Screen

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Introdução
• O Taverna utiliza uma linguagem de fluxo de trabalho especifica
como processos (Web Services) se encaixam.
• Descreve o que você quer fazer, não como você deseja fazê-lo.
• Diagrama de fluxo de trabalho de alto nível separado de qualquer
codificação nível mais baixo - você não tem que ser um
programador para criar fluxos de trabalho. Fluxo de trabalho é uma
espécie de script ou protocolo que você configurar quando você
executá-lo.
• Mais fácil de explicar, compartilhar, mudar, reutilizar e reaproveitar.
• Workflow funciona como integrador do conhecimento.
Taverna?
• Permite a interoperação entre bancos de dados
e ferramentas.
• Fornece um conjunto de ferramentas para a
composição, execução e gestão de fluxo de
trabalho experimentos.
• Acesso aos recursos locais e remotos e
ferramentas de análise.
• Automação de fluxo de dados.
• Iteração sobre grandes conjuntos de dados
Projeto Taverna
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É um Sistema Open Source de Workflow Cientifico com ferramentas
gráficas. Taverna foi concebido pela equipe myGrid e é financiada através
de FP7 projeta BioVeL, SCAPE e Wf4Ever.
Ferramenta Modo Gráfico: Aplicativo cliente desktop.
Ferrramenta Modo Terminal: Command Line Tool.
Ferramenta Server: Para a execução remota de workflows.
Ferramenta/Plugin Web: Interface Web para a apresentação de fluxos de
trabalho para a execução remota ).
Ferramenta OnLine: Permite criar fluxos de trabalho através do browser.
Script Nativo: BeanShell.
Script Auxiliares: Qualquer um que esteja instalado no seu Sistema
Operacional, ex.: Python.
Screen
ScreenExperimento
BeanShell


É um intérprete para código fonte Java com
recursos desta linguagem, como objetos escrito
em Java. BeanShell executa instruções e
expressões padrão Java, mas também se
estende Java para o domínio de script com as
convenções de linguagem de script comum e
sintaxe. BeanShell é uma linguagem de scripting
natural para Java.
No Taverna isto é muito bem gerenciado,
podendo ser executado na própria JVM.
screen
MyExperiment


MyExperiment funciona praticamente como um
Rede Social de Experimentos. Onde temos
recursos de um portal de comunicação entre os
interessados e um repositório do mesmo.
Com o Taverna é possível executar
Experimentos deste portal, após baixar tais
arquivos pelo browser, ou importa/exportar neste
formato, estando no site ou logado non portal
Taverna(vide perspectiva MyExperiment).
screenPerspectiva
screenSite
Futuro do Projeto
• Taverna está se movendo para o Apache Incubator. Isto significa:
• Taverna 2.5.1 será o último lançamento não-Apache.
• A continuidade no processo de desenvolvimento Open Source do
Taverna será realizada na apache.org. Taverna 3.0 será lançado
como Apache Taverna 3.0 (incubação).
• Listas de discussão Taverna se mudaram para apache.org.
• O código-fonte irá se mover para:
http://git.apache.org/taverna-*
http://github.com/apache/taverna-* (mirror)
Vantagens
• Linguagem Gráfica.
• Possibilidade de Trabalhar com BeanShell.
• Possibilidade de Integrar outras Linguagens, a
princípio também interpretada, caso haja o
interpretador instalado no Sistema Operacional.
• Possibilidade de executar o Workflow do taverna
via terminal por Command-Line.
• Possibilidade de Trabalhar com plugins/módulos.
Desvantagens
• Além dos Portal Taverna.org.uk, há pouca
documentação e exemplos sobre workflows
simples. A maioria dos tutoriais idealiza que
você baixe um workflow existente.
• Quando tiver que executar um Script que não
seja BeanShell ou um Plugin/Módulo externo é
necessário instalar/configurar estas ferramentas
no seu Sistema Operacional. Isto normalmente
acontece para Workflows mais complexos e
para integração com recursos externos.
Fontes
http://www.taverna.org.uk/
http://www.beanshell.org/manual/bshmanual.html
http://dev.mygrid.org.uk/wiki/display/tav250/Command+Line+Tool
http://www.myexperiment.org/workflows
Quizzes
O que é um Workflow Cientifico?
• É um conjunto de tarefas executadas de
forma coordenada em um ambiente
computacional. Como exemplo de
coordenação podemos citar execução
sequencial, paralela, condicional, etc;
visando o resultado de um experimento
científico.
O que é TAVERNA?
• É um Sistema Open Source de Workflow
Cientifico, que permite descrever
workflows de forma gráfica, executá-los e
compartilha-los.
Qual objetivo do Portal
MyExperiment?
• Compartilhar experimentos de vários
workflows, inclusive do Taverna.
O que é BeanShell?
• É uma uma evolução natural da linguagem
Java e um interpretador da mesma.
Qual a relação entre
Taverna.org.uk e Apache.org?
• Após a versão 2.5 do Taverna a mesma
passará estar nos domínios da Apache,
como um projeto incubado. Assim a
próxima versão será Apache Taverna 3.0