2011-2012 Bioinformática KEGG Emanuel Teixeira Nº24924 Bioengenharia KEGG: Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes. • Enciclopédia de genes e genomas de Kyoto • Fundação devida ao programa genoma humano japonês em 1995 • Colecção online de bases de dados de genómica para a análise das funções dos genes: genomas, vias enzimáticas, produtos químicos biológicos e redes de interacções moleculares nas células e variantes específicas a determinados organismos… 2 http://www.kegg.jp/ http://www.genome.jp/kegg/ • Contem genomas completamente sequenciados e outros parcialmente, porem estes contêm anotações actualizadas a respeito das funções dos genes • Contem representações gráficas (processos celulares i. e. metabolismo, transporte membranar, transdução de sinal e ciclo celular) 3 • E ainda, aplicações principalmente em JAVA que permitem “navegar” em mapas de genomas e ferramentas de comparação de sequências genéticas KEGG • Bases de Dados principais • • • • • 4 KEGG KEGG KEGG KEGG KEGG Pathway (vias e complexos) BRITE Module Mapper Atlas http://www.genome.jp/kegg/kegg2.html 5 • Relaciona a informação conhecida sobre redes de interacção molecular, genes e proteínas geradas por projectos de genoma, compostos bioquímicos e as suas reacções, dividindo-as pelas bases de dados respectivas. 6 • KEGG Pathway • • • • • • Metabolismo; Processamento de informação genética; Processamento de informação ambiental; Processos celulares; Doenças Humanas; Desenvolvimento de medicamentos… • (Trabalhos em curso: adicionar bases de dados ortológicas i.e. arvores genealógicas) 7 http://www.genome.jp/kegg/pathway.html 8 9 • Outras bases de dados relacionam • • • • • • 10 Compostos (moleculares, celulares…); Medicamentos; Reacções (celulares, dos medicamentos…); Enzimas; … http://www.genome.jp/kegg/kegg2.html 11 12 drosophila melanogaster 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22