Processos químicos inevitáveis usam milhares de nucleótidos por dia numa célula informação genética pode ser armazenada de forma estável nas sequências de DNA possibilitada pela existência de enzimas de reparação que examinam continuamente o DNA e substituem nucleótidos lesados; Reparação do DNA depende da presença de uma cópia separada da informação genética na dupla-hélice de DNA; Lesão acidental pode ser excisada por uma enzima de reparação uma cadeia nova e intacta pode ser sintetizada a partir da informação contida na cadeia não lesada; Mecanismos de reparação: o Por excisão de bases: Base alterada retirada por [DNA glicosilases] segue-se a excisão do açucar fosfato; o Por excisão de nucleótidos: Pequena região da cadeia em torno da lesão retirada da hélice de DNA. A falha deixada pela excisão preenchida pela acção da [DNA polimerase] e [DNA ligase]. Replicação do DNA É necessário duplicar o DNA antes de cada divisão celular! o Replicação do DNA muito mais lenta em mamíferos que nas bactérias. Emparelhamento de bases fundamenta tanto a replicação como a reparação do DNA: o Porção seleccionada de uma cadeia de DNA: Sequência de nucleótidos copiada por emparelhamento complementar de bases numa sequência complementar de ácidos nucleicos; Este processo requer: o O reconhecimento de cada nucleótido presente no DNA e um nucleótido complementar; o As duas cadeias da dupla-hélice de DNA sejam separadas pelo menos transitoriamente, para que as pontes de hidrogénio dos grupos doadores e receptores de cada base fiquem expostas para o emparelhamento; [DNA polimerase] substrato: desoxirribonuclósidos trifosfato polimerizados num molde de DNA de cadeia simples; [RNA polimerase] substrato: ribonucleósidos trifosfato; DNA é replicado semi-conservatoriamente pela [DNA polimerase] A forquilha de replicação de DNA é assimétrica: o Forquilha de replicação de DNA: Região localizada de replicação que se desloca ao longo da duplahélice do DNA parental; Forma de Y; O DNA de ambas as novas cadeias é sintetizado por um complexo enzimático que contém [DNA polimerase]. o Orientação anti-paralela da duas cadeias de DNA da dupla-hélice... mas não se conhece nenhuma [DNA polimerase] que actue no sentido 3’5’! Como se processa a síntese de DNA na direcção 3’5’? Replicação bidireccional a partir da origem polimerização apenas no sentido 5’3’ Levanta um problema na forquilha de replicação... Cadeia líder a cadeia molde é 3’5’; Crecimento contínuo Cadeia retardada (lagging) a cadeia molde é 5’3’. Crescimento retardado A [DNA polimerase] vai formando pequenos fragmentos de 5’3’, uns a seguir aos outros, na direcção 3’5’ Fragmentos de Okasaki. Fragmentos de Okasaki: o Sintetizados na direcção 5’3’ da cadeia, juntando-se após a sua síntese para formar cadeias longas de DNA; o Juntam-se graças à [DNA ligase] Une as aberturas formadas durante a reparação do DNA. Forquilha de replicação: o Estrutura assimétrica; o Síntese da cadeia líder: Precede-se à síntese da cadeia lagging é retardada porque tem de esperar que a cadeia líder exponha a fita molde, onde o fragmento de Okasaki é sintetizado. Alta fidelidade da replicação do DNA requer um mecanismo de verificação: o [DNA polimerase] aceita emparelhamento incorrecto entre o nucleótido molde e o recém chegado; Assim, o nucleótido novo pode ser incorporado na nova cadeia de DNA mutação!; Verificação depende das propriedades especiais da [DNA polimerase]: Ao contrário da [RNA polimerase] não inicia a uma cadeia polinucleotídica pela ligação de 2 nucleótidos entre si; Necessita da extremidade 3’-OH de uma fita iniciadora (primer) para adicionar mais nucleótidos Logo, moléculas de DNA com um nucleótido não emparelhado na extremidade 3’-OH da fita iniciadora, isto é, não há primer ineficaz como molde. o [Exonuclease de verificação 3’5’]: A DNA polimerase funciona como “enzima com autocorrecção”, removendo todos os seus próprios erros de polimerização à medida que desliza ao longo da molécula de DNA. o [RNA polimerase]: Envolvidas na transcrição do gene; Não precisam de ser autocorrectivas os erros do RNA não passam para a geração seguinte a molécula defeituosa não tem significado; São capazes de iniciar cadeias polinucleotídicas sem iniciador; o Replicação do DNA: Só na direcção 5’3’ é muito fácil corrigir um erro de emparelhamento numa base acabada de ser adicionada na extremidade 5’ da cadeia de DNA. Enzima especial de polimerização de nucleótido sintetiza moléculas iniciadoras de RNA na cadeia retardada: o [DNA primase] utiliza ribonucleósidos trifosfato síntese de cadeias curtas de RNA iniciador (~10 nucleótidos) feitos espaçadamente na fita retardada, onde são alongados pela [DNA polimerase], para iniciar o fragmento de Okasaki; o A síntese de cada fragmento de Okasaki termina quando a [DNA polimerase] desliza até ao RNA iniciador preso na extremidade 5’ do fragmento anterior; o A [primase] pára a síntese de polinucleótidos fazendo com que a extremidade 3’-OH dos iniciadores fique livre para a DNA polimerase; o Para se produzir uma cadeia contínua de DNA a partir de fragmentos de DNA feitos na cadeia retardada sistema de reparação degrada o RNA iniciador mais antigo e substitui por DNA em seguida a [DNA ligase] une a extremidade 3’ do novo fragmento de DNA à 5’ anterior. Proteínas especiais ajudam a separação da dupla-hélice à frente da forquilha de replicação: o Dupla-hélice de DNA tem que ser aberta na frente da forquilha de replicação para que os nucleótidos recém-chegados possam emparelhar com a cadeia molde; o [DNA polimerase] Só podem captar o DNA quando a fita molde já estiver separada da sua fita complementar são necessárias proteínas adicionais para ajudar na separação da hélice possibilitando a exposição da fita molde para que esta possa ser copiada pela [DNA polimerase]; o 2 tipos de proteínas: (Adicionais de replicação) [DNA helicase]; Proteínas ligadoras de DNA fita simples. o [DNA helicases] Usam ATP; Deslocam-se rapidamente ao longo de uma molécula de DNA de cadeia simples quando encontram uma região de dupla-hélice deslocam-se ao longo da cadeia, abrindo a hélice como uma alavanca antes da actuação da [DNA polimerase]; Existem duas: para se deslocarem em direcções opostas ao longo de um DNA de cadeia simples. o Proteínas de ligação à cadeia simples de DNA (single stranded DNA biding proteins): Proteínas destabilizadoras da hélice; Ligam-se às cadeias simples de DNA evitando o reemparelhamento; SSB: ligam-se às cadeias expostas do DNA, sem cobrir as suas bases permitem que estas fiquem disponíveis para servir de molde ajudam as DNA helicases, estabilizando a conformação desenrolada da cadeia simples impedem a formação de pequenas hélices a partir dos grampos. NOTA: as DNA polimerases têm tendência a sintetizar apenas um pequeno cordão de nucleótidos antes de deixarem uma cadeia molde de DNA permite que sejam recicladas assim que acabam um fragmento de Okasaki e iniciem outro. Mas dificulta a síntese de longas fitas de DNA na forquilha de replicação há ajuda de uma proteína acessória – cinta regulada. As proteínas na forquilha de replicação cooperam para formar uma máquina de replicação: o Proteínas juntas complexo multienzimático desloca-se ao longo do DNA; o Enzimas/proteínas a reter no processo de replicação de DNA: 1) DNA primase; 2) DNA polimerase; 3) DNA helicase; 4) SSPB; 5) DNA ligase. o A [DNA helicase] e a [DNA primase] estão directamente ligadas formando uma só unidade na cadeia retardada chamada primossomo. Sistema de verificação de um emparelhamento incorrecto remove os erros de replicação que escapam: o Este sistema é independente da presença de nucleótidos anormais no DNA ele detecta a distorção no lado externo da hélice, resultante de uma inadequação entre pares de bases não complementares; o O sistema de verificação de erros tem que ser capaz de distinguir e remover o nucleótido emparelhado incorrectamente apenas na cadeia nova, onde ocorreu o erro de replicação Proteína Mut S liga-se a um par de bases com emparelhamento incorrecto; Proteína Mut L quando a falha é encontrada esta enzima começa a degradação da cadeia. o Erro na cadeia recém-sintetizada ligação das proteínas verificadoras de emparelhamento incorrecto (P. Mut S) Remoção da cadeia (P. Mut L) reparação por síntese de DNA; o Na E. Coli, o reconhecimento acontece exclusivamente na cadeia recém sintetizada pois as proteínas verificadoras reconhecem os grupos metil dos resíduos de A das sequências GATC, mas estes grupos só são lá colocados algum tempo após a síntese da cadeia em questão. A forquilha de replicação inicia-se nas origens de replicação: o Forquilha de replicação origem na bolha de replicação local específico onde as duas cadeias da hélice de DNA parental foram separadas uma da outra para servirem como molde para a síntese do DNA; o Bolhas de replicação formam-se a partir de Origens de replicação; o Proteínas iniciadoras ligam-se a locais específicos da origem de replicação envolvem o DNA formam um complexo proteína-DNA: Liga-se à [DNA helicase] e transporta-a para uma cadeia simples de DNA exposta numa região da hélice adjacente; [DNA primase] também se liga forma o primossoma afastase da orgem e sintetisa um RNA iniciador origina a primeira cadeia de DNA. o Ligação das proteínas iniciadoras à origem de replicação ligação da [DNA helicase] à proteína iniciadora ligação da [DNA helicase] ao DNA Abertura da hélice e ligação da [DNA primase] para formar o primossoma Síntese do RNA iniciador possibilitando que a [DNA polimerase] sintetise a primeira cadeia de DNA. DNA topoisomerases impedem que o DNA se emaranhe durante a replicação: o Durante a replicação do DNA problema do enrolamento a forquilha de replicação gira muito rapidamente forma-se um suporte giratório na hélice de DNA, por proteínas – [DNA topoisomerase]; o Trata-se de uma nuclease reversível liga-se covalentemente a um fosfato no DNA quebra a ponte fosfodiéster da cadeia de DNA a ligação covalente que une a [DNA topoisomerase] à ponte fosfodiéster quebrada retém a energia é uma reacção reversível!; o [Topoisomerase I] provoca uma quebra em cadeia simples permite que os dois segmentos da hélice de DNA, de qualquer um dos lados da quebra, girem livremente em relação uma à outra, utilizando a ponte fosfodíester da cadeia oposta como ponte de suporte giratório; 1) [DNA topoisomerase I] com uma tirosina no sítio activo; 2) Liga-se covalentemente a um fsfato do DNA, quebrando uma ligação fisfodiéster numa das cadeias de DNA as duas extremidades podem agora girar uma em relação à outra, aliviando a tensão acumulada a energia da ponte fosfodiéster original é armazenada na ligação fosfotirosina, tornando a reacção reversível a reformação espontânea da ponte fosfodiéster regenera a hélice de DNA e a [DNA topoisomerase] numa forma não modificada. o [Topoisomerase II] forma simultaneamente uma ligação covalente com as duas cadeias da hélice de DNA, promovendo uma quebra transitória da cadeia dupla da hélice. Separa eficientemente dois circulos entrelaçados de DNA impede os severos problemas de emaranhamento do DNA. Replicação de DNA – semelhante em Eucariotas e Procariotas: o Principal diferença: O DNA dos seres eucariontes não é replicado como um DNA nu, mas como uma cromatina, onde o DNA é complexado a proteínas firmemente ligadas – histonas. [RESUMO] Replicação do DNA: [DNA polimerase] é autocorrectiva cataliza a polimerização de nucleótidos na direcção 5’3’ copia um molde de DNA; Duas cadeias da dupla-hélice do DNA antiparalelas a síntese de DNA na direcção 5’3’ pode ocorrer continuamente apenas numa das cadeias na forquilha de replicação fita líder; Na fita retardada fragmentos pequenos de DNA são sintetizados processo de costurar para trás; o A polimerase não pode iniciar uma nova cadeia os fragmentos da cadeia retardada são iniciados por pequenas moléculas de RNA iniciador são degradados e substituídos por DNA. Replicação de DNA requer cooperação de várias proteínas: o [DNA polimerase] e [DNA primase] para catalizarem a polimerização dos nucleósidos trifosfato. o [DNA helicases] e proteínas de ligação à cadeia simples de DNA (SSBP) para ajudarem a abrir a hélice de DNA, para que esta possa ser copiada; o [DNA ligase] e enzima que degrada o RNA iniciador para unirem os fragmentos de DNA, descntinuamente sintetizados na cadeia retardada; o [DNA topoisomerases] para ajudarem a aliviar os problemas de enrolamento e emaranhamento; o Proteínas iniciadoras ligam-se a sequências específicas de DNA na origem de replicação, catalizando a formação da forquilha de replicação naquele sítio. Origem de replicação estrutura proteína-DNA especializada para carregar a [DNA helicase] até ao molde de DNA. Recombinação genética Rearranjos do DNA: o Recombinação genética: Recombinação geral troca de genes ocorre entre quaisquer sequências homólogas de DNA. Exemplo: crossing-over – troca de fragmentos de cromossomas homólogos durante a meiose permite que diferentes versões do mesmo gene (alelos) sejam testadas em novas combinações com outros genes sobrevivência em caso de mudança de ambiente ( da variabilidade); Recombinação num sítio específico a troca ocorre entre pequenas sequências de nucleótidos específicos altera as posições relativas das sequências de nucleótidos no genoma. Vírus, plasmídeos e elementos genéticos transponíveis Grupo de elementos genéticos agem como parasitas; o Alteram os mecanismos genéticos da célula para o seu próprio benefício. Vírus De acordo com o grau de variação, próximos dos: o Plasmídeos; o Elementos transponíveis Sequências de DNA que não têm capa proteica, tornando-se mais dependentes da célula hospedeira. Vírus – elementos genéticos móveis: o Capacidade de se deslocarem de uma célula para outra; o Contêm ácidos nucleicos os vírus e os genes têm funções similares; o Bacteriófagos: Vírus bacterianos; É o DNA e não a proteína do fago que penetra na célula hospedeira e inicia a replicação que leva à proliferação do vírus. o Assim, o vírus contém elementos genéticos circundados por uma capa proteica, possibilitando o deslocamento de uma célula para outra; o Multiplicação viral lise da célula facilita o acesso às células mais próximas; o Efeito citolítico do vírus – dependem do tipo de vírus: Tipo de ácido nucleico; Estrutura da sua capa; Mecanismo de penetração na célula hospedeira; Mecanismo de replicação dentro da célula. A capa externa de um vírus pode ser o capsídeo proteico ou o envelope de membrana: o Capsídeo: Proteína da capa que circunda o ácido nucleico da maioria dos vírus mais do que um tipo de cadeia polipeptídica, organizada em várias camadas; Mas quando a proteína do capsídeo é envolvida uma bicamada de membrana lipídica (contendo proteínas)... o Vírus com envelope: Adquirem este envelope num processo de brotamento da membrana plasmática – budding permite que as partículas virais saiam da célula sem romper a membrana plasmática não matam a célula! Genomas virais, compostos de RNA ou de DNA: o Preocupação com processo de reparaçao não afecta cromossomas virais poucos nucleótidos chance de lesão acidental muito pequena; o O cromossoma viral (genoma viral) apresentam-se em várias formas: Cromossoma viral – codifica enzimas envolvidas na replicação do seu ácido nucleico: o Genoma viral codifica a proteína da capa (capsídeo) e enzimas necessárias para a replicação dos ácidos nucleicos; o Os vírus de DNA menor carregam muito menos informação genética; Logo, dependem quase totalmente das enzimas da célula hospedeira procederem à síntese do seu DNA (porque não têm informação genética suficiente para codificarem as suas próprias enzimas). o A maioria dos vírus de DNA codificam a síntese de proteínas que iniciam a síntese do seu próprio DNA reconhecem uma sequência em particular de nucleótidos funciona como a origem de replicação: Isto é importante porque o vírus deve ultrapassar os sinais de controlo celular que de outro modo fariam com que o DNA viral replicasse ao ritmo do da célula hospedeira, ou seja, uma vez por ciclo celular. o Vírus de RNA: Para reproduzirem o seu genoma têm que copiar as moléculas de RNA em DNA a partir do RNA molde [Transcriptase reversa]. Vírus de RNA e de DNA – duplicam-se através da formação de cadeias complementares: o Replicação do genoma de um vírus de RNA catalisada por [RNA polimerases]: Codificadas pelo cromossoma RNA viral: Os RNA virais dos vírus de RNA de cadeia positiva (como os polivírus) produzem a [replicase] assim que entram na célula o próprio genoma é infeccioso. Dependentes de RNA [Replicases]: Empacotadas dentro do capsídeo dos vírus de RNA de cadeia negativa: o O seu nome é devido: Cadeia simples injectiva não codifica proteínas; Permanece impotente na ausência de uma [replicase] pré-formada; Cadeia complementar carrega as sequências codificadoras. o Síntese do RNA viral: Início na extremidade 3’ do RNA molde nova molécula de RNA viral progride na direcção 5’3’ até à extremidade 5’ do RNA molde ser alcançada. Não existe mecanismo de correcção de erro para a síntese de RNA viral; Os genomas dos vírus de RNA são pequenos quando comparados aos grandes vírus de DNA. o Replicação dos vírus de DNA: Começam na origem de replicação onde se ligam proteinas iniciadoras especiais que atraem as enzimas de replicação da célula hospedeira; [DNA polimerase] não inicia a síntese na ausência de iniciador para solucionar o problema, os vírus de DNA possuem: Genomas de DNA circular sem extremidade; Genomas de DNA linear repetem as suas sequências terminais ou terminam em alças; Genomas com proteínas terminais especiais que servem como iniciadores da [DNA polimerase]. Vírus – exploram o mecanismo de transporte da célula hospedeira: o Todos os vírus têm uma quantidade limitada de ácido nucleico no seu genoma, pelo que são obrigados a parasitar as vias da célula hospedeira para a sua reprodução; o Mas, nos vírus envelopados de animais... Genoma no interior de uma membrana; Ciclo de vida (exemplo): O genoma de RNA de cadeia simples circundado por um capsídeo o nucleocapsídeo (genoma + capsídeo) é envolvido por uma bicamada lipídica que contém 3 tipos de cadeias polipeptídicas, codificadas pelo RNA viral. As proteínas do envelope formam heterodímeros que entremeiam a bicamada lipídica e interagem com a proteína C do capsídeo: Infecção viral a proteína do envelope do vírus liga-se a uma proteína normal da célula hospedeira funciona como receptor da membrana plasmática; De seguida o vírus utiliza a via endocítica normal da célula para penetrar através da endocitose mediada por receptores e vai para os endossomas; O trajecto deveria ser endossoma lisossoma mas, graças a propriedades especiais de uma das suas proteinas do envelope o vírus escapa do endossoma: O nucleocapsídeo fica “desencapado” porque o pH ácido do endossoma leva à fusão do envelope víral com a membrana do endossoma liberta-se o nucleocapsídeo para o citosol; Desmonta-se então o capsídeo, libertando-se o RNA viral; O RNA viral é traduzido pelos ribossomas da célula hospedeira para produzir [RNA polimerase] codificada pelo vírus; Replicação produção de muitas cópias do RNA viral que funcionam como mRNA dirigem a síntese de proteínas estruturais do vírus: o Proteína C (do capsídeo): Sintetizada nos ribossomas ligados à membrana; Liga-se ao RNA viral recém-replicado novos nucleocapsídeos. o 3 proteínas do envelope: Sintetizadas nos ribossomas do RER inseridas na membrana do RE são glicosiladas transportadas pelo complexo de Golgi membrana plasmática. Finalmente, os nucleocapsídeos virais e as proteínas do envelope encontram-se na membrana plasmática budding. Vírus de diferentes envelopes brotam de diferentes membranas celulares: o Envelope Proteína C + bicamada lipídica com proteínas resulta no budding; o A localização final dos vírus determina o local do Budding. o Proteínas do envelope viral sintetizadas no RER presença de proteínas do envelope com sinais específicos distintos direccionam as proteínas para um único domínio da superfície celular; o Os vírus têm proteínas do envelope com diferentes tipos de sinais específicos. Cromossomas virais – podem integrar-se nos cromossomas da célula hospedeira: o Muitos vírus passam por um estado latente os genomas estão presentes na célula, mas estão inactivos provírus: cromossoma viral latente integrado: Vírus que entra na célula, permanecendo em estado latente, para mais tarde se tornarem activos; Vai-se dividindo e multiplicando com o cromossoma da célula hospedeira, para produzir novas cópias integradas do DNA viral via lisogénica; Mais tarde, por lesão, o DNA viral integrado sai do cromossoma da célula hospedeira passando para o ciclo lítico; Bacteriófago que pode integrar o seu genoma bacteriófago temperado. A síntese contínua de algumas proteínas virais pode tornar as células cancerosas: o Células permissivas permitem que os vírus de DNA se multipliquem liticamente, matando-as; o Células não permissivas permitem que o vírus de DNA as penetre mas não se duplique liticamente; o Plasmídeo molécula de DNA que se duplica de forma controlada, sem matar a célula. o As infecções não permissivas levam a uma mudança genética na célula hospedeira pode fazer com que a célula prolifere rapidamente vírus tumorais de DNA transformação neoplásica mediada por vírus. o Vírus tumorais de RNA uma infecção numa célula permissiva desencadeia uma mudança genética permanente na célula infectada torna-a cancerosa; [transcriptase reversa] transcreve as cadeias de RNA injectivas dos vírus tumorais de RNA em moléculas de DNA complementares que intergram o genoma da célula hospedeira. É uma polimerase especial, que utiliza tanto RNA como DNA como molde, sendo codificada pelo retrovírus de RNA; Retrovírus revertem o processo normal no qual DNA é transcrito em RNA. o Oncogenes regulam a síntese de proteínas que alteram o controlo da proliferação da célula hospedeira cancro. Vírus que causa a SIDA – retrovírus: o HIV vírus da imunodeficiência humana; o Características que o tornam especialmente letal: Mata os linfócitos T que infecta, em vez de viver em simbiose com eles impossibilidade de defesa contra infecções; Capacidade de se esconder é um provírus que tem tendência para se manter em estado latente nos cromossomas das células infectadas sem produzir vírus até ser activado, por evento desconhecido. Alguns elementos transponíveis são muito semelhantes aos retrovírus: o Variam em tamanho; o Presentes em múltiplas cópias nas células; o Como parasitas diminutos escondidos no cromossoma; o Ocasionalmente activados se mudarem para outro sítio do DNA transposição. o São sequências de DNA diferentes dos vírus: Na capacidade de se multiplicarem; Raramente conseguem existir sem o cromossoma da hospedeira. o Muitos vírus podem deslocar-se para dentro e para fora dos cromossomas da célula hospedeira. Outros elementos transponíveis transferem-se de um local do genoma para outro: o Este tipo de elementos transponíveis pode ser reconhecido pelas “sequências invertidas repetidas de DNA”: Apesar da falha deixada no cromossoma doador ser religada, o processo altera frequentemente a sequência de DNA, causando mutação no sítio doador. A maioria dos vírus, prvavelmente evoluiu dos plasmídeos: o Mesmo os maiores vírus dependem das células do seu hospedeiro para a sua biossíntese; o Vírus: Não produz o seu próprio ribossoma; Não gera o ATP necessário. A célula surgiu antes do vírus! o Percursores dos primeiros vírus: Fragmentos de ácidos nucleicos que desenvolveram a capacidade de se multiplicarem independentemente dos cromossomas da célula hospedeira plasmídeos elementos de replicação independente replicam-se indefinidamente fora do cromossomas da célula hospedeira. Nota: Vírus e plasmídeos importantes nas tecnologias do DNA recombinante; Plasmídeos em forma de RNA ou DNA contêm sequências de nucleótidos que funcionam como origem de replicação; Não podem sintetizar capa proteica; Não se podem deslocar de uma célula para outra. o Transdução de DNA processo pelo qual sequências de DNA são transferidas entre diferentes genomas de células transmitidas através de um vírus. Capítulo 7 – Tecnologia do DNA recombinante Até ao início da década de 70 DNA era muito difícil de estudar químicamente monótono, tenha que se estudar indirectamente. Hoje é muito fácil porque é possível: Excisar fragmentos específicos; Multiplicá-los; Determinar a sua sequência muito rapidamente; Modificá-lo e reintroduzi-lo em culturas celulares; Inseri-lo no genoma de outros seres – engenharia genética. Estas técnicas permitem: Analisar cromossomas e genomas de células humanas na procura de mutações causadoras de doenças; Produzir proteínas humanas em bactérias para posterior utilização terapêutica; Inserir genes saudáveis em genes de células doentes com mutações desfavoráveis (terapia génica). Tecnologia do DNA recombinante o Clivagem do DNA em locais específicos por [endonucleases de restrição] isolamento e manipulação individual de genes; o Sequenciamento de todos os nucleótidos de um fragmento de DNA purificado determinação dos limites de um gene e aa que codifica; o Hibridização dos ácidos nucleicos através da capacidade destas moléculas se ligarem a requências complementares de ácidos nucleicos encontro de uma sequência específica de DNA/RNA através de outra complementar, com grande precisão sonda; o Clonagem de DNA uma molécula de DNA seja copiada de modo a gerar milhares de cópias semelhantes; o Engenharia do DNA modifica a sequência do DNA para que haja produção de versões modificadas dos genes as quais são reintroduzidas em células ou organismos; o Monitorização da expressão de genes numa célula através da hibridização dos mRNAs presentes no seu citosol com sondas complementares de DNA. (A) Fragmentação de moléculas de DNA: o Gene é a pequena região de uma molécula maior formada pelas mesmas quantidades relativas dos mesmos 4 tipos de nucleótidos: Não é possível separá-los com base em diferenças de carga e especificidade da ligação como as proteínas, mas mesmo que fosse possível, seriam necessárias enormes quantidades de DNA. o A separação é conseguida através da fragmentação seguida de separação de acordo com diferentes tamanhos dos fragmentos; o A fragmentação tem que ser previsível produzir fragmentos com o mesmo tamanho e sequência de nucleótidos todas as vezes que for realizada, para que o gene fique sempre num determinado fragmento com um determinado tamanho; o [Endonucleases de restrição]: Nas bactérias servem para dividir o DNA de vírus que as atacam; Enzimas produzidas e purificadas de bactérias cujo DNA é protegido de clivagem por metilação de reesíduos A ou C; Cada uma cliva sempre o DNA em sequências específicas de 4 a 8 nucleótidos, nos mesmos sítios, determinada pela sequência local, produzindo fragmentos de DNA de cadeia dupla de tamanhos definidos; Algumas clivam o DNA e a cadeia complementar da mesma hélice dupla em locais afastados alguns nucleótidos produzem fragmentos de hélice dupla com extremidade de cadeia simples não emparelhadas Extremidades coesivas DNA recombinante (fragmentos de DNA com origens diferentes unidos, formando uma só molécula). Mapa de restrição: o Pela comparação dos tamanhos dos fragmentos de DNA produzidos a partir de uma região do genoma após tratamento com diferentes endonucleases, constróem-se mapas de restrição daquela região mostram a localização de cada sítio de clivagem em relação aos sítios de restrição vizinhos as diferentes sequências curtas de DNA reconhecidas pelas endonucleases de restrição servem de marcadores e o mapa de restrição reflete o arranjo das sequências numa dad região; o Funções dos mapas de restrição: Permite comparação de uma mesma região do DNA em diferentes indivíduos; Utilizadas em clonagem e na engenharia do DNA, tornando possível a localização de um gene de interesse dentro de um fragmento de restrição, facilitando o seu isolamento. (B) Separação dos fragmentos de DNA Para obter o fragmento pretendido (o qual tem o gene pretendido); Os fragmentos são separados de acordo com o seu tamanho por electroforese em gel (poliacrilamida ou agarose) Submetidas a campo eléctrico que arrasta o DNA para o pólo (+) devido às cargas (-) dos fosfatos dos nucleótidos; Fragmentos menores avançam mais no gel a formação de uma série de bandas de fragmentos com cada banda mais avançada formada por fragmentos menores; o Para moléculas grandes de DNA, a electroforese em gel comum falha porque as moléculas grandes migram em movimentos serpenteados, independentemente do tamanho utiliza-se a electroforese de campo pulsado a direcção do campo eléctrico muda periodicamente, permitindo a reorientação das moléculas antes de nova progressão a reorientação demora mais para moléculas maiores, pelo que estas têm uma velocidade relativa mais pequena. Os fragmentos são incolores Coloração das bandas: o Fluorescência: Emitem luz visível quando expostas a radiação UV (brometo de etídeo). o Radioactividade: Radiação detectável em película fotográfica. Se se sabe o tamanho do fragmento de DNA onde está o gene, podemos purificar o gene do restante genoma pela electroforese. Sequenciamento de fragmentos de DNA: o Método químico/de Maxam Gilbert: Trata 4 aostras do DNA com reagentes que destroem uma das quatro bases; Marcação dos fragmentos com fosfato radioactivo pela [Polinucleótido quinase]; Procede-se à electroforese de cada uma das amostras lado a lado; Amostra tratada com reagente que cliva tirosinas, aparece na electroforese como fragmentos de vários tamanhos, cada um dos quais começa ou termmina numa tirosina; Caso esse fragmento seja maior (banda mais atrás) que uma banda ao lado que termina, por exemplo, numa citosina a citosina segue-se à tirosina. o Método enzimático/de Sanger: O mais utilizado; Fragmento a ser sequenciado é usado como molde para a síntese da cadeia complementar “in vitro” pela [DNA polimerase]; São adicionadas 4 bases normais e uma de 4 bases alteradas (didesoxirribonucleótidos) a cada amostra, que bloqueiam o progresso da progressão da polimerização caso sejam integradas na cadeia; Exemplo: na amostra com didesoxirriboadenina a [DNA polimerase], depois de encontrar uma T no molde, pode integrar na cadeia uma adenina normal polimerização prossegue ou uma didesoxirriboadenina é adicionada e a polimerização pára; São formadas cadeias complementares com tamanhos diferentes, cada uma terminando, numa amostra, em determinada base; Por electroforese podem comparar-se os tamanhos das cadeias terminadas. o Método automatizado: Aplicação do método enzimático por máquinas especializadas. (C) Hibridização e sondas de DNA ou RNA Desnaturação: ligações entre as cadeias complementares rompem-se a altas temperaturas (100ºC) ou pH: o Reversível por temperatura ou pH hibridização de cadeias complementares a 65ºC. o Cadeias complementares podem hibridizar, mesmo com origens diferentes DNA recombinante. Sonda de DNA ou RNA: cadeia simples com fosfato radioactivo ou outro grupo químico facilmente detectável (ex.: fluorescente) que pode ser usada para encontrar e quantificar a concentração de uma sequencia complementar na amostra. o Com elas tamném é possível detectar mRNA complementar no citosol da célula (in vitro) de modo a quantificar a nível de expressão ou actividade em gene na célula ou para determinar a sequência de intrões através da excisão e determinação das partes da sonda de DNA genómica que não emparelham com o mRNA. Técnicas de marcação de fragmentos de DNA: o End labelling: Fragmento de DNA é incubado com [DNA cinase] (adiciona os fosfatos radioactivos às extremidades 5’ marcadas com a sonda), na presença de fosfato radioactivo adicionado; Como cada sonda de DNA só tem dois fosfatos radioactivos, emite pouca radiação, sendo difícil de detectar na película radiográfica. o Nick translation: Acção de 3 enzimas no DNA num tubo de ensaio com desoxirribonucleótidos trifosfato, com fosfato radioactivo; [Desoxirribonuclease I]: o Remove bases aleatórias na cadeia de DNA, criando ‘Nicks’ regiões onde há uma base desemparelhada por a outra ter sido removida. [Polimerase I] – exonuclease: o Remove os nucleótidos a partir do nick. [DNA polimerase I]: o Restabelece a dupla hélice de DNA a partir da cadeia intacta com nucleótidos radioactivos. Marcação aleatória de primers: Oligonucleótidos com 6-8 pares de bases em sequências variáveis aleatórias; Desoxirribonucleótidos trifosfato radioactivos ou fluorescentes; [DNA polimerase I] Adição destes elementos ao fragmento desnaturado (do qual se quer uma sonda complementar) Alguns oligonucleótidos hibridizam, servindo de primers à [DNA polimerase] A nova cadeia (sonda) é separada da fita-molde, podendo ser usada para identificar o mesmo fragmento Hibridização ‘in situ’: Introdução de sondas de ácidos nucleicos marcadas em: o 1) Células vivas para detecção e seguimento de RNAs intracelulares; o 2) Fora das células para identificar a posição de determinada sequência no cromossoma íntegro (cujo DNA foi temporariamente separado nas suas cadeias simples por pH) com sonda de DNA com grupos químicos reconhecíveis por anticorpos fluorescentes – chromossome painting. Northern, Southern e Western Blotting Blotting: o Processo de transferência de partículas (de RNA no Northern blotting, DNA no Southern blotting e proteínas no Western blotting) submetidas a electroforese para uma membrana de nitrocelulose (ou nylon): Papel absorve tampão líquido; Tampão líquido passa pelo gel levand DNA, RNA ou proteínas; Este material fica retido na membrana de nitrocelulose conservando a estrutura em bandas. Northern blotting: o Técnica para examinar RNAs celulares: (1) RNA celular é separado dos componentes celulares; (2) Submetido a electroforese em gel; (3) Comparados com outra amostra de RNA de tamanho já conhecido; (4) Folha de nitrocelulose incubada a 65ºC após o blotting numa solução com sondas de cadeia simples de DNA (RFLP) com fosfato radioactivo ou grupos fluorescentes ligados ligamse aos RNAs complementares (hibridização) identificando-as; (5) Folha de nitrocelulose é lavada com tampão para remover sondas não ligadas e reveladas; (6) bandas com RNA procurado são identificadas. [RESUMO] Northern, Southern e Western Blotting: Northern blotting: Electroforese de RNA + blotting + sondas. Southern blotting: o Usada para identificar DNA celular: Clivado com enzimas de restrição; Submetido a electroforese; Electroforese de DNA + blotting + sondas de DNA. Western blotting: o Técnica de análise de proteínas: Tratadas com detergente dá-lhes carga (-) igual são separados de acordo com o tamanho: Submetidas a electroforese migram para o pólo (+); Transferida para a folha de nitrocelulose por blotting é incubada com anticorpos radioactivos ou fluorescentes específicos das proteínas que se procura com os quais os anticorpos se ligam; É lavada para retirar anticorpos não ligados em excesso; É revelada por película fotográfica ou exposição a radiação UV. o Electroforese de proteínas + blotting + sondas de anticorpos. RFLPs, VNTRs e microsatélites Diferenças na cadeia de nucleótidos em indivíduos: o Mutações diferenças raras na cadei de nucleótidos; o Polimorfismos diferenças comuns na cadeia de nucleótidos. RFLPs (restriction fragments lenght polimorfism): o [Endonuclease de restrição]: Cliva o DNA em determinado local se houver diferença em determinado nucleótido num indivíduo enzima cliva a amostra num indivíduo mas não no outro fragmentos de restrição de diferentes tamanhos; o Sabendo que: Os segmentos de DNA podem não incorporar o gene mas têm sequências que informam para determinada doença; o O gene normal vem normalmente acompanhado num fragmento de restrição por um RFLP de determinado tamanho enquanto o alelo correspondente à doença é acompanhado em geral no seu fragmento de RFLP de outro tamanho dedução do gene presente efectuando electroforese do fragmento (marcado por sonda) do doente e comparando a posição da banda onde está o gene com a de pessoas saudáveis ou com a mutação. VNTR (Variable number of Tandem Repeats): o Identificam tandems (sequências repetitivas não específicas); o Tipo de RFLP altamente variável no ser humano; o É um conjunto de bases de DNA que se repete várias vezes e que faz parte da porção não codificante do genoma (DNA-lixo); o Utilidade: Identificação de indivíduos; Diferenças entre populações; Distâncias genéticas entre populações. o Se se examinar vários sítios de VNTR simultaneamente, a combinação do número de repetições em cada um deles é específica do indivíduo código ou impressão digital DNA fingerprint confirmação de paterninadade (filho recebe ½ do DNA do pai); o Com a sequência em redor do VNTR for conhecida podemos efectuar um PCR adição de primers para ampliar apenas determinadas regiões onde se sabe estra VNTR altamente variáveis. Microsatélite: o VNTR de sequência que se repete com menos de 4 bases. PCR (Polimerase Chain Reaction) Permite amplificar/multiplicar um fragmento de DNA limitado sem recorrer a vectores de células virais; É necessário conhecer a sequência que se pretende amplificar; (1) Clivagem do DNA nos locais pretendidos com [Endonucleases de restrição] sequências de dois extremos são usadas para sintetizar artificialmente os primers (iniciadores) são essenciais para que a [TAQ polimerase] (suporta altas temperaturas) inicie a polimerização; (2) No tubo de ensaio coloca-se o DNA a amplificar, [TAQ polimerase], nucleótidos, primers e tampão; (3) Sequência controlada de temperatura (termociclador): o 95º C separação da dupla cadeia de DNA; o 60º C Hibridização dos primers; o 45º C a 60º C extensão graças à acção da [TAQ polimerase], que usa nucleótidos em solução, a partir de primers; (4) A cada aquecimento e arrefecimento a polimerização duplica o número de hélices idêncticas; (5) Dá-se assim a detecção e amplificação de quantidades minúsculas de DNA. Capítulo 8 - Núcleo da célula Núcleo: o Delimitado pelo envelope nuclear: Duas membranas concêntricas com poros nucleares por onde passam moléculas para o citosol Ligado à rede do RE; Sustentado pela lâmina nuclear rede de filamentos intermediários (citoesqueleto); A sua função pode ser proteger o DNA dos filamentos citoplasmáticos. Bactérias DNA contacto directo com o citoplasma: o Não possuem citoesqueleto movimento auxiliado por estruturas externas como os flagelos. Seres procariontes: o Síntese de RNA (transcrição); o Síntese de proteínas (tradução). São simultâneos enquanto o ribossoma traduz proteína na extremidade 5’ do RNA, a extremidade 3’ está a ser sintetizada. Seres eucariontes: o 1º) Transcrição no núcleo; o 2º) Tradução no citoplasma. Separação no tempo e no espaço o Núcleo transcrição de RNA splicing (remoção de intrões) transporte do RNA para fora do núcleo início do processo de tradução pelos ribossomas (mRNA proteína). DNA cromossomal e a sua compactação: o DNA: Polímero linear, não ramificado; Composto por nucleótidos a sua ordem no DNA informação genética da célula; É compactado num cromossoma. Informação genética armazenada em cromossomas de um organismo genoma: Genoma humano (46 cromossomas) 2 cromossomas sexuais e 44 autossomas. Cromossomas: Na mitose: o Altamente condensados; o Não podem ser transcritos. Interfase: o Menos condensados; o Activos na síntese de RNA (transcrição). Funções: o Dirigir a síntese de RNA; o Propagar-se geração em geração. Nucleótidos especializados do DNA que intervêm nas suas funções: o Origem de replicação: Para replicar, uma molécula de DNA requer esta sequência de nucleótidos específica. o Centrómero: Liga a molécula de DNA ao fuso mitótico, durante a divisão celular; Mantém juntas as duas cópias do cromossoma duplicado; Liga os cromossomas ao fuso mitótico através do cinetocoro complexo proteico. o Telómero: Elemento necessário em cada uma das extremidades de um cromossoma linear; Eucariotas: existem sequências de DNA teloméricas (repetidas e simples) especializadas em cada extremidade de um cromossoma periodicamente estendidas pela [telomerase] compensando a perda de nucleótidos de DNA telomérico em cada ciclo permite que um cromossoma linear seja completamente replicado compensa a perda de uns poucos nucleótidos teloméricos. Métodos de DNA recombinante: o Permitem elementos de levedura + elementos humanos; Elementos de levedura usadas para fabricar bancos de DNA genómico humanos cada clone é propagado como um cromossoma artificial; Elementos humanos Podem ser replicadas em células de levedura como cromossomas artificiais. A maior parte do DNA cromossomal não codifica proteínas ou RNA: o Existe DNA em excesso no genoma (!); o Quantidade DNA não está relacionada com a complexidade do organismo; o Gene sujeito ao risco de mutação acidental (nucleotidos alterados aleatoriamente): número de genes probabilidade de mutação. o Genes essenciais determinam a sobrevivência do organismo caso o seu número seja elevado desastre quase certo (!) existem pequenas partes do genoma (baixo risco de mutação) envolvidos na regulação ou codificação de proteínas e moléculas de RNA essenciais; São interrompidos por longos segmentos de DNA nãocodificante. Gene – região da dupla hélice que produz uma molécula de RNA funcional: o Porções seleccionadas de sequências nucleotídicas de DNA copiadas sequências nucleotídicas de RNA correspondentes tRNA ( proteína), tRNA ou rRNA (sendo estes últimos dois designados de RNAs estruturais); o Proteínas reguladoras: Ligam-se ao DNA em regiões regulatórias que determinam se o gene é transcrito ou não; Gene associado a sequências regulatórias, garantindo que o gene seja transcrito no momento adequado e no tipo de célula apropriado; Localização: Lepstream (lado 5’) início da transcrição; Downstream (lado 3’) fim da transcrição; Em intrões e exões. DNA de organismos relacionados: regiões de sequências conservadas e não conservadas: o Importantes conservadas ao longo da evolução representam exões ou sequências regulatórias; o Não importantes livres para mutar aleatoriamente representam DNA não codificante entre genes, em intrões... o O DNA dos cromossomas é empacotado numa estrutura compacta: Com o auxílio de proteínas específicas: Histonas maior quantidade; Proteínas cromossómicas não histónicas Juntamente com o DNA nuclear formam a cromatina Histonas: o A sua massa na cromatina é aproximadamente igual à massa de DNA na cromatina; o Pequenas proteínas com muitos aa carregados (+) lisina e arginina; o Estas cargas (+) auxiliam a forte ligação das histonas ao DNA (carregado negativamente devido aos grupos fosfato) raramente estas se dissociam do DNA; o São de 5 tipos: Histonas nucleossómicas (pequenas): Responsáveis enrolamento do DNA nos nucleossomas unidade fundamental das “contas do rosário” H2A; H2B; H3; H4. Histonas H1 (maiores). o Nucleossomas: Duas voltas completas de DNA em torno de um núcleo octamérico de histonas, além do “DNA de ligação” adjacente cada nucleossoma é separado do seguinte por uma região de DNA de ligação; O RNA/DNA pode ser quebrado em nucleossomas por [nucleases] enzimas que degradam o DNA/RNA (aquelas que degradam apenas o DNA chamam-se [Desoxirribonucleases]); Pela acção destas enzimas, só o DNA entre os nucleossomas é degradado, os reestantes fragmentos de DNA (dupla hélice) ligados ao complexo de 8 histonas nuclossómicas núcleo octamérico cerne proteico, à sua volta a hélice dupla de DNA de cadeia dupla é enrolado duas vezes. Posicionamento dos nucleossomas: o Determinado por: Propensão do DNA a formar alsas; Presença de outras proteínas que se ligam ao DNA. o Octâmeros de histonas permanecem numa posição devido à forte ligação do DNA determinação dos sítios onde os nucleossomas se formam no DNA; o (1) Dificuldade do DNA em dar duas voltas em torno da superfície externa do octâmero de histonas/flexibilidade do local da hélice de DNA (requer compressão substâncial do sulco menor da hélice): Sequências ricas em A-T são mais facilmente comprimidas que sequências ricas em G-C cada octâmero de histonas tende a posicionar-se no DNA de modo a maximizar o número de sulcos menores (ricos em A-T em contacto com o núcleo proteico); Nota: Na maior parte das sequências de DNA não existe sítio preferencial para a ligação de nucleossomas. o (2) Presença de outras proteínas fortemente ligadas ao DNA: Impedem a formação do nucleossoma; Algumas regiões parecem não estar organizadas em nucleossomas identificação por tratamento com [Dnase I] digere longos segmentos de DNA livre de associações de histona mas não os segmentos curtos de DNA de ligação (em baixas concentrações) sítios hipersensíveis à nuclease posicionados nas regiões regulatórias de genes. Estado normal do DNA em células eucarióticas completamente coberto com nucleossomas ( e a maioria das regiões livres desta associação estão associadas a proteínas envolvidas na regulação génica); Compactação dos nucleossomas: o DNA de ligação ligado por nucleossomas adjacentes pode variar em extensão porque cada nucleossoma posiciona-se em função da flexibilidade local da hélice de DNA; o Nucleossomas compactados uns sobre os outros segundo arranjos regulares: Justaposição de nucleossomas mediada pela H1 forma-se uma fibra com 30 nm. Histona H1 (existem 6 tipos): o Região central globular (conservada evolutivamente) liga-se a um sítio de um único cromossoma. o Dois braços estendidos (menos conservados): Aminoterminal; Carboxiterminal; Extendem-se para histonas de nucleossomas adjacentes. A estrutura global dos cromossomas: o Cromossomas plumosos: Alsas de cromatina rígidas e extendidas abertos com RNA recémtranscrito, compactado em ansas complexas de RNA-proteína; Visíveis ao MO; Cromatina estendida: activamente transcrita; Cromatina condensada: inactiva. Certas células de insectos a cromatina tem uma apresentação não usual múltiplos ciclos de síntese de DNA sem divisões celulares: o A quantidade de DNA é muito superior ao complemento de DNA normal das células poliplóides; o Os cromossomas homólogos continuam lado a lado cromossoma politénico (visível ao MO) a estrutura básica é semelhante a um cromossoma normal; o Estado politénico (estreitamente relacionados) pode evoluir estado poliplóide; o Tanto o cromossoma politénico como o plumoso são muito activos na síntese de RNA; o Cromossoma politénico: Bandas escuras; Interbandas claras. Ambos contêm genes Cada banda pode corresponder a um único gene. o Regiões mais activas cromossómicas na transcrição estão descondensadas formam puffs cromossómicos novos puffs são formados enquanto os antigos regridem, à medida que unidades de transcrição são activadas ou inactivadas e diferentes mRNAs e proteínas produzidas estrutura dos genes é selectivamente descondensada. Cromatina transcricionalmente activa é menos condensada: o Digestão da cromatina com [Dnase I] inicialmente cliva sítios hipersensíveis à nuclease DNA de ligação entre os nucleossomas... Genes que são transcritos também são sensíveis à [Dnase I] indica um estado especial de cromatina que torna a cromatina mais acessível à digestão cromatina activa estado relativamente descondensado. o Cromatina activa bioquimicamente distinta: 1) A H1 está ligada mais frouxamente; 2) Certos subtipos de H1 podem ser específicos da cromatina activa; 3) As 4 histonas nucleossómicas estão acetiladas de forma incomum; 4) Histona nucleossómica H2B está menos fosforilada na croatina activa; 5) Cromatina activa esriquecida com variante da H2A; 6) Duas pequenas proteínas cromossómicas HMG 14 e HMG 17 (High mobility group) ligam-se covalentemente aos nucleossomas da cromatina activa Modificações importantes na descompactação da cromatina de genes activos torna o DNA disponível para servir como molde na síntese de RNA Heterocromatina: o Núcleos interfásicos 2 tipos de cromatina: Heterocromatina: Altamente condensada, mesmo durante a interfase; Transcricionalmente inactiva; Eucromatina: Menos condensada forma activa; Forma inactiva mais condensada mas menos que na heterocromatina. o DNA satélites: DNA em volta de cada centrómero; Sequências repetidas relativamente simples; Porção importante da heterocromatina. o Cromossomas interfásicos: Muito estendidos; Finos; Emaranhados. Na mitose... o Cromossomas mitóticos: Enrolados formando uma estrutura muito condensada torna possível a segregação dos cromossomas para as células-filhas separadas, por acção do fuso mitótico; A condensação é acompanhada por fosforilação da H1 auxiliar na compactação dos nucleossomas fosforilação de H1 durante a mitose função de condensação dos cromossomas; Moléculas de DNA-filhas produzidas pela replicação do DNA durante a fase S são compactadas para produzir cromátides-irmãs unidas pelo centrómero; Forma condensada da cromatina semelhante à heterocromatina (no cromossoma interfásico) relativamente ao grau de compactação; Transcricionalmente inactivos toda a síntese de RNA cessa quando os cromossomas condensam condensação: impede o acessoda [RNA polimerase] ao DNA. Cada cromossoma mitótico contém um padrão de bandas característico: o Cariótipo humano: Conjunto dos 46 cromossomas na mitose coloração permite identificar cada cromossoma individual forma um padrão de bandas ao longo do cromossoma mitótico, porque os corantes distinguem: DNA rico em pares de nucleótidos A-T Bandas G (escuras); DNA rico em pares de nucleótidos G-C Bandas R (claras) Identificação e numeração de cromossomas Estas bandas nada têm a ver com as dos cromossomas politénicos! Banda de cromossoma politénico poucos genes; Banda de cromossoma humano muitos genes. Obtenção de cromossomas: o (A) processamento de sangue: Sangue colhido em heparina para não coagular; Coloca-se o sangue em meio de cultura (vitaminas, aa, sais tamponizados, açúcares e fitohemoglutinina) + antibióticos; Incubação do sangue a 37º C com 30º de inclinação, melhorando a superfície de contacto das células com o meio de cultura. o (B) Manipulação do sangue: 1) Bloqueio em metafase colcemida (?) ou colchicina: Interfere na formação de microtúbulos impede a formação das fibras do fuso acromático cromossomas na placa equatorial. 2) “Shock” hipotónico volume celular dispersão dos cromossomas; 3) Fixação (3 x) Metanol e ácido acético (3:1); 4) Espalhamento controlar temperatura e humidade; 5) Envelhecimento com temperatura maturação dos cromossomas preparação para a bandagem; 6) Bandagem GTG tripsina-Giemsa fornece o padrão de bandas; 7) Análise ao MOC montagem do cariótipo classificação dos cromossomas quanto ao tamanho, posição do centrómero e padrão de bandas. o Nomenclatura: 46, XX, t(2;11)(q12;p21): Indivíduo do sexo feminino (XX), com 46 cromossomas, com translocação no cromossoma 2 e 11: No cromossoma 2 quebra ocorreu no braço longo (q) e na região 1 e banda 2; No cromossoma 11 quebra ocorreu no braço curto (p) na região 2 e banda 1. Replicação dos cromossomas: o Produção de nova cópia de cada um dos seus cromossomas; o Essencial antes da divisão celular; o Durante a interfase: G1; S final fases cromossoma replicado duas cópias permanecem unidas pelos centrómeros até à fase M. G2. o Duplicação dos cromossomas exige replicação do DNA e montagem de um novo conjunto de proteínas cromossomais para, juntamente com o DNA, formarem a cromatina. Sequências de DNA específicas servem como origens de replicação: o Sequência de replicação autónoma: Sequência de DNA identificada pela sua presença num plasmídeo isolado; São reconhecidas por um grande complexo proteico participa no processo de iniciação. o Uma única molécula de DNA compõe um único cromossoma (enorme!) é muito improvável que só sejam replicados a partir de uma única origem muitas forquilhas de replicação movem-se simultaneamente em cada cromossoma eucariótico . Há zonas com muitas forquilhas enquanto outras não têm quase forquilhas nenhumas; As forquilhas parecem ser activadas em grupos. o Novas unidades de replicação podem ser activadas na fase S até que todo o DNA seja replicado; o Dentro de uma unidade de replicação existem várias origens individuais separadas; o As forquilhas de replicação são formadas em pares: Criando uma bolha de replicação à medida que se movem em direcções opostas; Só param quando colidem de frente com uma forquilha de replicação; Podem operar independentemente em cada cromossoma. o Fase S: Origens de replicação: Não são todas activadas simultaneamente ordem reproductível!; De forma a conhecer se diferentes unidades de replicação são activadas aleatoriamente ou com ordem específica, utiliza-se BrdU (bromodesoxiuridina) análoga da timina na fase M os cromossomas incorporam BrdU no seu DNA sendo reconhecidos por variações na coloração. A ordem de activação obrigatória depende de: o Estrutura da cromatina em que estão as origens: Heterocromatina muito condensada, semelhante à da mitose na interfase replicada muito tarde na fase S; Eucromatina Cromatina activa (descondensada) O padrão temporal da replicação depende da compactação do DNA na cromatina: Cromatina pouco condensada durante a interfase mais acessível à maquinaria de replicação. o DNA rico em A-T / DNA rico em C-G diferem no padrão temporal da replicação na fase S: Rico em G-C 1ª metade da fase S; Rico em A-T 2ª metade da fase S. O padrão temporal da replicação de DNA pode contribuir para a memória celular: o Replicação do DNA é um processo potencialmente muito rápido sujeita a um complexo sistema de regulação ≠s genes replicam em momentos ≠s; o Fase S todo o genoma deve ser replicado apenas uma vez; o Replicação do DNA processo assíncrono algumas partes do cromossoma não iniciaram o processo de replicação enquanto outras já foram completamente replicadas; o As origens de replicação já usadas são semelhantes às origens ainda não activadas: Cada origem de replicação deve ser usada apenas uma vez em cada fase S. o A síntese de DNA é induzida no núcleo da célula em G1: Transição G1 S é mediada por um activador difusível. o Núcleo em G2 não é estimulado a sintetizar DNA impedido de iniciar novos processos de replicação cada porção de DNA está bloqueada. o Dois mecanismos explicam o “Bloqueio da replicação”: A) Modelo de adição de inibidor: O inibidor é aplicado localmente em fase S, no início da formação de cada forquilha de replicação; Este modifica a cromatina assegurando-se de que o DNA replicado não posse por um novo processo de replicação no mesmo período S. B) Modelo de remoção de iniciador: Proteínas iniciadoras (ligam-se ao DNA e são necessárias para a replicação) são destruidas ou inactivadas pela passagem da forquilha; Novas histonas, massa aproximadamente igual à do DNA recémsintetizado: o Necessárias para formar nova cromatina a cada ciclo celular; o Histonas sintetizadas principalmente na fase S (mRNA que codifica as histonas); o Ligação entre a síntese de DNA e a síntese de histonas mecanismo de retroalimentação garante que a quantidade produzida de histonas seja apropriada para a quantidade de DNA recém-sintetizado; o Histonas uma vez montadas, practicamente não se desmontam do DNA com o qual se associam forquilha de replicação, à medida que avança, passa pelos nucleossomas sofrem desnaturação passageira durante a replicação dividem-se em 2 permite que a [RNA polimerase] possa copiar o DNA nucleossómico condensado; o O DNA recém-sintetizado atrás da forquilha de replicação herda algumas histonas pré-existentes. Replicação dos telómeros: o A [DNA polimerase] não consegue replicar completamente a molécula de DNA existem sequências especiais, os telómeros, nas extremidades das células eucarióticas repetições em tandem (sequências adjacentes alinhadas na de uma sequência curta que contém a mesma orientação – GGGTTA) [telomerase] reconhece a sequência rica em G e alongaa na direcção 5’3’: Depois de vários ciclos de extensão pela telomerase, a replicação das extremidades do cromossoma pode ser completada pela [DNA polimerase] utiliza estas extensões como um molde para uma cadeia complementar. Síntese e processamento de RNA: o Função dos cromossomas: molde para a síntese de RNA; o Síntese/transcrição de DNA é selectiva: Só parte do DNA é transcrito para produzir RNAs nucleares; Pequena parte do RNA nuclear sobrevive ao processamento que precede a exportação para o citoplasma splicing. o [RNA polimerase]: Transcrição começa quando a [RNA polimerase] se liga ao promotor no DNA as 2 cadeias são separadas complexo aberto cadeia molde exposta início da síntese de RNA complementar. A polimerase move-se ao longo da cadeia molde e estende-a na direcção 5’3’ até se atingir um sinal de terminação a polimerase e o novo RNA são libertados da cadeia molde o novo segmento transcrito unidade de transcrição; É formada por diversas cadeias polipeptídicas; Existem 3 tipos: Responsáveis pela transcrição de diferentes conjuntos de genes; São estruturalmente parecidas, contendo subunidades comuns e exclusivas; Foram distinguidas pela sensibilidade diferencial à αamonitina (veneno isolado de um cogumelo – Amonita Phalloides): o [RNA polimerase I] não é afectada; o [RNA polimerase II] muito sensível; o [RNA polimerase III] moderadamente sensível. A sensibilidade à α-amonitina também se utiliza para saber qual a polimerase que transcreve um gene: o [RNA polimerase I] transcreve rRNA; o [RNA polimerase II] transcreve mRNA; Forma maioritariamente SnRNPs: Percursores do mRNA. o [RNA polimerase III] transcreve RNAs estáveis, pequenos, tRNAs ou rRNAs. [RNA pol II] forma transcritos primários (RNA nuclear heterogéneo) hnRNA (com exões e intrões) maior que o RNA necessário para codificar proteínas; Modificadas covalentemente nas extremidades 3’ e 5’ de forma a serem distinguidas mais tarde dos produzidos pelas outras RNA pol. no citoplasma serão sinais que indicam que devem ser traduzidas como proteínas. Extremidade 5’ do DNA: Sintetizada em primeiro lugar na transcrição; A ela é adicionado um nucleótido G metilado ‘cap’; o A adição ocorre quando aproximadamente 30 nucleótidos de RNA foram sintetizados. O ‘cap’ serve para: o Proteger o transcrito de RNA da degradação; o Mais tarde é importante na iniciação proteica. Extremidade 3’: Há clivagem e uma cauda poli-A é adicionada a esta extremidade cortada; Sinal para a clivagem: AAUAAA (upstream) + sequência downstream mal definida; Depois da clivagem a poli-A adiciona 100/200 resíduos de ácido adenílico (como poli-A) completa-se o transcrito primário; Cauda poli-A: o Auxilia a exportação do mRNA maduro do núcleo para o citoplasma; o Afecta a estabilidade de alguns mRNA no citoplasma; o Sinal de reconhecimento para o ribossoma. Estas modificações nas extremidades permitem ao ribossoma perceber se o mRNA está intacto antes de iniciarem a tradução só os transcritos da [RNA polimerase II] as possuem o mRNA resulta da acção desta enzima sobre a cadeia molde. Intrões, exões e splicing: o Intrões sequências presentes no DNA omitidos no mRNA (sequência não codificadora); o Exões Sequências presentes tanto no DNA como no mRNA (sequências codificadoras). o hnRNA (RNA nuclear heterogéneo) >> mRNA a diferença é degradada no núcleo. o Transcrito primário: Sequência de intrões são removidos para produzir o mRNA que codifica directamente uma proteína splicing; Sequência de RNA codificante (exões) são unidos no splicing; Splicing ocorre no núcleo, fora do alcance do ribossoma; RNA só é exportado quando o splicing é completado. o Transcritos de hnRNA: Transcritos de hnRNA/ primários são logo cobertos com proteínas e SnRNPs (partículas de ribonucleoproteínas heterogéneas); O hnRNA é logo condensado, enrolando-se à volta de um complexo proteico tipo nucleossoma (histonas) mais complexo; Há hnRNP (hnRNA + proteínas) especialmente estáveis e cujo posicinamento sugere que catalizam splicing do RNA spliceossomas; No núcleo há SnRNPs (ribonucleoproteínas nucleares pequenas): Contêm conjuntos de proteínas rodeando uma molécula de RNA estável; Reconhecem sequências de ácidos nucleicos específicas através do emparelhamento RNA-RNA; Medeiam o splicing de RNA; Geram extremidades do RNAs directamente envolvidos na reacção de clivagem. Citogenética Cromossomas: o Aparência linear; o Têm genes; o 2 braços ligados pelo centrómero; Braço curto ‘p’; Braço longo ‘q’. o Distinguem-se quanto: Tamanho; Padrão de bandas (GTG / FISH); Posição do centrómero: Metacêntrico – a meio; Submetacêntrico – não está no meio; Acrocêntrico – perto da ponta. Cariótipo: o Formado por 7 grupos: A G. NOTA: Geralmente coram-se os cromossomas com tripsina/giemsa mas pode recorrer-se a diferentes técnicas, consoante o que se encontra no estudo de rotina e na história clínica importância da informação clínica! Isto porque alguns síndromes não não diagnosticados nos exames de rotina... Tecidos mais frequentes (usados para o estudo dos cromossomas): o Sangue; o Amniócitos; o Anexos ovulares; o Punções; o Produtos de abortos; o Fibroblastos. O processamento do material para estudo depende de: o Tecido; o Tipo de cromossomas; o Indicações para o estudo; o Necessidade de estudos adicionais. Para o estudo de cromossomas precisam-se de células em divisão mitótica metafase/prometafase; Zigoto = óvulo (n = 23 cromossomas) + espermatozóide (n = 23 cromossomas) = 2n (46 cromossomas): o Mas... por vezes ocorre meiose ou mitose com sobreessaltos insultos! Alterações numéricas ou estruturais; Num ou mais cromossomas; Nos autossomas ou cromossomas sexuais (ou ambos); É necessário compreender: o Necessidade de formação de gâmetas; o Espiralização dos cromossomas no núcleo durante as diferentes fases do ciclo celular; o Desenvolvimento do embrião. Erros na mitose: o Mosaicismo: Dois ou mais complementos cromossómicos num mesmo tecido: Numérico (mais frequente); Estrutural. Mecanismos de formação: Não disjunção numa divisão mitótica pós-zigótica inicial ou não! Dois tipos: Mosaicismo completo não disjunção na primeira divisão mitótica do zigoto metade das células com 45 cromossomas e metade com 47. Mosaicismo parcial não disjunção ocorre numa fase mais avançada na formação do zigoto três linhas celulares 50% normais (46 cromossomas), 25% trossómicos (47 cromossomas) e 25% monossómicos (45 cromossomas). Pode ter distribuição variável nos diferentes tecidos (caso da menina com 8 linhas celulares...) Aneuploidia: o Número anormal de cromossomas devido a um cromossoma a mais ou a menos 3-4% das gestações; Trissomias; Monossomias (quase sempre letais). o Alguns síndromes: 45, X Síndrome de Turner Esterilidade. 47, XX/XY, +21 Síndrome de Down 47, XX/XY, +18 Síndrome de Edwards Pouca probabilidade de sobrevivência para além dos primeiros meses. 47, XX/XY, +13 Síndrome de Patau Pouca probabilidade de sobrevivência para além dos primeiros meses 47, XXX Trissomia X A fertilidade não é afectada; Causa materna; Dois dos cromossomas X ficam inactivos dois cropúsculos de Barr). 47, XXY Síndrome de Klinefelter Não disjunção meiótica materna; Hipogonadismo; Esterilidade por azoospermia; Sem atraso mental; Pode haver dificuldade na aprendizagem. 47, XYY Trissomia XYY Férteis; Não disjunção meiótica paterna. o As causas de aneuploidias não são bem compreendidas: Não disjunção meiótica para a maior parte das vezes o cromossoma extra é materno; Não disjunção na meiose I ou II. o Nas trissomias, a origem materna dos cromossomas extra é mais frequente que a paterna: Alterações numéricas! É mais frequente não disjunção na meiose I que na II: Nas mães; Excepto para a trissomia 18. Anomalias cromossómicas desequilibradas: o Delecções (del): Rearranjos cromossómicos estruturais desequilibrados; Perda de um segmento cromossómico. Podem ser: Terminais (ter): o S. Preder Willi; o S. Angelman; o S. Di George. Intersticial (int): o S. Cri du chat (5.5p). Consequências clínicas dependem de: Tamanho do segmento delectado; Número e função dos genes implicados. Muitas delecções são demasiado pequenas para serem detectadas por bandagem, mesmo que de alta resolução (BAR) recorre-se à FISH! Causas: Quebra cromossómica e perda de um segmento acêntrico; Crossing-over desigual entre homólogos desalinhados; Segregação anormal a partir de uma translocação ou inversão equilibrada; Estuda-se os progenitores: Que tipo é? Qual o mecanismo de formação e assimetria? Cálculo do risco de recorrência! o Duplicação (dup): De partes de cromossomas trissomia parcial; Causas: Crossing-over; Segregação anormal na meiose num portador de uma inversão/translocação. Uma duplicação é menos nociva que uma delecção; Mais frequentes as de origem materna; Como as quebras de cromossomas que a geram podem interromper genes frequentemente traduz uma anormalidade fenotípica; o Cromossomas em anel (r): Pouco comuns; Causas: Clássica cromossoma sofre duas quebras e as extremidades quebradas unem-se numa estrutura circular; Fusão dos telómeros fragmento acrocêntrico perde-se geralmente não há perda de material (se houver não tem importância clínica) o Dificuldades mitóticas; o Maior instabilidade mitótica. o Isocromossomas (i): Um braço está ausente e o outro duplicado! O portador é parcialmente monossómic e parcialmente trissómico; Causas: Divisão errónea através do centrómero na meiose II (transversal); Translocação de um braço de um cromossoma para o seu homólogo; Na maioria das vezes é de origem materna. O tipo mais comum é o que envolve o braço longo do cromossoma X; Em autossomas são mais comuns os que envolvem os braços curtos dos cromossomas 18 e 12. o Cromossoma dicêntrico: Tipo raro; Dois segmentos cromossómicos, cada com um centrómero, fundem-se com perda dos fragmentos acêntricos; Problema: Com os 2 centrómeros as cromátides tendem a quebrar quando os centrómeros são atraídos para pólos opostos. Solução: Um dos centrómeros pode ser inactivado só funciona um pseudodicêntrico – o centrómero inactivo semelhante a neocentrómero. Anomalias cromossómicas equilibradas: o Inversões: Rearranjos estruturais intracromossómicos; Causas: Quando um único cromossoma sofre duas quebras e é reconstituído com o segmento entre as quebras invertido. Dois tipos: Pericêntricas: o Incluem o centrómero no rearranjo; o A mais comum é a que envolve a região polimórfica do cromossoma sem implicações clínicas. Paracêntricas: o Não incluem o centrómero no rearranjo; o Identificadas através do padrão de bandas do cromossoma; o O rearranjo não altera o tamanho dos braços do cromossoma; Quando uma inversão está presente, durante o emparelhamento forma-se dos cromossomas na meiose I forma-se uma ança/alsa: Na inversão paracêntrica: o Normal; o Dicêntrica; o Acêntrica; o Invertida. o Cromossomas recombinantes: Acêntricos; Dicêntricos. o Cromossomas não recombinantes: Normal; Invertido. o Translocações: Dois tipos: Recíprocas (rcp): o Causa: Quebra de cromossomas não homólogos e troca recíproca dos segmentos soltos. o Em geral, são envolvidos dois cromossomas, portanto o seu número não é alterado; o Existem translocações complexas que envolvem 3 ou mais cromossomas. Robertsonianas (rob): o Dois cromossomas acrocêntricos e o número de cromossomas é 45; o Causa: Fusão centromérica; Quebra do braço curto de um dos cromossomas e do longo no outro dá origem a um cromossoma monocêntrico; Quebra em ambos os braços curtos do cromossoma dá origem a um cromossoma dicêntrico se um dos centrómeros for desactivado monocentromérico. o Inserções (ins): Tipo não recíproco de translocação; Fáceis de verificar através de FISH; Causas: Existem 3 quebras podem ocorrer: o Entre o mesmo cromossoma; o Entre dois cromossomas diferentes. Um fragmento é removido de um cromossoma e inserido num outro na forma directa ou invertida. Como envolve três quebras são raras. o Citogenética do cancro: Os estudos genéticos: Análise cromossómica; Análise de DNA. São importantes para o estudo de muitos tumores porque: Permitem muitas vezes um diagnóstico; Permitem determinar um prognóstico. As leucemias têm sido os cancros mais estudados e, consequentemente, temos algumas conclusões possíveis: 1ª) Alterações cromossómicas permitem determinar a natureza biológica da doença; 2ª) Nas leucemias, quando ocorrem alterações cromossómicas adicionais, o prognóstico agrava-se; 3ª) Anomalias cromossómicas podem ser indicativas de recaída. Todos sabemos que há uma percentagem de quebras cromossómicas espontâneas que é normal: Mas quando as quebras ocorrem numa percentagem maior significa que existem problemas genéticos, geralmente: o Autossómicas recessivas; o Com susceptibilidade a cancros permaturos. Mapeamento do genoma: o Nota: na terapia génica não se pode falar em tratar... o O cariótipo só não chega para fazer a interrupção! Por vezes, fetos com cariótipo normal têm malformações que também propiciam a oferta da interrupção; o Rastreios: Não é um diagnóstico! o Nota: Não há diagnóstico pré-natal para todas as doenças genéticas! o Nota: Faz-se radiografias mas em gravidezes mais avançadas; o O que é o DPN? o FISH: O que é? Como é? Hibridização temperatura pH ≠; Em metafases e em interfases; Vantagens: É muito direccionada – precisa de informação clínica, de síndrome específico. o Nota: cromossomas marcadores – muito pequenas não é possível indentificar pelo padrão de bandas; o 8 preciso verificar 15 replicações em cada quadrado muito minuciosa leva muito tempo; o 13, 7, 8 delecções terminais destes cromossomas; Cromossomas: o Nota: 1p223 cromossoma 1, braço curto, região 2, banda 2, sub-banda 3. o Cariótipo formado por 7 grupos: A 1, 2 e 3; B 4 e 5; C 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12 e X; D 13, 14 e 15; E 16 e 18; F pequenos metacêntricos; G pequenos acrocentricos e Y (apesar de ser submetacêntrico). Citogenética convencional: o Em material vivo com qualquer tecido que se possa manter em cultura (em divisão mitótica); o Cromossomas importantes na informação clínica: Síndrome de Roberts: Disjunção prematura dos centrómeros; Verifica-se com banda C. o As anomalias indentificadas pela citogenética convencional são estudadas por: Biologia molecular; Citogenética molecular. o Conhecimentos importantes: A nível científico; Para evitar a prevalência na família. o Nota: atenção em como se aborda os casais!