Identificação de Single Nucleotide Polimorfism (SNP)

IDENTIFICAÇÃO DE SINGLE NUCLEOTIDE POLIMORFISM (SNP) EM DUAS LINHAGENS
DE CORYNEBACTERIUM PSEUDOTUBERCULOSIS.
Sávio de Souza COSTA (Bolsista PIBIC/CNPq) – [email protected]
Bacharelado em Biotecnologia, Faculdade de Biotecnologia, Instituto de Ciências Biológicas.
Artur Luiz da Costa da SILVA (Orientador) – [email protected]
Licenciatura em Biologia, Faculdade de Biologia, Instituto de Ciências Biológicas.
As mutações são um processo de mudança genética na estrutura do genoma geralmente
causado por um erro na duplicação do DNA, estas podem ter consequencias deléterias,
benéficas ou neutras para o organismo. Entre as possiveis mutações que podem ocorrer em
organismos, como na Corynebacterium pseudotuberculosism, tem-se inserções, deleções e
polimorfismos de base única ( SNP – Single Nucleotide Polymorphism) que é entendido como
uma posição no DNA onde diferentes alelos coexistem em indivíduos de uma população. Após
se encontrar os genes que estão compartilhados em ambas as linhagens através da ferramenta
PGAP, utilizou-se a ferramenta SAMtools para detectar SNP’s nestes genes, e a ferramenta
BLAST foi utilizada para os genes de virulência da linhagem específica, para se encontrar. A
identificação dos genes compartilhados entre as linhagens Cp31 e Cp258 pertencentes ao biovar
equi mostram 1916 genes compartilhado. Onde, após a pesquisa no referencial biblográfico
destacou-se entre os genes compartilhados aqueles relacionados a virulência dentre eles
destaca-se os genes Pld, o operon fagABCD, e também foram estudados genes relacionados a
sobreviência da bactéria. A análise do gene Fosfolipase D (pld) apresentou 13 SNP’s existentes.
Onde deste resultado podemos inferir que estes SNP’s podem existir diferenciando as linhagens
do biovar equi e do biovar ovis. O gene dtxR obteve 7 SNPs compartilhados em ambas as
linhagens. Os SNP’s compartilhados nos genes Lys mostram possiveis alterações ao comparar
os genes dos dois biovares. E poucos SNP’s únicos foram encontrados podendo-se inferir que
os genes são conservados dentro do biovar equi. Os resultados obtidos mostram que as
linhagens trabalhadas possuem um alto grau de similaridade, os genes de virulência
selecionados coexistem em ambas as linhagens e, a partir, da presença de inúmeros SNP’s em
cada gene pode-se analisar as alterações dos genes para cada biovar.
Palavras-chaves: genômica, bioinformática, polimorfismos.
Título do projeto o orientador: Análise da genômica Funcional de Corynebacterium
pseudotuberculosis Biotipos Ovis e Equi sob diferentes condições de estresse biologicamente
relevantes.
Classificação do trabalho na Tabela de Áreas do Conhecimento no CNPq.
Grande-área: Ciências Biológicas.
Área: Genética.
Sub-área: Bioinformática.